Em 2001 a CAPES sinalizou, na Avaliação Continuada (Triênio 2001-2003), a possibilidade de abertura de nova entrada de alunos. O triênio 2004-2006 marcou uma nova trajetória, com adequações importantes na Proposta do Programa, Corpo Docente e Discente, Produção Intelectual e Inserção Social. Enfim, as mudanças ocorridas neste triênio culminaram com a Nova Proposta de Projeto Político-Pedagógico do Programa, que determinou novos rumos para o Programa de Pós-Graduação em Distúrbios da Comunicação Humana da UFSM, em nível de mestrado. O triênio transcorreu com conceito 3 na Avaliação da Capes. Mas, as mudanças determinaram uma nova dinâmica no Programa que, fortalecido em relação à Proposta, o Corpo Docente e Discente, qualificação da Produção Intelectual, e Inserção Social importante com convênios internacionais, possibilitou avaliação positiva, com conceito 4 na Avaliação Trienal da Capes, e abertura do Curso de Doutorado a partir de 2011.
No triênio 2010-2012 houve aprofundamento da discussão das linhas de pesquisa e, sobretudo, das disciplinas dos cursos de mestrado e doutorado, de modo a permitir que elas captassem não só a vocação dos docentes, sobretudo os recém concursados no departamento, mas para que pudessem acolher as demandas interdisciplinares do discentes do curso, pois além da ampliação da busca do curso por profissionais fonoaudiólogos não graduados na UFSM, há também ampliação da busca do programa por não fonoaudiólogos (fisioterapeutas, terapeutas ocupacionais, educadores especiais, psicólogos, médicos, nutricionistas, educadores físicos, entre outros).