O Município de Bonito pertence à Bacia Hidrográfica do Paraguai, Sub-bacia do Miranda. Os rios da região tem origem em rochas calcárias. Em Bonito os rios possuem características peculiares: são rios transparentes. E o motivo para os rios locais terem águas cristalinas está na geologia: na região há muitas rochas, principalmente o calcário, cuja procedência vem do fundo do mar. Os principais rios são: Formoso, Prata, Perdido, Mimoso, Peixe, Anhumas, Olaria e Miranda.
Nas regiões mais montanhosas de Bonito, estas águas vão descendo pelos morros. Ao encontrarem algum obstáculo, o cálcio que estava na água precipita. Pouco a pouco se forma uma queda e, em alguns anos, temos uma cachoeira. Bonito possui cachoeiras com características peculiares: são cachoeiras de tamanho reduzido, com volume de água também reduzido. Há momentos em que essas cachoeiras aumentam de tamanho. Outra peculiaridade, além de cachoeiras, são as plantas que crescem sobre elas. O que faz o visitante ter a impressão que as cachoeiras estão vivas.
Localizada no entorno do Parque Nacional da Serra da Bodoquena, Bonito limita-se com Bodoquena e Miranda ao Norte; Aquidauana e Nioaque à Leste; Guia Lopes da Laguna e Jardim ao Sul; Porto Murtinho ao Oeste.
É a principal cidade turística da região da Serra da Bodoquena (juntamente com Bodoquena, Jardim e Guia Lopes da Laguna), sendo o turismo a principal atividade da região[7] há muito tempo, além de estar em constante evolução buscando a interferência mínima na natureza. Bonito reúne um conjunto de equipes, empresas, ONGs e órgãos governamentais que buscam organizar e coordenar o ecoturismo, visando sempre a sustentabilidade local e a conservação da natureza.