O etanol, momentaneamente, perdeu a batalha contra o petróleo novamente na década de 1990 e, com o inicio do século 21, concomitante com o crescimento rápido dos países em desenvolvimento, a demanda levou uma vez mais ao aumento nos preços do petróleo. De importância equivalente é a percepção de que as Mudanças Climáticas Globais impõem, de fato, uma ameaça à humanidade e que a mudança na maneira de usarmos a energia seria uma forma de contribuir para a melhoria do meio ambiente no futuro. Como resultado, devido à longa tradição do Brasil na pesquisa e uso do etanol como combustível liquido, nosso país pode ser considerado como detentor de uma das matrizes energéticas ma is limpas do planeta. Par melhorar ainda mais esta condição, os governos estaduais e federal no Brasil estão investindo em programas de pesquisa com a intenção de reforçar a base de ciência para tecnologias de bioenergia. As principais iniciativas foram estabelecidas entre 2007 e 2009: o programa BIOEN, criado pela Fapesp, o Centro de Ciência e Tecnologia do Bioetanol (CTBE), um centro federal localizado em Campinas e o Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol (INCT-Bioetanol), um esforço conjunto do governo federal e do Estado de São Paulo e que congrega mais de 30 laboratórios em 6 estados brasileiros. A Embrapa também criou um novo centro de pesquisa em Brasília (Embrapa Agroenergia), que terá bioenergia como seu foco prioritário de pesquisa.
O governo federal também criou o Sistema Brasileiro de Tecnologia (SiBRATEC) que congrega cientistas desenvolvendo pesquisa em etanol. Assim, fica claro que o foco prioritário de pesquisa no Brasil é a cana de açúcar e o etanol. O principal objetivo é melhorar a produtividade agrícola, pelo entendimento de como as plantas produzem sacarose e como o ambiente afeta estes mecanismos. Os pesquisadores desejam melhorar geneticamente a cana além do estágio atual. Para isso, está planejado o seqüenciamento do genoma da cana e, com esta informação, encontrar caminhos para a melhoria da cana, usando a biologia de sistemas e sintética como ferramentas. A segunda geração é um alvo bem definido para muitos pesquisadores nesta rede de pesquisa que se pode chamar de Rede Brasileira de Pesquisa em Bioenergia. Para obter o etanol de segunda geração (o chamado etanol celulósico) o objetivo é detectar mecanismos eficientes para degradar a parede celular de polissacarídeo e obter açúcares livres para fermentação e produção de etanol. Porém, o conceito de Biorrefinaria é igualmente importante já que processos mais eficie ntes podem ser desenvolvidos. Além disso, a química verde pode ser considerada já que a biomassa usada para bioenergia também pode servir como fonte de diversas substancias de alto valor agregado, como fármacos, cosméticos e outros produtos biotecnológicos.
Como tudo isto deve ser feito com impactos mínimos no ambiente, a pesquisa também é voltada para a melhoria da sustentabilidade ambiental, com intensa atividade cientifica para entender as emissões de carbono e os impactos do uso da água e da terra provocados pela produção de biocombustíveis. Apesar do etanol ser o objetivo estratégico prioritário, novas fontes de biodiesel a partir de sementes e de algas começam a ser estudadas, principalmente pela prospecção de novas espécies e o entendimento da composição química. O estado atual de ciência e tecnologia no Brasil prevê o investimento sério em ações coordenadas nacional e internacionalmente. Espera-se que isto leve à produção de energia al tamente eficiente com base cientifica a partir de biomassa, com inclusão social e mínimos impactos ambientais.