A escolha do sistema de avaliação da escola partiu de duas questões básicas: que forma de avaliação seria coerente com a sua proposta pedagógica e para que avaliar. A partir dessas reflexões e de estudos efetivados sobre o tema, optou-se por realizar uma avaliação formativa. Essa faz parte de todo o processo de aprendizagem, acontece no dia a dia da sala de aula, permitindo ao professor, a partir da interação com o aluno, compreender como ele elabora os conteúdos estudados e planejar como pode intervir para facilitar esse processo.
Com o intuito de acompanhar a aprendizagem dos jovens, como citado, são usados diversos instrumentos de avaliação durante o ano, sendo esses selecionados de acordo com os objetivos pedagógicos delineados pelos docentes. Estes podem ser: seminários, trabalhos de grupo, pesquisas, tarefas diárias de casa, experimentos, relatórios, reescrita de textos, produções textuais diversas, provas escritas individuais etc.
A fim de melhor organizar a administração do projeto de trabalho pela equipe pedagógica, o ano letivo é dividido em quatro etapas de estudo. Durante cada uma dessas são utilizadas notas de zero a dez para traduzir o desempenho escolar do aluno em cada disciplina, com exceção de Educação Física, Formação Humana, Educação Artística e Núcleos de Interesse. Nessas são utilizados os seguintes conceitos: AE (Aprendizagem Excelente), AS (Aprendizagem Satisfatória), AR (Aprendizagem Regular) e AI (Aprendizagem Insatisfatória).
Para os alunos com aproveitamento escolar abaixo da média, são realizados Estudos Complementares (frequência obrigatória), ao final de cada semestre (2a e 4a etapa), com o objetivo de recuperar as lacunas de aprendizagem diagnosticadas no decorrer do processo escolar.