Instituída como uma fundação privada sem fins lucrativos com o objetivo de prestar apoio às funções de ensino, pesquisa, desenvolvimento institucional, científico e tecnológico, produção de insumos e serviços, informação e gestão implementadas pela Fiocruz, conforme expresso no seu Estatuto elaborado com base no que determina a Lei nº 8.958/1994, regulamentada pelo Decreto nº 7.423/2010, a Fiotec atua prestando serviços logísticos, administrativos e financeiros, oferecendo soluções para colaborar no desenvolvimento das atividades dos projetos.
A relação com a Fiocruz está declarada no documento instituidor da fundação de apoio, tornando claro que a finalidade da Fiotec é contribuir para que a instituição apoiada continue sendo a maior instituição em ciência, tecnologia e inovação em saúde da América Latina, o que representa a possibilidade latente de avanços que beneficiarão a população do Brasil e do mundo.
A adequação legal do Estatuto, a renovação periódica do credenciamento junto ao Ministério da Educação (MEC) / Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações (MCTIC) e de outros credenciamentos, títulos e certificados evidenciam o esmero em um trabalho que possa potencializar os objetivos propostos em cada projeto.
A Fiotec, ainda, apoia projetos que prestam serviços gratuitos à população, por meio da parceria com a Fiocruz, nas funções de ensino, pesquisa, desenvolvimento institucional, científico e tecnológico, produção de insumos e serviços, informação e gestão. A atuação conjunta busca o alinhamento com a missão da instituição apoiada de fortalecer e consolidar o Sistema Único de Saúde (SUS) e contribuir para a promoção da saúde e da qualidade de vida da população brasileira.
São três os órgãos de administração e fiscalização da Fiotec. Eles contam com participação de membros da Fiocruz que ajudam a garantir o alinhamento no direcionamento estratégico de ambas as instituições. Esses órgãos asseguram à Fiotec sua eficácia e eficiência na execução dos projetos.
O Conselho Curador é o órgão de deliberação e orientação superior, compostos por sete membros, que são indicados pelo presidente da Fiocruz e referendados pelo seu Conselho Deliberativo.
O Conselho Fiscal também é referendado pelo Conselho Deliberativo da Fiocruz, mas a sua indicação parte da Presidência da Fiotec, que indica três integrantes para fiscalizar a gestão econômica e financeira da instituição.
A Diretoria Executiva é formada por quatro diretores, que conferem um norte institucional. Um dos diretores é escolhido como diretor executivo, responsável por coordenar as atividades da diretoria.
A estrutura organizacional da Fiotec envolve os Conselhos Curador e Fiscal, a Diretoria Executiva, sete gerências e duas assessorias, de forma a qualificar a instituição para a sua finalidade.
A sede da Fiotec está localizada no Rio de Janeiro, no campus Expansão da Fiocruz, facilitando a interlocução com as equipes dos projetos. Com a intenção de ampliar essa proximidade, há, ainda, um escritório localizado em Brasília.