A trama vai costurando pouco a pouco os acontecimentos marcantes e o cenário e atmosfera da cidade acompanha essa transição seja no clima, cores e sombra, seja no temperamento dos civis ou no próprio nível de dificuldade de combate com os vilões e bandidos. Ao todo o jogo é composto por 6 grande vilões todos muito marcantes na história do personagem dentre eles: Rhino, Escorpião, Fisk e Electro. A princípio quando soube desse esquadrão imaginei um roteiro forçado sem amarração, porém fui surpreendido como a narrativa conduziu de forma inteligente para que todos eles contribuíssem na construção da história.
Outra personagem central na condução da narrativa é a policial Yuri. Ponto focal do Homem-Aranha na delegacia de Nova York, as conversas entre ela e nosso herói delegam as missões e direcionam a missão principal do jogo.