Não recomendo que essas alterações sejam feitas em servidores, pois nesse caso é preciso ter alguém com experiência para efetuar os procedimentos e cada pequeno erro deve ser analisado e resolvido para evitar que o servidor deixe serviços indisponíveis, ainda que por períodos breves.
No caso de computadores pessoais ou de escritórios, onde o usuário muitas vezes tem pouco conhecimento sobre o sistema, ou ainda que tenha conhecimento não deseja se preocupar a cada pequena falha de pacotes, que em geral não muda em nada o uso do sistema, acredito que a abordagem a seguir é a melhor solução. No momento a instalação da distribuição que estou utilizando possui 3450 pacotes instalados, de tal forma é bastante improvável que durante uma atualização de tantos pacotes alguns não apresentem erros em seus arquivos de pós-instalação.