A Igreja sempre se apoiou nos missionários para sua expansão no decorrer dos séculos. Primeiro foram os apóstolos que se espalharam pelo mundo após a ressurreição de Jesus.
Durante o período do descobrimento, entre os séculos XV e XVI, o cristianismo encontrou nos missionários da Companhia de Jesus, os jesuítas, a forma de iniciar a evangelização nas Américas e no Oriente: Índia, Japão e China.
Tarefa que se revelou nada fácil, por causa do orgulho e da ambição que Xavier tinha, projetadas em si por sua família. Loyola, enfim, convenceu-o com uma frase que lhe tocou a alma: "De que vale a um homem ganhar o mundo inteiro se perder sua alma?" (Mc 8, 36). Francisco tomou-a como lema e nunca mais a abandonou, nem ao seu autor, Jesus Cristo.
Os papéis se inverteram e Inácio passou a ser mestre de seu professor, ensinando-lhe o difícil caminho da humildade e dos exercícios espirituais. Francisco, por fim, se retirou por quarenta dias na solidão, preparando-se para receber a ordenação sacerdotal. Celebrou sua primeira missa com trinta e um anos e se tornou co-fundador da Companhia de Jesus.
Passou, então, a cuidar dos doentes leprosos, doença de então, segregados pela sociedade. Com outros companheiros, fixou-se, em 1537, em Veneza, onde recolhia das ruas e tratava aqueles a quem ninguém tinha coragem de recolher.
Foi então que D. João III, rei de Portugal, pediu a Inácio de Loyola para organizar um grupo de sacerdotes que acompanhassem as expedições ao Oriente e depois evangelizassem as Índias
. O grupo estava pronto e treinado quando um dos missionários adoeceu e Francisco Xavier decidiu tomar o seu lugar. O navio, com novecentos passageiros, entre eles Francisco Xavier, partiu de Lisboa com destino às Índias. Foi o início de uma viagem perigosíssima e cheia de transtornos, que demorou praticamente um ano. Durante todo esse tempo, Francisco trabalhou em todos os serviços mais humildes do navio. Era auxiliar de cozinha, faxineiro e enfermeiro. Finalmente, chegaram ao porto de Goa.