O Conselho Fiscal, que goza de autonomia e independência em relação às demais instâncias administrativas, é o órgão técnico de acompanhamento e avaliação do desempenho financeiro e contábil da Associação, constituído de três conselheiros titulares e até três suplentes de conselheiro.
A Presidência é o órgão executivo superior da ANPAE, respondendo pela sua administração e representando-a oficialmente, constituído de um presidente, cinco vice-presidentes, um diretor executivo, um diretor financeiro e diretores de programas, estes em número variável e compatível com as atividades do Plano Estratégico de cada gestão.
As Seções e Coordenações Estaduais são órgãos descentralizados da ANPAE, constituindo-se em lócus de mobilização do processo associativo local e de coordenação das atividades promovidas pela ANPAE no respectivo Estado ou Distrito Federal.