O ISMAT tem como responsáveis máximos um administrador e um diretor científico e pedagógico.
Professor Doutor Manuel Damásio
Delegada do Administrador
Drª. Célia Pires
Diretor Científico e Pedagógico
Professor Doutor Rui Manuel Loureiro
OUTROS ÓRGÃOS INSTITUCIONAIS
O Conselho Científico é composto pelo Diretor; pelos Coordenadores dos diferentes Cursos em funcionamento; e por todos os Docentes ou Investigadores habilitados com os graus de doutor.
O Conselho Pedagógico é composto pelo Diretor; pelos Coordenadores dos diferentes Cursos em funcionamento; por dois Assistentes de cada Curso que representam, eleitos pelos seus pares; por um Aluno por cada Curso que representa, eleito pelos seus pares.
O Conselho Geral é composto por membros natos e por membros designados.
São membros natos o Diretor; o Administrador; os Coordenadores dos diferentes Cursos em funcionamento; o Diretor dos Serviços de Auditoria Pedagógica e Académica, internamente designado por Secretário-Geral; o Diretor da Biblioteca; o Presidente da Mesa da Assembleia Geral da COFAC; o Diretor de Desenvolvimento e Cooperação da COFAC; o Presidente da Associação Académica.
São membros designados: dois Docentes de cada categoria, eleitos pelos seus pares; dois Investigadores eleitos pelos seus pares; dois Alunos representantes de cada curso eleitos pelos seus pares; dois representantes da COFAC; um representante dos trabalhadores não docentes da COFAC.