Nos últimos anos, com o declínio da exploração aurífera em toda região e a consciência dos danos sócio-culturais e de saúde causados por estas atividades à população, algumas comunidades indígenas voltaram a se interessarem novamente pelas atividades florestais renováveis, tentando encontrar alternativas de beneficiamento para agregar valor aos produtos como borracha, castanha e copaíba. Este processo ainda encontra-se em fase embrionária, necessitando da elaboração de projetos específicos visando a obtenção de recursos que financiem as atividades. De todo modo, o tema está vinculado às discussões que os Munduruku têm mantido nos últimos anos, voltadas para a questão da defesa do território e a preservação dos recursos naturais e da cultura.
Os Munduruku participaram da segunda Assembléia de Chefes Indígenas realizada no Brasil, que aconteceu em maio de 1975, na aldeia Missão Cururu, com a presença de lideranças de várias etnias (a primeira Assembléia ocorreu na sede da Missão Anchieta, em abril de 74, e não contou com representantes Munduruku). As primeiras Assembléias por iniciativa das lideranças e com a participação de caciques e representantes da maioria das aldeias Munduruku ocorreram nos anos de 1985/86, e tinham como tema principal a questão da demarcação da terra, além de discutir os problemas relacionados à educação, saúde, meio ambiente e projetos voltados para economia das comunidades. Mas os encontros só passaram a ser registrados a partir da realização da I Assembléia Geral do Povo Munduruku, em 1989. Com o passar dos anos a organização foi amadurecendo, a participação foi crescendo e as discussões ampliaram-se.
Como meio de organização formal, os Munduruku do alto rio Tapajós criaram em 1991 a Associação Indígena Pusuru, por iniciativa de algumas lideranças e com o objetivo de organizar as reivindicações voltadas para a demarcação da terra, bem como desenvolver ações referentes à defesa do meio ambiente, educação, saúde e outros problemas enfrentados pela população. No mesmo ano, as lideranças entenderam que era necessário uma forma de organização que exercesse um papel político mais direto, orientando as discussões e que possibilitasse a participação ampla de representantes de várias comunidades Munduruku. Surgiu então o Conselho Indígena Munduruku do Alto Tapajós (CIMAT).
Em 2002 foi realizada a XIV Assembléia Geral, a primeira após a conclusão dos trabalhos de demarcação da terra, pela qual muitas lideranças junto com suas comunidades lutaram.
Porém, os desafios são muitos. A difícil localização, entre outros fatores, desestimula relações de intercâmbio mais constantes com outras entidades indígenas, o conhecimento de outras experiências e a busca de aliados para enfrentar os problemas contemporâneos. A organização dos Munduruku, como de resto a de muitos povos indígenas no Brasil, vive uma situação de quase isolamento que dificulta um amadurecimento político maior, ficando sujeita muitas vezes a interlocução desfavorável com agentes locais que não têm compromisso com os direitos indígenas.
Mesmo com esta situação, as duas entidades atuam juntas e vêm realizando várias ações importantes para o fortalecimento do povo Munduruku. Apresentaram, em 1998, um projeto que foi aprovado pelo PPTAL, quando foi implantada a rede de radiofonia coordenado pela Pusuru e o CIMAT, estabelecendo a comunicação entre 10 aldeias localizadas em pontos importantes para a proteção do território, e para a articulação das atividades, fato que contribuiu para melhorar a comunicação e o intercâmbio, consolidando a organização.
Em 2001, as entidades executaram, com o apoio do PPTAL, o Projeto de Acompanhamento da Demarcação da Terra Indígena Munduruku, sendo que em 2002 foi executado o Projeto de Fiscalização da referida terra indígena, renovado recentemente. A Pusuru e o CIMAT coordenam as atividades de mobilização dos Munduruku, encaminham reivindicações de direitos e são interlocutoras nas relações com as instituições públicas. Para atender esses objetivos, foi instalada uma sede na cidade de Jacareacanga.
No entanto, a interferência dos poderes políticos locais nas questões que dizem respeito à vida dos Munduruku tem sido cada vez mais presente. Este fato aliado à omissão e desinteresse da Funai regional nas questões que dizem respeito as suas atribuições tem representado uma séria ameaça ao processo de consolidação da organização dos Munduruku de forma autônoma e independente.
Um outro aspecto que merece registro no processo de organização dos Munduruku é o interesse que eles sempre tiveram na melhoria da educação escolar. Muitas das escolas existentes surgiram por iniciativa das comunidades, sendo que vários professores indígenas atuaram durante anos como voluntários, contribuindo para alfabetização e o sentimento de compromisso de muitos jovens que se encontram hoje participando das ações de interesse comunitário. Os trabalhos de capacitação dos primeiros professores foram iniciados a partir da metade da década de 1970, com apoio do SIL (Sociedade Internacional de Lingüística) e da Missão São Francisco.
Depois de longo intervalo, as atividades escolares foram retomadas com novo formato e novos princípios em fins da década de 80, algumas por iniciativa do CIMI (Conselho Indigenista Missionário) e outras da Funai. Atualmente encontra-se em vigor o Projeto de Formação de Magistério Indígena Munduruku, sob a coordenação da Funai e em parceria com a Seção de Educação Indígena da SEDUC-PA (Secretaria de Educação do Pará), contando também com o apoio das entidades Munduruku e da Missão Batista e Missão Cururu. O curso, de caráter modular e iniciado em 1998, está em processo de reconhecimento pelo Conselho Estadual de Educação do Pará.
Entre os problemas contemporâneos enfrentados pelo Munduruku, especialmente os localizados nas comunidades da região do rio Tapajós, não pode deixar de ser registrada a situação de precariedade da assistência de saúde. A atenção à saúde indígena na região é coordenada pela FUNASA através de convênio com a Prefeitura de Jacareacanga.
Os problemas de saúde se avolumam com o passar do tempo, apesar de alguns aspectos terem sido objeto de estudos realizados há alguns anos, como a contaminação por mercúrio citada anteriormente, e a grande incidência de hepatite B, apontada pelos estudos do Instituto Evandro Chagas desde o início da década de 90. Paralelamente a estas enfermidades, os números referentes a casos de tuberculose, malária e infecções respiratórias, ocasionando muitos óbitos, continua sendo preocupante. A participação e o controle social na política de saúde são ainda muito fracos, não tendo articulação suficiente para fiscalizar, cobrar direitos, sendo assim ignorada por uma execução que não atende de forma minimamente satisfatória as necessidades de saúde do povo munduruku.