Se ficar evidenciado que houve irregularidade na condução do processo de comprovação de perdas, poderá ocorrer punição tanto das instituições financeiras, por parte do Bacen, como dos peritos, por parte do Mapa. O Bacen também poderá impugnar as coberturas pagas indevidamente com base em processos de comprovação de perdas em que forem detectadas irregularidades.
Para 2020, a fiscalização retornará com a Conab avaliando as comprovações de perdas por seca no Rio Grande do Sul, que tem apresentado redução de produtividade em algumas culturas amparadas pelo Proagro.
Visando atender aos pequenos e médios produtores, o Proagro garante a exoneração de obrigações financeiras relativas à operação de crédito rural de custeio, cuja liquidação seja impossibilitada pela ocorrência de fenômenos naturais. Na safra 2018/19, foram contratadas 305 mil operações de Proagro com um valor segurado total superior a R$ 13 bilhões.
A operação desse instrumento exige um processo criterioso do enquadramento das operações e de solicitações de pedidos de cobertura, para que o pagamento de indenizações reflita as perdas efetivamente ocorridas por causas amparadas. O processo inclui rigorosos procedimentos de supervisão da qualidade dos serviços dos técnicos encarregados pela verificação de perdas nos empreendimentos afetados por adversidades climáticas.