As eleições foram geralmente considerada justa por monitores internacionais. Partido Democrático do Povo (PDP, o partido centrista do general Obasanjo) dominaram as eleições, os outros dois principais partidos eram a Aliança para a Democracia (uma festa Yoruba do sudoeste, considerado progressivo), eo partido de todas as pessoas (um conservador partido com base no norte).
Após inauguração de Obasanjo em 29 de maio de 1999, a Nigéria foi readmitido no Commonwealth. O novo presidente disse que vai combater a corrupção do passado e presente no governo da Nigéria e do exército e desenvolver a empobrecida área do delta do Níger.
Embora tenha havido algum progresso econômico, governo e política corrupção continua um problema. O país também foi confrontado com renovada tensão étnica e religiosa. O último foi em parte resultado da instituição da lei islâmica no norte da Nigéria, e levou a violência que tem sido um problema contínuo desde o retorno do governo civil.
Ilegalidade do Exército era um problema, bem como em algumas áreas. Um pequeno sucesso foi alcançado em abril de 2002, quando a família de Abacha concordou em devolver US $ 1 bilhão para o governo, o governo buscou uma estimativa de US $ 4 bilhões em ativos saqueados nigerianos.
Em março de 2003, o Ijaw, acusando o Itsekiri, governo e empresas de petróleo de conluio econômica e política contra eles, começaram os ataques das milícias contra aldeias Itsekiri e instalações de petróleo no delta do Níger, levando a uma parada na produção de petróleo no delta para várias semanas e de intervenção militar por parte do governo.
As eleições presidenciais e legislativas no início abril de 2003, foram ganhas pelo Presidente Obasanjo e seu partido, mas os resultados foram marcadas por fraude eleitoral e alguma violência. A oposição protestou os resultados, e sem sucesso, desafiou a eleição presidencial no tribunal.
O conflito Ijaw-Itsekiri continuou em 2004, mas um acordo de paz foi alcançado em meados de junho. O Ijaw desistiu do acordo, no entanto, três semanas mais tarde. Tensões entre cristãos e muçulmanos também continuou a ser um problema em 2004, com ataques violentos que ocorrem em Kebbi, Kano, Plateau e estados.
Governo de Obasanjo parecia se mover com mais força contra a corrupção do governo no início de 2005. Vários ministros do governo foram demitidos por acusações de corrupção, eo presidente do Senado renunciou depois que ele foi acusado de aceitar suborno.
Uma investigação dos EUA alvo presidente da Nigéria, vice-mesmo ano, e Obasanjo se concordou em ser investigado pela Comissão de Crimes nigeriano financeira quando ele foi acusado de corrupção por Orji Uzor Kalu, o governador da Abia e um alvo de uma investigação de corrupção.
Militantes Ijaw novamente ameaçada operações de petróleo do Delta do Níger em setembro de 2005, e várias vezes nos anos seguintes, resultando em cortes na produção de petróleo da Nigéria tão grande quanto 25%, às vezes.
Desde o início de 2006 a área do delta do Níger tem visto um aumento de seqüestros de trabalhadores de petróleo estrangeiras e ataques sobre as operações de petróleo, o foco do governo resultante em proteger as instalações petrolíferas permitiram gangues criminosas de expandir sua influência em áreas povoadas lá. Em outubro de 2005, o governo chegou a um acordo para pagar grande parte de sua dívida externa com um desconto, um processo que foi concluído em abril de 2006.
O final de 2005 e início de 2006 viu contenção aumentou sobre a possibilidade de alterar a Constituição para permitir que os governadores e presidente estadual para funcionar por mais de dois mandatos. A ideia tinha sido rejeitada em julho de 2005, por uma conferência nacional de reforma política, mas os senadores analisando propostas da conferência indicaram que apoiou um fim aos limites de prazo.
A mudança foi oposto pelo vice-presidente Atiku Abubakar , mas os líderes do PDP outros que se opuseram foram afastados dos seus postos de partido. Um censo, um evento controverso por causa de divisões étnicas e religiosas na Nigéria, foi tirada em março de 2006, mas a contagem de cabeça foi marcado pela falta de recursos e uma série de confrontos violentos, e muitos nigerianos foram acreditados para ter sido deixado incontáveis.