Heráclito deve ter vivido depois de Xenófanes e Pitágoras, pois condena-os junto com Homero como prova de que muito aprendizado não pode ensinar um homem a pensar; já que Parmênides se refere a ele no passado, isso o colocaria no quinto século a.C.[38] Ao contrário da escola de Mileto, que postula um elemento estável como o arche, Heráclito ensinou que panta rhei ("tudo flui"), sendo o elemento mais próximo desse fluxo eterno que é o fogo. Todas as coisas acontecem de acordo com o Logos,[39] que deve ser considerado como "plano" ou "fórmula",[40] e "o Logos é comum".[41] Ele também postulou uma unidade de opostos, expressa através da dialética, que estruturou esse fluxo, tal que os que parecem opostos, na verdade, são manifestações de um substrato comum ao bem e ao mal em si.[42]
Heráclito chamou os processos de oposição ἔρις (eris), de "contenda", e hipotetizou que o estado aparentemente estável de δίκη (dikê), ou "justiça", é a unidade harmônica desses opostos.[43]
Parmênides de Eleia lançou sua filosofia contra aqueles que sustentavam que "algo é e não é o mesmo (ao mesmo tempo), e todas as coisas viajam em direções opostas", presumivelmente referindo-se a Heráclito e àqueles que o seguiram.[44] Ela se encontra exposta em fragmentos de um poema épico composto por ele[nota 1] e citado por filósofos subsequentes, principalmente por Platão em seu diálogo Parmênides. Enquanto as doutrinas da escola de Mileto, ao sugerir que o substrato poderia aparecer em uma variedade de formas diferentes, implicavam que tudo o que existe é corpuscular, Parmênides argumentou que o primeiro princípio do ser era Um, indivisível e imutável.[45] O ser, ele argumentou, por definição, implica eternidade, enquanto apenas aquilo que é pode ser pensado; uma coisa que é, além disso, não pode ser mais ou menos, e assim a rarefação e condensação dos milésios é impossível em relação ao Ser; por último, como o movimento exige que algo exista separado da coisa em movimento (ou seja, o espaço para o qual ele se move), o Um ou o Ser não pode se mover, pois isso exigiria que o "espaço" existisse e não existisse.[46] Embora esta doutrina esteja em desacordo com a experiência sensória ordinária, onde as coisas realmente mudam e se movem, a escola eleática seguiu Parmênides ao negar que os fenômenos sensoriais revelaram o mundo como ele realmente era; em vez disso, a única coisa com Ser foi pensada, ou a questão de se algo existe ou não é uma questão de saber se isso pode ser pensado.[47] O monismo de Parmênides aborda no poema tanto o ser quanto o não-ser, e Platão[48] e Aristóteles deram suas resoluções a esse problema na mudança dos seres de um tipo para outro.[49]