A origem do atual nome do município, consoante versão corrente, inclusive do historiador Eusébio de Sousa, é genuinamente Portuguesa, tendo afinidade com a freguesia de São Brás da Granja, do Conselho de Mourão, distrito de Évora adjacência da margem esquerda do Rio Fuadelim em Portugal, vez que o colonizador tinha como critério, além mar, adotar nominação pátria nas regiões onde se localizava.
O povoado de Granja é um dos mais antigos que se procederam na capitania do Ceará.Como acontecia no restante do território colonial, a área que hoje compreende o município de Granja e adjacências era habitada pelos índios tabajaras, tapuios, conasus e tremembés, que moravam na serra da Tabaina, hoje Serrinha de São Simão, no atual município de Moraújo. Afim de catequizá-los, chegaram entre os primeiros que pisaram no Ceará Grande, as missões jesuítas que construíram um templo para orações.
Iniciou-se o povoamento, ao chegar aqui o desembargador Cristóvão Soares Reimão, com a tarefa de medir a doação, feita a 3 de agosto de 1702, de uma sesmaria de cinco léguas de terra, por uma de largo na margem oriental do rio Coreaú alvará concedido aos irmãos Miguel e Domingos Machado Freire, aos quais se atribuiu o reinado efetivo do processo de povoamento do lugar; não obstante, um pouco antes de catequizar os índios, já teriam andado aqui os jesuítas.