Uma vez que você encontre um espaço adequado para seus dados, mantenha-os lá — crie uma estrutura em que seus dados, códigos, e arquivos com análise e anotações estejam em três diretórios separados. Isso ajuda a manter as coisas organizadas e fáceis de administrar. Faça backup com frequência. Isso é muito importante, então vou inclusive repetir: faça backup regularmente. Todo mundo conhece alguém que conhece alguém cujo computador estragou durante o doutorado (ou pior, foi roubado… experiência própria). É bem possível que a sua universidade tenha um servidor de backup, então descubra se você pode utilizá-lo. Existem também opções online (como Dropbox, pCloud e Onedrive) que inclusive podem sincronizar os dados seu computador em tempo real, com a vantagem de também permitirem acesso de qualquer outro computador.
Utilizar uma convenção de nomenclatura sensata também pode te poupar de uma confusão no futuro. Por exemplo, utilize um formato de data tipo AAAA_MM_DD, de modo que suas notas estejam organizadas temporalmente. Se você sabe que seu código vai gerar cem arquivos similares, nomeie-os arquivo_001 em vez de arquivo_1 — os zeros à esquerda vão garantir que tudo esteja em ordem. Escolha nomes descritivos e esteja preparado para a possibilidade de que mudanças sejam necessárias, de modo que você possa prevenir situações como esta:
Enquanto é certamente possível fazer um doutorado imprimindo artigos e empilhando-os em sua mesa, essa provavelmente não é a melhor estratégia. Você provavelmente terá de não apenas ler, mas também referenciar muitos artigos. Utilizar algum sistema de gerenciamento pode te ajudar com isso. Existe por exemplo o Zotero, um software que permite que você salve, classifique e adicione notas a um artigo. Você pode então exportar esses artigos em forma de bibliografia, com um arquivo BibTex (uma estrutura de bibliografia largamente utilizada, muito útil para organizar suas referências em LaTeX de maneira rápida e fácil). Existem diversas outras alternativas, como Endnote, Mendeley e Jabref. Até mesmo o ADS, ou Astrophysics Data System, que a maioria dos astrônomos utiliza para buscar artigos na literatura, possui um sistema que lhe permite guardar suas referências em uma biblioteca pessoal e exportá-las em formato de bibliografia. Descubra um sistema que funcione bem para você e que se adapte ao seu sistema operacional.