Foi até as últimas consequências defendendo a fé que professava e ensinava em suas pregações.
Passado um tempo, após dar seu testemunho em vários colégios dos jesuítas, ser sinal para Portugal do quanto o amor a Cristo e à Igreja não pode ter medidas. Retornando à Índia, novamente evangelizando em Maravá, foi preso. Desta vez, até um príncipe pagão chegou a se converter. Mas o rei se revoltou, mandou prender aquele padre. No ano de 1693, ele foi degolado. Sofreu muito antes disso, mas tudo ofereceu por amor a Cristo e pela salvação das almas. São João de Brito, modelo para todos nós de que o amor a Cristo, à Igreja e a salvação das almas não pode ter medidas.