Como o projeto parou de ser desenvolvido e o código fonte nunca foi liberado, alguns fans começaram projetos de clones do M.U.G.E.N. como o OpenMugen e o Rhakys.
Ultimamente, o site da Elecbyte voltou a abrir, com um F.A.Q, falando sobre a possível volta da Elecbyte com a versão completa do WinM.U.G.E.N. Eles também alertaram sobre a incompatibilidade dos antigos chars e stages com essa nova versão.