A Secretaria de Planejamento, Modernização da Gestão e Controle (SEPLAG) é um órgão novo dentro da Prefeitura Municipal de Niterói. A SEPLAG nasceu da antiga Controladoria do Município, tendo em vista a necessidade de desenvolver uma Prefeitura com foco em planejamento e modernização da gestão, além de investir em novas funções e atributos, através de um código de ética e conduta para atender o controle das contas e gastos do Município. As três áreas da SEPLAG são distintas, entretanto trabalham de forma extremamente complementar.
A Subsecretaria de Modernização da Gestão implementa projetos que aumentam a eficiência do uso de recursos materiais e humanos da Prefeitura. Seus projetos apoiam o desenvolvimento das competências profissionais dos servidores, a implantação das melhores práticas na administração municipal, e a reformulação e institucionalização dos seus processos. Um dos focos da Modernização da Gestão é o dimensionamento da administração, bem como o desenho das competências necessárias ao desempenho das tarefas de cada órgão ou entidade. Todas as atividades de modernização da gestão têm a finalidade de aperfeiçoar os mecanismos de contato que promovem a interação entre o cidadão e o Município, e também aumentam a qualidade dos serviços prestados à população.
O Controle Interno da SEPLAG é o conjunto de atividades interligadas com vistas a assegurar que os objetivos dos órgãos e entidades públicas sejam alcançados de forma confiável, nos termos da legislação vigente, nos três níveis da Federação.