É alvo de inquérito no Supremo que apura apologia a crime, movido pelo Ministério Público Federal devido à declaração em plenário dirigida à deputada Maria do Rosário, segundo a qual o parlamentar “só não estupraria a deputada, porque ela não merecia”.
Foi condenado pela Justiça a pagar indenização de 10.000 reais a Maria do Rosário por danos morais por causa das declarações dirigidas a ela em plenário. Bolsonaro recorreu, mas decisão foi mantida.
Foi condenado ao pagamento de indenização de 150.000 reais por danos morais, em ação civil pública movida pelos grupos Cabo Free de Conscientização Homossexual e Combate à Homofobia e Arco-íris de Conscientização Homossexual. Bolsonaro porém conseguiu suspender a pena até que o recurso seja julgado pelo Tribunal de Justiça, o que ainda não ocorreu.
O Conselho de Ética da Câmara é composto por deputados indicados pelos partidos. Somente siglas podem acioná-lo, desde que tenham representação nas duas Casas do Legislativo. As representações podem resultar na cassação de um mandato, punições como a suspensão temporária do mandato ou censura verbal ou escrita, dependendo do julgamento do Conselho.
O presidente da Câmara, Eduardo Cunha, é alvo de um pedido de cassação do mandato neste mesmo Conselho. Desde o ano passado, tramita a passos lentos um processo movido pela Rede e pelo PSOL por quebra de decoro. Cunha é acusado de mentir sobre a existência de contas na Suíça durante sessão da CPI da Petrobras. O Conselho é responsável por emitir um parecer sobre o pedido, mas é o plenário, por maioria absoluta, que dará o veredito final.
Para acionar o Conselho fora do âmbito partidário, o caminho é via a Mesa Diretora da Câmara. Qualquer cidadão pode enviar uma representação à Mesa, que julga se é pertinente e repassa ao Conselho.