No sistema jurídico brasileiro, cabe aos juízes supervisionar o trabalho dos investigadores e examinar medidas que dependem de autorização judicial, como buscas, escutas telefônicas e quebras de sigilo bancário e fiscal. Na Lava Jato, Moro foi muito além disso ao exercer suas funções.
As mensagens recebidas pelo Intercept mostram que, em pelo menos quatro ocasiões, ele opinou sobre a oportunidade de ações planejadas pelos investigadores contra Lula e o momento adequado para apresentação das denúncias dos procuradores contra o petista.
Em 21 de fevereiro de 2016, por exemplo, Moro sugeriu uma inversão na ordem de duas ações que estavam sendo preparadas pela Lava Jato. Ele acabara de autorizar a interceptação dos telefones do ex-presidente e achava melhor esperar pelos resultados do grampo, indicam as mensagens.
As mensagens trocadas por Deltan com Moro no Telegram sugerem que os procuradores tinham consciência da fragilidade das provas usadas para vincular Lula ao esquema de corrupção descoberto na Petrobras, mas mostram que foram encorajados pelo juiz a seguir em frente.
Nem todas as sugestões de Moro foram acatadas. Em setembro de 2016, quando a força-tarefa preparava a segunda denúncia contra Lula, no caso do sítio de Atibaia (SP), os procuradores sugeriram esperar o fim das eleições municipais daquele ano para evitar acusações de partidarismo.
Moro foi contra a ideia, de acordo com as mensagens, mas a força-tarefa não cedeu. A segunda denúncia contra Lula, num caso que trata do apoio da Odebrecht ao Instituto Lula, foi apresentada depois das eleições, no fim de 2016. A denúncia sobre o sítio de Atibaia só foi protocolada em 2017.A
Moro autorizou a interceptação dos telefones de Lula em 19 de fevereiro de 2016 e mandou interrompê-la em 16 de março, o dia em que a então presidente Dilma Rousseff nomeou Lula ministro da Casa Civil. O ministro Gilmar Mendes, do Supremo Tribunal Federal, suspendeu a nomeação.
O material recebido pelo Intercept mostra que procuradores e delegados da Polícia Federal informaram Moro quase em tempo real sobre diálogos interceptados, antes que os policiais que monitoravam o grampo apresentassem relatórios com as transcrições das conversas que consideravam relevantes.
As mensagens vazadas documentam três ocasiões em que isso ocorreu. Moro foi informado de ligações em que Lula conversou sobre a ministra Rosa Weber, do STF, o então ministro da Justiça, Eugênio Aragão, e planos de militantes petistas para reagir a uma ordem de prisão do ex-presidente.
Os diálogos no Telegram também mostram que Deltan e Moro conversaram sobre a melhor forma de responder a questionamentos do ministro Teori Zavascki, relator da Lava Jato no STF, depois que a escuta foi interrompida e ele repreendeu Moro pela maneira como conduzira as investigações. ​
As mensagens mostram que Moro sugeriu à força-tarefa em duas ocasiões que divulgasse notas oficiais para responder aos críticos da Lava Jato. Uma sugestão foi aceita em maio de 2017, quando os procuradores apontaram contradições no depoimento que Lula prestou a Moro na ação sobre o triplex.
Em março de 2016, Deltan escreveu um artigo para defender Moro das críticas que ele recebeu após a divulgação do grampo de Lula. O procurador submeteu o texto ao juiz, que achou melhor deixar a ideia de lado para não aumentar a tensão com o ministro Teori Zavascki, segundo as mensagens.
Integrantes da força-tarefa expressaram dúvidas sobre a legalidade das ações de Moro após o levantamento do sigilo do caso e a revelação das escutas, mas os diálogos no Telegram mostram que prevaleceu o entendimento de que o apoio da opinião pública seria suficiente para proteger a Lava Jato.