Para Guilherme F. Dutra, Diretor do Programa Marinho da Conservação Internacional, esta oposição reflete um grande desconhecimento sobre o funcionamento dos ambientes marinhos: "o mar é um ambiente muito dinâmico devido a fatores como a influência de correntes e ventos, a existência de organismos que realizam seus ciclos de vida em áreas extensas e a interdependência com ecossistemas costeiros". Inúmeras espécies de peixes do Parque completam seu ciclo de vida em manguezais e áreas mais profundas. "Por isso, os 95.000 km2 da ZA, que parecem exagerados para os padrões terrestres, são apenas razoáveis para os padrões marinhos", complementa.
Marcello Lourenço, chefe do Parque Nacional Marinho dos Abrolhos, avalia a anulação da ZA como um grande retrocesso nas políticas sócio-ambientais da região dos Abrolhos. Segundo Lourenço, os limites da zona foram estabelecidos após anos de pesquisas e trabalhos técnicos de modelagem da dispersão de óleo em cenários de derramamento, simulados em função dos ventos e correntes predominantes na região. Além disso, desde 2004 o assunto é debatido com representantes dos governos federal, estadual e municipais, colônias de pesca, setor de turismo, organizações não-governamentais e pesquisadores, no Conselho Consultivo do Parque Nacional. "É importante observar que a decisão judicial questiona o instrumento legal que criou a zona de amortecimento – Portaria do Ibama – concluindo que o instrumento jurídico adequado é um Decreto Presidencial ou uma Resolução do CONAMA. Não há questionamentos sobre o mérito técnico da zona de amortecimento nem sobre seus limites. Assim, trata-se apenas de uma questão administrativa: se as zonas de amortecimento devem ser criadas por Decreto ou Resolução, isso precisa ser corrigido rápido, para evitar que, com a ausência da proteção da ZA, se facilite a instalação de empreendimentos de alto impacto ambiental".
A anulação da zona de proteção de Abrolhos é mais uma medida que se soma a um panorama de decisões equivocadas sobre questões ambientais. Segundo Mário Mantovani, da Fundação SOS Mata Atlântica, "este realmente tem sido um ano de perdas para o meio ambiente. Não tivemos criação de nenhuma UC no dia do meio ambiente, apesar de haverem sete processos prontos para serem assinados pelo Presidente, só na região costeira e de Mata Atlântica da Bahia. Agora há mais uma agressão ao meio ambiente, com a derrubada da zona que protege a área com a maior biodiversidade marinha da parte sul do Oceânico Atlântico. Está aberta a temporada de caça aos Parques".