Nessa mesma época, uma série de leis promulgadas pela Igreja retirara dos judeus que viviam em sociedades cristãs a maior parte de seus direitos comunais e todos seus privilégios. A política adotada consistia basicamente em permitir que pequenas comunidades judaicas sobrevivessem entre os cristãos, mas em condições de degradação e impotência. No Império Bizantino, a Igreja Grega Ortodoxa, que incorporara todo o anti-semitismo helenístico pagão, era ainda mais hostil aos judeus. O resultado de tal combinação "ideológica" foi uma legislação altamente discriminatória, que relegou os judeus a um lugar marginal, fora da sociedade maior.
Apesar das restrições, o Império Bizantino e sua capital Bizâncio, maior centro comercial da época, passam a atrair judeus que fugiam da crise econômica que então atingia Eretz Israel. E, a despeito de serem minoria socialmente degradada e politicamente excluída, os judeus conseguem tomar parte no florescimento econômico da região, atuando principalmente na marcenaria e na área mercantil, em especial no comércio internacional.
Por volta do ano 1176, Benjamin de Tudela - viajante judeu procedente da Espanha, que escreveu relatos de suas viagens - visita Constantinopla. Na grande capital bizantina - na época, a cidade mais povoada do mundo - ele encontra uma comunidade composta de dois mil judeus e quinhentos caraítas. Tudela fez a seguinte descrição: "Muitos judeus eram fabricantes de roupas de seda; outros eram mercadores, sendo que alguns eram extremamente ricos. Não havia judeus vivendo na cidade, de onde tinham sido expulsos para longe do mar. Eles estavam cercados pelo Canal de Sofia, por um lado, e só podiam chegar à cidade pela água, mesmo quando o objetivo de sua visita eram os negócios. Estavam sujeitos ao jugo dos governantes: apanhavam nas ruas e eram maltratados. Mas os judeus eram ricos, bons, benevolentes e homens religiosos, que carregavam o infortúnio do exílio com humildade. O bairro onde viviam era chamado Pera".
A condição de inferioridade dos judeus manteve-se praticamente inalterada até os séculos XIV e XV, quando os turcos otomanos, uma tribo muçulmana originária da Ásia Central, invadiram o Império Bizantino e assumiram o poder na região. Sob o domínio islâmico, iniciava-se uma nova era para os judeus. Por serem monoteístas, cristãos e judeus eram diferenciados dos pagãos, sendo-lhes conferido o status de dhimmis - ou seja, protegidos pelo Estado muçulmano. O governo lhes assegurava vida, propriedade e um alto grau de liberdade e autonomia religiosa. Porém, apesar das liberdades concedidas, os dhimmis eram obrigados a aceitar restrições, imposições e humilhações, pois não sendo muçulmanos eram considerados cidadãos de segunda classe.
Além do mais, os turcos, povo guerreiro, consideravam humilhante engajar-se em ocupações que não fossem de cunho militar, político ou religioso, por isto incentivaram a vinda de judeus para as regiões sob seu controle. Estes últimos formavam uma classe média, livre de ambições políticas ou militares - ao contrário dos cristãos, e eram vistos pelos turcos como o povo mais produtivo e leal entre as minorias estrangeiras que viviam em suas terras.
Quando o sultão Muhamad II conquistou Constantinopla, em 1453 - mudando o nome da cidade para Istambul - a comunidade judaica o considerou uma espécie de "libertador", que a salvou do jugo cristão. Há alguns historiadores que acreditam terem os judeus participado do processo de conquista da cidade. Seu reinado, de 1421 a 1451, deu início a alguns séculos de prosperidade judaica na Turquia. Ao assumir o governo, Muhamad II determinara: "Deixem os judeus cultivarem a melhor terra, abençoando suas videiras e suas figueiras e também o seu rebanho. Deixem que se estabeleçam na terra, desenvolvam o comércio e dela se apossem".
A Sublime Porta, nome pelo qual ficou conhecida a corte dos sultões otomanos, mostrou ser uma porta aberta para os judeus, um refúgio para aqueles que fugiam das perseguições e expulsões em várias regiões da Europa.
E, como no início do século XVI quase toda a Europa Ocidental estava fechada aos judeus, muitos rumaram para o Oriente. Foi nesse mesmo período que o rabino Isaac Sarfati, de Adrianópolis, estimulou a vinda das populações asquenazitas da Alemanha, Áustria e Hungria.
Quando, no final do século XV, os judeus foram expulsos da Espanha e, logo a seguir, de Portugal, o Império Otomano os recebeu. Sobre sua saída forçada da Península Ibérica e seu estabelecimento na região da Turquia, o sultão Beyazid II, que governou o império de 1481 a 1512, afirmou: "O rei espanhol Ferdinando é erroneamente considerado um sábio, pois com a expulsão dos judeus, empobreceu o seu país e enriqueceu o nosso".