Apesar da sua versatilidade e benefícios, o pilates tem algumas limitações, pois não é um programa de treino físico completo. Como é uma actividade lenta e feita com calma e para relaxar, não oferece as vantagens para o sistema cardiovascular que oferece por um exemplo um programa de aeróbica. Os praticantes de pilates devem por isso combinar esta actividade com um programa de exercícios aeróbicos para o seu sistema cardiovascular. Ou seja, o pilates deve ser visto como um complemente a outras actividades físicas. Note também que o pilates ajuda a fortalecer os músculos mas não os desenvolve, pelo que não é indicado por adquirir massa muscular.
Antes de iniciar a prática, aconselhe-se com o seu médico, pois esta actividade é algo exigente nos ossos, por isso aconselhe-se sobre que exercícios serão desaconselhados para si para evitar problemas futuros.
Uma grande desvantagem do pilates é que não existe um corpo regulador sobre esta actividade, pelo que em muitos ginásios existem instrutores que não estão devidamente qualificados. Antes de se inscrever numa aula, procure pelas qualificações do professor.

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