O Duque de Aveiro, identificado como cabeça principal da conspiração e fisicamente participante na tocaia, foi “rodado vivo, deitado sobre a lenha, em que havia de ser queimado, e á vista do alcatrão“. O seu suplício “foi muito mais sensível […] porque descarregando o algôs, por erro do braço, a primeira pancada sôbre o ventre, que devera dar sôbre o peito, para que dilaceradas logo as costelas com o vigor do golpe, quando lhe não tirasse instantâneamente a vida, ao menos, com as potências confusas para sentir menos as fracturas dos ossos, a que sem interrupção se procedia; foi necessário depois dêstes despedaçados, repetir os golpes no peito e cara, para acabar o final alento, dando bem a conhecer, pelos sentidos ais que se lhe ouviam, a violência e tirania que suportava“.
O clímax do espetáculo – minuciosamente planejado em ordem de violência crescente – foi a execução de António Alves, tido como autor dos disparos que atingiram o rei. Foi “queimado vivo, descobrindo-se-lhe os Corpos já mortos acima referidos, que se achavão cobertos“. Foi amarrado a um dos postes que dominavam em altura todo o cadafalso, com o corpo coberto de pedaços de breu e um saco de pez e enxofre preso ao pescoço. O narrador indica, ainda, que a morte foi especialmente lenta pela situação do vento, que soprava do norte, em rajadas. A fumaça não o sufocava e as chamas iam e voltavam, queimando-o lentamente. O terceiro participante da tocaia, José Policarpo, cunhado de António Alves, não pôde ser capturado. Foi queimado em efígie, amarrado ao segundo poste.
Todos os bens dos condenados foram confiscados, os corpos queimados e as cinzas lançadas ao mar, junto com as do próprio cadafalso. As mulheres que não foram executadas foram recluídas em conventos. Vários jesuítas, considerados instigadores da conspiração, foram presos, mas não poderiam ser executados sem que fossem relaxados ao poder secular. Neste caso, os envolvidos eram propriamente religiosos e não membros de ordens militares, de modo que nem mesmo o rei poderia fazer esse relaxamento, que cabia exclusivamente à Santa Sé. Mesmo assim, o episódio seria utilizado como pretexto para concretizar a expulsão da Companhia de Jesus, e o padre Gabriel Malagrida, confessor da Marquesa de Távora e da Condessa de Atouguia, apontado como inspirador do atentado, acabaria condenado à fogueira pelo Santo Ofício, em 20 de setembro de 1761.
Há entre os historiadores muita informação desencontrada sobre a vida de Bernardo José Maria de Lorena. Alguns afirmam que ele nasceu em Lisboa no dia 20 de abril de 1758 (outros dizem ter ele nascido em 20/4/1756 em Campo Grande, Portugal), falecendo na capital portuguesa em 1818 (ou no Rio de Janeiro em 1819). Era filho do marquês D. Luís Bernardo de Lorena e Távora e de D. Thereza de Távora. Devido à rivalidade dos Távoras com os então ocupantes do trono real, seu pai foi condenado à morte pelo Marquês de Pombal em 1759, acusado de atentar contra a vida do rei D. José I. Suspeita-se que Bernardo era filho bastardo do rei, sendo por isso que, junto com sua mãe, tenham conseguido escapar, ficando confinados nos conventos de Santos e de Chelas (ambos situados em Portugal).
Quando D. Maria I subiu ao trono, 19 anos depois (em 1777), Bernardo saiu do convento, ficando em companhia de Dom Nuno Gaspar de Lorena, tenente-general e governador das armas do Alentejo, e sua segunda esposa, D. Maria Ignácia da Silveira, que foram para ele como verdadeiros pais – daí alguns historiadores citarem que o nome completo deste personagem histórico seria na verdade Bernardo José Maria de Lorena e Silveira.