A ONG é mantida por doações e fundos de patrocínio. Além disso, o conteúdo artístico encenado pelos palhaços nos hospitais é apresentado também em teatros e intervenções em empresas, gerando recursos financeiros para a organização.
No Rio de Janeiro e em São Paulo, Doutores da Alegria mantém um programa que leva variadas formas de arte, como circo, música e poesia, a pacientes de hospitais públicos, contemplando mais de 27 mil pessoas. Em todo o Brasil a ONG articula uma rede de iniciativas semelhantes. Desempenha, por meio de sua Escola um papel referencial na pesquisa da linguagem do palhaço e na formação de jovens, artistas profissionais e interessados – cerca de 200 jovens artistas já se formaram em um programa com duração de três anos.
Possui a certificação de utilidade pública nas esferas federal, estadual e municipal. Recebeu o Prêmio Criança da Fundação Abrinq pelos Direitos da Criança,[foi incluída três vezes na lista das 100 melhores práticas globais da divisão Habitat da Organização das Nações Unidas. Recebeu ainda o Prêmio Cultura e Saúde, concedido em junho de 2009 e 2010 pelo Programa Cultura Viva, iniciativa conjunta dos Ministérios da Cultura e Saúde. Recentemente, recebeu a certificação do Conselho Nacional de Assistência Social – CNAS.