Em 1987, participou do disco "Há Sempre um Nome de Mulher", álbum duplo dedicado à campanha do aleitamento materno e do qual se venderam 600.000 cópias apenas nas agências do Banco do Brasil. A gravação foi realizada em sua própria casa, tocando apenas ao piano a canção "Luiza", registro considerado um dos seus melhores momentos como cantor. No encarte do disco, o produtor Ricardo Cravo Albin escreveu:
Em 1990, tornou-se membro da Academia Nacional de Música Popular Americana. Foi ainda nomeado reitor e, depois, presidente do Conselho Diretor da Universidade Livre de Música, situada em São Paulo, e Doutor Honoris-Causa pela Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ). Mais tarde, recebeu o mesmo título da Universidade de Lisboa.
Foi homenageado pela escola de samba Estação Primeira de Mangueira, em 1992, com o samba-enredo "Se Todos Fossem Iguais a Você", título da canção que fez em parceria com Vinicius de Moraes.
Tom Jobim gravou inúmeros programas para as TVs brasileiras e americanas, entre os quais o especial com Milton Nascimento, exibido, em 1993, pela TV Bandeirantes.
Em 1994, realizou mais uma apresentação no Carnegie Hall, desta vez ao lado do guitarrista Pat Metheny e do pianista Herbie Hancock, e lançou o último trabalho de sua carreira, o CD "Antônio Brasileiro", pelo qual recebeu os Prêmios Sharp de Melhor Disco Música Popular Brasileira e Melhor Música-Samba, com "Piano na Mangueira", composta em parceria com Chico Buarque. O CD foi, também, contemplado com o Prêmio Grammy, na categoria Best Latin Jazz Performance. Ainda em 1994, a prefeitura do Rio de Janeiro concedeu-lhe a Medalha Pedro Ernesto.
Antônio Carlos Brasileiro de Almeida Jobim morreu no dia 08/12/1994, em Nova York. Ele teve uma parada cardíaca, depois de complicações pós-operatórias. Tom Jobim havia feito uma cirurgia para retirar dois tumores na bexiga, realizada no Hospital Mount Sinai. Ele sofreu um infarto antes de se submeter a uma angioplastia, que deixaria seu coração em condições de suportar uma operação de grande porte, como a para extirpar o câncer na bexiga.