Algumas vantagens dos Flatpak são: diversas aplicações neste formato, segurança ao utilizar um app novo, mesmo instável não afetará seu sistema. Não terá problemas com erros de dependências. Melhor integração com o sistema, seja na utilização ou visual. Inclusive é possível instalar diversos temas ao seu sistema em Flatpak.
Para obter as vantagens de um sistema livre de instabilidades, ou erros de dependências, o Flatpak teve que adotar uma estratégia. Utilizar RUNTIMES, onde as dependências dos softwares são embutidas. Isso evita que cada programa acompanhe bibliotecas junto a eles, como no caso dos AppImage. O “calcanhar de Aquiles” do Flatpak, com o tempo você acaba tendo muitas Runtimes no sistema, pois nem todo app utiliza a mesma, isso depende de sua versão, ou quem e como foi desenvolvido.
Então se você tem uma Internet lenta, ou espaço em disco escasso. Talvez os Flatpaks não sejam a melhor escolha.
Se você não gosta de ir no site das aplicações procurando por atualizações, quer utilizar aplicativos em versões mais recentes, não ter problemas com dependências quebrando seu sistema, uma integração visual e na utilização do sistema.
Tem espaço suficiente para instalar as aplicações, e uma Internet razoável para efetuar a instalação dos apps. O Flatpak é uma ótima opção.
O Snap possui muitas características dos Flatpak, como o fato de ser SANDBOX, e as aplicações não interferirem no seu sistema operativo. Acompanhando todas as vantagens, de poder utilizar o app sem o medo de danificar o sistema, por conta de alguma dependência. E as aplicações em regra não precisarem de bibliotecas adicionais.
Um ponto a se observar, é que o Snap utiliza uma outra forma para suprir as dependências dos programas. Cada aplicação vem com bibliotecas embutidas, e as mais comuns estão no CORE, algo que funciona parecido com as RUNTIMES do Flatpak. Com um diferencial, esse Core será para todas as aplicações.