Natural dos Açores, porque nascido na cidade de Ponta Delgada em 24 de fevereiro de 1843, Joaquim Teófilo Braga foi o sétimo filho de um casamento celebrado entre Joaquim Manuel Fernandes Braga, um antigo oficial miguelista, e Maria José da Câmara Albuquerque, filha de um descendente dos donatários da ilha de Santa Maria.
A infância do pequeno Joaquim ressentiu-se da irreparável perda da sua mãe, falecida prematuramente, e do jugo que sobre ele exerceu, com rudeza e severidade, uma inclemente madrasta, Ricarda Marfim Pereira de seu nome. Os estudos primários e secundários foram realizados na capital da ilha micaelense e revelaram desde cedo a tenacidade de um jovem ambicioso e lutador. Teófilo Braga foi disciplinarmente punido no Liceu de Ponta Delgada, onde seu pai exercia atividades letivas, por ter ridicularizado um professor que lhe contestava a pretensão de um dia ser doutor, arguindo que não via moita da qual pudesse sair tal coelho; respondeu o discípulo, em jeito escarninho, declarando que o dito professor não tinha faro...
Este jovem aspirante a doutor iniciou-se nas lides intelectuais e literárias desde cedo, sob o patrocínio de um farmacêutico natural da Lousã, Francisco Maria Supico, que se trasferira para Ponta Delgada por imperativos profissionais, aí desempenhando um papel muito ativo no jornalismo coevo. Com efeito, foi no jornal da Ribeira Grande A Estrela Oriental, dirigido por Supico, que Joaquim Teófilo Braga fez imprimir a sua primeira e ingénua poesia: tratou-se d’ “A Canção do Guerreiro”, composição de entono patriótico dedicada ao seu irmão João Fernandes Braga. Dando mostras de notório desembaraço, o jovem poeta viria a criar órgãos de imprensa quase inteiramente compostos e administrados por sua mão, para neles exarar as primícias do seu talento. Foi o que aconteceu com o semanário O Meteoro e com o quinzenário O Santelmo. Em 1859, com edição custeada pelo Visconde da Praia, potentado local, publicou o livro de versos Folhas Verdes. Tratou-se de uma tímida imitação das Folhas Caídas, de Almeida Garrett, sem que desta tentativa literária tenha resultado grande glória para o autor.
Acabados os estudos liceais, passou a impor-se o problema de dar rumo à vida. Os meios económicos familiares eram escassos e a tradição dos ilhéus desamparados era a de procurarem melhores condições de sobrevivência através da emigração, sobretudo dirigida para as Américas. Por isso, Teófilo Braga começou por informar o pai do seu desejo de abandonar S. Miguel e de ir exercer em solo americano uma atividade profissional, talvez de tipógrafo, talvez de comerciante, talvez de assalariado numa qualquer atividade remunerada. O pai colocou-lhe a hipótese, mais aliciante, de ir estudar para Coimbra, embora o tivesse então advertido da fraca mesada que lhe poderia dispensar. A estima de Supico corroborou as intenções paternas, estimulando com entusiasmo o projeto esboçado. Assim, eis Teófilo Braga, aspirante a doutor, a arribar a Coimbra em abril de 1861, com o propósito de se matricular em Teologia ou Direito. Vingaria a opção pelos estudos jurídicos, após a dilação de um ano letivo, no qual repetiu as matérias preparatórias ao ingresso na Faculdade escolhida.