A administração dos Seminários é exercida por meio das seguintes instâncias: Junta de Educação Teológica (JET); Junta Regional de Educação Teológica (JURET); Diretor e Congregação.
A JURET é o órgão encarregado de superintender a administração do(s) Seminário(s) de uma determinada região geográfica, subordinado à JET, conforme aprovação do Supremo Concílio. A JURET é constituída de 5 membros titulares e seus suplentes, sendo 3 pastores e 2 presbíteros, eleitos pelo SC, ou por sua CE, observando a representação de cada Sínodo da Região, não podendo ter mais de um representante por Sínodo como titular.