A ampliação da pós-graduação stricto sensu contribui tanto para o fortalecimento da instituição ao reforçar a tríade ensino, pesquisa e extensão como um dos sustentáculos fundamentais da vida acadêmica universitária, com para consolidar o compromisso da instituição com o processo de desenvolvimento regional em seus múltiplos aspectos. Nesse processo, abre espaço para que profissionais que atuam em diferentes campos do saber, vislumbrem a possibilidade de se qualificar sem haver a necessidade de migrarem para outros centros urbanos.
Atualmente, a UFAC oferece seis cursos de mestrado nas seguintes áreas: Ecologia e Manejo de Recursos Naturais, Desenvolvimento Regional, Produção Vegetal, Linguagem e Identidade, Saúde Coletiva e Ciência, Inovação e Tecnologia para a Amazônia. Até o ano de 2013 a UFAC não dispõe ainda de nenhum Doutorado Institucional, embora esteja em fase de realização de pelo menos três cursos no formato DINTER com as seguintes instituições: USP e UFPR. Este reduzido número de cursos de pós-graduação stricto sensu, tem dificultado a formação de quadros para atender, inclusive, demandas da própria Universidade por profissionais titulados para exercício da docência no magistério superior. Ainda em relação aos investimentos necessários para qualificar seus profissionais, criando condições para ampliação da oferta da pós-graduação stricto sensu, a UFAC, nas duas últimas décadas, vem investindo na formação/qualificação de seu quadro de professores, ampliando consideravelmente o contingente de professores com titulação de doutorado.