A Embrapa no cenário mundial
A Embrapa sempre manteve um forte programa de pós-graduação, enviando pesquisadores a vários países. O bom desempenho dos estudantes, aliado ao amplo intercâmbio com universidades e centros de excelência científica internacionais em agropecuária, contribuíram para que a Embrapa se tornasse um centro de ciência e tecnologia de destaque, o que mais tarde resultaria na criação e consolidação do programa Labex - Laboratório Virtual da Embrapa no Exterior. O primeiro deles foi criado em 1998, nos Estados Unidos (veja vídeo).
Esse caminho para o exterior foi muito importante para os avanços apresentados pela Embrapa e seus parceiros na fronteira da pesquisa agropecuária entre os anos 1990 e 2000, como a estruturação de bancos de germoplasma animal e vegetal e o desenvolvimento do primeiro clone bovino da América Latina.
A pesquisa agropecuária brasileira nos anos 90 também buscou soluções para os problemas da monocultura e agregou prioridades de trabalhos com meio ambiente, qualidade dos alimentos, bem-estar da sociedade e desenvolvimento de sistemas agroindustriais. Nessa fase, a Embrapa criou os centros de Agroindústria Tropical, Agroindústria de Alimentos e Meio Ambiente.