Rsurf2Grace
Diego Enry Barreto Gomes(1), Priscila da Silva Figueiredo Celestino(1,2), Pedro Geraldo Pascutti(1)
(1) Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, RJ – Brasil.
(2) École Normale Supérieure de Cachan, Cachan, Ile de France, França.
Supporte: diego@biof.ufrj.br
A informação de área de interface molecular produzida pelo programa SurfinMD é de grande valia para interpretação de interações moleculares e planejamento de fármacos, sendo usada amplamente em Teses e trabalhos do nosso grupo e colaboradores.
O processamento dos dados da área de interface molecular, entretanto, tem sido um processo lento e tedioso. Para eliminar estes fatores limitantes o programa Rsurf2Grace foi desenvolvido como complemento ao SurfinMD, automatizando o pós-processamento do arquivo de interfaces intermoleculares (rsurf.dat) e produzindo gráficos apenas com as informações de área consideradas relevantes pelo usuário.
Rsurf2Grace é distribuído com seu código fonte (Fortran 95) e como binário para Linux 64 bits, junto com um arquivo de exemplo:
Obter o programa.
O Rsurf2Grace requer um arquivo de saída (rsurf.dat) do SurfinMD
Para obter as instruções de uso é só digitar: rsurf2grace -h
Tela de execução do programa rsurf2grace apresentando a instrução de uso.
À esquerda o conteúdo parcial do arquivo rsurf.dat produzido pelo programa SurfinMD, contendo a média e o desvio padrão da área de contato proteína-ligante, discriminada por resíduo. O programa Rsurf2Grace processa os dados apresentando graficamente (por arquivo compatível com o Xmgrace) apenas a informação comumente procurada pelos usuários: resíduos com área de interação acima de um critério de corte. À direita, o gráfico automaticamente gerado, contendo apenas as áreas de interação maiores que 10.0Å^2, entre a protease do HIV e o ligante DMP (PDB 1BVE, estruturas 1 à 20).