Aos oficiais médicos da Força Aérea compete o desempenho de funções de âmbito militar e da respetiva especialidade, nomeadamente assegurar a assistência médico-sanitária às operações aéreas, em território nacional e no estrangeiro em missões internacionais, bem como prestar assistência e socorro em caso de acidente ou emergência nas unidades da Força Aérea. Orientam e coordenam as ações de promoção de saúde e prevenção da doença aos militares da Força Aérea e avaliam a aptidão física e psíquica do pessoal da Força Aérea.
Prestam serviço nos Centros de Saúde das Unidades da Força Aérea, e/ou no Hospital das Forças Armadas. Desempenham cargos e exercem funções nas Juntas Médicas da Força Aérea e em outros organismos que, no âmbito da saúde, requeiram conhecimentos técnico-profissionais da especialidade.
Os oficiais médicos, ao longo da sua carreira exercem também funções de comando, chefia ou de direção de órgãos ou serviços da FAP e, numa fase mais avançada, podem ainda desempenhar tarefas administrativas, de docência e de gestão.
Podem colaborar e desenvolver projetos de investigação autónomos ou em cooperação com entidades nacionais ou estrangeiras, bem como, em casos específicos, prosseguir estudos especializados de pós-graduação e docência. Podem ainda desempenhar cargos de natureza médico-militar em organizações internacionais.