Utilizando inicialmente o bacilo que isolara em Santos e aperfeiçoando os métodos conhecidos, conseguiu Oswaldo Cruz que o recém-criado Instituto produzisse, apenas seis meses depois de sua fundação, uma vacina e um soro, que logo seriam reconhecidos internacionalmente como excelentes (segundo Émile Roux) e entre os mais eficazes então existentes (segundo W. Kolle e R. Otto, do Instituto de Doenças Infecciosas de Berlim - diretor Robert Koch). O "estado da arte" a respeito foi exposto em extenso artigo no Brazil-Medico em 1901, onde são detalhados "os argumentos e factos que orientaram o Instituto na escolha do processo que adaptou", o método de fabricação, a técnica da vacinação, as vantagens da vacina e os cuidados que deviam acompanhar sua aplicação.
Entretanto, a primeira publicação do novo Instituto, também no Brazil-Medico de 1901, nada tem a ver com a peste, intitulando-se "Contribuição para o estudo dos culicídeos do Rio de Janeiro, pelo Dr. Oswaldo Gonçalves Cruz (trabalho do Instituto de Manguinhos)". Revela o inconformismo do autor com a idéia de uma instituição meramente destinada à fabricação de soros e vacinas. Há menos de três anos (novembro de 1898) os italianos Amico Bignami, Giovanni Battista Grassi e Giuseppe Bastianelli haviam demonstrado a transmissão da malária por mosquitos anofelinos, devia pois o Instituto, além do absorvente compromisso que assumira, chamar a si a tarefa de reconhecer os representantes brasileiros desse grupo zoológico. O Anopheles lutzi, espécie nova descrita nesse trabalho, sabe-se hoje que ocorre do Amazonas ao Rio Grande do Sul, e também na Bolívia, no Paraguai e na Argentina. Essa publicação inaugura o estudo da entomologia médica brasileira por pesquisadores nacionais, sendo seguida por três outras, até 1907. Todas elas aparecem como trabalhos do autodenominado "Instituto de Manguinhos". Nesse ínterim são publicadas mais cinco contribuições de Arthur Neiva , Carlos Chagas e Antônio Peryassú sobre culicideos do Brasil, firmando os alicerces de uma escola altamente produtiva de entomologistas e acarologistas que se desenvolveria até os dias atuais.