Para ser útil para cientistas, profissionais envolvidos com o manejo ambiental e formadores de políticas públicas, um conjunto de dados deve ser devidamente armazenado em uma estrutura organizada e sempre vir acompanhado de explicações detalhadas, incluindo informações sobre como foram coletados, onde, por quem e quando - os chamados Metadados Primários. Com isso, assegura‐se que esse conjunto de dados possa ser entendido e utilizado futuramente por qualquer pessoa, não necessariamente por quem o coletou. Metadados são dados sobre dados que auxiliam os pesquisadores a encontrar, entender e utilizar eficientemente conjuntos de dados gerados por eles mesmos ou outros pesquisadores.
Visando disponibilizar um banco de dados sobre a biodiversidade Amazônica para diversos setores da sociedade, o PPBio segue o princípio de que toda coleta de informações deve ser devidamente documentada na forma de metadados, associado ao respectivo conjunto de dados validados e disponibilizada em um sítio na internet com livre acesso. A política de Dados do PPBio está disponível na seção de Política de dados.