A Secretaria Executiva de Gestão Estratégica e Participativa tem sob sua responsabilidade direta o planejamento, orçamento, as informações estratégicas da SES e política de Ciência e Tecnologia, além de coordenar as ações das 12 Gerências Regionais de Saúde (Geres). Criado em 2008, o órgão teve como missão coordenar ações que envolvessem as outras secretarias-executivas, dando maior coesão e integração aos projetos considerados prioritários pelo secretário estadual de saúde.
A secretaria executiva é composta das diretorias gerais de Planejamento, Informações Estratégicas, Gestão Regional e Ciência e Tecnologia.