Dessa forma, a instituição aderiu ao Programa Nacional de Prevenção à Corrupção (PNPC), iniciativa da Estratégia Nacional de Combate à Corrupção e à Lavagem de Dinheiro (Enccla), com coordenação e execução da Rede de Controle nos Estados, e apoio e patrocínio da Controladoria Geral de Contas da União (CGU) e Tribunal de Contas da União (TCU). A participação da Uesc no Programa é acompanhada pela Coordenação de Controle Interno.
O PNPC visa incentivar aos órgãos e entidades públicas de todo o país a implementarem boas práticas que conduzam a segurança na tomada de decisões e que previnam atos de corrupção na gestão da administração pública. Por meio de uma plataforma de autosserviço on-line, o sistema e-Prevenção, a instituição terá um diagnóstico de suas vulnerabilidades e possíveis falhas. Após esta autoavaliação, será disponibilizado um plano de ação com propostas, mecanismos específicos para o controle da corrupção, além de treinamentos e capacitações à distância.