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A UNIVERSIDADE ESTADUAL DE SANTA CRUZ teve sua origem nas escolas isoladas criadas no eixo Ilhéus/Itabuna, na década de 60. Em 1972, resultante da iniciativa das lideranças regionais e da Comissão Executiva do Plano da Lavoura Cacaueira (CEPLAC), as escolas isoladas (Faculdade de Direito de Ilhéus, Faculdade de Filosofia de Itabuna, e Faculdade de Ciências Econômicas de Itabuna) congregaram-se, formando a Federação das Escolas Superiores de Ilhéus e Itabuna - FESPI. Reunidas em Campus, na Rodovia Ilhéus/Itabuna, no município de Ilhéus, pelo Parecer CFE 163/74, os estabelecimentos de ensino foram ganhando maturidade e competência, criando as condições para pleitear o "status" de Universidade. Mantida, entretanto, por uma fundação de natureza privada, o acesso a seus cursos tornava-se particularmente difícil, considerada à realidade regional. Assim, a Federação reorientou-se no sentido de tornar-se uma fundação pública.
Em 1991, depois de muitas lutas, esse grande anseio tornou-se realidade, estadualizando-se a Federação. Em 05 de dezembro de 1991, o então Governador do Estado incorporou a FESPI, escola particular, ao quadro das escolas públicas de 3º grau da Bahia, pela Lei 6.344 de 06/12/91.
Em 1995, a UESC teve seu Quadro de Pessoal aprovado pela Lei nº 6.898, de 18 de agosto de 1995, publicada no Diário Oficial do Estado dos dias 19-20 seguintes, ficando reorganizada sob a forma de Autarquia. Emerge, portanto, UESC, como a mais nova IES, das quatro mantidas pelo Governo da Bahia, fortemente vinculada à sua região, e caminha rapidamente para ocupar a liderança regional.
Pelo fato de estar situada numa região de agropecuária, gradativamente esta Universidade vem se estruturando para afirmar seu papel agro-ecológico, daí dar especial ênfase ao Curso de Agronomia, bem como implementar ações extensionais nessa área. Para tal, volta-se essencialmente para programas de preservação da Mata Atlântica, cuja fauna e flora oferece rico material de pesquisa. Aqui se encontram ainda espécimes raras, a exemplo do Mico Leão da Cara Dourada, em extinção em todo o Brasil.
Em razão, ainda, de possuir em seu patrimônio três fazendas, que funcionam como estações experimentais, essa vocação agrícola se reforça e se impõe.
No momento, a Universidade Estadual de Santa Cruz investe maciçamente no processo de informatização acadêmica, na melhoria do seu acervo bibliográfico e aprofunda e deflagra um bom número de projetos de pesquisa e atividades extensionais.
Na área extensional, a UESC parte para o importante desafio de atender às demandas da comunidade regional, especialmente neste momento de aguda crise econômica e social, conseqüente das dificuldades sofridas pela monocultura cacaueira. A instituição tem procurado criar programas interativos com empresários, produtores rurais, associações civis, num esforço conjunto para a busca de novas alternativas para o desenvolvimento regional e para solução de problemas vitais para a comunidade, a exemplo do trabalho que ora lidera no sentido da recuperação da bacia hidrográfica formada pelos rios Cachoeira, Colônia e Salgado, em torno dos quais vive uma população de cerca de 500 mil habitantes.
No campo essencialmente cultural, participa de programas e projetos de atualização do magistério de 1º e 2º graus, com a criação do comitê regional, em convênio com a Fundação Biblioteca Nacional, do PROLER. Esse importante programa de porte nacional congrega representantes de toda a área geográfico-cultural influenciada pela UESC.