Frei Martinho transformou a enfermaria no seu centro de ação. A ela levava todos os enfermos que encontrava na rua, mesmo aqueles com maior perigo de contágio. Isso lhe foi proibido pelos superiores. Mas a caridade do santo não tinha limites. Por isso, preparou na casa de sua irmã, que vivia a duas quadras do convento, uns aposentos para receber esses doentes. E lá os ia tratar com suas mãos até que sarassem ou entregassem a alma a Deus.
Certo dia, entretanto, aconteceu que um índio foi esfaqueado às portas do convento. Frei Martinho não tinha tempo para levá-lo até a casa de sua irmã. Diante da urgência do caso, não teve dúvidas e cuidou do índio na enfermaria do convento. Quando este estava melhor, levou-o então à casa da irmã. Disso o superior não gostou, e repreendeu-o por ter pecado contra a obediência. “Nisso não pequei”, respondeu Martinho. “Como não?!”, perguntou o superior. “Assim é, Padre, porque creio que contra a caridade não há preceito, nem mesmo o da obediência”, respondeu o Santo.
Além de todas essas atividades, Frei Martinho saía também do convento para pedir esmolas para seus pobres e para os sacerdotes necessitados. Conhecendo sua prudência e caridade, muitos o encarregavam de distribuir suas esmolas, inclusive o Vice-Rei, que lhe dava 100 pesos mensais para isso.
O dom da sabedoria era nele tão grande, que as mais altas personalidades de Lima recorriam a seu conselho. Também o futuro não lhe era desconhecido. Certa vez, um homem que ia para um ato pecaminoso foi retido por ele na porta do convento, em agradável e edificante conversação, levando-o a esquecer-se do tempo. Quando continuou seu caminho, soube que a casa aonde ia havia ruído, ferindo gravemente a mulher que nela estava.
Como fruto de seu alto grau de oração, Martinho tinha êxtases freqüentes, à vista de todos. Sua união com Deus era contínua. Para dominar suas inclinações, flagelava-se até ao sangue três vezes por dia, e durante os quarenta e cinco anos que permaneceu no convento jejuou a pão e água.
Gostava de ajudar a Missa e era grande devoto da Eucaristia. Quando caminhava, ia desfiando as contas de seu Rosário.