Jefferson resolveu "contar o que sabia", como explicou, depois de ser apontado como um "avalista" de um esquema de corrupção nos Correios --uma gravação de um funcionário da entidade negociando propina e que citava Jefferson já havia desencadeado a CPI dos Correios, que investigaria as denúncias de corrupção nas estatais. No entanto, nas semanas seguintes da denúncia Folha, outros testemunhos começaram a trazer à tona elementos que sustentaram em parte o depoimento do deputado.
Os integrantes da CPI dos Correios tentaram mudar o foco da investigação para o mensalão, mas acabou-se por criar outra CPI. Apesar disso, os possíveis fornecedores do pagamento mensal a parlamentares da base aliada pelo governo se tornou o foco dos trabalhos do primeiro grupo, o que chegou até a ocasionar depoimentos duplicados nas comissões.
Segundo Jefferson, o dinheiro do "mensalão" vinha de estatais e empresas privadas e chegava a Brasília "em malas" para ser distribuído em ação comandada pelo tesoureiro do PT, com a ajuda de "operadores" como o publicitário Marcos Valério Fernandes de Souza e o líder do PP na Câmara, José Janene (PR). Para apurar as denúncias, os parlamentares criaram a CPI do Mensalão.
Uma das peças-chave das denúncias foi Fernanda Karina Somaggio, ex-secretária do publicitário, que confirmou em entrevista à revista "IstoÉ Dinheiro" o envolvimento do ex-chefe no suposto esquema de mesada.
Marcos Valério Fernandes de Souza era sócio das agências SMPB e DNA. Seu patrimônio cresceu 76% no primeiro ano do governo Lula, sendo que o governo federal era um de seus maiores clientes. Ao todo, os contratos que suas agências fizeram no governo Lula chegam a R$ 507,7 milhões. Além de ser pivô do esquema que depois ficou conhecido como "valerioduto", Marcos Valério era investigado pela polícia de Minas Gerais por comprar notas frias, trocadas justamente entre a SMPB e a DNA.
O principal "interlocutor" de Marcos Valério no esquema das mesadas, segundo apurou a CPI e apontou Karina Somaggio, era Delúbio Soares, então tesoureiro do PT. Ele negou as acusações, mas saiu da cena política e se afastou da cúpula do PT depois que surgiram provas de que uma agência do Banco Rural de Belo Horizonte, que tem relações com Marcos Valério, havia e emprestado ao PT, em 2003, cerca de R$ 3,6 milhões --isso mesmo o partido tendo patrimônio líquido negativo de R$ 4,1 milhões. Os documentos do empréstimo eram assinados por Delúbio.
Assim, aos poucos, dezenas de pessoas foram convocadas para depor, entre elas o deputado João Paulo Cunha (PT), a deputada licenciada Raquel Teixeira (PSDB-GO), o deputado Miro Teixeira (PT-RJ), o publicitário Duda Mendonça, o então ministro José Dirceu e o presidente do PT na época, José Genoino. Acusado por Jefferson de ser o "mentor" do mensalão, Dirceu, mesmo negando as acusações, renunciou ao cargo de Ministro da Casa Civil no dia 16 de junho.