O curso de Mestrado Profissional em Engenharia Elétrica foi concebido para ser referencial de excelência em pesquisa aplicada no Estado de Santa Catarina e no Brasil, buscando interagir com a comunidade científica através de publicações e pesquisas conjuntas e, em especial, com o setor industrial, através de convênios e/ou parcerias, a fim de contribuir para o desenvolvimento de soluções inovadoras para produtos e processos, alavancando assim o progresso da região, do estado e do país.
O curso tem como objetivo principal formar profissionais de pós-graduação, de alto nível, com capacidade de propor e desenvolver investigação científica na área de Engenharia Elétrica, qualificando recursos humanos para inovar, gerando e difundindo conhecimento técnico e científico. O curso visa também qualificar docentes de alto nível para o exercício do magistério superior, capacitando-os a entender o processo científico e tecnológico da geração e difusão do conhecimento.
O título obtido em um curso de Mestrado Profissional dá os mesmos direitos, em termos de carreira acadêmica, daqueles usufruídos por egressos de cursos de Mestrado Acadêmico.