ESTUDOS DE DIVERSIDADE GENÉTICA EM CAMARÕES UTILIZANDO MARCADORES MOLECULARES - PDF
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Amália Caiado Ferretti
1 ESTUDOS DE DIVERSIDADE GENÉTICA EM CAMARÕES UTILIZANDO MARCADORES MOLECULARES Volume II: Marcadores Microssatélites Manual Prático Patrícia Domingues de Freitas São Carlos, São Paulo, agosto de 2005
2 1 Prefácio Neste volume, são abordados aspectos básicos relacionados à utilização de marcadores moleculares microssatélites em populações de camarões. Questões envolvendo a identificação de SSRs (Seqüências Curtas Repetidas) e validação destes locos são ligeiramente discutidas. Metodologias alternativas, incluindo a utilização de kits de PCR e reações caseiras, são propostas para que o usuário possa adequar os experimentos às reais condições de seu laboratório. Uma lista de referências para locos microssatélites em peneídeos, descritos na literatura, é sugerida para que, juntamente com as condições de ciclo e de reação propostas, diferentes possibilidades sejam testadas nos procedimentos experimentais. Da mesma forma, as análises estatísticas mencionadas, não encontram-se direcionadas para um estudo específico, devendo o pesquisador, procurar se aprofundar, buscando as ferramentas mais adequadas para a abordagem de interesse. Freitas PD Luvesuto L (2005) Estudos de Diversidade Genética sm Camarões utilizando Marcadores Moleculares. Manual Prático. Marcadores Microssatélites. Volume 2: São Carlos, SP. In :
3 2 CAPÍTULO I Caracterizando os Locos de Microssatélites
4 3 1. Marcadores Microssatélites Os marcadores microssatélites, também conhecidos como SSR (Short Sequence Repeats), diferem dos marcadores de RAPD, principalmente, por apresentarem um padrão de comportamento co-dominante, onde podemos observar a presença de no máximo duas bandas em um determinado indivíduo, correspondentes aos diferentes alelos do loco em estudo. Muitos dos aspectos metodológicos discutidos para técnica de RAPD também são válidos para os marcadores microssatélites, uma vez que ambos se baseiam na reação em cadeia da polimerase (PCR). Entretanto, como mencionado anteriormente, seqüências de microssatélites apresentam comportamento co-dominante, ou seja, indivíduos homozigotos podem ser diferenciados de heterozigotos, diferentemente das marcas de RAPD, que são do tipo dominante ou multilocos. Na técnica de RAPD um único primer de seqüência arbitrária é utilizado para delimitar a reação de PCR e amplificar regiões desconhecidas no genoma da espécie em estudo. Para se amplificar regiões repetitivas do tipo microssatélite, no entanto, é necessário utilizar um par de primers específicos que possua homologia com uma região única no genoma e que flanqueie uma seqüência repetitiva que contenha no máximo seis pares de bases repetidos lado a lado (em tandem ), um determinado número de vezes, que pode variar, dependendo de cada indivíduo. Freitas PD Luvesuto L (2005) Estudos de Diversidade Genética sm Camarões utilizando Marcadores Moleculares. Manual Prático. Marcadores Microssatélites. Volume 2: São Carlos, SP. In :
5 4 Enquanto o número de repetições em tandem de uma seqüência microssatélite normalmente varia, as regiões que a flanqueiam podem ser únicas e conservadas no genoma de diferentes indivíduos de uma mesma espécie. Desta forma, a seqüência repetitiva pode ser amplificada através da reação em cadeia da polimerase (PCR), utilizando-se um par de primers específicos (20 a 30 bases), complementares às seqüências que flanqueiam o microssatélite. A grande limitação desta técnica consiste em obter a seqüência de primers que serão utilizados na reação de amplificação. Em geral, a identificação de seqüências microssatélites envolve o desenvolvimento de bibliotecas genômicas, enriquecidas ou não, com posterior clonagem e seqüenciamento dos fragmentos. Metodologias