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As Linhas de Pesquisa reúnem pesquisadores de distintas áreas, estimulando investigações articuladas de forma transversal, buscam temas, questões e fontes. Tal perspectiva visa a ampliação do campo de estudos, abertura teórica e constituição de novas temáticas no âmbito da História Social.
Cada Linha de Pesquisa conta com um Coordenador e promove atividades voltadas aos seus interesses específicos. As Linhas servem de eixo orientador na organização da disciplina Tópicos Especiais (criada em 2020) e de Seminários de Pesquisa, que ocorrem anualmente, envolvendo orientadores e orientandos. São eventos em que os alunos apresentam resultados parciais das pesquisas de Mestrado e de Doutorado, cujo debate promove o adensamento do trabalho em questão.
Para dar integração à transversalidade das linhas, destaca-se a importante atuação dos Laboratórios vinculados ao Programa de História Social.
A linha de Escravidão e História Atlântica considera o Atlântico como um conjunto histórico formado pelas conexões entre suas distintas partes (Europa, África e América), e entende a escravidão e seus desdobramentos como um elemento central para a conformação desse mundo. As pesquisas desenvolvidas tratam de temas relativos à configuração das identidades culturais e étnicas, aos modos de vida e de pensar dos grupos submetidos às diásporas atlânticas, aos processos de dominação e à construção dos campos discursivos que os justificaram e legitimaram, às intersecções entre o mundo do trabalho e o da cultura; em resumo, à circulação de homens, produtos e ideias no espaço atlântico.
A linha de História dos Movimentos e das Relações Sociais congrega as pesquisas caracterizadas pela recuperação histórica da dinâmica social que envolve os diferentes segmentos, setores, grupos ou classes. As pesquisas desenvolvem-se por cortes cronológicos variados que priorizam tanto as abordagens de caráter mais geral como as mais recordadas e particulares. Destacam-se nesta linha os estudos sobre as formas de resistência de camponeses, minorias étnicas e culturais e os conflitos de classe.