Hildebrando se aposentou do Pasteur em 1996 e voltou definitivamente ao Brasil. Passou no concurso para professor titular de Parasitologia da USP em 1997. Também tornou-se diretor do Instituto de Pesquisa em Patologias Tropicais de Rondônia (Ipepatro), ligado à Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz) em Porto Velho.
Ele morreu de falência múltipla dos órgãos após ser internado no começo do mês com pneumonia no Instituto do Coração (Incor), em São Paulo; era casado e tinha cinco filhos.
No seu livro de 1990, ele escreveu sobre a velhice: "Desenhando em meu rosto rugas cada vez mais profundas. Soprando em meus olhos a névoa que me obriga a usar em meus óculos lentes cada vez mais espessas. Eu a vejo bem, com o seu olhar indiferente, fazendo sem se apressar o inventário que lhe encomendou sua irmã, a Morte".