Na natureza, a água do habitat natural dos peixes é renovada constantemente, fazendo com que os resíduos sejam rapidamente decompostos e diluídos. No aquário, um ecossistema fechado, menor e com pouca água, isso não acontece, o que pode tornar o ambiente extremamente tóxico a curto prazo. Sem um sistema de filtragem, os resíduos podem elevar o nível de amônia na água do aquário, o que é altamente prejudicial para os animais.
Para deixar a água do aquário limpa e mantê-la inodora e habitável para peixes e plantas de todos os tipos, existem no mercado diferentes tipos de filtros para aquários. Eles podem ter filtragem mecânica, biológica ou química, além de externos ou internos.