Aos 35 anos de idade, Almeida começou a trabalhar na congregação de fala portuguesa da cidade de Batávia, onde ficou até o final da vida, em 1691. Nesta fase, teve uma intensa atividade como pastor. Ao mesmo tempo, retomou o trabalho de tradução da Bíblia, iniciado na juventude.
A Tradução Brasileira, também conhecida como Versão Brasileira ou Versão Fiel, foi publicada em 1917. Trata-se do primeiro projeto de tradução de toda a Bíblia a ser realizado no Brasil, com início em 1903.
A decisão de fazer uma revisão e atualização do texto da Bíblia de Almeida, no Brasil, foi tomada em 1943, cinco anos antes da fundação da Sociedade Bíblica do Brasil.