Bolsa 08/52694-8 - Biologia computacional, Modelagem molecular - BV FAPESP
Desenho racional de peptídeos inibidores específicos para proteínas cinase C: uma ...
Modelagem e análise das redes de interações das NEKs, incluindo potenciais inibidores
Usando dados esparsos de ressonância magnética nuclear e modelagem comparativa par...
SMolBNet 2.0: biologia de sistemas aplicada ao estudo das redes de interação das c...
Bioinformática estrutural aplicada ao estudo de enzimas da via metabólica do ácido...
Abordagem computacional na identificação de marcadores tumorais e suas interações ...
Uma nova metodologia computacional para o desenho racional de peptídeos inibidores específicos para a proteína cinase C delta
Processo: 08/52694-8
Vigência (Início): 01 de janeiro de 2009
Vigência (Término): 31 de dezembro de 2010
Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Química de Macromoléculas
Pesquisador responsável: Paulo Sergio Lopes de Oliveira
Beneficiário: Tiago José Paschoal Sobreira
Assunto(s): Biologia computacional Modelagem molecular
As proteínas cinase possuem um papel importante na sinalização celular coordenando vários processos celulares, incluindo: metabolismo, crescimento, divisão, diferenciação, mobilidade, transporte através de membranas, contração, e apoptose. Alterações nas proteínas-cinase acarretam um grande número de doenças como inflamações, doenças auto-imune, cânceres e patologias cardíacas. As proteínas cinase são alvos atrativos para o desenvolvimento de novos fármacos, inclusive, estima-se que 25% dos esforços da indústria farmacêutica são concentrados no desenvolvimento de inibidores para as cinases. Porém, há dificuldades em encontrar moduladores específicos para as diferentes cinases visto que são muito semelhantes. A utilização de pequenas moléculas como fármacos muitas vezes não apresentam especificidade suficiente para atuar em uma única cinase, causando efeitos colaterais indesejados. A busca e utilização de peptídeos para estudos de cinase já é realizada há muito tempo, mas poucos inibidores específicos a uma única cinase foram encontrados. No presente projeto é proposto o desenvolvimento de um método computacional para seleção de peptídeos candidatos a inibidores específicos de determinadas cinases. Utilizaremos informações da literatura e de estruturas cristalográficas de proteínas cinases, criaremos complexos proteína-peptídeo por meio de modelagem molecular. Estes complexos são submetidos a métodos de mecânica molecular e cálculos de energia de ligação utilizando o método de Poisson-Boltzmann. Após estas etapas selecionaremos peptídeos com maior especificidade para uma cinase especifica. Esse estudo terá uma abordagem multidisciplinar sendo desenvolvido no Instituto do Coração - INCOR - USP, com a colaboração de Dra. Deborah Schechtman, onde será possível validar experimentalmente o método desenvolvido utilizado proteínas cinase relacionadas a patologias cardíacas. (AU)
MEDEIROS, ALESSANDRA; BIAGI, DIOGO G.; SOBREIRA, TIAGO J. P.; DE OLIVEIRA, PAULO SERGIO L.; NEGRAO, CARLOS EDUARDO; MANSUR, ALFREDO J.; KRIEGER, JOSE EDUARDO; BRUM, PATRICIA C.; PEREIRA, ALEXANDRE C. Mutations in the human phospholamban gene in patients with heart failure. AMERICAN HEART JOURNAL, v. 162, n. 6, p. 1088-U184, DEC 2011. Citações Web of Science: 31.