Em sistemas internos onde a equipe é bem pequena, o banco de dados é conhecido, se sabe onde vai rodar, quais as exatas necessidades daqueles usuários, camadas costumam ser excesso de zelo. Não crie complexidade onde não precisa.
Hoje tem um fator que deve ser considerado. A Web! Sistemas precisam funcionar em uma tecnologia que é multi-tier e por isso precisa ser multi-layer. E nos casos em que a solução também roda em desktop há um motivo a mais para a flexibilidade. Ou seja, o mercado passou ter um requisito que tornou o multi-layer quase uma obrigação.
Arquiteturas multi-tier costumam permitir mais escalabilidade. E isto passou ser um novo requisito em alguns casos, mas não na maioria. E como dito antes, multi-tier exige multi-layer.
Os padrões de arquitetura mais comuns para interface com o usuário (parece ser o foco da pergunta) em 3 camadas são: MVC, MVP, MVVM. Provavelmente eles se tornaram conhecidos por estarem atrelados à tecnologias que fizeram sucesso. Ver mais em O que é MVP e MVVM?.
Eu acho que mais do que 3-tiers é quando quebra-se uma camada em várias. Em Java se vê facilmente, por exemplo, a que eu acredito ser a View pode se subdividir em Applets sendo agrupados como Client Tier e Servlets sendo classificados como Presentation Tier. Claro que um programador Java poderá confirmar melhor do que. – Bruno Augusto 25/06/14 às 16:23
"Quanto menos camadas, melhor." Exatamente isso. Muita gente de Java pega o livro Core JEE Patterns e aplica à risca. Depois ninguém consegue dar manutenção no sistema, já que somente para recuperar uma entidade a partir do Controller o código passa por 500 camadas. O sistemas ficam cheios métodos que só tem uma chamada a outro método e com o tempo várias classes deixam de ser usadas, mas ninguém tem coragem de excluir porque não há rastreabilidade para dar segurança de que elas não são usadas em algum lugar obscuro entre todas as camadas. – utluiz 26/06/14 às 21:51
@utluiz Esta é a maior crítica que tenho "ao Java". Os usuários dele aprenderam fazer coisas complexas por default. E a educação geral hoje em dia está muito em cima disto. Tem muito material (livros, blogs, etc.) para resolver os problemas realmente complexos mas as pessoas não entendem que os materiais mais antigos que propõem soluções mais simples não estão obsoletos. Eles só não atendem à tudo. – Maniero♦ 26/06/14 às 22:14