@fredcsn Olha, se você conseguiu rodar em GPT então não é isso que virá a dar problema (vejo que me confundi na informação que te passei, não é que GPT é suportado apenas pelo Windows, é que no Windows, apenas as versões de 64 bits aceitam esse tipo de partição).
É mais provável você ter problemas com o Windows do que com o Recalbox, pois o Windows que é mais "travado" em termos de relacionamento com outros Sistemas operacionais. Um dos problemas que já vi em rodar Linux e Windows em dual boot é a hora do Windows ficar errada após usar o Linux.