Marcada desde o início por várias pesquisas inéditas, a Fase II foi validada pela Comissão Executiva Interministerial do Biodiesel, sendo, portanto, reconhecida oficialmente no âmbito do programa de testes oficiais do Governo Federal. Ela foi concluída com mais uma importante e bem-sucedida ação: os testes de longa duração. Os seis veículos que fizeram parte destes estudos foram utilizados com biodiesel B30 em situações do dia-a-dia por mais de quatro anos, um período muito longo para avaliações deste tipo.
Durante a segunda fase foram usados veículos produzidos pelo Grupo PSA no Mercosul: um Citroën Xsara Picasso; um Peugeot 206; dois Peugeot Partner e dois Citroën Berlingo. Nos testes, eles rodaram com biodiesel de soja, já utilizado na Fase I, e também usaram como oleaginosas de referência a mamona e a palma. O biodiesel de palma foi testado misturado com o diesel metropolitano na proporção de 30%.
O biodiesel de mamona foi misturado com o biodiesel de soja e incorporado ao diesel metropolitano também na proporção de 30%. Em ambos os casos, o biodiesel foi produzido a partir do etanol brasileiro (de cana-de-açúcar). A utilização da palma e da mamona em tais quantidades representou uma estréia mundial, não apenas em virtude das plantas utilizadas e do emprego de misturas de biodiesel como também das proporções incorporadas ao diesel.
Os testes somaram mais de 500.000 quilômetros. Eles comprovaram e reforçaram os resultados da Fase I, demonstrando que a utilização do biodiesel B30, derivado das três oleaginosas testadas, não afetou a parte mecânica dos veículos, nem alterou o desempenho. Ao mesmo tempo, em termos de emissões, eles representaram reduções importantes.