O presidente da República vetou o dispositivo que possibilitaria que as fundações de apoio de universidades e demais centros de ensino e pesquisa fossem equiparados às organizações gestoras de fundo patrimonial. Para o governo, essa permissão poderia gerar conflito de interesses, pois comprometeria "a segregação de funções entre as diferentes organizações que podem gerir ou se beneficiar dos fundos patrimoniais" e traria prejuízos "à credibilidade da política, uma vez que poderia comprometer instrumentos importantes para a fiscalização, prestação de contas e transparência da gestão de doações".
O presidente Jair Bolsonaro também vetou o dispositivo que permitiria que associações e fundações já constituídas pudessem optar por enquadrar seus fundos como fundos patrimoniais. Para o governo, permitir que fundações públicas enquadrem seus fundos como patrimoniais poderia "resultar em geração de déficit nas contas públicas, haja vista a possibilidade de transformação dos fundos públicos em fundos privados".
Ainda foram vetados os três artigos que tratavam de benefícios tributários que poderiam ser concedidos aos fundos patrimoniais e organizações gestoras. A razão do veto, segundo o Poder Executivo, é que os benefícios acarretariam renúncia de receitas sem atender aos requisitos da Lei de Responsabilidade Fiscal (LRF) e da Lei de Diretrizes Orçamentárias (LDO) de 2018.