Resumo: As Leveduras negras sao fungos ascomicetos pigmentados de desenvolvimento lento predominatemente leveduriforme que ocupam diversos nichos ecológicos nos ecossistemas. As especies associadas a infecções em hospedeiros humanos e animais estão taxonomicamente acomodadas na ordem Chaetothyriales dentro da família Herpotrichiellaceae, reunindo entre outros os agentes causais da doença cromoblastomicose, uma micose subcutânea crônica, caracterizada pela presença de corpos muriformes no tecido hospedeiro. Dados epidemiológicos demonstram que a infecção ocorre por implantação frequentemente associada a um trauma por fragmentos vegetais. A região norte do Brasil é considerada área endêmica da doença, principalmente devido às características ocupacionais predominantemente rurais e extrativistas da população. O maior agente etiológico da cromoblastomicose é a espécie Fonsecaea pedrosoi, porém sua recuperação de substratos ambientais é restrita. Neste contexto, o objetivo principal deste estudo foi a investigação ambiental de F. pedrosoi em diversos nichos e substratos, atraves de amostras procedentes de áreas endêmicas da doença, por meio de ferramentas moleculares e métodos específicos de isolamento. Um total de 87 amostras foi analisado por ambos os métodos. Para o screening molecular foi aplicado o método de sonda cadeado baseado na técnica de Amplificação em Círculo Rolante (RCA) no DNA total das amostras estudadas. O agente de cromoblastomicose F. pedrosoi foi detectado pela sonda e amplificado por RCA em amostras de solo, material em decomposição e folha da planta Solanum paniculatum (jurubeba). O limite de detecção do método foi de 2.88x107 cópias do DNA de interesse. Para o isolamento foi utilizado o metodo seletivo de flotação em óleo mineral e a identificação dos isolados foi realizada por marcadores morfológicos e moleculares. Através do isolamento foram recuperadas 175 colônias negras, sendo 08 isolados morfologicamente semelhantes aos agentes de cromoblastomicose, identificados molecularmente como F. multimorphosa (n= 01), F. brasiliensis (n=04), C. ambígua (n=02) e C. guayanensis (n=01). Das amostras selecionadas pelo método molecular não foi possivel recuperar nenhuma linhagem de especies relacionadas à doença cromoblastomicose. Este foi o primeiro estudo a utilizar o método de sonda cadeado baseado em RCA como ferramenta de seleção ambiental o qual demonstrou a presença do DNA de F. pedrosoi em plantas. Entretanto, a baixa taxa de desenvolvimento e a natureza oligotrófica das espécies patogênicas, pode limitar a recuperação por métodos de isolamento, justificando a limitação do método e não recuperação das espécies patógenas das amostras positivas. Em conclusão, a sonda cadeado baseada em RCA é uma ferramenta adicional nos estudos destes agentes, a qual pode contribuir para inferência de dados sobre rotas de infeção da cromoblastomicose e da ocorrência ambiental destes patógenos. Palavras-chave: Leveduras negras. Sonda cadeado. Detecção ambiental. Chaetothyriales. Cromoblastomicose.