Dentro dessa linha de pesquisa são desenvolvidos estudos populacionais que subsidiam a conservação de espécies nativas, com enfoque principal sobre espécies ameaçadas de extinção, espécies raras e endêmicas, espécies dominantes e/ou com grande importância econômica, incluindo estudos de análises de viabilidade populacional, modelos populacionais para análise de exploração sustentável dos recursos naturais, genética de populações e conservação ex-situ, entre outros. Também nessa linha são desenvolvidos estudos de auto-ecologia de espécies nativas, envolvendo as relações entre os indivíduos e as condições ambientais. Estudos com espécies exóticas também são contemplados, desde que abordem questões relativas ao seu manejo e demais problemas relacionados aos impactos destas espécies nos sistemas naturais nativos.
Essa linha de pesquisa engloba estudos de estrutura e dinâmica de comunidades terrestres e aquáticas com enfoque em análise de padrões e processos relacionados à geração e manutenção da diversidade biológica. A relação entre a distribuição espacial das comunidades biológicas e as características do ambiente físico é abordada através de análises na escala das paisagens, voltadas para a compreensão dos fatores determinantes da distribuição espacial das comunidades biológicas em função do mosaico no qual a comunidade se encontra inserida. Estudos de fragmentação de hábitat, resistência e resiliência de comunidades também estarão contemplados nessa linha.