Embora as apresentações clínicas variem de a cordo com a etiologia, é difícil determinar a causa exata da conjuntivite neonatal apenas baseado nas alterações clínicas e na história. Assim, geralmente é necessária realização de exames complementares. Os exames devem ser solicitados e ajustados de acordo com a disponibilidade em cada serviço. Os exames sugeridos são os seguintes [2,3]: