O CAD é responsável pela definição de políticas administrativas, financeiras e de pessoal. Compõem o CAD: o reitor (presidente); vice-reitor; diretores dos campi universitários; pró-reitor de administração e finanças; pró-reitor de recursos humanos; pró-reitor de planejamento e avaliação institucional; além de representante dos alunos, dos servidores técnico-administrativos e dos docentes.
No que se refere à instância executiva superior, esta é formada pela Reitoria, cabendo-lhe implementar as decisões emanadas dos órgãos deliberativos superiores. A administração da Reitoria fica localizada no município de Jacarezinho - Paraná, e está estruturada em gabinete, pró-reitorias, assessorias e estruturas administrativas de suporte, que são responsáveis pela execução das ações estabelecidas pelos colegiados deliberativos e pelo reitor.
O Conselho de Administração – CAD –, colegiado consultivo e deliberativo em matérias de caráter administrativo e financeiro, tem a seguinte constituição:

Além de Kassio Marques, nome escolhido por Bolsonaro para o STF, o ex-ministro da educação Carlos Decottelli, o governador Wilson Witzel
Indicado pelo presidente Jair Bolsonaro para o Supremo Tribunal Federal (STF), o desembargador Kassio Nunes listou em seu currículo no Tribunal Regional Federal da 1ª Região (TRF-1) que fez pós-doutorado em Direito Constitucional pela Universidade de Messina, na Itália, e pós-graduação na Universidade de La Coruña, na Espanha.
Procuradas pelo GLOBO, as instituições informaram que o curso italiano se tratou de uma especialização, equivalente a um ciclo de seminários, e o espanhol foi apenas um curso de extensão. Em um documento de 11 páginas, que inclui uma foto em frente a Universidade de Messina, na Itália, o desembargador Kassio Nunes tentou justificar as divergências existentes em seu currículo e afirmou que "além da formação em direito, não há requisitos mínimos acadêmicos para a posição de desembargador federal ou para a indicação e nomeação de ministro do STF".