Em uma emboscada, Carlos Marighella é morto
Brizola ainda daria seu apoio a outras duas iniciativas – igualmente fracassadas: 22 guerrilheiros renderam-se na serra do Caparaó, Minas Gerais, sem dar um tiro. E na região do Bico do Papagaio, hoje Tocantins, a prisão do jornalista Flávio Tavares levou à dispersão dos 20 combatentes que tinham se mudado para lá.
Outras organizações empunharam a bandeira da luta armada. Já em 1967, quando o governo Costa e Silva ainda hesitava em usar força total contra a oposição, tentando manter a ditadura disfarçada, o uso da força era um tema em debate na esquerda.
Embora parte dos teóricos acreditasse que a vitória da guerrilha se daria a partir do campo, foi nas grandes cidades que os movimentos armados se implantaram inicialmente. Militantes do Partido Comunista Brasileiro, inconformados com a insistência do Partidão em pregar a frente ampla contra o regime e a ocupação dos espaços disponíveis acabaram deixando a organizaçãoo para seguir Carlos Marighella e Joaquim Câmara Ferreira na Dissidência Comunista, que daria origem a Ação Libertadora Nacional, ALN. O programa do grupo não obedecia ao princípio leninista do centralismo democrático, esteio maior dos partidos comunistas, que obriga os militantes a cumprirem as determinações aprovadas pela maioria, mesmo discordando delas. Na ALN, era diferente:
Daniel Aarão Reis, ex-militante do MR-8, professor de história contemporânea da Universidade Federal Fluminense e autor de Ditadura Militar, Esquerda e Sociedade , citado pelo jornalista Elio Gaspari, desfez a hipótese, frequentemente mencionada, de que a ALN e outras organizações armadas estivessem apostando na volta à democracia representativa – ou burguesa, como se dizia então:
As organizações armadas recrutavam a maior parte de seus integrantes no movimento estudantil. Num primeiro momento, os interessados davam apoio a ações clandestinas, arrecadavam dinheiro, distribuíam documentos da organização entre simpatizantes, garantiam abrigo para os que já estavam na clandestinidade. O passo seguinte era o mergulho na vida dupla, a ação.
Alfredo Sirkis, hoje deputado federal pelo Partido Verde, trocou o movimento secundarista pela guerrilha urbana e deixou em suas memórias um registro vivo – e subjetivo – daqueles momentos:
"A policia pode chegar a qualquer momento. Não convém facilitar. Olhando o meu quarto velho de guerra, a cama onde cresci noite após noite, os mil e um objetos que ia deixar para trás. A nevoa de fluidos familiares, neurótico-aconchegantes. O útero no 10º andar da barulhenta artéria do Flamengo. Sumira aquela sensação fulgurante, maravilhosa do sair-de-casa que antegozara, tantas vezes, nas ultimas semanas. A emoção de ir se esconder do DOPS em nome de uma causa mais elevada. Trocar o conforto pequeno-burguês do lar pela misteriosa clandestinidade da luta junto ao povo. Fazer a minha opção de classe sob a escalada da repressão. Mas o antegozo, pleno de predisposições heroicas, se escondera alhures na minha cuca e sentia apenas o cansaço do dia, tenso e abafado. E uma preguiça sem mais tamanho diante da mão de obra que era esconder a papelada numa casa, depois rumar para outra, de uma família desconhecida que devia me abrigar."
Dorval Fagundes Furtado Junior, em Os Silêncios da Memória (1969/1974) descreveu assim a divisão de tarefas nas organizações:
Os militantes se dividiam em dois grandes grupos, um para a ação e outro para o apoio. Na equipe da ação ficavam os mais combativos, que pegavam em armas, sabiam atirar, montar explosivos, planejavam assaltos e ações violentas, como assassinatos premeditados. Largavam seus empregos e imóveis e viviam na clandestinidade, em aparelhos – moradias de fachada. Já as pessoas do apoio mantinham sua vida normal.
Durante o horário do expediente, trabalhavam para pagar suas contas. Nas horas vagas, fabricavam documentos falsos, preparavam material de propaganda, convenciam pessoas a participar da luta, roubavam carros que seriam utilizados nas ações, abrigavam guerrilheiros em suas casas, conseguiam médicos para atender os feridos, escondiam armas, munição e dinheiro. Mas o risco e o perigo eram reais para todos.
Entre as principais organizações armadas destacou-se a ALN , de Marighella e Toledo, que começou a agir assaltando bancos e carros pagadores e participou do sequestro do embaixador norte-americano Charles Burke Elbrick (trocado pela libertação de 15 presos políticos, entre os quais Vladimir Palmeira e José Dirceu e do embaixador alemão Ehrefried Von Hollebem, libertado contra a expulsão de outros 40 presos.
Outro grupo atuante foi a Colina ou Comando de Libertação Nacional, que também surgiu em 1967, fundiu-se com a Polop e já em 1968, realizou ações armadas com o projeto de conseguir recursos e implantar uma guerrilha rural. A prisão de muitos militantes, depois de 1969, levou o grupo a criar a com o apoio de ex-membros da VPR – Vanguarda Popular Revolucionária.
O MR-8 (Movimento Revolucionário 8 de Outubro) foi batizado por Franklin Martins, quando foi preciso assinar o manifesto divulgado durante o sequestro do embaixador americano.
Conhecido inicialmente como "DI da Guanabara" (DI-GB), ou Dissidência da Guanabara do PCB, o grupo atuava desde 1966 no meio universitário. Seus militantes praticaram roubos, assaltos a bancos e supermercados e em 1971, receberam a adesão de um capitão do Exército, de fina pontaria: Carlos Lamarca, órfão da VPR.
O avanço aparente dos grupos armados foi barrado por uma repressão cada vez mais violenta, pela tortura sistemática dos prisioneiros e pela sofisticação dos métodos de espionagem e investigação. A luta armada não empolgou as grandes massas.
Marighella foi morto numa emboscada no centro de São Paulo, Lamarca, fuzilado no interior da Bahia, Toledo, durante uma sessão de tortura.
O último movimento armado contra a ditadura foi a guerrilha rural do PC do B, no Araguaia. Os primeiros combatentes chegaram em 1967 e se instalaram como camponeses, com o projeto de criar um foco guerrilheiro a médio prazo. Em 1972, o Exército começou a caçada, que seria concluída dois anos mais tarde, com ataques combinados da Força Aérea, fuzileiros navais, fuzileiros da infantaria de selva, infantaria paraquedista, e comandos e forças especiais, sob o comando do General Hugo Abreu, comandante da Brigada Paraquedista e veterano da Força Expedicionária Brasileira.
Estima-se que o total de soldados chegou ao milhar. Na época, o balanço oficial das mortes era de 16 militares e sete guerrilheiros. Em 2004, o Ministério da Justiça contabilizou 61 desaparecidos, cujos corpos continuam sendo procurados.