Em outubro de 2019, a Polícia Federal indiciou o então ministro Marcelo Álvaro Antônio, do Turismo, no inquérito da Operação Sufrágio Ostentação – investigação sobre suposto desvio de recursos por meio de candidaturas femininas laranja nas eleições 2018. A PF imputou ao ministro de Bolsonaro os crimes de falsidade ideológica, associação criminosa e apropriação indébita. Na ocasião, Marcelo Álvaro Antônio ocupava o posto de presidente do PSL em Minas. À época, o presidente disse que pretendia manter o ministro no cargo e 'aguardar o desenrolar do processo'. Segundo as investigações, o então partido do presidente Bolsonaro – ele saiu do PSL em novembro daquele ano – utilizou candidatas em disputas de fachada para acessar recursos de fundo eleitoral exclusivo para mulheres. Os investigadores atribuem ao ministro o papel de articulador do esquema de laranjas.
Em abril de 2021, o então ministro Ricardo Salles, do Meio Ambiente, foi acusado de dificultar a ação de fiscalização ambiental e patrocinar diretamente interesses privados de madeireiros investigados por extração ilegal de madeira. Segundo notícia-crime encaminhada pela PF para o Supremo Tribunal Federal (STF), Salles, "na qualidade de braço forte do Estado", integrava organização criminosa orquestrada por madeireiros alvos da Operação Handroanthus com o objetivo de obter, direta ou indiretamente, vantagem de qualquer natureza. Salles pediu demissão do cargo em junho daquele ano, alegando uma suposta "criminalização" de opiniões divergentes na área ambiental. O inquérito contra ele ainda tramita na Polícia Federal.
Em maio de 2021, o Estadão deu início à série de reportagem que revelou um esquema montado pelo presidente Bolsonaro para manter sua base de apoio no Congresso. O chefe do Executivo criou, em parceria com o Congresso, o chamado orçamento secreto. O primeiro lote de emendas exposto pela reportagem incluía a liberação de R$ 3 bilhões. Boa parte dessas emendas foi destinada à compra de tratores e equipamentos agrícolas por preços até 259% acima dos valores de referência fixados pelo governo. No esquema montado por Bolsonaro, parlamentares que apoiavam o governo conseguiam mais recursos em emendas para seus redutos eleitorais. O caso virou alvo de investigação por parte da Controladoria-Geral da União (CGU) e do Tribunal de Contas da União (TCU).
No mesmo mês, o governo federal teve de demitir George da Silva Divério do cargo de Superintendente Estadual do Ministério da Saúde no Rio de Janeiro devido a uma suspeita de corrupção. Ele, que é coronel do Exército, havia sido nomeado para o cargo pelo então ministro da Saúde, general Eduardo Pazuello. O caso veio à tona após reportagem do Jornal Nacional, da TV Globo. Segundo a emissora, Divério assinou, em novembro de 2020, contratos de R$ 29 milhões com duas empresas, sem licitação, para fazer reformas em prédios da pasta no Estado.
Em plena pandemia e em meio à Comissão Parlamentar de Inquérito (CPI) da Covid, mais uma denúncia de corrupção foi desvelada na Saúde. Documentos do Ministério das Relações Exteriores mostraram que o governo aceitou negociar a compra da vacina indiana Covaxin por um preço 1.000% maior do que, seis meses antes, era anunciado pela própria fabricante. A ordem para a aquisição da vacina partiu pessoalmente do presidente Jair Bolsonaro e a negociação durou somente cerca de três meses, um prazo bem mais curto que o de outros acordos. Os recursos para a compra da vacina chegaram a ser empenhados pelo governo, mas, após investigação da CGU, a aquisição foi suspensa.
Em junho de 2021, o ex-diretor do Departamento de Logística do Ministério da Saúde Roberto Ferreira Dias foi acusado de pedir propina para autorizar a compra de vacinas pelo governo. Segundo a denúncia, ele teria condicionado a aquisição de imunizantes da AstraZeneca ao recebimento ilícito de US$ 1 por dose. Dias chegou ao cargo por apadrinhamento do Centrão e foi exonerado do posto em 29 de junho, depois da denúncia. Ele foi alvo da CPI da Covid e chegou a receber ordem de prisão durante sua oitiva.
O Estadão revelou que dois pastores capturaram o Ministério da Educação e passaram a interferir na agenda do então titular da pasta, Milton Ribeiro, para privilegiar determinados municípios no empenho de recursos do órgão. Gilmar dos Santos e Arilton Moura levam demandas de prefeitos a Ribeiro e conseguem a liberação dos recursos em tempo recorde. Os municípios mais beneficiados são aqueles governados pelos partidos do Centrão – PL, Republicanos e Progressistas. Em conversas reveladas pelo Estadão, os próprios pastores admitem priorizar as demandas de prefeitos ligados à igreja Assembleia de Deus, da qual eles fazem parte.
Também em abril, o Estadão mostrou que, apesar da falta de recursos para terminar 3,5 mil escolas em construção há anos, o MEC autorizou a construção de outras 2 mil unidades. Bom para mostrar no palanque de campanha, o projeto não tinha recursos previstos no orçamento, e só faria aumentar o estoque de escolas não entregues pelo governo e esqueletos de obras inacabadas. Mesmo assim, os colégios já vinham sendo anunciados por deputados e senadores aos seus eleitores. O esquema de "escolas fake" tinha como base o FNDE, controlado pelo ministro da Casa Civil, Ciro Nogueira, por meio de um apadrinhado.
Em maio, o Estadão revelou que o investimento público federal com coleta de lixo virou foco de despesas milionárias crescentes e fora do padrão nos últimos anos. Nas mãos do Congresso e do governo, a compra e distribuição de caminhões de lixo para pequenas cidades saltaram de 85 para 488 veículos de 2019 para 2021. Avaliados com cuidado, esses gastos revelam transações difíceis de entender, como a da cidade do interior de Alagoas que tem menos lixo do que caminhões para recolhê-lo ou a diferença de R$ 114 mil no preço de veículos iguais, comprados no espaço de apenas um mês. A distribuição de caminhões compactadores de lixo é usada por senadores, deputados e prefeitos para ganhar a simpatia e o voto dos eleitores de cidades pobres, onde a chegada desse tipo de auxílio é visível e faz enorme diferença.