O JLPT separa os kanji por frequência de uso, enquanto o RTK valoriza os traços, radicais e kanji que são utilizados como componentes. Na minha opinião não faz diferença nenhuma a ordem com que se aprende Kanji, porque eu sempre indico a pessoa a aprender o japonês de acordo com sua própria necessidade.
É fato que a melhor maneira de aprender kanji é utilizando seus radicais e componentes junto com sua imaginação. Não importa se você vai seguir a ordem de aprendizado do JLPT ou sua própria ordem. Sendo assim chegamos a conclusão de que o método RTK pode ser aplicado junto com qualquer método de estudo.