Para a consultora em educação Ilona Becskeházy, ao reter os dados o órgão federal demonstra falta de transparência. "O Inep não pode ter suas atividades pautadas pela agenda eleitoral. Ao contrário dos indicadores econômicos, que podem ser avaliados por órgãos externos ao governo, os dados das escolas públicas ficam restritos às avaliações do governo federal. Com toda a tecnologia disponível, não dá para entender por que os dados completos não estão divulgados na internet", argumenta.
Além do descumprimento do cronograma, os especialistas apontam outra falha na divulgação das informações: alterações nas bases de dados, como o tamanho da amostragem, que dificultam a análise histórica de uma rede de ensino. No primeiro ano da avaliação, em 2005, a nota dos Estados levava em conta o resultado de todas as escolas que participavam da prova. A partir de 2007, os dados passaram a incluir apenas escolas com mais de vinte alunos matriculados no 5º e no 9º anos. Entretanto, como as escolas com menos alunos podem pleitear participação na avaliação, o tamanho da amostra pode variar de um ano para o outro. “Como podemos confiar nos dados se não existe um cronograma e se as bases de dados mudam constantemente?”.
De acordo com os resultados da Prova Brasil de 2013 obtidos pelo site de VEJA com o Instituto Ayrton Senna, a situação nas escolas públicas continua tão calamitosa quanto nos anos anteriores. Por exemplo: em Minas Gerais, o Estado que obteve a melhor avalição na Prova Brasil, nada menos do que 66,20% dos alunos do 9º ano teve desempenho inadequado em matemática. Isso significa que a maior parte deles não consegue entender a noção de porcentagem em um problema matemático. Em português, prova que analisou o nível de leitura dos alunos, oito em cada dez alunos ficaram com notas abaixo do esperado. O pior Estado na prova de matemática foi o Amapá: 97,46% dos alunos do 9º ano tiveram desempenho aquém do esperado. Em português, o Estado teve apenas 12,73% dos alunos com nível considerado adequado para a série.
O nível de desempenho de um Estado é calculado de acordo com a pontuação obtida pelos alunos na prova e classificado em 9 níveis. O primeiro nível, considerado o pior de todos, agrupa alunos que marcaram entre 0 e 125 pontos em uma escala que vai até 350 pontos em português. Para a ONG Todos Pela Educação, instituição que utiliza os dados para traçar metas para o setor, o ideal é que a pontuação dos alunos seja melhor que 175 nessa disciplina. Todas as notas abaixo disso são consideradas inadequadas.