A Fundação Integrada Municipal de Ensino Superior - FIMES enquanto Faculdades Isoladas implantou os seguintes cursos:
A partir de 2007 implantou o ensino a distância, por meio de convênio com a Faculdade de Tecnologia e Ciências – FTC localizada em Salvador - BA para oferecer os cursos daquela Instituição: Tecnólogo em Segurança do Trabalho e as Licenciaturas de Biologia, História, Matemática e Letras.
Ainda como Faculdades Integradas consta a oferta das Pós-Graduações lato sensu Gestão em Tecnologia da Informação - GTI e Psicopedagogia Institucional e Clínica (2007); Gestão Sucro Alcooleira (FEF); Gestão de Pessoas e Gestão Tributária, Auditoria e Controladoria (2009). Os dois primeiros cursos são próprios da FIMES e os outros dois são produtos da parceria com a Fundação Educacional de Fernandópolis (SP).