Os classificados do primeiro turno foram Fluminense, Internacional, Vasco da Gama e Grêmio. Sport, Flamengo, Cruzeiro e Bahia se classificaram pelo segundo turno.
Os oito classificados foram agrupados na segunda fase para a disputa das quartas de final, os vencedores passaram às semifinais até que Bahia e Internacional sobraram para a decisão do título.
O campeonato terminou somente em 1989, no dia 15 de fevereiro os finalistas se enfrentaram na Fonte Nova em Salvador com vitória do Bahia por 2x1.
No jogo da volta no Beira Rio terminou empatado em 0x0, assim o Bahia se tornou campeão do campeonato brasileiro de 1988, também conhecido como II Copa União.