Por isso é que na era pombalina passa-se a incentivar a agricultura como atividade complementar à economia do extrativismo cacaueiro, introduzindo-se alguns cultivos na região, como o café, o algodão, o tabaco e o arroz. Cria-se também pesqueiros reais no Solimões e a pecuária é também incentivada no vale do rio Branco. Entretanto, todo esse esforço de diversificação produtiva não logra êxito.
Durante a vigência da Companhia pombalina o cacau segue sendo o produto dominante na pauta de exportação, representando, em média, 61% das exportações da Amazônia para a metrópole portuguesa. Em seguida, vinham o café e o cravo, em torno de 10% e 11% do valor total exportado, respectivamente.
É nessa época também que o arroz silvestre da região é deslocado pela introdução do arroz branco da Carolina (1772). A partir de 1773, já se exportava cerca de 605 toneladas para a metrópole.
A exportação de cacau era predominante na região, mas com produção de origem puramente extrativa e que enfrentava restrições, como a existência de pequena população e relativa escassez da força de trabalho indígena, o que não permitia que suas exportações alcançassem maior expressão econômica em relação à produção exportada da colônia.
A administração pombalina também busca reformar o papel da força de trabalho indígena nos quadros do sistema colonial a fim de melhor adequá-la ao esquema delineado:
a) promove a abolição formal da escravidão indígena, que era uma decorrência da legislação colonial de 1757. Mas é claro que a escravidão indígena permanece sendo o método de exploração empregado por colonos e pelo próprio Estado;
b) promove a transformação das aldeias em vilas, ao criar o regime do Diretório de índios, substituindo, assim, a tutela missionária pela do Estado e que representa-se na nomeação de um funcionário secular, o qual passa a receber o produto de um sexto da força de trabalho na repartição dos índios tutelados.