Com a avaliação a decorrer, a FCT divulgou um documento a que chamou "Informação suplementar" e que na prática introduziu mudanças profundas ao regulamento divulgado. Por exemplo, o número de avaliadores de cada unidade que podia ir até ao máximo de 5 foi reduzido para 3 em todos os casos e o avaliador indicado pela unidade foi excluído da discussão do relatório de consenso. O ministro disse que as regras iniciais tinham de ser respeitadas até ao fim e isso não foi, de facto, o que aconteceu. A segunda fase da avaliação está a decorrer de uma forma atabalhoada, não só com diminuição do número de avaliadores (parece que nem todos os membros dos painéis compareceram) mas, o que é bastante pior, com o recurso a não especialistas nas áreas avaliadas. Só para dar um exemplo, um centro de investigação na área de Arquitectura foi visitado por um painel que não incluía quaisquer arquitectos. Mas, infelizmente, há mais exemplos.