A igreja paroquial foi então construída com donativos e as esmolas vindos de todos os recantos terceirenses. A obra ficou concluída em 1842 e o templo, que seria o terceiro na Serreta consagrado à Senhora dos Milagres, ficou em condições de receber a veneranda imagem de regresso à Serreta depois de mais de um século de permanência na igreja de São Jorge das Doze Ribeiras. Para tal, José Silvestre Ribeiro oficiou ao cónego Manuel Correia de Ávila, ouvidor eclesiástico de Angra, para se proceder à sua abertura ao culto da nova igreja. Sem jurisdição para decidir, o ouvidor enviou o pedido ao bispo D. Frei Estêvão de Jesus Maria, então residente na ilha de São Miguel devido ao seu apoio aos miguelistas durante a guerra civil, que assentiu.
A bênção da nova igreja e a solene mudança da imagem da Senhora dos Milagres da paroquial das Doze Ribeiras para a nova ermida realizou-se a 10 de Setembro daquele ano de 1842. A cerimónia foi presidida pelo cónego Manuel Correia de Ávila. Segundo um testemunho da época, Jamais no meio de tanto sossego e prazer se praticou um acto tão solene e tão pomposo. Milhares de pessoas concorreram de todas as partes da ilha àquele lugar. O ponto alto foi a celebração da primeira missa, que vários curiosos cantaram a vozes e instrumentos, estando presentes o governador civil José Silvestre Ribeiro e demais autoridades e pessoas de representação.
O novo templo, localizado no largo onde hoje se situa o império do Divino Espírito Santo da Serreta, do lado oposto da estrada em relação à actual igreja, era de proporções modestas, com fachada virada para leste (para terra) e torre à direita provida de dois bons sinos. No interior tinha uma só nave, duas sacristias e outras tantas tribunas, uma das quais à direita do altar-mor e outra sobre o guarda-vento.
A igreja passou a ser sede de um curato da freguesia das Doze Ribeiras, que servi no espiritual os habitantes da zona que ia da Ribeira das Catorze até ao Biscoito da Fajã. Há notícia de que quando a 2 de Julho de 1847 o padre Francisco Rogério da Costa tomou foi nomeado cura da Serreta se deparou com a ermida carecida de tudo, apenas existindo a imagem da Senhora dos Milagres acomodada num nicho e alguns paramentos. Supridas as necessidades básicas, a 9 de Setembro de 1849 o Santíssimo Sacramento foi exposto pela primeira vez, com a devida cerimónia no competente trono que se acabava de fabricar.[12]
Em 1852, quando aquele sacerdote deixou o curato, estava feita a capela-mor, um camarim para o Santíssimo Sacramento e dois altares laterais onde se dizia missa. Para além disso já existiam ornamentos suficientes para o culto e estava construído o passal contíguo.[6]