Depois, continuou explorando diversas regiões como Gizé, Abydos, Tânis e Tebas. Após criar o Serviço de Antiguidades, conseguiu convencer o Vice-Rei do Egito a abrir um museu em Bulaq, perto do Cairo, em 1863, sendo mais tarde transferido para a atual localização. O escritor Eça de Queirós chegou a visitar o antigo museu.
O Museu egípcio do Cairo contém cerca de 136.000 artefatos arqueológicos distribuídos em 42 salas no térreo, 47 salas no piso superior e outros 40.000 objetos ainda encaixotados nos porões por falta de espaço. Para resolver esse problema, está sendo construído o Grande Museu Egípcio próximo a região das pirâmides de Gizé, com 970.974 m2.
O ticket é comprado na bilheteria após a entrada, na área do jardim, seguindo-se para a direita. Para se visitar o Salão das Múmias Reais, deve-se comprar outro ticket já dentro do museu.