Das naus envolvidas, apenas a São Rafael não regressou, pois teria sido queimada por incapacidade de a manobrar, consequência do reduzido número a que se via a tripulação no regresso, fruto das doenças responsáveis pela morte de cerca de metade da tripulação, como o escorbuto, que se fez sentir mais afincadamente durante a travessia do Oceano Índico.