Apesar de todas as vantagens do Algotrading, ele apresenta riscos. Ou seja, não é porque estamos utilizando a tecnologia que a especulação se torna mais segura ou menos volátil, por exemplo.
Se o cenário mudar de tal maneira que as condições definidas inicialmente já não valem mais, as ordens automatizadas que serão executadas não entregarão os resultados esperados. Sem o monitoramento, portanto, podem ocorrer perdas significativas.
A própria velocidade de operação do sistema pode ser um fator negativo. Afinal, diante de uma mudança abrupta no mercado, é improvável que consiga mudar as condições das ordens na mesma velocidade.
Considerando que elas costumam acontecer em fração de segundos, as perdas podem se acumular rapidamente. Em poucos minutos o trader pode ter um acumulado negativo de destaque, o que exigirá uma adaptação muito adequada das condições para reverter a situação.
Além disso, deve-se considerar o fato de que o preço de um ativo, como a cotação de uma Ação, depende, principalmente, da oferta e da procura. Por mais preciso que um modelo matemático seja, ele não é capaz de contemplar todos os fatores emocionais e imprevisíveis que impactam os preços.
Em última análise, é o trader o grande responsável pela estratégia, sendo que o Algotrading apenas faz a execução operacional. Portanto, a especulação continua apresentando riscos que devem ser considerados.