Dormem em um trapiche abandonado e vivem em feiras populares e festas de rua, atrás de comida e divertimento. Às vezes explodem, gritam de raiva, perdem a cabeça, mas resistem bravamente aos piores obstáculos.
Quando uma epidemia de varíola invade a cidade, os Capitães da Areia se deparam com o conflito da morte, têm que tomar decisões de adulto, decisões impossíveis para a cabeça dessas crianças. Enquanto isso, nos bairros populares, a epidemia destrói famílias, fazendo novos órfãos.
Dora, de apenas 13 anos, perdeu pai e mãe, e se vê só nas ruas de Salvador. Mas quis o destino que os Capitães da Areia cruzassem o seu caminho. O bando nunca teve uma figura feminina e a chegada de Dora vem mexer com a vida dos Capitães da Areia. Pedro Bala logo se apaixona por ela.