O rei D. Sebastião, o penúltimo soberano da 2ª Dinastia, denominado desde o ventre materno "o desejado", era a única esperança de salvar Portugal de uma eventual sucessão castelhana. O seu desaparecimento em Alcácer-Quibir, em território marroquino, em 1578, desencadeou logo a sua identificação com este mito: o rei retornaria ao trono e fundaria o novo império. As dúvidas levantadas sobre a morte do rei na batalha confundiram-se.
Durante o domínio espanhol em Portugal, com a resistência aos Filipes, nas décadas de 1580 e 1590, surgiram indivíduos que se identificavam como o falecido rei. Os partidários de D. António, Prior do Crato, pretendente derrotado ao trono português, parecem ter sido responsáveis pela associação entre esta crença no retorno de D. Sebastião e as predições de Bandarra, por volta de 1600.
Na época da Restauração (1640), o sebastianismo foi identificado com a nova dinastia de Bragança na sua guerra contra a Espanha, pois o novo rei D. João IV era o "Encoberto". Neste contexto, o padre António Vieira publicou o seu trabalho sobre o Império, sublinhando que ao rei português, identificado primeiro com D. João IV, e depois com os sucessores da nova dinastia que se foram sucedendo, caberia instalar a monarquia universal.