De acordo com o Regimento Geral da UEZO, os Centros Setoriais são órgãos de integração das Unidades Universitárias, que promovem atividades em comum de ensino, pesquisa e extensão, em uma ou mais áreas de conhecimento, respeitando as normas legais, estatutárias, regimentais e as resoluções dos órgãos competentes. Os Centros Setoriais são dirigidos por um diretor e um vice-diretor, docentes do corpo efetivo, eleitos através do voto direto, com mandato de dois anos e possibilidade de uma reeleição.
A estes Centros compete integrar as atividades visando o pleno aproveitamento dos recursos humanos e materiais das Unidades Universitárias vinculadas, promovendo a execução de atividades de pós-graduação, especialização e aperfeiçoamento.
Nos Centros Setoriais (CS) se reúnem os docentes de áreas específicas para pensarem, discutirem e proporem recursos acadêmicos e pedagógicos, entre outros. A UEZO possui três CS: