Bolsa 16/01511-7 - Biologia computacional, Rearranjo gênico - BV FAPESP
Desenvolvimento de um algoritmo para a montagem do genoma poliplóide de cana-de-aç...
Desenvolvimento de um algoritmo para a montagem do genoma poliploide de cana-de-aç...
Análise comparativa de genomas de quatro isolados de Xanthomonas albilineans e pro...
Bioinformática para estudos genômicos
Processo: 16/01511-7
Anfitrião: David Sankoff
Assunto(s): Biologia computacional Rearranjo gênico
Através de milhões de anos, a evolução dos seres vivos ocorre não apenas como mutações em genes individuais, mas também como rearranjos na ordem dos genes nos cromossomos, quando comparamos uma espécie a outras, descendentes de um mesmo ancestral comum. Além disso, e especialmente em genomas de plantas, o genoma inteiro pode se duplicar, e boa parte dos genes em excesso se perdem de uma maneira aparentemente imprevisível. Neste projeto, pretendemos continuar a modelar todos estes processos matematicamente e a desenvolver algoritmos combinatórios e análises estatísticas para entender os rearranjos que ocorreram na ordem dos genes dentro e entre cromossomos. Este trabalho tem aplicações no entendimento da evolução dos genomas, em particular de culturas agrícolas e outras plantas com flores. (AU)
CHINDELEVITCH, LEONID; LA, SEAN; MEIDANIS, JOAO. A cubic algorithm for the generalized rank median of three genomes. Algorithms for Molecular Biology, v. 14, JUL 26 2019. Citações Web of Science: 0.
SANKOFF, DAVID; ZHENG, CHUNFANG; ZHANG, YUE; MEIDANIS, JOAO; LYONS, ERIC; TANG, HAIBAO. Models for Similarity Distributions of Syntenic Homologs and Applications to Phylogenomics. IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, v. 16, n. 3, p. 727-737, MAY-JUN 2019. Citações Web of Science: 4.