No ano de 1702, a pedido do arcebispo da Bahia, dom Sebastião Monteiro de Vide, foi a Salvador preparar-se para o sacerdócio. Estudou durante três anos e, em 1705, foi ordenado padre tomando o nome de Padre Francisco da Soledade. Após a ordenação, voltou à Lapa onde viveu até sua morte, em 1722.
Esta gruta, anteriormente habitação de onças, tornou-se a morada dele e logo foi convertida por Francisco em lugar de oração, em templo católico! Tudo isso em 1691.
Dedicado à oração e à penitência, "O MONGE" Francisco, percebeu logo que o amor a Deus não pode ser isolado da vida, mas inserido nela. Então, começou o trabalho em favor dos mais necessitados. Trazia ele para junto de si os pobres, doentes, infelizes e aleijados, a fim de servi-los com amor, desenvolvendo seu apostolado também entre os índios da redondeza.
Ao mesmo tempo em que Francisco descobriu a Gruta do Bom Jesus, foram descobertas as primeiras minas de ouro no território, que se chamaria posteriormente Minas Gerais.
E o Rio São Francisco era na época o melhor e único caminho de penetrar no interior do Brasil. Diz Euclides da Cunha no seu livro "Os Sertões": "Vedado nos caminhos diretos e normais à costa, mais curtos, porém, interrompidos pelos paredões das serras ou trancados pelas matas, o acesso fazia-se pelo Rio São Francisco. Abrindo aos exploradores duas estradas únicas, à nascente e à foz, levando os homens do sul ao encontro dos homens do norte. O grande rio erigia-se desde o princípio com a feição entre as duas sociedades que não se conheciam…".
Daí começou o movimento. Levas intermináveis de aventureiros, caçadores de ouro, mascates e vaqueiros, subiam o Rio São Francisco, fazendo pouso nesta Lapa, para rezar, fazer promessas, dar graças a Deus perante as imagens do Bom Jesus e de Nossa Senhora da Soledade, colocadas pelo Monge num altar da capela-mor da Gruta.
Pelo seu exemplo e pelas suas palavras, Francisco, "O Monge da Gruta", conseguiu fazer brotar nos corações de muita gente o amor ao Bom Jesus e à Sua Santa Mãe.