Ao contrário do que muitos pensam, o consumo do narguilé pode ser sim mais maléfico que o cigarro comum. Após se popularizar entre jovens, pesquisas já identificaram mais de 4700 substâncias tóxicas na composição do cigarro. Não diferente na fumaça do narguilé, aproximadamente 300 produtos químicos foram isolados, e desses, 23 potencialmente cancerígenos
Dentre os malefícios a serem listados, estão a baixa oxigenação do sangue; aumento da pressão arterial; maior propensão a infecções do trato respiratório e a quadros de trombose. Já a longo prazo, pode promover a aterosclerose da circulação arterial, enfisema pulmonar, doença pulmonar obstrutiva crônica (DPOC), impotência sexual, e o desenvolvimento de vários tipos de cânceres.
O narguilé ainda pode acarretar efeitos cardiovasculares, como o aumento da temperatura nos alvéolos e consequentemente no sangue leva a oxidação do LDL colesterol, levando a deposição do mesmo nas artérias causando entupimento e enrijecimento das mesmas. Há também os efeitos pulmonares, como a menor troca alveolar de O2, aumento dos níveis de monóxido de carbono e danos ao parênquima pulmonar que a longo prazo pode levar ao enfisema (pulmão bolhoso e rígido).
Há também os efeitos cancerígenos. Os mais comuns são o de pulmão, ainda um dos mais letais, boca, laringe, estômago, e não menos frequente, bexiga e trato urinário podem estar correlacionados.