Em 12 de agosto de 1798, membros do movimento rebelde distribuíam panfletos na porta das igrejas de Salvador, Bahia, e colava-os nas esquinas da cidade. Um desses panfletos declarava: "Animai-vos Povo Baiense que está para chegar o tempo feliz da nossa Liberdade: o tempo em que todos seremos irmãos, o tempo em que todos seremos iguais". Com isso, alertaram as autoridades que, de pronto, reagiram, detendo-os. Interrogados, eles acabaram delatando os demais envolvidos.
Os panfletos e documentos descobertos conclamavam uma revolução para a implantação de uma "República Bahiense" em que "todos serão iguais, não haverá diferenças, só haverá igualdade, liberdade e fraternidade popular". A influência das ideias iluministas era evidente e elas possivelmente ganharam força com a eclosão da Revolução Francesa (1789), da independência dos Estados Unidos (1776) e do Haiti (1791-1804).
Segundo autores maçônicos, as ideias iluministas foram difundidas pela loja maçônica Cavaleiros da Luz, a primeira da América Portuguesa, e que teria se estabelecido na Bahia, em 1797. Estudos recentes, porém, evidenciaram a inexistência de documentação a respeito e parece ser descabido atribuir à maçonaria a inspiração da Conjuração Baiana assim como da Conjuração Mineira.
O programa contido nos 13 panfletos apreendidos era bastante heterogêneo e, muitas vezes, vago. Incluíam reivindicações pontuais como o aumento do soldo das tropas, reformas mais abrangentes como a liberdade de comercias com outras nações, e palavras de ordem impregnadas pelos ideais iluministas.
A Conjuração Baiana, também chamada de Revolta dos Alfaiates e Revolta dos Búzios, foi uma tentativa de levante que careceu de condições mínimas para se transformar em revolta. "Não exprimiu qualquer consciência nacional, nem deve ser situada como um dos passou que conduziram à independência de 1822, como queriam os historiadores nativistas. Mas não deixou de constituir a manifestação de profundo descontentamento das camadas mais humildes da população da América Portuguesa." (NEVES: 2001, p. 142)
Teve a participação de membros da pequena elite intelectual da cidade como o cirurgião Cipriano Barata, o tenente Hermógenes Francisco de Aguiar Pantoja e o letrado Francisco Muniz Barreto de Aragão cujas bibliotecas constavam nomes de autores franceses proibidos como Voltaire e Condillac. Estes foram presos e punidos com penas leves, sendo libertados poucos meses depois.
Ao do foram detidas 49 pessoas, sendo quatro cinco condenadas à pena capital por enforcamento: os alfaiates João de Deus do Nascimento e Manuel Faustino dos Santos Lira (nascido escravo) e os soldados Lucas Dantas e Luís Gonzaga das Virgens. Alguns foram condenados a 500 chibatadas no pelourinho e depois mandados ao degredo na África, e outros ficaram presos no Brasil.
Bandeira da Conjuração Baiana ou Revolta dos Alfaiates. As cores azul, branca e vermelha são até hoje as cores da Bahia.
Enforcamento dos líderes da Conjuração Baiana, ilustração de Trípoli Gaudenzi Filho, publicada na cartilha "Heróis negros do Brasil. A Revolta dosBúzios", 2011