Escapou do rebaixamento em diversas ocasiões. Na temporada 1983–84, derrotou por 6–1 o MSV Duisburg e, em 1988–89, superou por 4–1 o 1. FC Saarbrücken na repescagem promoção-rebaixamento. No fim, o Eintracht deslizou para a Zweite Bundesliga, a segunda divisão alemã, na temporada 1996–97. Sofreu o descenso junto ao Kaiserslautern. Os dois constituíam então dois das quatro equipes presentes na Bundesliga na temporada inaugural.
O Eintracht retornou à Bundesliga após duas temporadas, em 1998–99, e parecia destinado a retroceder novamente na mesma temporada, mas a vitória por 5 a 1 sobre o Kaiserlautern, enquanto o 1.FC Nuremberg perdeu inesperadamente em casa, deu ao Eintracht a possibilidade do salvamento. As duas equipes terminaram a temporada 1998-1999 com o mesmo número de pontos, mas o Nuremberg foi condenado ao descenso pelo critério de confrontos diretos.
Na temporada seguinte, empenhado em uma outra luta para evitar o rebaixamento, o clube foi penalizado em dois pontos pela Federação Alemã por violações financeiras, mas se salvou graças à vitória sobre o SSV Ulm, na última rodada da temporada. A sociedade foi golpeada novamente por dificuldades financeiras antes de cair novamente à segunda divisão.
Desde 1997, o Eintracht tem alternado na disputa das duas divisões maiores e frequentemente mantem o próprio sustento na luta pela salvação. Tendo voltado à Bundesliga, em 2003, foi imediatamente rebaixado à segunda divisão pela terceira vez na sua história. O purgatório da segunda divisão durou porém uma só temporada. Na temporada 2005–06, fechou o campeonato da Bundesliga no décimo-quarto lugar, com somente três pontos de vantagem sobre a zona de descenso. Não muito melhor foi a campanha na temporada seguinte, na qual também ficou na décima-quarta colocação.
A temporada 2007-08 registrou a melhor apresentação do clube nos último treze anos. O Eintracht fechou o campeonato na primeira metade da classificação, conseguindo um nono lugar, o mesmo resultado obtido na temporada 1994-1995, antes que iniciasse o sobe e desce entre primeira e segunda divisão.
Em 2007, descobriu-se que o time tem na Alemanha 10 milhões de torcedores e simpatizantes. Após algumas boas temporadas, em 2010–11, se revela muito negativa. Depois de uma das melhores apresentações no turno de ida, na história do clube, vale recordar a vitória por 1 a 0 sobre o futuro campeão Borússia Dortmund, a equipe inicia o returno com oito partidas sem ao menos assinalar um gol. Depois de ter chamado Christoph Daum para dirigir o time, a agremiação é rebaixada na última rodada em Dortmund, ao perder por 3 a 1.[6] A segunda parte do campeonato para o Eintracht se fecha com uma solitária vitória por 2 a 1 contra o St. Pauli,[7] também rebaixado, com somente 29 pontos.
O clube reuniu notáveis apresentações nas competições internacionais. Perdeu por 7 a 3 a final da Copa dos Campeões, de 1959-1960 contra o Real Madrid, em 18 de maio de 1960 no Hampden Park, em Glasgow, diante de 127 621 espectadores.