Outra notícia que chamou atenção para o programa foi a divulgação de uma série de irregularidades encontradas após uma recente auditoria da Controladoria-Geral da União (CGU)e falhas no Programa Mais Médicos, mais especificamente na execução dos contratos por parte da Organização Pan-Americana de Saúde (Opas). Entre os principais problemas relatados pelo trabalho está a falta de transparência e de comprovação do uso dos recursos repassados pelo Ministério da Saúde. Análises de contratos que estavam em vigor entre setembro de 2013 e março de 2016 mostram que, dos R$ 4,1 bilhões repassados para a Opas como adiantamento, R$ 316 milhões não foram usados no período determinado.
Análises mostraram ainda um descompasso entre os valores de passagens pagos pela Opas e pelo Ministério da Saúde. Uma comparação mostrou que, em trechos semelhantes e nos mesmos períodos, passagens declaradas pela organização para voos nacionais custaram R$ 34,8 milhões a mais do que voos declarados pelo Ministério da Saúde. A diferença entre passagens internacionais foi ainda maior: R$ 44,8 milhões a mais. As passagens são compradas para deslocamento de profissionais do Mais Médicos.