A tecnologia Flex é coordenada por um ECM (Engine Control Module) exclusivo, interligado a sensores que monitoram o desempenho do motor e transmitem informações sobre a mistura que está sendo utilizada. De acordo com os dados fornecidos por estes sensores, o ECM escolhe o melhor programa de funcionamento, conforme proporção de gasolina/etanol no tanque.
O sensor de oxigênio, localizado logo na saída do motor é o principal responsável pelo perfeito funcionamento do sistema bicombustível. Ele faz a leitura dos gases queimados e passa a informação ao ECM. Com base no mapa de funcionamento escolhido, o ECM transmite as informações ao bico injetor, que fornecerá a quantidade adequada de combustível para a queima, levando-se em conta a mistura que está sendo utilizada, e assim acertará o ponto de ignição.
Para receber a tecnologia, algumas alterações técnicas foram necessárias. O bocal injetor exclusivo permite maior vazão, enquanto o filtro de combustível secundário possui maior capacidade de retenção de sujeiras e evita o entupimento precoce da bomba. O gerador foi adequado para atender ao maior esforço provocado pela partida a frio. O tratamento interno do tanque e o potenciômetro do marcador de combustível foram alterados para funcionamento com álcool. Por fim, a bomba de combustível ganhou tratamento interno para suportar o uso do álcool.
Além de toda a tecnologia aplicada, os modelos CB 300R e XRE 300 atendem aos rigorosos padrões estabelecidos pelo Promot (Programa de Controle da Poluição do Ar por Motociclos e Veículos Similares), apresentando níveis de emissões expressivamente mais baixos que os estipulados pela legislação, conforme a tabela abaixo:

O piloto da Yamaha registou no GP do Japão, em Motegi, o quarto abandono da época. Na primeira metade da corrida e numa fase em que rodava no segundo posto, Rossi sofreu uma queda que colocou um ponto final na sua prova e consequentemente na luta pelo título. O piloto italiano ainda trouxe a danificada M1 até à boxe, onde foi consumada a desistência, o mesmo desfecho que o seu companheiro de equipa, Jorge Lorenzo, também teve.