Assassin’s Creed III: Liberation coloca o jogador como alguém que está jogando um videogame baseado na história de Aveline, uma assassina que viveu em Nova Orleans durante o século XVIII. Na narrativa dentro de Liberation, o jogo foi lançado com muitas partes censuradas pela Abstergo, que modificou a narrativa para esconder a guerra entre Assassinos e Templários e colocar os personagens com ligação templária como os heróis da história. Mas, enquanto vai avançando na história, o jogador recebe mensagens de um grupo hacker chamado Erudito, que o ajuda a quebrar as barreiras impostas pela Abstergo e conhecer a verdadeira história de Aveline.
Em Assassin’s Creed IV: Black Flag, a Abstergo criou um novo tipo de Animus. Com tecnologia de nuvem, ele consegue acessar as memórias genéticas de qualquer DNA armazenado nos bancos de dados da empresa.
Nesse jogo somos uma espécie de beta tester que trabalha para a Abstergo, que tem como função utilizar o novo Animus para continuar investigando as memórias genéticas dos antepassados de Desmond, dessa vez com foco em Haytham Kenway, um pirata inglês que é avô de Connor, protagonista de Assassin’s Creed III. Enquanto seus superiores na Abstergo dizem que a pesquisa sobre a história de Edward é para coletar informações para o roteiro de um filme, o objetivo real é muito mais sinistro: a empresa quer informações sobre o local onde está escondido o Observatório, um dispositivo da Primeira Civilização que consegue monitorar qualquer pessoa em qualquer lugar do mundo a partir de uma amostra do sangue dela. O único modo de encontrar esse lugar é com a ajuda do Sábio, uma entidade imortal que assume forma humana para servir os interesses da Primeira Civilização.
Enquanto descobre novas informações sobre o Observatório, o jogador é convencido por John, gerente de TI da Abstergo Entertainment, a hackear os computadores da empresa e repassar as informações encontrada para Shaun e Rebecca, que estão infiltrados na empresa. Quando a Abstergo descobre que foi hackeada, todo o prédio onde eles estão é fechado, entrando em quarentena até que se descubra quem efetuou o roubo de arquivos. Enquanto o prédio está fechado, John consegue a liberação para que o jogador acesse o servidor do prédio. Ao hackeá-lo, somos surpreendidos pela aparição de Juno, que se materializa como um holograma para conversar com a personagem.
Juno revela que ainda que tenha conseguido escapar de sua prisão no templo, o mundo ainda não está pronto para ela, obrigando-a a existir apenas nessa forma incorpórea, sem poder afetar o mundo ou mesmo possuir o corpo do jogador, que era o plano dela desde o começo. John, então, chega na sala e revela ser a forma atual do Sábio, e tenta matar o jogador por ele ter descoberto os planos de reviver Juno, mas acaba morto pela equipe de segurança da Abstergo antes de conseguir completar o serviço. Ao ser morto, John é implicado como o responsável pelas invasões no sistema, deixando o jogador livre para continuar trabalhando junto com os Assassinos.
A história continua em Assassin’s Creed Rogue, onde o jogador segue tentando descobrir mais informações sobre os Templários pesquisando a história de Shay Cormac, um ex-membro dos Assassinos que virou a casaca e se tornou um Templário.