Arquipélago e Ilhas Oceânicas/
A Convenção das Nações Unidas sobre os Direitos do Mar - CNUDM - e a ratificação deste tratado internacional em fins dos anos de 1980 pelo Estado Brasileiro, imprimiram a necessidade de ocupação e de avanço do conhecimento técnico-científico das ilhas oceânicas brasileiras, uma vez que aquele instrumento garantiu aos Estados signatários o direito de explorar e de aproveitar os recursos naturais da coluna d'água, do solo e do subsolo dos oceanos circundantes às porções de terra emersas em um raio de até 200 milhas náuticas, na chamada Zona Econômica Exclusiva - ZEE.
Muito embora a ocupação geográfica (parte por pessoal civil, parte por contingente militar) das ilhas oceânicas brasileiras (Atol das Rocas, Arquipélago de São Pedro e São Paulo, Arquipélago de Fernando de Noronha, Ilha da Trindade e Martim Vaz e Arquipélago de Abrolhos) remonte à época da 2ª Grande Guerra, os sucessivos governos brasileiros sentiram necessidade de tomar posse de fato, e não somente de direito, das porções de terra, buscando o exercício da exploração das inúmeras potencialidades naturais que as mesmas oferecem em suas ZEE's.
Neste cenário, uma vez que o tratado exige a presença permanente de civis nas ilhas, com fins pacíficos e de exploração das potencialidades bióticas e abióticas, o Estado Brasileiro, desde 1996, por intermédio da Secretaria da Comissão Interministerial para os Recursos do Mar (SeCIRM), vinculada ao Comando da Marinha (Ministério da Defesa - MD), envia pesquisadores para o Arquipélago de São Pedro e São Paulo - ASPSP, objetivando o estudo daquele complexo ecossistema.
A partir de 2004, o CNPq, por solicitação da SeCIRM, internalizou o Programa Arquipélago e Ilhas Oceânicas em sua estrutura de fomento, dando um passo importante no tocante ao apoio à pesquisa nas mais variadas áreas do conhecimento naquela região. Em 2009, o CNPq começou a apoiar as iniciativas científicas desenvolvidas nas Ilhas da Trindade e de Martim Vaz, possibilitando a expansão e a consolidação do estudo das ilhas oceânicas brasileiras, objetivo inicial e primordial do Programa criado em 2004.
Assim, o CNPq junto com seus parceiros na execução deste Programa (MCTI, SeCIRM e outros) pretende apoiar projetos de P, D & I que busquem o entendimento da dinâmica dos diversos ecossistemas insulares do Atlântico Sul (Atol das Rocas, Arquipélago de Fernando de Noronha, Ilha da Trindade e Martim Vaz e Arquipélago de Abrolhos), bem como do Atlântico Equatorial, onde está localizado o Arquipélago de São Pedro e São Paulo.