Em maio de 1999, João Paulo II visitou a Romênia, a convite do patriarca Teoctist Arăpaşu, da Igreja Ortodoxa Romena. Foi a primeira vez que um papa visitou um país predominantemente ortodoxo desde o Grande Cisma em 1054.[103] Quando ele chegou, o patriarca e o presidente da Romênia, Emil Constantinescu, receberam o papa.[103] O patriarca depois afirmou: "O segundo milênio da história cristã começou com uma dolorosa chaga na unidade da Igreja; o fim deste milênio assiste agora a um real compromisso de restaurar a unidade cristã".[103]
João Paulo II visitou outro país fortemente ortodoxo na região, a Ucrânia, entre 23 e 27 de junho de 2001, a convite do presidente da Ucrânia e dos bispos da Igreja Católica Grega da Ucrânica.[104] O papa falou aos líderes do "Concílio Geral das Igrejas e Organizações Religiosas Ucraniano", rogando por "um diálogo aberto, tolerante e honesto".[104] Por volta de 200 mil pessoas compareceram às cerimônias litúrgicas celebradas pelo papa em Kiev e a liturgia em Lviv juntou quase um milhão e meio de fiéis.[104] João Paulo II afirmou que terminar com o Grande Cisma era um dos seus mais queridos desejos.[104] Por muitos anos, João Paulo II tentou facilitar o diálogo e a unidade, afirmando em 1988, na carta apostólica Euntes in Mundum, que "Imitando o meu Predecessor Pio XII, de venerável memória, o qual houve por bem celebrar solenemente o 950° aniversário do Baptismo da Rus', desejo, com esta Carta, exprimir louvor e gratidão a Deus inefável, Pai, Filho e Espírito Santo, por ter chamado à graça os filhos e as filhas de muitos povos e nações, que acolheram a herança cristã do Batismo administrado em Kiev".[105]
Durante as suas viagens de 2001, João Paulo II se tornou o primeiro papa a visitar a Grécia em 1291 anos.[106][107] Em Atenas, o papa se encontrou com Cristódulo de Atenas, o arcebispo líder da Igreja Ortodoxa Grega. Após um encontro privado de 30 minutos, os dois falaram ao público. Cristódulo leu uma lista de "13 ofensas" da Igreja Católica contra a Igreja Ortodoxa desde o Grande Cisma, incluindo o saque de Constantinopla pelos cruzados (1204), e reclamou pela falta de um pedido de desculpas da Igreja Católica Romana, afirmando "Até agora, não se conhecia um único pedido de perdão" pelos "cruzados maníacos do século XIII".[106]
O papa respondeu dizendo "Pelas vezes, passadas e presentes, quando filhos e filhas da Igreja Católica pecaram, por ação ou omissão, contra nossos irmãos e irmãs ortodoxos, que o Senhor nos conceda o perdão", ao que Cristódulo imediatamente aplaudiu. João Paulo II disse que o saque de Constantinopla era a causa de um "profundo pesar" para os católicos. Posteriormente, João Paulo e Cristódulo se encontraram no lugar onde São Paulo um dia pregara para os cristão atenienses. Ali, eles emitiram um "comunicado conjunto", dizendo "Faremos tudo o que estiver em nosso poder para que as raízes cristãs da Europa e a sua alma cristã seja preservada.(...) Nós condenamos todos os recursos à violência, ao proselitismo e ao fanatismo em nome da religião". Os dois líderes então rezaram o Pai Nosso juntos, quebrando um antigo tabu ortodoxo contra rezar juntamente com católicos.[106]
