O Laboratório de Ecologia de Águas Continentais desenvolve pesquisas com ênfase em qualidade de água, diversidade de organismos e processos ecológicos em ambientes aquáticos continentais (lagoas, rios, áreas alagadas e reservatórios).
Os projetos do laboratório visam principalmente conhecer a biodiversidade dos ecossistemas aquáticos da região, com vistas à conservação; e acompanhar os efeitos das ações antrópicas que podem causar modificações na estrutura e funcionamento desses ecossistemas antes mesmo que estes sejam amplamente conhecidos.
Temos como linhas temáticas principais a caracterização dos ambientes, o fluxo de energia, a ciclagem de nutrientes e a conservação de ecossistemas aquáticos continentais.