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A ONG Instituto Argonauta para a Conservação Marinha, OSCIP, está sediada no litoral norte do estado de São Paulo, em Ubatuba. Atua desde 1998 em parceria com o Aquário de Ubatuba e com outras instituições, realizando o resgate e o salvamento de animais aquáticos debilitados. Em 2005 foi criado o Centro de Reabilitação e Triagem de Animais Aquáticos (CRETA), que atende pinguins, golfinhos, lobos-marinhos, entre outros animais. Em 2008 chegou a receber, recuperar e devolver ao mar cerca de 600 pinguins-de-Magalhães.
O Aquário de Santos é a primeira instituição brasileira a resgatar e recuperar animais marinhos. Desenvolve um importante trabalho de educação ambiental, que envolve 6 mil estudantes por ano. É o segundo parque mais visitado do estado de São Paulo e o mais antigo aquário do Brasil (inaugurado em 1945). Abriga cerca de 2 mil espécimes, desde pequenos invertebrados até mamíferos marinhos. Dentre suas atrações, destacam-se tubarões, meros, pacus, raias, pinguins e lobos-marinhos.
O Aquário de Ubatuba foi inaugurado em 1996 por um grupo de oceanógrafos. Seus principais objetivos são centralizar pesquisas voltadas para a conservação dos mares, informar e educar a população, valorizando o grandioso potencial genético e ambiental dos rios e da costa brasileira.
O Projeto Tamar/ICMBio, com 30 anos de atividades no Brasil, tem como missão promover a recuperação das tartarugas marinhas, desenvolvendo ações de conservação, pesquisa e inclusão social.
Dedicado à pesquisa e à conservação das baleias-francas, segunda espécie de baleia mais ameaçada de extinção, o Projeto Baleia Franca tem como objetivo garantir a sobrevivência e a recuperação populacional da Baleia Franca em águas brasileiras.
O Instituto Baleia Jubarte tem como missão conservar as baleias-jubarte e outros cetáceos do Brasil, contribuindo para harmonizar a atividade humana com a preservação do patrimônio natural.
O Projeto Albatroz é uma ONG criada pela necessidade de reduzir a captura não intencional de aves marinhas na pesca oceânica. Desenvolve pesquisas a bordo de barcos de pesca em alto-mar e a educação ambiental para pescadores, visando a adoção de medidas de conservação nas rotinas de pesca. É a única ONG em todo o mundo criada exclusivamente para proteção dessas aves, já ameaçadas de extinção.