Compreende a detecção, a identificação e quantificação dos microorganismos em secreções, fluidos e tecidos humanos.
O médico patologista associa então, os dados clínicos/cirúrgicos fornecidos e elabora um parecer diagnóstico.
Material laminado é fixado a quente, submetido à coloração especial pelo método de Gram e microscopia sob imersão oleosa (1000x).
Para secreções vaginais utiliza-se o ÍNDICE DE NUGENT. Este índice é destinado a classificar, a partir da pesquisa semi-quantitativa de Lactobacillus spp., Gardnerella spp. e Mobiluncus spp., a possibilidade de vaginose.