A terceira crise envolveu um conflito com a Confederação Argentina relacionado a ascendência sobre os territórios ao redor do Rio da Prata e da livre navegação de seus afluentes. Desde a década de 1830 que o ditador argentino Dom Juan Manuel de Rosas apoiava rebeliões dentro do Uruguai e do Brasil. Somente em 1850 que foi possível ao Brasil reagir a ameaça que representava Rosas. Uma aliança foi forjada entre o Brasil, Uruguai e províncias rebeldes argentinas, levando a Guerra do Prata e a consequente queda do governante argentino em fevereiro de 1852. Nas palavras do historiador Roderick J. Barman, " uma porção considerável do crédito deve ser... assinalado ao Imperador, cuja cabeça fria, tenacidade em seu propósito, e um senso do que era possível se revelaram indispensáveis".
O sucesso do Império em sua atuação nas três crises aumentou consideravelmente a estabilidade e prestígio da nação, e o Brasil emergiu como um poder no hemisfério. Internacionalmente, os europeus começaram a enxergar o país como personificador de ideais liberais familiares, como liberdade de imprensa e respeito constitucional a liberdades civis. Sua monarquia parlamentarista representativa se firmava em grave contraste a mistura de ditaduras e instabilidade endêmica as demais nações da América do Sul durante este período.
No início da década de 1850, o Brasil gozava de estabilidade interna e de prosperidade econômica. A nação estava sendo ligada de um ponto a outro através de linhas férreas, telegráficas e de navios a vapor, unindo-a em uma única entidade. Na opinião pública em geral, tanto doméstica quanto externa, esses feitos eram possíveis devido a duas razões: "ao seu governo como uma monarquia e pela personalidade de Dom Pedro II".
Dom Pedro II não era nem uma figura ornamental como os monarcas da Grã-Bretanha e nem um autocrata à maneira dos czares russos. O Imperador exercia poder através da cooperação com políticos eleitos, interesses econômicos e apoio popular. Esta interdependência e interação fizeram muito para influenciar a direção do reinado de Dom Pedro II. Os mais notáveis sucessos políticos do Imperador foram alcançados devido a maneira cooperativa e de não-confrontação no qual ele agia quanto a interdependência e interação com interesses diversos e com as figuras partidárias nos quais ele tinha que lidar. Ele era impressionantemente tolerante, raramente se ofendendo com críticas, oposição, ou mesmo incompetência. Ele era cuidadoso em nomear somente candidatos altamente qualificados para posições no governo, e buscava coibir a corrupção. Ele não tinha autoridade constitucional para forçar a aceitação as suas iniciativas sem o devido apoio, e sua maneira colaboradora quanto a governar manteve a nação progredindo e permitiu ao sistema político funcionar com sucesso.
As incertezas de sua infância e a exploração sofrida nas mãos de outros durante a sua juventude fizeram com que o Imperador se determinasse a manter um controle sobre seu próprio destino. Em sua visão, para atingir a auto-determinação seria necessário obter poder necessário e mantê-lo. Ele usava sua ativa e essencial participação no direcionamento do governo como meios de influência. Sua direção se tornou indispensável, apesar de que nunca resultou em um "governo de um homem só". O Imperador respeitava as prerrogativas da legislatura mesmo quando os políticos resistiam, postergavam ou frustravam seus objetivos e nominações.
O sistema político nacional brasileiro assemelhava-se ao de outras nações parlamentaristas. O Imperador, como Chefe de Estado, pediria a um membro do Partido Conservador ou do Partido Liberal para formar um gabinete. O outro partido formaria a oposição na legislatura, como contrapeso ao novo governo. "Em seu manejo dos dois partidos, ele tinha que manter uma reputação de imparcialidade, trabalhar de acordo com a vontade popular, e evitar qualquer imposição flagrante de sua vontade na cena política".
A presença ativa de Dom Pedro II na cena política era parte importante da estrutura do governo, que também incluía o gabinete de ministros, a Câmara dos Deputados e o Senado (os últimos dois formavam a Assembléia Geral ou Parlamento). A maior parte dos políticos apreciavam e apoiavam o papel do Imperador. Muitos haviam vivido durante o período regencial, quando a falta de um monarca que poderia manter-se acima de interesses mesquinhos e próprios levou a anos de luta entre facções políticas. Suas experiências com a vida pública criaram neles a convicção de que o Imperador era "indispensável para paz e prosperidade permanente do Brasil".
O casamento de Dom Pedro II e Teresa Cristina começou mal. Com maturidade, paciência, e o nascimento de seu primeiro filho, Afonso, o relacionamento melhorou. Mais tarde Teresa Cristina teve outros três filhos: Isabel (1846), Leopoldina (1847) e por último, Pedro (1848). Contudo, Afonso e Pedro morreram na infância, o que devastou o Imperador. Além de sofrer como pai, sua visão do futuro do Império mudou completamente. Apesar de sua afeição por suas filhas, ele não acreditava que a Princesa Isabel, apesar de sua herdeira, teria qualquer chance real de prosperar no trono. Ele acreditava que o seu sucessor precisava ser um homem para que a monarquia fosse viável. Ele passou cada vez mais a enxergar o sistema imperial como inexoravelmente preso a si, que não sobreviveria a sua morte. Isabel e sua irmã receberam uma educação excepcional, apesar de não terem sido preparadas para governar sobre a nação. Dom Pedro II excluía deliberadamente Isabel da participação nos negócios e decisões de governo.
Por volta de 1850, Dom Pedro II começou a ter casos discretos com outras mulheres. A mais famosa e duradoura dessas relações envolveu Luísa Margarida de Barros Portugal, Condessa de Barral, com quem ele formou uma relação de amizade romântica e íntima, mas não adúltera, depois que a nomeou aia de suas filhas em novembro de 1856.
Por toda a sua vida, o Imperador manteve a esperança de encontrar a sua alma gêmea, algo que ele sentia ter sido roubado de si ao ser obrigado a casar por razões de Estado com uma mulher pelo qual ele nunca teve paixão. Isto é apenas um dos exemplos que ilustram a dupla personalidade do Imperador: uma que era Dom Pedro II, que levava com afinco o seu dever no papel de Imperador que o destino havia lhe imposto, e outra que era Pedro de Alcântara, que considerava o cargo imperial um fardo ingrato e que estava mais feliz nos mundos da literatura e da ciência.