A endoscopia é uma especialidade onde se obtém imagens diagnósticas através de um endoscópio. O endoscópio é um aparelho que consta basicamente de uma fonte de luz e alguma forma de visualização da imagem. Permite a visualização de diversos órgãos dos animais usando um tubo flexível com óptica que não machuca o paciente. Os animais são submetidos a anestesia geral inalatória. É um exame indolor que demora em torno de 30 minutos. A endoscopia é utilizada no trato gastrointestinal (esôfago, estômago, duodeno, cólon), no trato respiratório (rinoscopia, traqueoscopia e broncoscopia) no trato urinário (cistoscopia), nas cavidades pélvicas e abdominais (laparoscopia) e nas articulações (artroscopia). Dentre as indicações de endoscopia gastrointestinal estão: vômitos constantes, regurgitação, disfagia, dificuldade e dor à deglutição, dor abdominal, remoção de corpos estranhos e coleta de material para biopsia.
Dentre as maiores aplicações da endoscopia está a retirada de corpos estranhos. É muito comum em cães e gatos a ingestão de plásticos, linhas, borrachas, sendo que muitas vezes esse material fica retido no estômago ou esôfago. A aspiração pelas vias áreas de gramíneas e insetos também ocorrem. Através da endoscopia é possível a retirada desse material sem trauma para o animal.
Já a colonoscopia é um exame endoscópio do intestino grosso e porção distal do íleo. É realizado para avaliação da mucosa intestinal e do calibre do órgão, permite a realização de coleta de material para biopsia e hemostasia de lesões sangrantes. Entre os diagnósticos mais comuns estão os tumores e a doença inflamatória intestinal.
A rinoscopia permite a visualização os seios nasais; broncoscopia destinado para a coleta de secreções e lavado brônquico com o auxílio do broncoscópio.