De origem indígena, o militar foi escolhido para o cargo pela ministra da Mulher, Família e Direitos Humanos, Damares Alves. A pasta ficou responsável pelo órgão após o governo tirar a fundação das atribuições do Ministério da Justiça.
O general Freitas já foi presidente da Funai durante o governo do ex-presidente Michel Temer. No entanto, ele foi exonerado pelo mesmo governo. A decisão foi tomada após forte pressão da bancada ruralista sobre Temer, que solicitou formalmente a exoneração do general.