Em Fernando de Noronha, os portugueses ergueram dois núcleos urbanos, com uma Colônia Correcional para presos comuns vindos de Pernambuco: a Vila dos Remédios e a Vila da Sambaquixaba ou da Quixaba. O traçado urbanístico da Vila dos Remédios - uma estrutura planejada - era composto por dois pátios (duas unidades espaciais): administração (poder civil, no espaço superior) e a igreja (poder religioso, no espaço inferior). Nela ficavam, a partir do século XVIII, os prédios públicos, os alojamentos carcerários e oficinas para presidiários, a igreja, a praça de comando ou praça d'armas, as casas de moradia, o almoxarifado, a escola, o hospital e os armazéns para estocagem da produção agrícola e gêneros vindos do continente.
Com toda a área calçada em pedra e as edificações de grande porte, a Vila fornecia suporte ao sistema carcerário implantado na ilha. Estrategicamente, a vila não deveria ser vista do mar. O sistema viário calçado por toda a ilha, utilizou o modelo "cabeça de nego", com drenagem das águas pluviais e a conservação do solo, procedimento adotado em seus pátios e ruas. Durante mais de duzentos anos, esse núcleo foi usado e conservado na sua estrutura original, com pequenas modificações e inclusões.
No século XX, durante o Estado Novo (1937-1945), a ilha foi escolhida pelo governo brasileiro para implantação de um presídio político e, posteriormente, uma base militar. Em 1942, passou à condição de Território Federal. Nesse mesmo ano, a ocupação militar provocada pela 2ª Guerra Mundial causou grandes interferências e desfigurações na ilha, com a instalação de uma base avançada brasileira e uma base americana de cooperação de guerra. Perdeu-se parte da face urbana antiga e surgiu a influência da construção pré-fabricada, pela sua praticidade em tempos de emergência.
Os americanos voltariam a se estabelecer no arquipélago entre 1957 e 1965, com um posto de observação de mísseis teleguiados. Nos anos seguintes, foi administrada por militares do Exército, Aeronáutica, Estado Maior das Forças Armada, e pelo Ministério do Interior (Minter). Em 1988, com a promulgação da atual Constituição Brasileira, retornou à sua situação original - ligada administrativamente ao Estado de Pernambuco.