O papa sempre afirmou, por todo o seu pontificado, que um dos seus grandes sonhos era visitar a Rússia, mas isso jamais ocorreu. Ele tentou resolver os problemas que surgiram durante a história entre a Igreja Católica e a Igreja Ortodoxa Russa, como quando ele determinou a devolução à Igreja Ortodoxa Russa do ícone de "Nossa Senhora de Cazã", a "Teótoco" e sempre Virgem Maria. No dia 28 de agosto de 2004, a "Solenidade da gloriosíssima Dormição da Teótoco", delegação representativa da Igreja Católica, chefiada pelo cardeal Walter Kasper, presidente do Pontifício Conselho para a Promoção da Unidade dos Cristãos, entregou o ícone, depois de um solene ofício na Catedral da Dormição, no Kremlim, em Moscovo, em que participaram numerosos fiéis.[108][109][110] No mesmo ano, o papa devolveu as relíquias de dois primeiros santos cristãos a Bartolomeu I, patriarca de Constantinopla. Também em 2004, o Vaticano e a Igreja Ortodoxa Russa concordaram em criar um grupo de trabalho conjunto para tentar melhorar as relações.[14]
Ainda na época em que Wojtyła era arcebispo de Cracóvia, Wojtyła realizou missas especiais para rezar pela luta não violenta do povo tibetano pela liberdade na China.[111] O décimo-quarto Dalai Lama, Tenzin Gyatso, visitou o papa João Paulo II oito vezes, mais do que qualquer outro dignitário. Ambos compartilhavam visões similares e compreendiam o sofrimento do outro, ambos vindos de países afetados pelo comunismo e sendo grandes líderes de grandes religiões.[112][113]
Um dos encontros mais importantes com o Dalai Lama aconteceu na cidade italiana de Assis, em 1986, juntamente com outros líderes religiosos de diferentes denominações religiosas, como o rabino-chefe de Roma, bispos ortodoxos, monges budistas, líderes muçulmanos, índios americanos, que se encontraram para rezar pela paz no mundo.[114] Como Arcebispo de Cracóvia, já sendo uma figura famosa antes do 14 º Dalai Lama, Wojtyła realizou missas especiais para rezar pela luta não violenta do povo tibetano pela liberdade da China Maoísta.[111] Tenzin Gyatso, o 14 º Dalai Lama, visitou o Papa João Paulo II, oito vezes mais do que qualquer outro chefe de estado. O Papa e o Dalai Lama apresentam muitos pontos de vista semelhantes e possuem inimigos semelhantes, ambos vieram de nações atingidas pelo comunismo e ambos serviram como chefes de grandes organizações religiosas.[112][113] Durante sua visita em 1995 ao Sri Lanka, um país onde a maioria da população segue o Budismo Theravada, o Papa João Paulo II expressou sua admiração pela religião budista:
Em particular, eu expresso minha mais alta consideração para com os seguidores do budismo, a religião que é majoritária no Sri Lanka, com a seus ... quatro grandes valores de... bondade, compaixão, alegria altruísta e equanimidade; com suas dez virtudes transcendentais e as alegrias de Sangha, expressas tão bem nas Theragathas. Desejo ardentemente que a minha visita sirva para reforçar a boa vontade entre nós, e que venha a tranquilizar todos do desejos da Igreja Católica para o diálogo inter-religioso e colaboração na construção de um mundo mais justo e fraterno. Para todos que eu estender a mão da amizade, recordando as palavras esplêndidas do Dhammapada: 'Melhor do que mil palavras inúteis é uma única palavra que dá paz' ..."[115]
Quando João Paulo II morreu em 2005, Gyatso enviou uma mensagem de condolências, dizia que o papa era uma pessoa que ele tinha alta consideração e continua dizendo que tem "profundo apreço pela missão do Papa em trazer a paz ao mundo". Gyatso também declarou do incentivo que recebeu do Papa onde na mensagem ele disse: "Desde o início da nossa amizade, ele me revelou confidencialmente que ele tinha uma compreensão clara do problema tibetano por causa de sua própria experiência do comunismo na Polônia. Isso me deu grande incentivo pessoal".[112]
João Paulo II foi o primeiro papa a entrar e rezar em uma mesquita, visitou o túmulo de São João Batista em Damasco, na Mesquita dos Omíadas.