alternativas como a técnica PIMA (PCR Isolation of Microsatellite Arrays) e a análise de Datamining em ESTs também estão se mostrando eficientes para a caracterização de marcas SSRs no genoma de diversas espécies, incluindo os camarões peneídeos. A presença de microssatélites em Seqüências Expressas Marcadas (ESTs), tem possibilitado o desenvolvimento de marcadores SSR de um modo simples e direto, através da busca eletrônica nos bancos de dados de ESTs. As marcas SSR-EST apresentam um grande potencial de transferabilidade entre espécies relacionadas, uma vez que encontram-se associadas a
6 5 regiões transcritas do genoma, sendo, portanto, consideradas mais conservadas entre grupos próximos. O aproveitamento desta importante fonte de marcadores, entretanto, é obviamente limitado para espécies que possuem bancos de dados disponíveis para análise. Em Litopenaeus vannamei, SSRs-ESTs estão sendo caracterizadas a partir de análises de Datamining realizadas nas seqüências ESTs depositadas no banco de dados do Projeto ShEST. Apesar de haver vários procedimentos metodológicos para a identificação de seqüências microssatélites no genoma de uma espécie, estes estudos são relativamente recentes em camarões e ainda existem poucos locos caracterizados e validados para as diferentes espécies de peneídeos. A seguir, é citada uma Lista de Referências contendo alguns locos microssatélites descritos na literatura para algumas da principais espécies de peneídeos. Estes locos já foram validados e testados em diferentes populações, tendo se mostrado eficientes para a análise de diversidade genética e estrutura de populações de camarões. Para que estes locos também possam ser utilizados com sucesso em outros estudos, envolvendo outras populações, adaptações nas condições experimentais em laboratório poderão ser feitas. Freitas PD Luvesuto L (2005) Estudos de Diversidade Genética sm Camarões utilizando Marcadores Moleculares. Manual Prático. Marcadores Microssatélites. Volume 2: São Carlos, SP. In :
7 6 Referência Bibliográfica Ball et al., 1998 Borrel et al., 2004 Brooker et al., 2000 Cruz et. al., 2002 Wolfus et al., 1997 Maggioni & Rogers, 2002 Maggioni & Rogers, 2002 Moore et al., 1999 Bierne et L., 2000 Espécie Litopenaeus setiferus Litopenaeus schmitti Penaeus monodon Litopenaeus vannamei Litopenaeus vannamei Farfantepenaeus paulensis Farfantepenaeus subtilis Penaeus japonicus Litopenaeus stylirostris
8 7 CAPÍTULO II Amplificação de Locos Microssatélites Freitas PD Luvesuto L (2005) Estudos de Diversidade Genética sm Camarões utilizando Marcadores Moleculares. Manual Prático. Marcadores Microssatélites. Volume 2: São Carlos, SP. In :
9 8 2. Amplificação de Locos Microssatélites Para a validação de um loco microssatélite, algumas reações-padrão podem ser inicialmente testadas. A utilização de kits de amplificação que otimizem a reação de PCR pode ser uma alternativa bastante eficiente para amplificar locos SSRs. Um modelo de ciclo de reação padrão pode ser tomado como parâmetro inicial para amplificação de seqüências repetitivas. Em camarões este ciclo tem se mostrado bastante eficiente para amplificação de diferentes locos microssatélites em diferentes espécies, incluindo L. vannamei. A seguir encontram-se descritas algumas sugestões para amplificação de locos microssatélites em camarões. Espera-se que nestas condições, padrões de amplificação eficientes possam ser obtidos. Vale lembrar que modificações nas temperaturas de anelamento podem ser realizadas com base na seqüência de cada um dos pares de oligonucleotídeos utilizados. A quantidade de primer também pode variar de acordo com o tipo de iniciador utilizado e em geral costuma ser especificada pelo autor que descreveu o loco. Da mesma forma, a quantidade de DNA pode variar entre 10 e 100ng, sendo necessário alguns testes para estabelecer a concentração ideal.
