A bandeira foi adotada em 24 de novembro de 1969. Através do decreto nº. 1736/69, a Prefeitura de Niterói, "considerando que o brasão de armas do Município de Niterói, além de desatualizado, não obedece às normas da heráldica de domínio" e que "o Município de Niterói não possui bandeira que o represente", instituiu um concurso para a escolha de um novo brasão e de uma bandeira para a cidade. A proposta vencedora foi a que apresentou uma bandeira dividida em dois campos, com o brasão dentro.
O brasão tem a forma do escudo ibérico, utilizado em Portugal à época do descobrimento do Brasil, ressaltando, justamente, a origem portuguesa da nossa colonização. Oito torres coroam o brasão, das quais somente cinco são aparentes. As torres douradas são utilizadas exclusivamente para representar uma capital. À época em que o brasão foi criado, Niterói era a capital do Estado do Rio de Janeiro, condição que perdeu com a fusão com o Estado da Guanabara, em 1975.
O hino, a letra de Nilo Neves e a melodia de Almanir Grego, foi oficializado em 1992, que instituiu o "Vila Real da Praia Grande" como o hino do município. A Lei Orgânica Municipal, de 4 de abril de 1990, em seu artigo oitavo, incluiu a representação gráfica do Museu de Arte Contemporânea - MAC, como símbolo da cidade, ao lado do hino e do brasão, decisão ratificada pela emenda 14/97
Nove anos depois, o imperador Dom Pedro II concedeu à Cidade de Niterói o título de Imperial Cidade. A nomeação era dada às cidades mais importantes, conferindo-lhes certa autonomia e poder regional.
Para homenagear a comunidade de moradores desta maravilhosa cidade, o Encontra Rio de Janeiro criou o Encontra Niterói.