Portugal, perante as duas alternativas possíveis - manter a aliança com a Inglaterra e conservar os territórios ultramarinos mas sujeitar-se à guerra com a França e a Espanha ou romper a aliança com a Inglaterra e evitar a invasão mas perder, no mínimo, o acesso ao ultramar – foi empurrado para a primeira das hipóteses. A Espanha, por seu lado, não podia retardar mais a invasão pois a alternativa era ver as tropas francesas adquirirem posições preponderantes no seu território com a finalidade de serem elas a efetuarem a invasão de Portugal. A neutralidade era impossível na conjetura da época. Mais tarde, a respeito destes acontecimentos, Talleyrand afirmava que Portugal se encontrava entre duas ameaças e, destas, as esquadras inglesas não eram certamente a menor delas.[8]
Manuel de Godoy comandou pessoalmente as operações na Estremadura (Espanha) e Alentejo (Portugal). Quadro de Antonio Carnicero.
Os Espanhóis utilizaram três exércitos que foram posicionados junto à fronteira portuguesa em três regiões: Galiza, Estremadura e Andaluzia. Os exércitos posicionados na Galiza e na Andaluzia eram constituídos, cada um, apenas por uma divisão. O exército posicionado na Estremadura era o mais numeroso, constituído por cinco divisões e sob o comando de Manuel de Godoy. Embora tenha havido ações militares noutros pontos da fronteira, foi este o exército (o da Estremadura) que invadiu Portugal e, por isso, é este que importa ver mais em pormenor:[9]
As derrotas sofridas pelas forças francesas no Norte de Itália, em 1799, convenceram o governo português que os Franceses teriam de aceitar os termos da paz impostos pelos aliados da Segunda Coligação e, em 1800, para reduzir as despesas, mandou desmobilizar parte do Exército. Perante esta atitude, os Britânicos retiram de Portugal as tropas que aqui se encontravam a pedido do governo português. Só em fevereiro de 1801, perante a inevitabilidade da guerra, foi dada ordem de mobilização.[10] Comandava o Exército Português o 2º Duque de Lafões. Só em 21 de fevereiro de 1801, o Duque de Lafões deu ordens para o recrutamento de 2.000 homens em Lisboa[11] o que era manifestamente insuficiente para completar unidades muito desfalcadas. Para comandar as tropas daquela província (Alentejo) tinha sido nomeado o Marechal de Campo Gomes Freire de Andrade.