10 Ciclo Padrão: Programação do termociclador: Etapa 1: 5 minutos de desnaturação inicial à 94 o C, seguidos de 12 ciclos de: Etapa 2: 1 minuto em temperatura de desnaturação (94 o C); Etapa 3: 30 segundos em temperatura de anelamento, diminuída em dois graus celcius (-2 o C), que poderá variar entre 48 o C e 58 o C; Etapa 4: 30 segundos em temperatura de extensão à 72 o C, seguidos por mais 22 ciclos de: Etapa 5: 30 segundos em temperatura de desnaturação à 94 o C; Etapa 6: 30 segundos em temperatura de anelamento, que poderá variar entre 50 o C e 60 o C; Etapa 7: 30 segundos em temperatura de extensão à 72 o C e para finalizar: Etapa 8: 10 minutos de extensão final à 72 o C. Freitas PD Luvesuto L (2005) Estudos de Diversidade Genética sm Camarões utilizando Marcadores Moleculares. Manual Prático. Marcadores Microssatélites. Volume 2: São Carlos, SP. In :
11 Reação Padrão Reação utilizando-se Kit Caso haja a possibilidade de se utilizar kits de amplificação, sugere-se o Kit Master Taq (Eppendorf), que contém Taq Master Enhancer que potencializa a ação da Taq DNA Polimerase durante o processo de amplificação do DNA na PCR. Tabela 1 : Concentrações dos reagentes do Kit Master Taq (Eppendorf) utilizados na reação de amplificação de regiões microssatélites. O volume especificado foi calculado para uma reação de 10 μl. Reagente Concentração Concentração Volume pipetado Estoque Reação Taq Master 10 X 1 X 1 μl Taq Buffer 10 X 1 X 1 μl DNTP 1,25 mm 200 μm 1,6 μl Primer 10 ρmol/μl 5 a 7,5 ρmol 0,5 a 0,75 μl Taq 5 U 1 U 0,2 μl Polimerase DNA H2O Variações nas concentrações do DNA e dos primers utilizados podem ser realizadas a fim de otimizar o padrão de amplificação obtido. Primeiramente deve-se testar diferentes concentrações de DNA, variando-se as alíquotas entre 20 e 100ng. Caso um perfil de reação satisfatório não tenha sido obtido,
12 11 também devem ser feitas modificações nas concentrações dos primers (5 a 15pmoles) e do Cloreto de Magnésio Reação Caseira (sem utilização de Kits) Tabela 2 : Concentrações dos reagentes utilizados na reação de amplificação de regiões microssatélites. O volume especificado foi calculado para uma reação de 10 μl. Reagente Concentração Concentração Estoque Reação Volume pipetado Tampão 10 X 1 X 1 μl DNTP 1,25 mm 200 μm 1,6 μl MgCl2 50 mm 1,5 mm 0,3 μl Taq 5 U 1 U 0,2 μl Polimerase Primer 10 ρmol/μl 5 a 7,5 ρmol 0,5 a 0,75 μl DNA H2O milliq Freitas PD Luvesuto L (2005) Estudos de Diversidade Genética sm Camarões utilizando Marcadores Moleculares. Manual Prático. Marcadores Microssatélites. Volume 2: São Carlos, SP. In :
13 12 CAPÍTULO III Genotipagem de Locos Microssatélites
14 13 Análise Eletroforética Após a reação de PCR, a visualização dos produtos de amplificação dos locos de microssatélites pode inicialmente ser realizada em gel de agarose 1,5% (para maiores detalhes: consultar o volume1), submetido a uma condição de corrida de 100 Volts por aproximadamente 1 hora. O gel deve ser corado com brometo de etídeo e analisado sob luz Ultra-Violeta. É necessário também utilizar um marcador de peso molecular que pode ser de 50pb. Esta etapa é importante para verificar se de fato houve amplificação dos fragmentos