O game mantém a narrativa que se iniciou no primeiro game, com o mundo enfrentando uma instabilidade política da Rússia. Com isso, algumas pessoas estão aproveitando a situação para criar um estoque de armas e assegurar a potência militar da própria Rússia.
Mesmo com a morte do vilão Zakhaev, responsável pelas atrocidades do primeiro jogo, a situação não deve estar muito melhor. O novo rosto do terrorismo global é um ex-associado de Zakhaev chamado Makarov. O inimigo usa como desculpa a vingança da morte de seu aliado para causar toda a destruição. Além de ser um sociopata, Makarov ainda possui uma base poderosíssima na Rússia, que é uma ameaça para todo o mundo.