O papa João Paulo II fez consideráveis esforços para melhorar as relações entre o catolicismo e o islamismo.[116] Suas ações foram reconhecidas como importantes na abertura ao diálogo ecumênico entre as duas religiões.[117]
Em 6 de maio de 2001, o papa João Paulo II se tornou o primeiro papa católico da história a entrar e rezar numa mesquita. Respeitosamente removendo os seus sapatos, ele entrou na Mesquita dos Omíadas, uma antiga igreja cristã bizantina dedicada a São João Batista (que, acredita-se, está enterrado lá), em Damasco, na Síria, e ali deu um discurso que incluiu a seguinte afirmação: "Por todas as vezes que os cristãos e os muçulmanos se ofenderam entre si, precisamos buscar o perdão do Todo Poderoso e oferecer uns aos outros o perdão".[8][9] Ele beijou o Corão nesta mesma viagem,[118][119][120] um ato que o tornou popular entre os muçulmanos, mas que perturbou muitos católicos.[118][119] O papa também praticou o jejum ao último dia do Ramadã.[117]
Posteriormente o Patriarca Caldeu da Igreja Católica Caldeia Rafael I Bidawid que estava no momento em que o papa beijou o Corão disse em uma entrevista que: "No final da audiência, o Papa fez uma reverência para o livro sagrado dos muçulmanos, o Corão, que lhe foi apresentado pela delegação, e ele beijou-a como um sinal de respeito. A foto desse gesto foi mostrado repetidamente na televisão iraquiana e demonstra que o Papa não é apenas consciente do sofrimento do povo iraquiano, ele também tem um grande respeito pelo Islã".[119]
Em 2004, João Paulo II patrocinou o "Concerto Papal pela Reconciliação", que reuniu líderes do Islã com líderes da comunidade judaica e da Igreja Católica no Palácio Apostólico, no Vaticano, para um concerto do Coro Filarmônico de Cracóvia, da Polônia, do Coro Filarmônico de Londres, do Reino Unido, da Orquestra Sinfônica de Pittsburgh, dos Estados Unidos, e do Coro Polifônico Estatal de Ancara, da Turquia. John Harbison, um dos compositores mais importantes da América, foi contratado para escrever a obra "Abraão", baseado no texto de Gênesis que foi usada para abrir o concerto. O evento foi concebido e dirigido por Sir Gilbert Levine, OSGM, e foi transmitido para o mundo inteiro.[121][122][123][124]
João Paulo II supervisionou a publicação do Catecismo da Igreja Católica onde faz uma provisão especial para os muçulmanos; onde está escrito, "O plano de salvação também inclui aqueles que reconhecem o Criador, o que inclui os muçulmanos; estes professam ter a fé de Abraão, e junto conosco, eles adoram a um Deus misericordioso, juiz dos homens no último dia".[125]
Quanto ao hinduísmo, em 1980 e em 1985, o papa fez um pronunciamento para as comunidades hindus no Quênia, onde ele relembrou a declaração "Nostra aetate" do Concílio Vaticano II, que "manifesta a atitude fraterna de toda a Igreja católica com as religiões não cristãs".[126][127] João Paulo II fez duas visitas a Índia, um país predominantemente hindu,[128] sendo a primeira vez em 1986, nessa viagem conheceu líderes dessa religião,[129] nessa viagem também conheceu Madre Teresa de Calcutá, fundadora da congregação Missionárias da Caridade, sendo que o papa ajudou a alimentar os pobres e moribundos.[130] Na mesma viagem o papa também se reuniu com líderes da Igreja Ortodoxa Siríaca Malankara.[131] Em 1995, o papa realizou um encontro inter-religioso com líderes hindus e muçulmanos do Sri Lanka, com o intuito de manter "o diálogo e da cooperação com os membros de outras religiões".[132] Na viagem segunda viagem a Índia, em 1999, o papa deixou uma coroa de flores para o líder pacifista hindu Mahatma Gandhi.[133]
Em 1985, o papa visitou o Togo, onde 60 por cento da população defende crenças animistas. Para homenagear o papa, os líderes religiosos animistas o conheceram em um santuário católico mariano na floresta, esses foram cumprimentado pelo pontífice. João Paulo II passou a chamar a atenção para a necessidade de tolerância religiosa, elogiou o animismo e enfatizou elementos comuns entre animismo e cristianismo.[134]