esperados. Entretanto, devido à pequena diferença de tamanho entre os diferentes alelos produzidos, o padrão de bandas obtido em agarose, em geral, não costuma ser satisfatório, sendo necessária a utilização de técnicas mais resolutivas. Eletroforese em géis de poliacrilamida e análises em sequenciadores automáticos, costumam ser mais eficientes para genotipagem de microssatélites. Eletroforese de Gel de Poliacrilamida corado com Prata O preparo do gel de poliacrilamida é um pouco mais trabalhoso que o de agarose, pois envolve uma série de etapas e intervalos de tempo, necessários para a sua confecção e montagem, tais como o preparo das placas e das soluções e a sua revelação. Os itens descritos a seguir resumem as principais etapas envolvidas na eletroforese vertical em poliacrilamida. Tratamento das Placas: Primeiramente é necessário fazer uma lavagem no aparato da eletroforese. As placas de vidro (uma maior e outra menor) devem estar limpas e receber tratamento diferenciado. Inicialmente ambas as placas devem ser mergulhadas em NaOH 1N permanecendo nesta solução por 30 minutos. Freitas PD Luvesuto L (2005) Estudos de Diversidade Genética sm Camarões utilizando Marcadores Moleculares. Manual Prático. Marcadores Microssatélites. Volume 2: São Carlos, SP. In :
15 14 Posteriormente, estas devem ser lavadas com uma esponja macia contendo detergente comum. Os movimentos devem ser delicados e circulares e alcançar toda a superfície das placas. Em seguida, as placas devem ser enxaguadas, primeiramente, em água corrente utilizando uma esponja e, posteriormente, em água destilada. Após a lavagem estas devem permanecer secando e em seguida devem ser limpas com papel toalha embebido em etanol absoluto. Posteriormente à lavagem das placas, a placa de maior tamanho deve receber um tratamento especial para que o gel possa permanecer fixado na sua superfície. A preparação da placa maior é bastante simples e consiste em aplicar, com o auxílio de uma pipeta, a solução de Bind-Silane (3 μl de Bind-Silane, 1 ml de etanol absoluto e 5 μl de ácido acético glacial). Esta solução deve ser espalhada por toda a superfície da placa em um sentido único, podendo-se utilizar um pedaço de papel toalha para auxiliar este procedimento. É importante, entretanto, que a porção superior da placa, onde será encaixado o pente, não contenha Bind, para que o pente não permaneça aderido à placa. Após este tratamento, a placa deve permanecer secando por aproximadamente 30 minutos, retirando-se o excesso da solução com papel toalha embebido em etanol absoluto. O papel deve ser passado sobre a placa em sentido perpendicular ao da etapa anterior. A placa menor também deve receber um tratamento especial, que consiste em utilizar uma solução para evitar a adesão do gel na sua superfície. Cerca de 1 ml de Repel puro deve ser espalhado ao longo de toda a superfície da placa, com auxílio de um papel toalha. Este produto deve permanecer secando por um período aproximado de 10 minutos. Em seguida, o excesso de Repel deve ser retirado com papel umedecido em álcool absoluto. Após a preparação das placas, estas podem ser encaixadas e montadas de forma apropriada para receber o gel de poliacrilamida.
