As obras mais importantes que dele nos restam são três: o Protréptico, o Pedagogo e o Estrómata. Mesmo parecendo não ser esta a intenção originária do autor, é uma realidade que estes escritos constituem uma verdadeira trilogia, destinada a acompanhar eficazmente a maturação espiritual do cristão. O Protréptico, como diz a própria palavra, é uma “exortação” dirigida a quem inicia e procura o caminho da fé. Ainda melhor, o Protréptico coincide com uma Pessoa: o Filho de Deus, Jesus Cristo, que se faz “exortador” dos homens, para que empreendam com decisão o caminho rumo à Verdade. O próprio Jesus Cristo se faz depois Pedagogo, isto é “educador” daqueles que, em virtude do Baptismo, já se tornaram filhos de Deus. O próprio Jesus Cristo, por fim, é também Didascalos, isto é, “Mestre” que propõe os ensinamentos mais profundos. Eles estão reunidos na terceira obra de Clemente, os Estrómatas, palavra grega que significa “tapeçaria”: de facto, trata-se de uma composição não sistemática de vários assuntos, fruto directo do ensinamento habitual de Clemente.
No seu conjunto, a catequese clementina acompanha passo a passo o caminho do catecúmeno e do baptizado para que, com as suas “asas” da fé e da razão, eles alcancem um conhecimento íntimo da Verdade, que é Jesus Cristo, o Verbo de Deus. Só este conhecimento da pessoa que é a verdade, é a “verdadeira gnose”, a expressão grega que corresponde a “conhecimento”, “inteligência”. É o edifício construído pela razão sob o impulso de um princípio sobrenatural. A própria fé constrói a verdadeira filosofia, isto é, a verdadeira conversão no caminho a ser empreendido na vida. Por conseguinte, a autêntica “gnose” é um desenvolvimento da fé, suscitado por Jesus Cristo na alma unida a Ele. Clemente distingue depois entre dois níveis da vida cristã. O primeiro: os cristãos crentes que vivem a fé de modo comum, mas sempre aberta aos horizontes da santidade. E depois, o segundo: os “gnósticos”, isto é, os que já conduzem uma vida de perfeição espiritual: contudo o cristão deve partir da base comum da fé e através de um caminho de busca deve deixar-se guiar por Cristo para, desta forma, chegar ao conhecimento da Verdade e das verdades que formam o conteúdo da fé. Este conhecimento, diz-nos Clemente, torna-se a alma de uma realidade vivente: não é só uma teoria, é uma força de vida, uma união de amor transformante.
O conhecimento de Cristo não é só pensamento, mas é amor que abre os olhos, transforma o homem e gera comunhão com o Logos, com o Verbo divino que é verdade e vida.