Porém, para atingir seus objetivos, teria que atravessar diversos obstáculos enfrentados por todos aqueles que decidem fazer negócios no Brasil, como: excesso de burocracia, de impostos e de instabilidade. Mas as coisas se tornam ainda mais complicadas para Paes Mendonça, que resolveu tocar seu negócio num mercado de baixo poder aquisitivo como o nordestino. Ser perseverante e olhar o futuro com visão obstinada e metas definidas foram essenciais para que o empreendedor conseguisse atravessar tantos impedimentos sempre conquistando vitórias.
A história do Bompreço começou em 1935, com uma pequena loja de alimentos estabelecida por Pedro Paes Mendonça em Serra do Machado, município de Ribeirópolis, no interior de Sergipe. Era uma mercearia pequena, porém com sortimento adequado para as necessidades da população local. Estava lançada a semente de uma grande rede de supermercados que viria a chamar-se Bompreço. Ainda em Serra do Machado, nasceu João Carlos Paes Mendonça, filho de Pedro e Maria Paes Mendonça, que iria liderar a empresa a partir de 1959. João Carlos Paes Mendonça aprendeu com seu pai o oficio de vender, observando como ele atendia os clientes e se antecipava às suas expectativas.
Cada vez que o sucesso parecia definitivo, Paes Mendonça iniciava a construção de algo maior, num eterno recomeçar. Quando seu primeiro armazém em Aracaju já se tornara um próspero negócio, resolveu abrir uma filial em Propriá, no interior sergipano. Anos depois, em 1965, com uma posição social invejável em Sergipe, largou tudo para dar aquele que seria o maior e mais arriscado passo de sua carreira: a mudança para Recife com o objetivo de abrir seu primeiro supermercado.
A empresa chegou ao Recife, capital de Pernambuco, inaugurando em 02 de junho de 1966, no bairro de Casa Amarela, o primeiro supermercado com a marca Bompreço. Nos anos seguintes foram abertas várias outras lojas, estabelecendo-se a rede Bompreço de supermercados e hipermercados. Na década de 70, a rede expandiu-se não apenas no Recife, mas em boa parte do estado. O crescimento foi conseqüência de muito trabalho, das oportunidades surgidas e de muita coragem para superar barreiras. Nesse período Paes Mendonça viajou bastante, sempre procurando trazer para o Brasil o que havia de mais moderno no setor de supermercados.
Com o objetivo de estimular o contato com o público, foi criado em 1982 o Centro do Cliente Bompreço. Pioneiro na área de varejo no país, era um espaço aberto aos consumidores para o envio de sugestões, reclamações ou elogios aos serviços e produtos da empresa. No mesmo ano foi realizado o primeiro Encontro Cliente Bompreço, que mais tarde passou a fazer parte do calendário de eventos da cidade. Em 1987, o Bompreço instalou o primeiro supermercado brasileiro totalmente automatizado com PDVs e scanners de leitura ótica, assumindo a vanguarda no campo da automação comercial no Brasil.
Nesse processo de inovação criou-se em 1990 o HiperCard: cartão de compras da própria rede e, a partir de 1993, cartão de crédito. O Hipercard se tornou a bandeira mais aceita do Nordeste, superando gigantes como Visa e Mastercard. Criou também, pioneiramente, o primeiro clube de fidelização do país: o Bomclube. Com ele foram distribuídos milhões de benefícios e produtos.
Uma atitude que desagradava o empresário João Carlos Paes Mendonça, enquanto presidente do Grupo Bompreço, era escutar de algum funcionário uma referência pouco lisonjeira a uma loja, um mercadinho ou uma mercearia. Vocês se lembrem de que o Bompreço nasceu pequeno. E se alguém está no mercado vendendo aquilo que nós também vendemos, é nosso concorrente, costumava advertir.
Apesar do pessimismo de alguns em relação a sua postura de gestão, Paes Mendonça foi firme em suas convicções e conduziu sua empresa à luz de três mandamentos do Evangelho Segundo João Carlos. Em geral os mandamentos estabeleciam: Ser excelente nas qualidades e no atendimento ao cliente, valorizar os funcionários e ser austero nos gastos. Esta receita de conduta partiu desde a fundação da empresa e se transferiu para as outras gerações. O retorno, feito através de pesquisas, mostra isso: o Bompreço sempre teve uma boa avaliação por parte da comunidade.
Quando o Bompreço estava nas primeiras posições no ranking brasileiro de supermercados, Paes Mendonça enviou um comunicado a todos os funcionários anunciando a venda da rede para os holandeses do Royal Ahold. Em junho de 2000, o controle acionário de Bompreço S.A Supermercados do Nordeste e das suas coligadas HiperCard e Bomclube passou integralmente para o Grupo Royal Ahold. Em abril de 2003, a Ahold anunciou sua decisão de sair dos mercados da América do Sul, incluindo a venda do Bompreço.
No dia 1º de março de 2004, o Bompreço passou a ser controlado pela grande rede varejista norte-americana Wal-Mart, viabilizando a modernização tecnológica e a expansão da rede. Apesar da saída de João Carlos Paes Mendonça dos negócios do Grupo Bompreço, a rede de supermercados se confunde e ainda vai se confundir por muito tempo com sua imagem.
Atualmente a rede está presente em todos os estados do nordeste, com maior concentração de lojas na Bahia e Pernambuco. Hoje conta com 119 lojas no total. As unidades operam diferentes formatos, incluindo os hipermercados Hiper Bompreço, que oferecem aos seus clientes cerca de 50 mil itens, entre confecção e eletrônicos, e os supermercados Bompreço, que contam com um sortimento de mais de 10 mil itens. Já os mini mercados, as lojas Balaio, as lojas Magazine, bem como as Farmácias Bompreço, também fazem parte dos formatos Bompreço.