16 15 Preparação do Gel: A preparação do gel de poliacrilamida consiste em misturar em um becker 4,73 g de Acrilamida; 0,16 g de bisacrilamida; 3,3 ml de TBE 20x modificado; 84 μl de TEMED; 700 μl de persulfato de amônia e água milliq (q.s.p 70 ml). É importante ressaltar que durante este processo o TEMED e o persulfato devem ser colocados por último, pois eles aceleram o processo de polimerização. Após o preparo da solução, esta deve ser aspirada, com o auxílio de uma seringa de 60 ml e injetada no espaço formado entre as placas. Nesta etapa, a placa deve permanecer inclinada para facilitar a aplicação do gel. Quando a solução preencher todo o espaço das placas, deve-se colocar o pente invertido (com os dentes voltados para cima) e esperar por aproximadamente 30 minutos para que ocorra sua polimerização. Para controlar este processo pode-se monitorar o restante do gel que ficou no becker, observando a sua solidificação. Montagem do Gel na Cuba: A placa contendo o gel polimerizado deve ser devidamente encaixada no suporte da cuba de eletroforese. Em seguida deve-se adicionar TBE 1,2X (modificado) no local adequado e retirar o pente com bastante cuidado, limpando os pocinhos formados, para que não restem pedacinhos de gel que possam vir a atrapalhar a aplicação das amostras de DNA. Para a limpeza dos pocinhos pode-se utilizar o próprio pente e também uma pipeta contendo TBE da própria cuba, fazendo movimentos rápidos e precisos para que um jato seja criado no local. Em seguida os eletrodos devem ser encaixados e a placa deve ser préaquecida durante 1 hora a 55 W. Posteriormente, com a fonte desligada, deve-se colocar o pente com os dentes voltados para o gel, de modo que estes apenas encostem na sua superfície. O gel estará pronto para receber as amostras de DNA Freitas PD Luvesuto L (2005) Estudos de Diversidade Genética sm Camarões utilizando Marcadores Moleculares. Manual Prático. Marcadores Microssatélites. Volume 2: São Carlos, SP. In :
17 16 Aplicação e Corrida do DNA: Deve-se aplicar de 1 a 5 μl de produto de PCR (dependendo da intensidade da banda amplificada) misturado com 1 μl de tampão de corrida (azul de bromofenol). Recomenda-se não utilizar os primeiros pocinhos, os quais podem apresentar leves distorções após a corrida eletroforética. Deve-se fazer uso também de um marcador de peso molecular para identificar o tamanho dos diferentes alelos. Os eletrodos devem ser devidamente encaixados na cuba e a fonte deve permanecer ligada por 1 h e 30 min a 55W. Após a corrida do gel, as placas devem ser retiradas da cuba para que o gel seja corado com prata. Antes de iniciar a coloração, porém, lave todos os recipientes (bandejas) que serão utilizados com água destilada e preencha um deles com aproximadamente um litro e meio de água destilada e reserve-o. As etapas a seguir resumem os principais passos envolvidos no processo de coloração do gel de poliacrilamida com prata. Coloração do Gel de poliacrilamida: 1) Pré-tratamento: Fixação do Gel Em um recipiente prepare o fixador: 1,5 litros de solução 10% de etanol e ácido acético (150 ml de álcool ml de ácido acético + q.s.p 1,5 litros de água destilada) e espere alguns minutos (para que o gel esfrie) antes de colocá-lo submerso. Separe as placas com o auxílio de uma espátula e mantenha a placa maior (onde está aderido o gel) mergulhada na solução por cerca de 20 minutos. 2) Lavagem e Oxidação: Em seguida retire o gel do fixador e lave-o em água destilada por 1 minuto e meio. Posteriormente, coloque o gel em 1,5 litros de ácido nítrico 1% (23 ml de ácido nítrico 65% ml de água) por 3 minutos e torne-o a lavar em água destilada por 1,5 minutos.
