O Controle de Transporte de Resíduos, documento de emissão e porte obrigatório, também passa a ser gerado eletronicamente pelo sistema, possuindo tecnologias que permitem a rápida identificação dos locais onde essa atividade está ocorrendo, bem como a identificação dos transportadores, dos geradores de resíduos e dos locais de descarte (como aterros).