Não faltaram questionamentos e argumentações contrárias, antes que se chegasse à ratificação do Acordo na Câmara. No contexto pluralista do Brasil atual, isso é bem compreensível, pois a matéria, de certa forma, era nova na opinião pública; a ocasião foi boa até mesmo para uma reflexão, a busca de esclarecimentos e a superação de eventuais preconceitos.
Argumentou-se com veemência, por exemplo, que o Acordo feria a Constituição, enquanto houve todo o cuidado em respeitar a Lei Maior e a restante legislação brasileira. Tentou-se negar a legitimidade do Acordo, com a alegação de que o Brasil é um Estado laico; no entanto, acordos dessa natureza partem, justamente, da aceitação da laicidade do Estado e confirmam esse princípio; por essa razão é que a Santa Sé busca formas "concordadas" de relacionamento da Igreja com Estados não religiosos e sem religião oficial.
Houve também conclusões equivocadas de que a Igreja Católica voltaria a ser a religião oficial no Brasil, que ela imporia seu ensino religioso a todos os alunos das escolas públicas e pretendia a isenção das leis trabalhistas. Tudo infundado, era só ler com isenção os termos do Acordo.
Houve ainda alertas e até acusações de que a Igreja Católica buscava privilégios, discriminando outros grupos religiosos. Também isso é inconsistente, pois o mesmo direito de pleitear instrumentos jurídicos concordados com o Estado estava igualmente assegurado aos demais grupos religiosos, bastando que se organizassem. E seria bom assim; nada melhor, no Estado laico, do que a clareza nas relações da religião com a sociedade.