O benefício concedido às PCHs na comercialização de energia gerada no mercado livre consta na regulamentação da contratação de energia incentivada, que prevê redução nas tarifas de distribuição e transmissão dos geradores e dos respectivos consumidores dessa energia. De acordo com a Lei 9.427/1996, fontes alternativas (PCH, biomassa, eólica e solar) têm direito a um desconto de no mínimo 50% nas tarifas de uso do Sistema Interligado Nacional (SIN). O direito a esse desconto é estendido também aos consumidores.
Os locais para melhor aproveitamento de PCHs encontram-se nas regiões Sul e Sudeste, nas bacias do Paraná e do Atlântico Sudeste, ou seja, próximos dos maiores centros consumidores do Brasil. Os novos projetos concentram-se na região Centro-Oeste. Dados da Eletrobrás indicam existir potencial de cerca de 10 mil MW a ser explorado com a viabilização de mais de 900 novas PCHs.
A Agência Nacional de Energia Elétrica (Aneel) indica um total de 371 PCHs em operação; 61 em construção; 150 outorgadas; e mais de 500 projetos em fase inicial de estudos. Essas usinas produzem apenas 2,89% da energia elétrica brasileira e caso todos os projetos em andamento sejam viabilizados, aumentando em três vezes o total de PCHs do país, acrescentarão muito pouco à sua capacidade total. O horário de verão brasileiro entre outubro de 2011 e fevereiro de 2012, que durou 133 dias, economizou 4,6% ou 2650 MW da energia elétrica do país, ou seja, quase uma vez e meia o potencial total de energia das PCHs.