Membros do Regimento Royal 22 e do Canadá em audiência com o Papa Pio XII , após a Libertação de Roma em 1944 durante a Segunda Guerra Mundial
Por volta de 1943, Adolf Hitler planejou o sequestro do Papa e sua internação na Alemanha. Ele deu ao general SS Wolff uma ordem correspondente para se preparar para a ação. Embora o Papa Pio XII tenha recebido o crédito por ajudar a salvar centenas de milhares de judeus durante o Holocausto , a igreja também foi acusada de ter encorajado séculos de anti-semitismo com seus ensinamentos e de não ter feito o suficiente para impedir as atrocidades nazistas. Muitos criminosos nazistas fugiram para o exterior após a Segunda Guerra Mundial, também porque tinham apoiadores poderosos do Vaticano. O julgamento de Pio XII. é dificultado pelas fontes, porque os arquivos da igreja para seu mandato como núncio, secretário de Estado cardeal e papa estão em parte fechados ou ainda não processados.
Na Iugoslávia desmembrada , a Igreja favoreceu o regime de Ustaše fascista católico romano croata instalado pelos nazistas devido à sua ideologia anticomunista e ao potencial para restabelecer a influência católica na região após a dissolução da Áustria-Hungria . No entanto, não reconheceu formalmente o Estado Independente da Croácia (NDH). Apesar de ser informada sobre o genocídio do regime contra os sérvios ortodoxos , judeus e outros não-croatas, a Igreja não se manifestou publicamente contra ele, preferindo exercer pressão por meio da diplomacia. Ao avaliar a posição do Vaticano, o historiador Jozo Tomasevich escreve que "parece que a Igreja Católica apoiou totalmente o regime [de Ustaše] e suas políticas".