No futebol feminino, a Universidade Paulista sempre se destaca nas competições que disputa, do calendário estadual ou nacional.
Além dos títulos conquistados no Campeonato Paulista Universitário e no País, o Futebol de Campo Feminino da UNIP conquistou medalha de prata na FISU University World Cup Football, o que tornou a Universidade a primeira instituição de ensino superior a representar o Brasil em uma competição internacional da modalidade.
A equipe constantemente figura entre as melhores nas competições do esporte universitário brasileiro, tendo sido vice-campeã nacional em 2018 e campeã brasileira em Caruaru (PE) em 2019.
Já no âmbito internacional, foi campeã no FISU Pan-American Games em 2018, evento que contou com a participação de equipes do Paraguai, da Colômbia, Argentina, Costa Rica, dos EUA, do Uruguai e Chile. Em 2019, na cidade de Jinjiang, China, foi vice-campeã mundial no FISU University World Cup Football, o mundial da categoria.
O futebol feminino foi umas das primeiras modalidades a ter parcerias no esporte de alto rendimento. Em 2008, foi firmada a primeira parceria, com o São Bernardo F.C. Em 2009, a parceria foi com a equipe do Sport Club Corinthians Paulista, juntamente com o município de São Caetano do Sul. Em 2010, foi firmada parceria com a equipe do A.D. São Caetano.
Após 2010, a modalidade ficou alguns anos sem parceira formal, até que, em 2013, novamente foi firmada parceria com o município de São Caetano do Sul, e depois, em 2017 e 2018, com o Grêmio Osasco Audax.
Durante esses anos de parceria, o Futebol de Campo Feminino da Universidade Paulista conseguiu alguns títulos, como o dos Jogos Abertos de 2009, após derrotar a fortíssima equipe do Santos F.C. Nesse mesmo ano, ficou entre as quatro melhores equipes do estado de São Paulo.
Com as parcerias, também foi vice-campeão da Liga Nacional de Futebol – LINAF; campeão da Copa Futebol Mulher; e campeão do Torneio de Futebol Feminino realizado em Jaguariúna (SP), competição essa que reuniu algumas das principais equipes do estado. Com o Grêmio Osasco Audax, iniciou a trajetória nacional, participando da elite do campeonato brasileiro da categoria.
Como grande comandante dessa modalidade, temos o técnico Maurício Salgado "Bari", que, além de conduzir a equipe da Universidade Paulista em todos os títulos e parcerias, também é técnico da Seleção Brasileira Universitária de Futebol Feminino, bicampeã da Universíade (2017 – Taipei, Taiwan; e 2005 – Izmir/Turquia), principal competição universitária do mundo.
Como atletas destaques, temos Juliana Cabral e Andreia Suntaque (medalhistas de prata nos Jogos Olímpicos Atenas 2004), além de Adriana Nascimento, Stephanie Gomes "Bebel", Adriana Costa "Tiga", Carina Gomes Fernandes "Cacau" e Giovanna Campiolo (atleta do Sport Club Corinthians Paulista, campeã paulista, brasileira e da Libertadores de 2019, Campiolo fez parte do time universitário que conquistou o vice-campeonato mundial na China em 2019).