Sediado na Universidade Estadual de Campinas (Unicamp), o CQMED é uma Unidade de Inovação da Empresa Brasileira de Pesquisa e Inovação Industrial (Embrapii). O centro foi criado com apoio da FAPESP por meio do Programa de Apoio à Pesquisa em Parceria para Inovação Tecnológica (PITE), em cooperação com o Structural Genomics Consortium (SGC) – consórcio internacional de universidades, governos e indústrias farmacêuticas para acelerar o desenvolvimento de novos medicamentos.