A unidade do ESM passa então pela criação de novas unidades orgânicas conjuntas e pela possibilidade do ESM defender os seus interesses a uma só voz nos palcos do ensino superior (caso da avaliação externa), sejam eles nacionais ou estrangeiros.
Após as necessárias equivalências dos seus cursos de licenciatura e bacharelato, os EMES têm investido nos últimos anos no acompanhamento dos novos padrões de qualidade nacionais e europeus.
Um exemplo desse acompanhamento foi o recente processo de avaliação externa, que constituiu a tomada de consciência de que, independentemente de mais valias inerentes à especificidade do ESM, existem lacunas que poderão penalizar a médio prazo as instituições, mas sobretudo os homens e mulheres que servem as FA e a GNR.
Outro exemplo diz respeito ao esforço desenvolvido por Portugal no sentido de acompanhar o “Processo de Bolonha” (por vezes incorrectamente apelidado de “Tratado de Bolonha”) que teve início naquela cidade em 1999, com a reunião de 29 Ministros da Educação Europeus. Iniciou-se então um processo irreversível de criação de um «espaço europeu do ensino superior» (EEES), que terá repercussões no próprio ESM. Até 2010 (na conferência de Berlim, em Set2003, já alguns países tentaram encurtar esse prazo para 2005), os graus académicos serão comuns na Europa e os cursos de diferentes países e instituições equiparáveis, num percurso que inclui a aplicação de critérios europeus de qualidade, a normalização de um sistema de créditos baseados no trabalho (ECTS), a reforma de estruturas de cursos e de métodos de ensino//aprendizagem, etc..