Durante as obras, mais pessoas chegaram à floresta, cortando as árvores para liberar o solo para a criação de gado e soja. Segundo levantamento do ICMBio, com base em censo feito em 2009 e registros do CAR (Cadastro Ambiental Rural), 382 pessoas reivindicam terras na Flona do Jamanxim. Segundo ranking do ISA, o desmatamento não é uma particularidade de Jamanxim: 4 das 10 UCs federais mais desmatadas estão no entorno da BR-163. São elas, além de Jamanxim, a Flona Itaituba II, o Parque Nacional Rio Novo e Reserva Biológica Nascentes da Serra do Cachimbo.