Mudanças entre as edições de "Motility-Induced Phase Separation(MIPS)" - Física Computacional
Mudanças entre as edições de "Motility-Induced Phase Separation(MIPS)"
Edição das 19h21min de 28 de novembro de 2021 (ver código-fonte)
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Edição das 19h27min de 28 de novembro de 2021 (ver código-fonte)
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===Modelo no Discreto===
Mostrar e explicar(ou falar por cima) da abordagem de campo discreto
Como já foi dito antes, no modelo discreto é utilizado uma rede bidimensional hexagonal com número de ocupação máximo <math> M </math> para cada sítio da rede.
==Implementação==
Edição das 19h27min de 28 de novembro de 2021
Grupo: Bernardo Boatini e Murilo Kessler Azambuja
2.1 Modelo no Continuo
2.2 Modelo no Discreto
3.1 Algoritmo
3.2 Redes Hexagonais
3.3 Sub-Box Sampling Method
3.4 Medida 1
3.5 Medida 2
5 Referência
A matéria ativa é um tipo de sistema fora do equilíbrio termodinâmico, onde cada "partícula" ou "agente" do sistema tem a capacidade dissipar energia na forma de forças mecânicas exercidas sobre o ambiente no qual está imerso. Esses sistemas muitas vezes podem exibir vários fenômenos novos, como movimentos coletivos quando exige-se um alinhamento das partículas (Como bio-polímeros que se auto organizam, tipo os microtúbulos que são parte do citoesqueleto celular, ou cardumes de peixe, por exemplo), ou os chamados MIPS (Motility-Induced Phase Separation) que são sistemas que apresentam uma mudança de fase física devido à interações que proíbem a ocupação simultânea de um volume do espaço por duas partículas simultâneas. Nestes sistemas, os agentes possuem a capacidede de auto-propulsão, de forma que a condição de balnço detalhado é quebrada no nível microscópico, uma vez que as partículas possuem uma direção preferencial de movimento.Estes tipos de sistema muitas vezes podem ser tratados a partir de uma abordagem hidrodinâmica, na qual são chamados de fluidos ativos, e divergem do comportamento usual de fluidos compostos de matéria usual inativa, os quais são descritos pela equação de Navier-Stokes.
Apesar desses sistemas fundamentalmente quebrarem a condição do balanço detalhado, ainda não é claro se o comportamento estatístico universal de sistemas de fluidos ativos necessariamente divergem daqueles de de sistemas em equilíbrio. A investigação de comportamentos universais nestes tipos de sistema, além de ser um interece central na física, também pode nos permitir utilizar conhecimentos já bem conhecidos (como a transição de fase em sistemas de matéria em equilíbrio termodinâmico) para descrever sistemas novos. Neste trabalho foi reproduzido o artigo (COLOCAR A REFERÊNCIA) onde foi investigada o comportamento crítico de um sistema com MIPS e se viu que este tipo de sistema pertence à classe de universalidade de sistemas em equilíbrio como o modelo de Ising para spin. Para tal, foi utilizada três abordagens diferentes: um modelo hidrodinâmico, uma descrição baseada em teoria de campos e a simulação de um modelo de rede hexagonal.
O sistema geral que estamos interessados em descrever é constituído de um conjunto de partículas em um meio com friccção, i.e, em um sistema sem conservação de momentum e com interações que não permitem a ocupação simultânea de duas partículas em um mesmo sítio (FIG. 1).
FIGURA 1: Imagem retirada de (COLOCAR A REFERÊNCIA). Em (a) vemos a difusão devido à rotação da direção de movimento preferencial da partícula, em (b) temos o "movimento balístico" (seta verde) e a difusão devido à translação da partícula (setas azuis) e, em (c), vemos a interação entre partículas em sítios vizinhos, impedindo a ocupação simultânea do mesmo sítio por duas partículas.
Uma forma de modelar este sistema é considerá-lo um fluido ativo polar e compressível sem interações de alinhamento entre partículas, de forma que não se espera observar movimentos coletivos. Tal sistema é descrito de forma contínua pela chamada equação de Toner-Tu.
De um ponto de vista microscópico, podemos usar uma formulação discreta baseada na teoria de campos. Neste caso, consideramos uma rede hexagonal bidimensional, com o numero de ocupação de cada sítio da rede restringido por uma constante (futuramente diremos que , de forma que apenas uma partícula pode ocupar cada sítio).
Modelo no Continuo
As equações de Tuner-Tu são dadas por (COLOCAR REFERÊNCIA)
Onde é o campo de densidade de massa e é o campo de densidade de momentum. A equação (1a) diz respeito à conservação de massa do sistema como um todo. A equação (1b) se assemelha muito à equação de Navier-Stokes, assim podemos ver que o primeiro termo da equação caracteriza a compressibilidade do fluido, o segundo termo representa uma difusão do campo de momentum (o sinal negativo indica que o campo de momentum diminui com o passar do tempo), o terceiro termo representa a viscosidade do fluido e é um ruído Gaussiano com estatísticas espaço-temporais dadas por
onde é a intensidade do ruído.
Modelo no Discreto
Como já foi dito antes, no modelo discreto é utilizado uma rede bidimensional hexagonal com número de ocupação máximo para cada sítio da rede.
Nessa secção serão colocados alguns detalhes da implementação da rede, das medidas e da dinâmica de Monte Carlo.
A dinâmica de Monte Carlo foi implementada de forma que a cada MCS, N partículas do sistema são selecionadas aleatoriamente:
- Primeiramente a partícula decide se vai mudar seu sentido( ) sorteando um valor através de uma distribuição gaussiana centrada em 0, com variância igula a intencidade do ruído ;
- A nova direção é dada por ;
- Depois disso a partícula tem probabilidade de andar para o sitio vizinho naquela direção(se ele estiver vazio);
- Caso a partícula não decida andar naquela direção, ela se desloca na direção de outro sitio vizinho(se ele estiver vazio) sorteado aleatoriamente(emulando o comportamento difusivo).
Redes Hexagonais
Em modelos do tipo LGCA(Lattice Gas Celular Automata) o tipo de rede, bem como as topologias usadas, podem ser determinantes para as medidas e caracterizações do estado macroscópico. A simetria hexagonal se mostra uma boa alternativa para aumentar os graus de liberdade de uma partícula numa rede, quando comparada com a simetria quadrada. Na geometria hexagonal, assim como na quadrada, todos os sítios vizinhos possuem uma mesma distancia entre si só que com 6 graus de liberdade ao invés de quatro.
Existem duas topologias possíveis em uma rede hexagonal: "zigzag" e "armchair"(COLOCAR REFERÊNCIA), e a diferença das duas está principalmente na implementação das condições de contorno periódicas. No caso da topologia em "zigzag"(Fig1.a), o espaço é representado em um paralelogramo, e existem 4 sentidos em que cruzando uma parede a partícula fecha sua trajetória sem ter que cruzar nova mente outra parede do sistema. Na topologia "armchair"(Fig1.b) por outro lado só existem 2 sentidos em que isso acontece.
Sub-Box Sampling Method
Explicar o método das sub caixas
Explicar a medida 1
Explicar a medida 2
Mostrar e explicar os Resultados
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