Maisie Williams cresceu como a caçula de quatro filhos em Bristol, Reino Unido. Nascida Margaret Williams, a então futura atriz ganhou o apelido de Maisie quando criança, recebendo o nome da garotinha de The Perishers, uma história em quadrinhos britânica.
Em 2015, ela disse ao Evening Standard que, embora ela e seus irmãos mais velhos sempre estivessem próximos – “melhores amigos” -, ainda existia sempre um senso de competição entre eles, e ela observou que pode ter seguido o mantra de “é a participação que conta”. No entanto, ela acrescentou: “Ainda devemos fazer o melhor que pudermos, mesmo que isso não seja ótimo.”