Apesar da chegada de civis no gabinete, os cargos chaves ainda eram dominados pelos militares ou antigos combatentes, em sua maioria filiada ao partido PAIGC e da etnia Papel, ambos subordinados e controlados pelo ex-presidente da república, general Vieira (KOUDAWO, 2001). A questão étnica foi crucial para o PAIGC, na medida em que a desmilitarização do regime vai acontecendo gradativamente, deixando de lado os militares Balantas nos cargos relevantes, ainda que este grupo fosse majoritário nas FFAA da Guiné- Bissau. Conforme JAUARÁ, (2007):
O presidente Nino Vieira decidiu afastar a maioria de oficiais dessa etnia, enviando-os para a guarnição de fronteira e/ou para comporem as forças de paz solicitadas pelas Nações Unidas (ONU). Ao mesmo tempo, iniciou a política de rejuvenescimento do oficialato das forças armadas, promovendo jovens oficiais que tinham terminado a Academia Militar para oficias superiores no exterior. Muitos desses jovens eram, na ocasião, tenentes e foram promovidos para majores e tenentes-coronéis e, paralelamente, os antigos oficiais da época de libertação foram progressivamente perdendo comando; alguns ficaram nas forças sem funções específicas e boa parte dos antigos oficiais foi compulsoriamente para a reserva, sem remuneração condigna. Essas medidas eram mais cautelares do que a efetiva renovação do comando; visavam, principalmente, a inviabilizar qualquer articulação dos oficiais oriundos da luta de libertação contra o presidente Nino Vieira.