Bolsonaro extinguiu ainda a Secretaria de Educação Continuada, Alfabetização, Diversidade e Inclusão – SECADI do Ministério da Educação. Tal pasta tratava das Políticas de Educação Escolar Indígena e mantinha, por exemplo, o Programa de Formação Superior e Licenciaturas Indígenas (Prolind), que apoiava as universidades a formarem professores indígenas e, no Ceará, já contava com dois cursos em andamento pela Universidade Federal do Ceará.
Além disso, há uma ameaça de municipalização das políticas de saúde indígena, atualmente acompanhada pela Secretaria Especial de Saúde Indígena (Sesai). Caso isso realmente se concretize, várias políticas específicas e diferenciadas construídas ao longo dos anos nesta área serão perdidas, tais como a integração com a medicina tradicional, além dos profissionais especializados que prestam assistência nas aldeias.
Vale destacar que, no Brasil, há 115 processos de identificação e delimitação das Terras e cerca de 400 Terras Indígenas ainda estão aguardando o início do processo de regularização fundiária. Sendo o Ceará o estado mais atrasado com 26 Terras Indígenas e apenas uma demarcação concluída.