Em 2005, Pharrell finalmente lança o primeiro single de seu primeiro álbum solo, In My Mind: Can I Have It Like That.
Dessa vez, a parceria de Williams foi com Gwen Stefani, amiga próxima do artista e com quem ele trabalharia muitas vezes ainda, inclusive no programa The Voice.
O The Neptunes produziu o segundo álbum de Clipse, Hell Hath No Fury, considerado a melhor produção em anos do grupo e responsável por trazê-los de volta às paradas.
Um ano depois, Pharrell colaborou com Madonna para a canção Hey You. Na ocasião, o valor dos downloads foi doado para a Alliance for Climate Protection, em apoio ao Live Earth.