É responsável por ações de monitorização, prevenção e controle de doenças transmissíveis e de doenças crônicas não transmissíveis, além da saúde ambiental e do trabalhador.
A superintendência analisa os fatores de risco e a situação de saúde da população. Desse modo, torna-se um processo contínuo e sistemático de coleta, consolidação, disseminação de dados sobre eventos relacionados à saúde para o planejamento e à implementação de medidas de saúde pública que visa a prevenção, promoção e controle de riscos, agravos e doenças.