18 17 3) Impregnação com Nitrato de Prata: Coloque o gel em 1,5 litros de solução contendo 1,5 g de nitrato de prata e 2 ml de formaldeído 37% por cerca de 30 minutos. Lave-o em água destilada por 30 segundos. Até esta etapa o gel permanecerá praticamente inalterado. Porém todos estes tratamentos químicos são cruciais para que a revelação ocorra com sucesso. 4) Revelação: Durante sua revelação, o gel deve permanecer submerso em 1,5 litros de solução contendo 11,13 g de carbonato de sódio anidro + 2 ml de formaldeído 37% + 7,5 ml de tiossulfato de sódio pentahidratado 200 mg/l. Nesta etapa, os diferentes alelos poderão ser visualizados aos poucos, assumindo uma coloração acinzentada, que irá se acentuando conforme permanecer na solução. Deve-se monitorar o tempo e a coloração do gel, interrompendo o processo de revelação quando as bandas assumirem o padrão desejado 5) Interrupção e Lavagem: A placa deve ser colocada em 1,5 litros da solução de fixação utilizada no pré-tratamento e em seguida lavada em 1,5 litros de NaOH 1% até que o gel se desgrude da superfície da placa maior. A seguir encontram-se descritas algumas das soluções utilizadas na eletroforese e coloração do gel de poliacrilamida TBE Buffer (20x) - 242, 2 g Tris base - 12 g de ácido bórico - 5,8 g de EDTA dissódico - água destilada q.s.p 1 l Tampão de corrida TBE (1,2x) - 60 ml de TBE (20x) - água destilada q.s.p 1 litro Freitas PD Luvesuto L (2005) Estudos de Diversidade Genética sm Camarões utilizando Marcadores Moleculares. Manual Prático. Marcadores Microssatélites. Volume 2: São Carlos, SP. In :
19 18 Gentotipagem em Seqüenciador automático A automatização do processo de genotipagem, através da utilização de seqüenciadores possibilitou uma maior agilidade e precisão na determinação dos diferentes alelos de microssatélites. Entretanto, este método, apesar de eficiente, apresenta um custo bastante elevado e necessita que o laboratório possua um equipamento dessa natureza ou então que se trabalhe em colaboração com outros grupos que possam auxiliar esta etapa de trabalho. Neste processo, para identificar o tamanho do fragmento é preciso marcar um dos primers a ser utilizado na PCR com um fluorocromo específico (NED, FAM, JOE, etc.) para que assim, as novas fitas sintetizadas possam acoplar uma molécula fluorescente. Esta marcação tem um custo bastante elevado e pode ser muitas vezes inviável para grande parte dos centros de pesquisa. Dessa forma, uma alternativa muito interessante proposta por Schuelke (2000) é utilizar três primers em uma reação: um único primer universal, o M13, marcado com fluorescência, um primer forward específico com a cauda M13 em seu final 5 e um primer específico reverse. Além de ser mais econômico, o primer M13 marcado pode ser utilizado para várias espécies, bastando construir o primer forward específico com a cauda M13. Isso também evita o desperdício de primers específicos marcados, que muitas vezes são usados para poucas reações e depois permanecem armazenados no freezer. No seqüenciador automático, uma amostra deste fragmento de DNA contendo moléculas fluorescentes é aplicado no gel de sequenciamento que emite um feixe de laser e excita os fluorocromos. As ondas emitidas são registradas e as informações transferidas para um programa no computador.
