Em meados dos anos 2000, o banco enfrentaria barreiras no BNDES e migraria seus esforços para os segmentos de crédito consignado e de empréstimos para empresas de pequeno e médio porte. Também atuou em outros empreendimentos, como na sociedade que construiu o Shopping Leblon, na Zona Sul do Rio.
No início da década seguinte, porém, os problemas do banco estouraram, depois de um movimento agressivo de crescimento que fez com que seus ativos batessem R$ 5 bilhões. Segundo observadores, o crescimento foi inflado por uma estratégia irresponsável de investimentos. O banco passava também por mudanças societárias e dificuldades para publicar suas demonstrações financeiras. Nessa época, Ferreira dos Santos já tinha como sócio Ivo Lodo, que chegou à instituição em 2006 vindo do Safra. O fundador do Grupo Caoa, Carlos Alberto de Oliveira Andrade, também tinha uma fatia do banco.
Os problemas se mostrariam insuperáveis, e o Banco Central decretou intervenção no BVA em 2012, por causa de descumprimento de normas bancárias. Naquele ano, vários bancos de médio e pequeno porte enfrentaram o mesmo destino. Com um rombo em seu balanço, o BVA acabou entrando em situação de insolvência, sem condições de honrar seus compromissos. À época, o BVA detinha apenas 0,17% dos ativos do sistema financeiro e 0,24% dos depósitos. Tinha ao todo sete agências, no Rio, em Minas Gerais e em São Paulo. Em junho de 2013, o BC finalmente liquidou o banco e, no ano seguinte, o liquidante entraria com pedido de auto-falência da instituição.
A liquidação e a falência do BVA deixou um passivo total de R$ 4,5 bilhões de sua massa falida. São ao todo 4 mil credores, sendo a maioria correntistas que tinham dinheiro no banco. Entre os ativos estão imóveis espalhados por todo o país. Já foram realizados três leilões desses imóveis, levantando cerca de R$ 25 milhões. O mobiliário que pertencia ao banco, como mesas e cadeiras, também está em leilão, no site Superbid.
Mas o principal ativo do BVA é sua carteira de crédito na praça, cujo valor de face é de R$ 2,3 bilhões. Estima-se que é possível vendê-la por R$ 185 milhões em leilão, mas o juiz da 1º Vara de Falências de São Paulo precisa ainda autorizar a operação.