O Ensino Médio do Instituto Sagrada Família consolida a formação acadêmica e humana do Ensino Fundamental, desenvolvendo novas habilidades e competências, possibilitando o prosseguimento de estudos e condições de acesso às principais instituições de ensino superior.
Com uma carga horária de 35 aulas semanais no período da manhã, a proposta pedagógica é desenvolvida através de abordagens e tecnologias inovadoras que são utilizadas por professores capacitados e empenhados no aperfeiçoamento de suas práticas educativas.
Além da carga horária diferenciada do período da manhã, os alunos aprofundam os conceitos durante as aulas no Projeto Alumnus (Aprendiz do Conhecimento), que oferece subsídios para um melhor aproveitamento nas provas do ENEM e em vestibulares concorridos, com aulas de Matemática, Física, Química, Produção de Texto, Gramática e Literatura, com oito aulas semanais, em duas tardes.
Nos últimos anos, uma tendência à pesquisa científica e acadêmica tem se feito presente nas escolas e a proposta de uma pesquisa orientada e dirigida aos alunos do Ensino Médio do Instituto Sagrada Família vem ao encontro da tendência pedagógica atual. Este é outro diferencial do curso: o Projeto "Artigos de Pesquisa" desenvolvidos pelos alunos da 1ª e 2ª séries do E.M.
Para auxiliar aos alunos na escolha profissional, durante os três anos são realizadas palestras com profissionais, visitas às universidades particulares e públicas, participação em eventos de orientação profissional.
Para treinar suas habilidades e com o objetivo de habituá-los as provas do ENEM e dos vestibulares são realizados simulados para os alunos das três séries, de forma a fecharem este ciclo preparados para enfrentarem uma nova fase de aprendizagem.