Os probióticos auxiliam a recompor a microbiota intestinal, através da adesão e colonização da mucosa intestinal. Esta ação impede a adesão e subsequente produção de toxinas ou invasão das células epiteliais, a fina camada de células cuja função é proteger o corpo contra toxinas e bactérias patogênicas.
Adicionalmente, os probióticos competem com as bactérias indesejáveis pelos nutrientes disponíveis no nicho ecológico. O hospedeiro fornece as quantidades de nutrientes que as bactérias intestinais necessitam e estas indicam ativamente as suas necessidades.
Essa relação simbiótica impede uma produção excessiva de nutrientes, a qual favoreceria o estabelecimento de competidores microbianos com potencial patogênico ao hospedeiro. Além disso, os probióticos podem impedir a multiplicação de seus competidores, através de compostos antimicrobianos, principalmente as bacteriocinas.