Voltando para o Brasil, iniciou uma contínua e enérgica ação política, social e religiosa a partir dos princípios do Positivismo, transformando a antiga Sociedade Positivista do Brasil, de caráter acadêmico mas apática, em Apostolado e Igreja Positivista do Brasil. Nessa nova instituição ocupava a posição de diretor, sendo seu vice-diretor o maranhense Raimundo Teixeira Mendes.
Como dito, a Igreja Positivista do Brasil imediatamente tomou posição a respeito das mais variadas questões sociais, políticas e religiosas, entre as quais podemos citar: particição nas campanhas abolicionista e republicana; defesa dos direitos sociais e trabalhistas (incluindo, por exemplo, o direito de greve); o pacificismo; a separação entre a Igreja e o Estado (isto é, o Laicismo); a defesa da justiça social e inúmeras outras.