O município de Canapi é relativamente novo e teve origem em uma propriedade denominada "Cavalo Morto", pertencente a Cipriano Gomes da Silva. A casa grande da fazenda situava-se onde hoje está a prefeitura. Em 1948 começaram os primeiros movimentos relacionados à formação do núcleo habitacional no lugarejo. Destacava-se Joaquim Tetê, considerado como o pioneiro na colonização. Atualmente, a avenida principal da cidade tem o nome dele.
Na mesma época, chegou a Canapi Luis Bastos, funcionário do DNOCS, para construir uma ponte sobre o rio Canapi. As obras de implantação da BR-316 estavam alcançando o rio. Muitos trabalhadores vieram com Luis Bastos e logo se formou um aglomerado urbano. Foram construídos vários barracos e em pouco tempo era um povoado.
Luis Bastos ficou entusiasmado com o movimento em Canapi e implantou uma feira, que despertou a atenção de moradores da região e de lugares vizinhos. Então, Joaquim Tetê resolveu batizar sua propriedade de Canapi Velho, considerando os aspectos do desenvolvimento do novo povoado. A primeira casa de alvenaria foi feita para ser um pequeno hotel. Em 1956 houve a construção da igreja reformada e ampliada em 1970 - que hoje é a matriz de São José, padroeiro da cidade.
O movimento de emancipação política teve à frente Eraldo Malta Brandão e Pompilho Brandão de Alcântara, chefes de famílias que também se instalaram na região e conseguiram grande controle político e administrativo. Em 1962, Canapi conseguiu autonomia administrativa. Suas principais festividades são a festa de Emancipação (22 de agosto) e do padroeiro São José (19 de março).