Sim, há a guerra também. Os inimigos dessa vez são uma entidade alienígena chamada de "Gnosis", que nada mais são do que "monstros" que vagam no espaço (quem já assistiu Gunbuster deve pensar nos inimigos alienígenas desse anime, pois é exatamente a mesma coisa), alguns do tamanho de pessoas, outros maiores do que cruzadores estelares. Os principais problemas dessa guerra são os seguintes: os inimigos são capazes de aparecer do nada, simplesmente emergindo do tecido do espaço. Isso até não seria o pior, não fosse o fato destas serem criaturas etéreas capazes de atingir o oponente perfeitamente, como se fossem sólidos. Também tem o fato deles serem atraídos pelos Zohar... Complicado, deveras...
Entretanto, a esperança não está de toda perdida, pois para enfrentar tal ameaça (supostamente essa seria a finalidade), foi desenvolvida a mais poderosa arma de destruição em massa jamais criada pela humanidade. A arma perfeita, consciente porém desprovida de sentimentos, atende por um nome e é uma das coisas mais interessantes deste capitulo de Xenosaga: KOS-MOS.
A andróide de cabelos azuis desprovida de qualquer sentimento humano (de fato, é a máquina mais "máquina" que eu já tive o prazer de conhecer) foi desenvolvida pela cientista Shion Uzuki e encontra-se a bordo do cruzador Woglinde para teste de ativação. Curiosamente, a andróide possui segredos e programações que nem mesmo a sua criadora conhece. Como é possível isso?