O Município de Santo Antônio é dividido por duas bacias hidrográficas. Na área plana, formada na grande planície lacustre, característica do Litoral Norte do Rio Grande do Sul, encontra-se a bacia do Rio Gravataí, cuja nascente localiza-se no banhado do Chicolomã, sendo alimentada por dois arroios que cortam a área urbana.
Originária no município de Caraá, a bacia do rio dos Sinos corta o município com suas águas sendo utilizadas para agricultura e pecuária.
É composta de Campos e Matas. Várzeas e Serras fazem parte da paisagem da cidade. Também está localizado dentro do município a Coxilha das Lombas que deu o nome da comunidade de Lombas que em extensão territorial é a maior comunidade do município, fazendo divisas com dois municípios (Capivari do Sul e Viamão) e com outras três comunidades (Barrocadas, Tapumes e Chicolomã). Lombas tem como economia a pecuária e a agricultura familiar. Também ficou marcada em sua história, nos séculos XIX e XX as Tafonas de Mandiocas. A comunidade era grande produtora de farinha de mandioca e seus derivados na época.