Em 1995, o Papa João Paulo II realizou uma reunião com 21 jainistas, uma denominação que se separou da corrente principal do hinduísmo, esse encontro foi organizado pelo Pontifício Conselho para o Diálogo Inter-Religioso. Ele elogiou Mahatma Gandhi por sua "fé inabalável em Deus", assegurou os jainistas que a Igreja Católica continuará a dialogar com essa religião e falou da necessidade comum para ajudar os pobres. A reunião recebido muita atenção no estado de Gujarate, onde vivem muitos jainistas.[135]
João Paulo II teve boas relações com a Igreja Apostólica Armênia. Em 1996, ele aproximou a Igreja Católica e com a Igreja Armênia após entrar em consenso com arcebispo armênio Karekin II sobre a natureza de Cristo.[136] Durante uma audiência em 2000, João Paulo II e Karekin II, até então chefe da Igreja Apostólica Armênia, emitiram uma declaração conjunta condenando o genocídio armênio. Enquanto isso, o papa deu a Karekin II as relíquias de São Gregório, o primeiro chefe da Igreja Apostólica Armênia que tinham sido mantidos em Nápoles, Itália, há 500 anos.[137] Em setembro de 2001, João Paulo II fez uma peregrinação de três dias à Armênia para participar de uma celebração ecumênica com Karekin II no recém-consagrada Catedral de São Gregório, o Iluminador, em Ierevan. Os dois líderes da Igreja assinaram uma declaração recordando as vítimas do genocídio armênio.[138]
Presidentes Cristina Fernández e Michelle Bachelet com o Papa Bento XVI, em 2009 comemorando os 30 anos da mediação papal
A mediação pontifícia de João Paulo II no final de 1978, dois meses depois do início de seu pontificado, permitiu que Chile e Argentina chegassem a um acordo no conflito sobre os seus limites territoriais na região austral (Canal de Beagle), a disputa era pelo domínios das Ilhas Picton, Lennox e Nueva.[139] As várias negociações e tratados bilaterais, especificamente, sobre o Canal de Beagle e região, não conseguiram solucionar a pendência de soberania. A região é estratégica, além de constituir ponto estratégico de controle da navegação entre o oceano Atlântico e o oceano Pacífico.[140]
O conflito chegou a um nível extremo de tensão no início de dezembro de 1978, durante os governos militares de Pinochet (Chile) e Videla (Argentina), na iminência de uma guerra entre os dois países, chegando ao ponto de que argentinos já estavam colocando em curso uma ação militar chamada "Operação Soberana", para ocupar as ilhas e o Chile continental se necessário. As forças militares estavam em marcha na noite do 21 de dezembro de 1978. O 4º Batalhão de Infantaria da Marinha devia desembarcar nas ilhas às quatro da madrugada do 22 de dezembro. No entanto, foi abortada algumas horas antes, quando a Junta Militar argentina resolveu aceitar a mediação papal.[141]
Para evitar a solução do litígio pela guerra, as partes resolveram recorrer à Mediação da Santa Sé, através do Papa João Paulo II. Nesse sentido, a chamada Acta de Puerto Montt, assinada entre a Argentina e o Chile, em 20 de fevereiro de 1978, elegia unanimemente o Papa como mediador da disputa em apreço.[140] O Papa interveio com a modalidade pacífica internacional de controvérsias, em primeiro lugar, pelos Bons Ofícios, e em segundo lugar, pela Mediação.[140]
Em 22 de dezembro de 1978 o Papa comunicou oficialmente que enviaria um representante pessoal, o cardeal italiano Antonio Samorè, para mediar as negociações entre os dois governos.[142] Com a mediação formal de João Paulo II através de seu representante, os dois países assinaram em 8 de janeiro de 1979, os Acordos de Montevidéu, no Palácio Taranco, naquela cidade uruguaia.[139]
O Cardeal Samorè, articulador das negociações, não chegaria a ver o desfecho pelo qual se dedicou, pois viria a falecer em 3 de fevereiro de 1983.[143] O desfecho final para o fim do conflito ocorreu em 29 de novembro de 1984, com a assinatura do Tratado de Paz e Amizade diante do papa, na Capela Paulina (Vaticano). No dia seguinte, João Paulo II discursou na Santa Sé para as delegações da Argentina e do Chile.[144]
Quase trinta anos depois, em dezembro de 2008, foi iniciada a construção, na cidade de Monte Aymond, fronteira entre Argentina e Chile, de um monumento em homenagem a João Paulo II e sua dedicação pela paz e integração das nações. Naquela ocasião, o então Papa Bento XVI enviou uma mensagem alusiva à homenagem, às presidentes do Chile, Michelle Bachelet, e da Argentina, Cristina Kirchner.[139] Segundo a presidente Bachelet, a mediação do Papa representou também o início de uma "etapa histórica na relação e cooperação entre os dois países".[139]
