Membro de família da aristocracia portuguesa, José Bonifácio nasceu nos fins do século XVIII, em Santos, no litoral da então Capitania de São Paulo. O pai, Bonifácio José Ribeiro de Andrada, casado com sua prima Maria Bárbara da Silva, era a segunda fortuna da cidade, possuidor de bens no valor de 8:000$000. José Ribeiro de Andrada, o avô, casado com Ana da Silva Borges, pertencia a antiga família portuguesa do Minho e de Trás-os-Montes, parente dos condes de Amares e marqueses de Montebelo, ramo dos Bobadelas-Freires de Andrada. Bonifácio José, que morreria em 1789, era considerado ágil, desembaraçado e inteligente. Arredondou sua fortuna como mercante e ocupou diversos cargos e ofícios. Tinha dois irmãos formados em Coimbra, e um terceiro irmão era padre.
Em São Paulo, frequentou aulas de gramática, retórica e filosofia, nos cursos abertos por Dom Frei Manuel da Ressurreição, dono também de boa biblioteca. Era o ensino preparatório para o ingresso na universidade em Coimbra, para onde iam os brasileiros com alguns recursos. Tinha 16 anos quando, com seus irmãos Bonifácio José, Antônio Carlos e Martim Francisco, requereu habilitação de genere, passo indispensável à carreira eclesiástica. Não havia universidades no Brasil nem qualquer prelo.
Em 1783, partiu do Rio de Janeiro para Portugal, matriculando-se em outubro na Universidade de Coimbra e iniciando a 30 de outubro seu curso de estudos jurídicos, acrescidos um ano mais tarde, 11 e 12 de outubro de 1784, dos de matemática e filosofia natural.
Além dos cursos, leu muito. Já poetava, e em uma ode sua surgem os nomes de Leibnitz, Newton e Descartes. Leu sobretudo Rousseau e Voltaire, mas leu também Montesquieu, Locke, Pope, Virgílio, Horácio e Camões, e se indignou contra o "mostro horrendo do despotismo". Seus versos apelavam para as promessas da independência recém-proclamada dos Estados Unidos. Ainda estudante, cuidou de duas questões por cuja solução em vão se empenharia mais tarde: a civilização dos índios, a abolição do tráfico negreiro e da escravidão dos negros.