A decepção é temporariamente esquecida na final da Taça Guanabara de 2000: Romário, em sua primeira partida contra o Flamengo desde que deixou a equipe rubro-negra, marca impiedosamente três vezes em uma goleada de 5 a 1 que dá o título aos cruzmaltinos[32], em um domingo de Páscoa em que faz a torcida vascaína bradar: "É chocolate!".[46] O título também ofusca na memória dos torcedores as rusgas com Edmundo: um mês antes da decisão, após jogo contra o Olaria, Romário voltou a atacar o antigo amigo, depois de marcar três gols no jogo (vitória por 4 a 1)[32], declarando implicitamente que na "corte vascaína", ele seria o príncipe, o presidente Eurico Miranda seria o rei e Edmundo, o bobo.[24]
A crise só volta a tona após a perda do título estadual: o Flamengo vence o segundo turno e leva a melhor nas finalíssimas contra o Vasco, que perde também o Rio-São Paulo, para o Palmeiras. Mas o respaldo de Romário junto a diretoria faz com que ela prefira se livrar não dele, mas de Edmundo, emprestado ao Santos.[86]
Os títulos perdidos no primeiro semestre são compensados no segundo: em dezembro, o Vasco fatura a Copa Mercosul em uma virada histórica contra o Palmeiras, em pleno Parque Antártica: perdendo de 0 a 3, os cariocas reagem e viram a partida, com Romário marcando três vezes.[32] Ele também leva o Vasco à final da Copa João Havelange, contra o surpreendente São Caetano. Marca um gol em cada partida da decisão (a segunda precisou ser remarcada para janeiro do ano seguinte) e consegue levantar pela primeira vez um Brasileirão, do qual termina como um dos artilheiros. Romário também fatura nova Chuteira de Ouro, após marcar incríveis 73 gols no ano,[32] e a sua primeira (e única) Bola de Ouro da mesma publicação, como melhor jogador da competição, e duas Bolas de Prata: uma por ter sido o melhor atacante, e outra por ser um dos artilheiros da João Havelange, com vinte gols. Outra premiação foi concedida pelo jornal uruguaio El País: Romário, aos 34 anos, foi eleito oficialmente o melhor jogador da América. Devido o ano brilhante que Romário veio tendo no ano de 2000, acabou despertando grande interesse de clubes de fora, em destaque para a Internazionale, que ofereceu ao Vasco R$13,6 milhões de reais e um salário de US$4 milhões de dólares por temporada, ou seja, o dobro que o Romário ganhava no Vasco na época[87], mas Romário de início acabou descartando sua ida devido o fato do técnico do time o italiano Marco Tardelli não querer o jogador por achá-lo indisciplinado e com a idade de 34 anos avançada pra jogar o Campeonato Italiano.[88][89][90]
O ano de 2001 acaba não sendo tão bom, embora os gols não parem de sair. Romário continua sendo sondado pela Inter de Milão chegando a ser novamente pedido por Ronaldo para fazer dupla de ataque com ele na equipe, porém, Marco Tardelli continua brecando a sua chegada ao time,[91] após a saída o técnico italiano do clube, chega o técnico argentino Hector Cúper e isso deixa Romário interessado em fazer parte da equipe italiana mas a diretoria do Vasco acaba querendo continuar com o jogador e por fim a grande esperança da Internazionale de ter o craque acaba sendo encerrada.[92][93] Romário segue no Vasco sendo artilheiro do Brasileirão, recebendo nova Bola de Prata. Com 42 gols na temporada, o Baixinho é até hoje o único jogador vascaíno a ter ultrapassado a barreira dos 30 gols numa temporada pelo Vasco no Século XXI. Contudo, apesar dos gols, o Vasco fica sem títulos — com destaque para a terceira perda seguida do Campeonato Carioca para o Flamengo, sofrendo o gol da perda nos minutos finais; Romário não jogou a decisão, estremecendo a relação com a torcida.[94] Na primeira (e única) vez em que disputa a Taça Libertadores da América, Romário marca apenas três vezes[32], e o Vasco, após terminar a primeira fase com seis vitórias em seis jogos, cai nas quartas-de-final após perder as duas partidas contra o Boca Juniors (detentor do título e futuramente bicampeão seguido).[95] É também o ano em que Romário desentende-se com o técnico da Seleção Brasileira, Luiz Felipe Scolari: o Baixinho pedira dispensa da Copa América de 2001 para uma cirurgia nos olhos, mas em seguida seguiu com o Vasco para disputar amistosos no México, irritando o treinador.[17] Romário ainda assim, continua sendo sondado por grandes clubes europeus, sendo dessa vez, mais um grande clube da Itália, o Milan, mas a diretoria do Vasco não abre mão de deixar o jogador ir embora e o baixinho continua jogando pelo clube carioca.[96]