20 19 Como existe uma série de particularidades envolvidas na utilização de um seqüenciador automático (cada modelo necessita de um treinamento especializado para o seu manuseio), neste tópico, serão abordados apenas aspectos gerais sobre alguns procedimentos básicos do processo de sequenciamento, utilizando-se o Sequenciador ABI 377, como o preparo das amostras que serão submetidas à análise, o tratamento das placas, a confecção do gel de seqüenciamento e algumas considerações sobre as análises. A seguir encontram-se descritas as principais etapas envolvidas em cada um dos passos acima mencionados. Preparação das Amostras: Antes de iniciar a genotipagem é necessário preparar as amostras de DNA que serão sequenciadas. Assim, após a amplificação dos locos de microssatélites, os produtos de PCR devem ser submetidos a um tratamento apropriado para que possam ser utilizadas. As amostras devem ser previamente preparadas da seguinte forma: 1) 2 μl do produto de PCR devem ser diluídos em aproximadamente 12 μl de água milliq (caso o produto de amplificação esteja fraco, pode-se diluir a amostra em um volume de 6 μl ).Posteriormente, 0,5 μl da diluição deve ser misturado em 2 μl de tampão de corrida (58 μl de formamida deionizada, 10 μl de loading buffer e 12 μl de Rox), utilizando-se o Kit Rox TM Size Standard (Applied Biosystems). 2) Em seguida, as amostras devem ser mantidas com a tampa aberta em termociclador por 5 minutos a 95ºC para que ocorra a desnaturação. Após este tempo é importante fazer com que a temperatura decaia lentamente para que haja tempo suficiente das amostras serem retiradas e colocadas imediatamente no gelo sem que renaturem. Freitas PD Luvesuto L (2005) Estudos de Diversidade Genética sm Camarões utilizando Marcadores Moleculares. Manual Prático. Marcadores Microssatélites. Volume 2: São Carlos, SP. In :
21 20 A desnaturação deve ser feita minutos antes das amostras serem aplicadas no gel, geralmente costuma-se realizar esta etapa durante o tempo de polimerização do gel na câmara de luz Ultra-Violeta. Preparo das Placas: Inicialmente, as placas que irão reter o gel, devem ser lavadas delicamente, somente com água milliq fervente, sem jamais utilizar detergente ou sabão. Posteriormente, estas devem permanecer em local apropriado para que sequem sem a utilização de pano ou papel. Deve-se procurar mantê-las apoiadas o mínimo possível, para que haja o menor contato com outras superfícies. Após a secagem, caso permaneçam sobre as placas algumas gotículas de água ou impurezas, estas devem ser retiradas delicadamente com o auxílio de papel absorvente apropriado. Preparo e Montagem do Gel: Após a limpeza das placas, estas deverão ser devidamente montadas para que o gel seja aplicado. Deve-se encaixar os espaçadores de maneira apropriada, para que o gel permaneça retido sem que ocorra vazamentos. O gel mais comumente utilizado é o ReproGel TM 377 (Amersham Biosciences), que costuma ser preparado de modo bastante simples e rápido, sendo necessário apenas misturar as soluções A e B em quantidades apropriadas: 7 ml da Solução A (Acrilamida/Bisacrilamida) mais 7ml da Solução B (TBE1X, agente desnaturador, iniciador de UV). O gel pode então ser vertido imediatamente por entre as placas e o pente colocado invertido (os dentes para cima), para que assim se forme o espaço onde serão aplicadas as amostras. Em seguida, o gel é colocado em uma câmara de luz ultravioleta por aproximadamente 20 minutos para que ocorra sua polimerização. Após a polimerização, deve-se encaixar o pente na parte superior do gel, onde serão aplicadas as amostras.
22 21 A placa contendo o gel deve ser devidamente acoplada no sequenciador. Feito isso, as soluções tampões previamente preparadas devem ser colocadas nos diferentes compartimentos do aparelho. Preparo dos Tampões: TBE 10X: 100,6 g de Tris, 51,3 g de Ácido Bórico 7,45 g EDTA com q.s.p. 1 litro de água milliq q.s.p TBE 1X: uma parte de TBE 10X para 9 partes de água milliq. Observação: os tampões devem ser previamente filtrados. Plate Check Antes de iniciar a corrida, as placas devem ser analisadas por um programa computacional específico a fim de verificar sua limpeza. Caso elas ainda estejam com algumas manchas ou impurezas, serão observados picos mais altos nos resultados gerados pelo computador. Para solucionar esse problema, basta