Em 1939, as crescentes tensões de nacionalismo, militarismo e questões territoriais levaram os alemães ao lançamento da Blitzkrieg («guerra relâmpago») em 1 de setembro contra a Polônia, seguido dois dias depois pelas declarações de guerra da Grã-Bretanha e da França, marcando o início da Segunda Guerra Mundial. A Alemanha rapidamente ganhou controle direto ou indireto da maioria da Europa.38
Em 22 de junho de 1941, Hitler quebrou o pacto com a União Soviética, abrindo a Frente Oriental e invadindo a União Soviética. Pouco tempo depois, o Japão atacou a base americana em Pearl Harbor, e a Alemanha declarou guerra aos Estados Unidos. Embora inicialmente o exército alemão tenha avançado de forma rápida sobre a União Soviética, a Batalha de Stalingrado marcou uma virada importante na guerra. Depois disso, o exército alemão começou a recuar a Frente Oriental. O Dia-D foi o marco de uma virada importante sobre a Frente Ocidental, quando as forças aliadas desembarcaram nas praias da Normandia e avançaram rapidamente sobre o território alemão. A derrota da Alemanha ocorreu em seguida. Em 8 de maio de 1945, as forças armadas alemãs se entregaram após o Exército Vermelho ocupar Berlim.38
No que mais tarde ficou conhecido como o Holocausto, o regime do Terceiro Reich elaborou políticas governamentais que subjugavam diretamente muitas partes da sociedade: judeus, comunistas, ciganos, homossexuais, mações, dissidentes políticos, padres, pregadores, adversários religiosos, deficientes, entre outros. Durante a era nazista, cerca de onze milhões de pessoas foram assassinadas, incluindo seis milhões de judeus e dois milhões de poloneses.50 51 52 A Segunda Guerra Mundial e o genocídio feito pelos nazistas foram responsáveis por cerca de 35 milhões de mortos na Europa.53
Ver artigos principais: História da Alemanha após 1945, Zonas ocupadas pelos Aliados na Alemanha, Reunificação da Alemanha e Milagre econômico alemão
Ocupação da Alemanha pelos Aliados em 1947, com os territórios a leste da linha Oder-Neisse sob administração polaca ou anexação soviética, além do protetorado de Sarre e a Berlim dividida. A RDA era formada pela Zona Soviética, enquanto a RFA era formada pelas zonas ocupadas pelos aliados ocidentais.
A guerra resultou na morte de quase dez milhões de soldados e civis alemães; grandes perdas territoriais, a expulsão de cerca de 15 milhões de alemães dos antigos territórios orientais e de outros países e a destruição de várias grandes cidades. O restante do território nacional e Berlim foram divididos com a ocupação militar dos Aliados em quatro zonas.54