Todavia, embora o pensamento de Hipócratres seja de enorme importância para a história da medicina e formação da ética médica, considera-se ter pouca importância epistemológica, a começar pelo fato de que três dos quatro humores por ele descritos e nos quais fundamentava o seu pensar sequer existem. Ele acreditava que a saúde era resultado do equilíbrio entre quatro supostos líquidos diferentes secretados pelo corpo: o sangue (único dos quatro que realmente existe), a fleuma, a bile amarela e a bile negra. Também acreditava que a proporção destes líquidos era capaz de definir as variações de caráter entre os humanos.
Os séculos seguintes apresentaram preponderância crescente das crenças de Cnido e das práticas de Galeno, chegando ao dogmatismo. O establishment da Antigüidade e, posteriormente, da Idade Média, não permitia qualquer tipo de oposição às idéias galênicas que reinaram quase absolutas por quinze séculos. Galeno ficou conhecido por seus preparados farmacêuticos que incluíam várias substâncias em cada um deles. Sua teriaga, uma de tantas misturas preparadas, chegou a ter mais de setenta ingredientes em sua composição até a época de sua morte. Na Idade Média o preparado já continha mais de cem substâncias, sendo usado como antídoto universal. Até o final do Século XIX a teriaga estava registrada nas farmacopéias oficiais de vários países europeus.
Um dos maiores críticos de Galeno, e, não casualmente, devoto de Hipócrates, foi Paracelso (1491 – 1541). Dotado de um espírito questionador, iconoclasta e revolucionário, esse médico e alquimista, nascido em Zurique, abalou as estruturas acadêmicas de sua época, questionando os clássicos e afirmando a necessidade de se realizarem experiências e observações próprias para o conhecimento da ciência. Com efeito, a medicina paracelsista é um retorno à filosofia da natureza, ao holismo. Ele vê a pessoa submetida às mesmas leis e princípios que governam o universo; em suas palavras: "Assim como é em cima, é em baixo". Para ele, a saúde é resultante da harmonia entre o homem (microcosmo) e o Universo (macrocosmo). Paracelso aceita o princípio da cura pelo semelhante e prescreve: "Scorpio escorpionem curat".
No Século XVIII, Samuel Hahnemann (1755-1843) nasce na Alemanha e inicia sua prática médica em 1779. Naquela época, sangrias, eméticos e purgantes eram receitados sem nenhum resguardo. Os médicos julgavam-se autoridades máximas, acima da natureza, e não duvidavam de seus métodos mesmo diante de desastrosas evidências do dano que causavam. Hahnemann frustra-se profundamente com a prática médica e decide abandoná-la em 1789. Um de seus escritos reflete a angústia e o desânimo que pousaram sobre ele naquela época: "converter-me em assassino de meus irmãos era para mim um pensamento tão terrível que renunciei à prática para não me expor mais a continuar prejudicando". Essa postura mostra sintonia com a máxima hipocrática: "Primo nil nocere", ou seja, primeiramente não prejudicar.
Depois de seis anos de pesquisas intensas, Hahnemann publica o "Ensaio sobre um novo princípio para descobrir as virtudes curativas das substâncias medicamentosas, seguido de alguns comentários a respeito dos princípios aceitos na época atual". 1796 entra para a História da medicina como o ano de sistematização dos conhecimentos homeopáticos (para alguns o "nascimento da homeopatia"). Como visto acima, os princípios já haviam sido enunciados por outros médicos anteriormente, mas é Hahnemann quem dá um corpo único, coerente, sintético, com fundamentos nitidamente compreensíveis à homeopatia. É curioso mencionar que foi ele quem cunhou os termos "homeopatia" (à qual também se referia como Arte de Curar) e "alopatia" (Prática abusiva, agressiva e pouco eficaz).