Alto Caparaó tem sua origem em um povoado organizado por volta do ano de 1900 por descendentes de alemães. Em 1948, uma população de 600 moradores ocupando 80 casas já estavam registradas nesse povoado.
Mais tarde, algumas realizações representaram novos impulsos para a localidade: as obras de urbanização realizadas por Inimá Novais Campos, um mapeamento para uma estrada entre Alto Caparaó e o pico da Bandeira executado pelos alemães Martim Palka e Ernesto Klettmhafer; e a criação do Parque Nacional do Caparaó em 1961.
Em 1967, a descoberta de um movimento de guerrilha na serra do Caparaó levou à localidade cerca de 10 mil soldados e a Força Aérea Brasileira para efetuar a prisão dos guerrilheiros. A presença de tanques de guerra e aviões de combate foi um fato que marcou para sempre a vida das pessoas que viviam em Alto Caparaó.
Pela lei 8.285, de outubro de 1982, o distrito de Caparaó Velho passou a se chamar Alto Caparaó e através de plebiscito popular, emancipou-se do município de Caparaó em 1995.