A biometria, sistema de identificação por digital, que começou a ser implementado nessas eleições tem causado longas filas para os eleitores em várias cidades do país. Salvador, Belo Horizonte e Distrito Federal são alguns dos lugares onde aparecem relatos de filas de até três horas de espera. Em Salvador diversas pessoas foram obrigadas a colocar o dedo no leitor para o reconhecimento da digital por 5 ou até 6 vezes, já que os sistema falha.
Em São Paulo, cidade onde o cadastro biométrico não era obrigatório, os eleitores que se cadastraram não puderam utilizar a biometria e para a surpresa de muitos que foram aos locais de votação só com o e-título, título de eleitor virtual, e tiveram dificuldades para votar.
A biometria também foi a desculpa para que o STF, em mais uma ação de cercear o direito ao voto da população, cancelassem cadastro de mais de 3,4 milhões de eleitores, sendo a grande maioria do Norte e Nordeste do país.
Com um argumento puramente organizativo o STF, por 7 votos a 2, bloqueou o direito de visitar de eleitores que não fizeram o cadastro da biometria no prazo estabelecido pela justiça arbitrária. Muitos sequer sabiam da nova regra, sendo mais uma ação de controle e manipulação das eleições feita por uma casta de juízes que não foram eleitos por ninguém, depois de não permitir a candidatura do Lula de forma autoritária e arbitrária.
A mesma rigidez em garantir a organização das eleições para o votante não foi vista, mostrando a verdadeira intenção de manipular as eleições.