A missão institucional do fundo abrange proteger o investidor até os limites estabelecidos em regulamento e contribuir tanto para a manutenção da estabilidade financeira quanto para a prevenção de crise bancária sistêmica no âmbito do Sistema Financeiro Nacional.
O FGC protege aplicações como as em CDB (Certificados de Depósitos Bancários), LCI (Letras de Crédito Imobiliário), Letras de Crédito Agrícola (LCA), Letras de Câmbio (LC) e Poupança.