Depois do 11 de setembro, a CIA foi criticada por não ter feito o suficiente para evitar os ataques. Tenet rejeitou a crítica, citando os esforços de planejamento da agência especialmente nos dois anos anteriores. Ele também considerou que os esforços da CIA colocaram a agência em uma posição para responder rápida e efetivamente aos ataques, tanto no "santuário afegão" quanto em "noventa e dois países ao redor do mundo". A nova estratégia foi chamada de " Matriz de Ataque Mundial ".
Anwar al-Awlaki , cidadão americano iemenita-americano e membro da Al Qaeda, foi morto em 30 de setembro de 2011, em um ataque aéreo conduzido pelo Comando de Operações Especiais Conjuntas. Após vários dias de vigilância de Awlaki pela Agência Central de Inteligência, drones armados decolaram de uma nova base americana secreta na Península Arábica, cruzaram o norte do Iêmen e dispararam vários mísseis Hellfire contra o veículo de al-Awlaki. Samir Khan , um paquistanês-americano membro da Al-Qaeda e editor da revista jihadista Inspire , também teria morrido no ataque. O ataque combinado de drones CIA / JSOC foi o primeiro no Iêmen desde 2002 - houve outros pelas forças de Operações Especiais dos militares - e foi parte de um esforço da agência de espionagem para duplicar no Iêmen a guerra secreta que está ocorrendo no Afeganistão e Paquistão.
A agência atraiu críticas generalizadas depois de usar um médico local no Paquistão para estabelecer um programa de vacinação contra hepatite B em Abbottabad em 2011 para obter amostras de DNA dos ocupantes de um complexo onde suspeitava que Bin Laden estava morando, na esperança de obter amostras de Bin Laden ou seus filhos para confirmar sua presença. Não se sabe se algum DNA útil foi adquirido do programa, mas ele não foi considerado bem-sucedido. O médico foi posteriormente preso e condenado a uma longa pena de prisão por acusações alegadamente não relacionadas. Médicos Sem Fronteiras criticou a CIA por colocar em risco e minar a confiança nos trabalhadores médicos e o New York Times relatou que a ação da CIA aumentou a resistência aos programas de vacinação no Paquistão.