O Vaticano o suspendeu ad divinis, por sua adesão à Teologia da Libertação e por negar-se a renunciar a seu cargo de ministro, e quando João Paulo II visitou a Nicarágua em 1983, se fez célebre a fotografia do momento em que, com o dedo levantado repreende Ernesto, o qual se encontra de joelhos com sua boina basca na mão.
O Papa Francisco lhe fez chegar em fevereiro de 2019 uma carta na qual anulava essas sanções e restabelecia sua condição sacerdotal. Em sua cama do hospital em Managua o Núncio Apostólico lhe impôs a estola e ambos celebraramuma missa de glória.
Sua escrita deu um giro trascendental com o Cántico Cósmico, de 1989. Sua comunicação mística com a divindade se converte numa relação de pleno erotismo, a alma que se acopla com seu criador no mais exaltado dos gozos, tal como na poesia de São Juan de la Cruz e Santa Teresa.