Pelo menos há uma solução para isso, apesar de ser uma burocracia e poder atrasar um pouco o processo, será o caminho para regularizar tudo e conseguir a nacionalidade.
Se há muitas certidões a serem retificadas, mediante um processo judicial todas podem ser corrigidas ao mesmo tempo. Ou você pode optar por fazer a retificação pela via administrativa, de cada certidão e perante o respectivo cartório, partindo da mais antiga primeira.