O Museu Paulista, instalado no edifício construído como monumento à Independência do Brasil, às margens do Ipiranga, é um dos símbolos nacionais e paulistas mais conhecidos. A obra Independência ou Morte (1888), encomendada ao pintor Pedro Américo para a parede na qual até hoje se encontra, é possivelmente a imagem histórica mais difundida do País. Criado em 1893 e inaugurado em 7 de setembro de 1895, o museu sempre teve dupla denominação - o nome oficial, Museu Paulista, e o popular, Museu do Ipiranga -, associada a duas missões: a de um museu de pesquisa e a de um museu voltado ao grande público, desde o início com altos índices de visitação.
Sua história nos fala muito sobre os contextos que atravessou. A primeira grande fase vai de 1895 a 1916, período em que era um museu de Ciências Naturais, dirigido pelo zoólogo Hermann von Ihering. Naquele momento, pensar a história do País era investigar seu território, sua natureza, seus habitantes originais, numa perspectiva evolucionista. Assim, com acervos de Zoologia, Botânica, Mineralogia, Paleontologia, Arqueologia e Etnologia, constituía-se num museu de História Natural, aí incluída a então chamada História Pátria, vista como ápice de um processo civilizatório.
A segunda fase, com ênfase na história do Brasil, vai de 1917 a 1946. Sob direção de Affonso Taunay, a instituição se tornou não só uma referência de conhecimento histórico como forjou grande parte das imagens que ficaram associadas à história nacional, como as figuras de bandeirantes. Em 1921, foi criado o Museu Republicano na casa onde havia se realizado a Convenção de Itu, marco do movimento republicano no século 19.
No momento de criação da Universidade de São Paulo, em 1934, a ela foram incorporadas as instituições de ensino que já existiam em São Paulo e, como institutos complementares, dez instituições científicas do Estado, entre elas o Museu Paulista. Taunay, que havia sido professor da Escola Politécnica, foi nomeado professor da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras.