Em seus primeiros anos treinou muitos ministros puritanos.[24] A instituição oferecia um currículo clássico no modelo de universidades inglesas (muitos líderes na colônia haviam frequentado a Universidade de Cambridge) mas se conformava com os princípios do puritanismo. Nunca foi afiliada a nenhuma denominação em particular, mas muitos dos primeiros graduados se tornaram clérigos nas igrejas congregacionais e unitárias.[25]
Ao longo do século XVIII, as ideias do Iluminismo sobre a razão e o livre arbítrio tornaram-se generalizadas entre os ministros da Congregação, colocando esses ministros e suas congregações em tensão com os partidos mais calvinistas.[26] No século XIX, Charles W. Eliot, presidente da instituição entre 1869 e 1909, eliminou a posição privilegiada do cristianismo no currículo, ao mesmo tempo em que deixou os alunos seguirem suas próprias direções. Apesar de Eliot ter sido a figura mais crucial na secularização do ensino superior estadunidense, ele não estava motivado por um desejo de secularizar a educação, mas por convicções unitárias transcendentalistas. Derivadas de William Ellery Channing e Ralph Waldo Emerson, essas convicções eram focadas na dignidade e no valor da natureza humana, o direito e a habilidade de cada pessoa de perceber a verdade e o Deus em cada um.[27]
Durante o século XX, a reputação internacional de Harvard cresceu e doações crescentes e professores proeminentes expandiram o escopo da universidade. O rápido crescimento da matrícula continuou à medida que novas escolas de pós-graduação começaram e a faculdade de graduação se expandiu. O Radcliffe College, estabelecido em 1879 como escola irmã do Harvard College, tornou-se uma das escolas mais proeminentes para mulheres nos Estados Unidos. Harvard tornou-se membro fundadora da Associação de Universidades Americanas em 1900.[16]
O governo dos Estados Unidos doa para Harvard cerca de US$ 35 bilhões de dólares anuais. Sendo essa quantia sendo a maior parcela investida das mais de 800 Universidade atrás do país. O governo gasta cerca US$ 518 bilhões anuais, sendo que um terço deste investimento vai para universidade como Harvard e Stanford University. Fazendo do governo o maior investidor dessas instituições.[7] Conforme o relatório da própria universidade apenas 22% do dinheiro vem dos pagamentos de alunos.[28]