Essas reações envolvem a geração de espécies reativas de O2 (ROS – reactive oxygen species, também chamadas de radicais livres de oxigênio), moléculas de O2 com um elétron a mais, altamente reativas e que podem, por isso, causar danos às células. Para eliminá-las, os peroxissomos as utilizam para gerar H2O2, que depois é degradado em H2O e O2.