Esta povoação foi assim chamada por ali se fazerem capelas pelo S. João ou, mais provavelmente, por nos seus campos pastarem muitas vacas malhadas, que os antigos denominavam de capelas. Alguns autores consideram que o nome lhe vem dos nichos a que o povo chama capelas, cavados pelo fogo na rocha, junto ao mar.
Gaspar Frutuoso em Saudades da Terra diz: “Dizem alguns que se chamam capelas, não porque tenham naquela parte feitas algumas igrejas nem capelas, senão porque um dia de S. João fizeram uns homens ali umas capelas, deixando-as por esquecimento dependuradas em uma árvore (...)”.
Os irmãos Bullar, na sua digressão pela ilha de S. Miguel, opinam sobre este topónimo: “(...) partimos cedo a ver as capelas, rochedos que se estendem pelo mar, e cujas formas caprichosas, moldadas pela acção das ondas e do tempo, lhes deram remota semelhança com capelas ou ermidas (...). As capelas constituem uma cratera de tufo ou pedra porosa, de cor acastanhada, semelhante à que forma o ilhéu de Vila Franca. As paredes, voltadas para o mar são altas e perpendiculares, A acção das vagas sobre a pedra mole foi perfurando nelas vastas cavernas, separadas por profundas linhas e abismos”.