PHP, só pra citar um exemplo, tá cheio de funções inseguras para uso. Não que elas causem problemas de segurança, pelo menos não a maioria, mas o programador tem dificuldade de usá-las de um jeito seguro. Elas incentivam a insegurança. Mas se souber o que está fazendo, pode usar. Incluindo as função mysql_* que são consideradas obsoletas.
Então é claro que a linguagem podem interferir na segurança de forma indireta, ela só não é determinante.
Claro que pode ter alguma linguagem específica, provavelmente mainstream que possa ter um problema próprio de segurança, mas aí beira a piada. É óbvio que, hipoteticamente, alguém pode escrever um linguagem que você escreve um if e ela abre uma porta para um hacker entrar possivelmente como administrador. Ainda assim é problema do programador que fez a linguagem e provavelmente de quem escolheu usá-la.