O CAPA trabalha com agricultores ecol�gicos familiares em geral, de todos os credos e ra�as, sem distin��o pol�tico-ideol�gica. Sua origem, no entanto, est� diretamente ligada � hist�ria da Igreja Evang�lica de Confiss�o Luterana no Brasil (IECLB) cuja trajet�ria acompanhou o mesmo movimento que trouxe os imigrantes alem�es para as "col�nias velhas", ou seja, as primeiras regi�es colonizadas a partir de 1824 na Regi�o do Vale dos Sinos (pr�ximo de Porto Alegre, no Rio Grande do Sul).
A necessidade de expandir a fronteira agr�cola criou um novo fluxo de deslocamentos para outras regi�es do Pa�s e a IECLB tamb�m foi ampliando a sua �rea de interven��o. Primeiramente em dire��o �s "novas col�nias" e mais tarde para o Noroeste do Rio Grande do Sul e Oeste de Santa Catarina, para onde foram deslocados os descendentes dos colonos alem�es. Os latif�ndios instalados nas terras planas do Sul se impunham como uma barreira intranspon�vel, impedindo que a nova corrente migrat�ria se dirigisse para l�.
O processo de ocupa��o do solo atrav�s da atividade agropecu�ria moldou o perfil da base social da IECLB e, at� 1972, 70% dos membros se constitu�am de pequenos agricultores descendentes dos colonos alem�es. No final dos anos 70, a chamada Revolu��o Verde j� mostrava as conseq��ncias deste modelo tecnol�gico, como o desaparecimento de muitas esp�cies de seres vivos, o desgaste dos solos, a contamina��o do meio ambiente e principalmente � expuls�o do homem do campo.
Preocupada com a significativa redu��o do n�mero dos membros e com o crescente empobrecimento daqueles que permaneciam, a IECLB decidiu organizar um servi�o espec�fico para os agricultores familiares.
Na Confer�ncia dos Pastores Regionais, realizada nos dias 17 e 18 de maio de 1978, foi ent�o criado o CAPA, com o nome de Centro de Aconselhamento ao Pequeno Agricultor. Suas atividades tiveram in�cio no dia 15 de junho de 1979, na cidade de Santa Rosa (RS), atendendo uma �rea que na �poca abrangia 112 munic�pios do Noroeste do RS e Oeste de SC (74 munic�pios no RS e 38 em Santa Catarina). Nos dois primeiros anos, as atividades ficaram limitadas � 3� Regi�o Eclesi�stica da IECLB (3� RE da IECLB), que idealizou o projeto em 1975; a id�ia era estender o trabalho a n�vel nacional, atrav�s das estruturas existentes na IECLB. Em 1982, a Regi�o IV da IECLB criou o CAPA em S�o Louren�o do Sul (RS); mais tarde foi criado o CAPA da Regi�o VI em Santa Cruz do Sul/RS. Em 1997 foram criados mais dois n�cleos do CAPA na Regi�o V da IECLB, em Ver� e Marechal C�ndido Rondon, no estado do Paran�. Em fevereiro de 1988, o CAPA de Santa Rosa foi transferido para Erexim; em dezembro deste mesmo ano foi criado um segundo n�cleo em Tr�s de Maio, extinto em 1994 por uma quest�o de reformula��o estrutural.
O CAPA nasceu com propostas alternativas de produ��o e consumo no mesmo momento em que explodiam, na regi�o, as lutas sociais e pol�ticas que se constitu�ram nos quatro principais movimentos de trabalhadores rurais (Movimento Sindical Combativo, Movimento dos Sem Terra, Comiss�o Regional dos Atingidos por Barragens e Movimento das Mulheres Trabalhadoras Rurais).
Suas orienta��es se fundamentavam na dissemina��o de pr�ticas alternativas, econ�mica e ecologicamente sustent�veis, questionando o modelo de desenvolvimento e o papel da extens�o oficial, contrapondo-se aos pacotes da moderniza��o e os v�nculos de depend�ncia criados pela integra��o do pequeno agricultor familiar � agroind�stria de alimentos.
Inicialmente, o projeto previa a implanta��o das "Propriedades Modelo Nova Paisagem", em propriedades com �reas entre 10 a 25 hectares. Nestas propriedades haveria a reconstru��o das benfeitorias de uma maneira funcional (Galp�o Modelo CAPA), a reestrutura��o na produ��o, utiliza��o de t�cnicas de conserva��o do solo, rota��o de culturas e diversifica��o na produ��o, al�m da instala��o de hortas, pomares, pastagens cultivadas e �rea para reflorestamento. Tamb�m o aproveitamento de novas fontes de energia nas propriedades, entre elas, o sol, os ventos, os cursos naturais de �gua e a constru��o de biodigestores.
Ainda em 1988, por uma quest�o de linguagem comum entre diversos projetos, programas e atividades afins dentro da IECLB, mudou-se o nome de Centro de Aconselhamento ao Pequeno Agricultor para Centro de Apoio ao Pequeno Agricultor. O nome mudou mas a sigla permaneceu a mesma - CAPA.
Desde então a atuação dos cinco núcleos do CAPA tem acumulado experiência e resultados, não apenas enquanto consórcio CAPA, mas também através das redes em que participa, como é o caso da Rede Ecovida de Agroecologia e da Articulação Nacional de Agroecologia.