retirá-las do sequenciador e limpá-las com um pouco de água destilada e papel absorvente apropriado. Aplicação das Amostras: Após a conclusão do Plate Check e estando o gel devidamente montado no sequenciador, as amostras podem ser aplicadas com o auxílio de uma pipeta preferencialmente de volume de 0,1 a 2μl ou 0,1 a 10μl. Antes de iniciar a aplicação é necessário fazer a limpeza dos pocinhos para retirar restos de gel ou uréia que podem interferir na entrada das amostras. Para isso, utiliza-se uma seringa com agulha e faz-se um fluxo detbe para dentro dos pocinhos. Freitas PD Luvesuto L (2005) Estudos de Diversidade Genética sm Camarões utilizando Marcadores Moleculares. Manual Prático. Marcadores Microssatélites. Volume 2: São Carlos, SP. In :
23 22 A aplicação deve ser feita de forma intercalada ou seja, um pocinho com amostra e outro sem, seguido de outro com amostra e assim por diante. Esse procedimento tem a função de evitar que as amostras se misturem e consequentemente, gerem confusão no momento da genotipagem, uma vez que durante a aplicação é normal ocorrer um pequeno vazamento do produto aplicado para os poços vizinhos. Estando concluída a aplicação, resta ainda um procedimento a ser realizado que é a limpeza dos pocinhos que não contém amostras. Isso deve ser feito da mesma forma citada anteriormente. Preparação do Sequenciador para a Corrida Antes de iniciar a eletroforese é necessário definir alguns parâmetros como número de amostras, a matriz que será utilizada, o tipo de fluorocromo (NED, FAM, JOE), o tempo de corrida, etc. Geralmente o laboratório possui essas informações já especificiadas para cada tipo de experimento. O tempo de corrida deve ser ajustado de acordo com o tamanho do fragmento que está sendo analisado, variando em torno de 1 h a 1,3 horas. Análise dos fragmentos obtidos ou Traqueamento O programa GeneScan 2.1(Applied Biosystems)capta a imagem do gel e configura o padrão do Rox a partir de informações que são fornecidas pelo pesquisador. Em seguida, para que possa ser obtido o tamanho do fragmento de interesse, deve-se alinhar as bandas geradas pelo Rox, que é o marcador de tamanho molecular, com a banda obtida no gel. Dando continuidade a esta análise, o programa Genotyper (Applied Biosystems) compara as bandas do Rox com os fragmentos no gel e gera o eletroferograma, que são gráficos que informam sobre o tamanho (em pares de base) dos fragmentos obtidos e sobre a qualidade de definição da banda e, portanto, sobre sua confiabilidade. Valores de picos acima de 1000 geralmente são os mais confiáveis, entretanto, valores menores podem ser aceitos, dependendo do tipo de primer que está sendo utilizado e de testes preliminares que confirmam a reprodutibilidade do padrão obtido.
24 23 CAPÍTULO IV Análise Estatística Unilocus Freitas PD Luvesuto L (2005) Estudos de Diversidade Genética sm Camarões utilizando Marcadores Moleculares. Manual Prático. Marcadores Microssatélites. Volume 2: São Carlos, SP. In :
25 24 Análises estatísticas Unilocos Existe uma infinidade de ferramentas estatísticas apropriadas e softwares desenvolvidos para a análise de dados moleculares utilizando marcadores de microssatélites. A determinação de qual pacote estatístico utilizar dependerá do objetivo particular de cada trabalho. Quando estamos interessados em avaliar o nível de diversidade e diferenciação genética em diferentes populações podemos: 1) testar o déficit de heterozigotos, através do cálculo do coeficiente de endocruzamento FIS, sendo que os locos podem ser analisados individualmente e também conjuntamente. 2) verificar se as populações estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg. 3) determinar as freqüências alélicas e compará-las entre as populações 4) identificar as diferenças no número médio de alelos por loco. 5) estimar as distâncias genéticas através da determinação da distância genética de Nei e do índice de fixação FST. 6) Estimar fluxo gênico, migração e tamanho populacional efetivo. Entretanto, como mencionado anteriormente cada estudo de caso deve ser tratado de modo apropriado e conveniente, levando-se em consideração a abordagem do trabalho, a meta proposta e as características de cada uma das populações que estão sendo analisadas. No caso de populações naturais, estes estudos em geral costumam abordar três aspectos básicos: