O combate em Final Fantasy Crystal Chronicles ocorre em tempo real no mapa do jogo, sem qualquer transição para o modo de batalha. Os personagens podem executar combos de até 3 hits com sua arma física de escolha. No entanto, eles também podem realizar ‘Focus Attacks’, que exigem tempos de carregamento, e lançar magia.
A magia é tratada de maneira diferente em Crystal Chronicles e depois em Final Fantasies. Em vez de aprender magia, os jogadores devem pegar orbes ‘Magecite‘ em cada masmorra para poder executar feitiços. Esses orbes devem ser recolecionados toda vez que uma nova área for inserida.
Apesar do número limitado de orbes de Magicite disponíveis, muitas magias diferentes podem ser conjuradas usando Spell Fusion, onde 2 ou mais jogadores lançam magias de maneira consectutiva ou ao mesmo tempo para ‘fundir’ as 2 magias em 1, geralmente mais poderosa ou às vezes completamente diferente soletrar.
Por exemplo, Fire e Blizzard podem ser combinados para lançar ‘Slow’ em um alvo inimigo. A magia também pode ser combinada com ataques de foco de maneira semelhante. Em uma reviravolta.
No final de cada masmorra, há uma mirra e uma seleção de prêmios. Esses prêmios, chamados de “artefatos“, aumentam permanentemente uma estatística (força, defesa ou magia) em uma certa quantidade ou pontos de vida máximos ou número de faixas de atividade em uma ou podem lançar um feitiço específico sem magia.
Além disso, os artefatos encontrados dentro da masmorra aumentam temporariamente o status que o artefato controla até que o jogador saia da masmorra. Notavelmente, neste jogo, feitiços e habilidades não são aprendidos – itens especiais chamados magicite devem ser adquiridos uma vez por nível para lançar feitiços específicos.