A TIS dispõe de um Encarregado de Proteção de dados (ou Data Protection Officer), o qual poderá ser contatado através do e-mail dpo@tis.pt. Ao Encarregado de Proteção de dados incumbe, em especial, monitorizar a conformidade das atividades que envolvam o tratamento dos dados pessoais com as normas legais e regulamentares aplicáveis, sendo ainda o ponto de contacto entre a TIS e a Autoridade Nacional de Controlo, bem como entre a TIS e os seus clientes e utilizadores em questões relativas ao tratamento de dados pessoais.
Em face das atribuições da TIS, na sua maioria, são tratados dados de pessoas individuais, nomeadamente os que permitem enquadrar os padrões de mobilidade e as preferências respetivas pelos modos de transporte, sendo recolhidos em inquéritos ou entrevistas presenciais, por telefone ou online, apoiados por ferramentas informáticas de produtividade, sempre que justificado.