O MMA ao longo da fase I aperfeiçoou o “Tracking Tools”, ferramenta de avaliação proposta pelo Banco Mundial, para adequa-lo às características das unidades de conservação do SNUC e assim, foi concebida a FAUC. Esta nova ferramenta está baseada nos 22 indicares universais da IUCN e incorpora todos os indicadores do elemento de avaliação Resultados do “Tracking Tools-TT” e 07 indicadores dos demais elementos de avaliação da ferramenta “Tracking Tools-TT” (processos, insumos, planejamento), distribuídos da seguinte forma: dois indicadores de planejamento, dois de processos e três do elemento de avaliação insumos. As informações gerais e o módulo de pressão e ameaças disponíveis na nova versão do TT Mundial, já estão contempladas no item informações gerais da FAUC e que estão atrelados ao Cadastro Nacional de unidades de Conservação-CNUC.
Em 2009, foi solicitado o alinhamento da FAUC ao Programa Nacional de Gestão Pública e Desburocratização – GESPÚBLICA. Este alinhamento oferece muitos ganhos no monitoramento e avaliação das UCs, pois, insere na ferramenta, aspectos intangíveis que estão relacionados a atuação da liderança, processo de tomada de decisão e a gestão do capital intelectual, envolvendo: informações, conhecimentos, competências e talentos relevantes para a gestão da UC, que não são abordados em nenhuma ferramenta de efetividade de gestão existente.