Usa o mesmo motor da GSX-R1000 2006-2010 , versão de longo curso da biela com 73,4 milímetros de diâmetro e 59,0 milímetros de curso. O design do longo curso, permite que a câmara de combustão seja compacta. Tornando possível regular a taxa de compressão com mais exatidão, cabendo um pistão de cabeça chata e características com uma ampla disseminação depotência em toda a faixa de rotação.Nesta GSX-S1000, o lendário motor é reajustado para o mundo real das ruas, sem prejudicar o caráter e poder da GSX-R1000 porém entregando amplo desempenho de torque de baixa a media rotações