A unidade básica de organização do HTCP é a Task, um projecto colaborativo de investigação que se centra numa faceta particular do hidrogénio. Cada Task cobre um âmbito diferente e tem uma estrutura específica e pode ser dividida em Subtasks. Vários membros (Contracting Parties e Sponsors) colaboram em cada Task, financiando directamente os seus investigadores especializados, de acordo com o nível de horas pessoais acordado. Qualquer dos membros pode propor um tema para uma Task e submeter à aprovação final do Comité Executivo do HTCP. Normalmente, as Task são atribuídas três anos para serem concluídas, e as reuniões da Task realizam-se duas vezes por ano. O Operating Agent é a pessoa que gere as Tasks e coordena os especialistas dos membros para completar o trabalho.
Qualquer membro do HTCP ExCo (Contracting Parties ou Sponsors) pode propor um tema para uma Task. Os temas podem surgir de várias formas, tais como: descobertos durante a investigação de outras Tasks, em reuniões anuais, ou durante o desenvolvimento dos Planos Estratégicos quinquenais. A fim de obter a aprovação da Task, devem ser tomadas as seguintes medidas: A proposta deve ser formalmente apresentada ao Comité Executivo para aprovação. Após a aprovação da proposta pelo ExCo, os países interessados devem conduzir uma fase de “Definição” na qual são determinados os detalhes da investigação. O ExCo nomeia um “Organizador da Task” para liderar a fase de definição. Este indivíduo é compensado directamente por um dos países interessados em formar a Task. Após a fase de definição estar concluída, a proposta final deve ser submetida à aprovação do Comité Executivo. Se a Task for aprovada, os países participantes nomeiam peritos para realizar a investigação. Os peritos reúnem-se normalmente duas vezes por ano para discutir o progresso da investigação e o seu desenvolvimento.
Os países participantes para cada tarefa são responsáveis pelo financiamento da investigação que está a ser realizada. Na maioria das vezes, os países participantes seleccionam e compensam directamente os seus próprios peritos nacionais.