A patologia das doenças vasculares está relacionada a um desequilíbrio hemisférico, no qual a atividade do hemisfério danificado é compensada por um aumento na atividade da área homóloga contralateral [19659002] Diferentes estudos com aplicação do protocolo rTMS mostram seu potencial para a reabilitação de sintomas motores: aumento da força de preensão ou redução da espasticidade.
A epilepsia é uma patologia que envolve a condição de episódios convulsivos devido à hiperexcitabilidade do córtex cerebral.
Um número variado de estudos com crianças na infância com epilepsia do tipo focal mostrou uma redução significativa na frequência e duração das crises epilépticas. No entanto, esta conclusão não é generalizável, uma vez que não há redução sistemática em todos os participantes.