Durante o período destas negociações, ocorreu também o conflito conhecido como Guerra das Malvinas, entre Argentina e Grã-Bretanha, entre abril e junho de 1982. Este conflito também teve a intervenção de João Paulo II, que realizou viagens apostólicas à Grã-Bretanha, em maio e à Argentina, em junho, buscando acordos de paz. Em carta dirigida aos fiéis chilenos, por ocasião de um encontro com bispos daquele país durante sua viagem apostólica à Argentina, o Papa deixa claro que naquele momento gostaria de estar junto aos fiéis, mas está impossibilitado diante de seus compromissos em ambos os conflitos.[145]
Durante a sua visita a Cuba, em Janeiro de 1998, que marcou o fim de 39 anos de relações tensas entre a Igreja Católica e o regime de Fidel Castro, condenou o embargo econômico dos Estados Unidos ao país, além de que antes de sua visita, em 1997, foi instituído o Natal, em Cuba, declarado a partir de então feriado nacional, isso aconteceu como resultado da visita papal que iria acontecer no mês seguinte. Nessa visita o Papa ressaltou a importância do respeito aos direitos humanos, a liberdade de expressão, do direito de participar de um debate público de forma igualitária, da liberdade religiosa, também, fez uma solicitação de que fossem libertados os presos políticos, ação que foi colocada em curso quando foram libertados mais de duzentos presos políticos, no mês seguinte a visita do Papa.[146]
A visita do papa serviu para amenizar as relações entre o Vaticano e Cuba, pois anteriormente Fidel Castro já havia sido excomungado pelo papa João XXIII por suas ações em relação ao catolicismo, em que pode-se citar o fechamento de escolas religiosas, expulsão de sacerdotes. Após a visita papa, Fidel, além da instituição do Natal também suspendeu a proibição de procissões públicas e foi autorizada a entrada de sacerdotes e religiosos ao país.[147] João Paulo II é reconhecido como aquele que conseguiu acabar com quase meio século de tensão entre a Igreja Católica e o regime cubano.[148]
Em 2003, por intermédio do cardeal Angelo Sodano, enviou uma carta a Fidel Castro criticando "as duras penas impostas a numerosos cidadãos cubanos e, também as condenações à pena capital", na mesma carta é dito que o papa pediu clemência para os condenados.[149]
Em 2014, Cuba autorizou a construção de templos católicos após mais de 55 anos de proibição da construção de novas igreja católicas.[150] João Paulo II foi homenageado com uma igreja que foi construída em Cuba e que carrega o seu nome.[148]
Alguns observadores da história chilena acreditam que a visita de seis dias do Papa ao Chile, entre 1 e 6 de abril de 1987,[151] período em que ele visitou Santiago, Viña del Mar, Valparaíso, Temuco, Punta Arenas, Puerto Montt e Antofagasta, foi uma das razões que levaram o então ditador Augusto Pinochet (1915-2006) a convocar as eleições no país em 1988.[152]
Antes da peregrinação de João Paulo II pela América Latina, em entrevista com jornalistas durante o voo, ele classificou o regime de Pinochet como "ditatorial". Nas palavras do New York Times, o Papa "usou uma linguagem excepcionalmente forte" para criticar Pinochet e afirmou aos jornalistas que a Igreja no Chile não deveria apenas orar, mas lutar ativamente para a restauração da democracia no país.[153]
Após ter cumprido uma visita apostólica oficial por cerca de 24 horas no Uruguai, o Papa chegou ao Chile no dia 1 de abril, no Aeroporto Internacional de Santiago, onde ocorreu a cerimônia de boas vindas, com a presença de Pinochet e diversas autoridades civis, militares e eclesiásticas:
Minha mensagem é dirigida igualmente a todos os chilenos, é uma mensagem pascal. Portanto, é uma mensagem de vida: a vida em Cristo, presente na Sua Igreja, também na Igreja do Chile, para promover no mundo a vitória do bem sobre o mal, do amor sobre o ódio, da unidade sobre a rivalidade, da generosidade sobre o egoísmo, da paz sobre a violência, da convivência sobre a luta, da justiça sobre a injustiça, da verdade sobre a mentira: em uma palavra, a vitória do perdão, da misericórdia e da reconciliação".[154]