A Politec também deve ter trazido dores de cabeça. Isso porque esteve envolvida em várias suspeitas de irregularidade. Auditoria realizada em contrato de 2008 celebrado entre a Politec e a Secretaria da Fazenda, por exemplo, aponta irregularidades no que diz respeito ao pagamento de salários para funcionários terceirizados. A empresa também foi citada em esquema do mensalão do DEM, acusada de pagamento de propinas para a campanha do governador Arruda, do Distrito Federal, e teve seu nome ligado à investigação de formação de cartel por empresas de informática.
Também foi mencionada na operação Custo Brasil, um desdobramento da Lava Jato que apura supostas fraudes cometidas no Ministério do Planejamento em operações de crédito consignado a servidores federais. Segundo matéria publicada em 2016, a Politec seria um dos alvos preferenciais da Operação Custo Brasil, tendo recebido milhões da Esplanada dos Ministérios. Ainda de acordo com a matéria, a Politec manteve contratos com diversos ministérios, agências reguladoras e autarquias, tendo embolsado, de 2003 a 2015, mais de R$ 600 milhões. A empresa é citada, ainda, em outros esquemas de corrupção: CPI dos Correios, CPI do Carlinhos Cachoeira, Operação Caixa de Pandora. Há suspeitas que tenha celebrado contratos irregulares com a Petrobras, BR Distribuidora, Caixa e BB.