Apesar da restauração da monarquia, Milton não perdeu sua fé pessoal; Sansão mostra como a perda da salvação nacional não impedia necessariamente a salvação do indivíduo, enquanto o Paraíso Recuperado expressa a crença contínua de Milton na promessa da salvação cristã por meio de Jesus Cristo.
Embora ele mantivesse sua fé pessoal, apesar das derrotas sofridas por sua causa, o Dicionário de Biografia Nacional relatou como ele foi alienado da Igreja da Inglaterra pelo arcebispo William Laud, e depois se afastou da mesma forma dos Dissidentes por sua denúncia de tolerância religiosa na Inglaterra.
Milton passou a se destacar de todas as seitas, embora aparentemente achasse os quacres mais adequados. Ele nunca foi a nenhum serviço religioso em seus últimos anos. Quando um servo trouxe relatos de sermões de reuniões não - conformistas , Milton tornou-se tão sarcástico que o homem finalmente desistiu de seu lugar.
Escrevendo sobre as visões enigmáticas e muitas vezes conflitantes de Milton na era puritana, David Daiches escreveu de forma convincente:
"Cristão e humanista, protestante, patriota e herdeiro das idades de ouro da Grécia e Roma, ele enfrentou o que lhe parecia ser as dores do parto de uma nova e regenerada Inglaterra com grande entusiasmo e otimismo idealista."
Um bom resumo teológico pode ser: que John Milton era um puritano, embora sua tendência a pressionar ainda mais pela liberdade de consciência, às vezes por convicção e muitas vezes por mera curiosidade intelectual, tornasse o grande homem, pelo menos, uma pessoa vital, senão desconfortável aliado no movimento puritano mais amplo.
Milton pediu na Areopagitica "a liberdade de saber, de falar e de argumentar livremente de acordo com a consciência, acima de todas as liberdades" para as denominações protestantes em conflito. De acordo com o historiador americano William Hunter, "Milton defendeu a desativação como a única forma eficaz de alcançar ampla tolerância . Em vez de forçar a consciência de um homem, o governo deve reconhecer a força persuasiva do evangelho."
Milton escreveu A Doutrina e Disciplina do Divórcio em 1643, no início da Guerra Civil Inglesa. Em agosto daquele ano, ele apresentou seus pensamentos à Assembléia dos Divinos de Westminster , que havia sido criada pelo Longo Parlamento para trazer uma reforma maior à Igreja da Inglaterra. A Assembleia foi convocada em 1º de julho contra a vontade do Rei Carlos I.
O pensamento de Milton sobre o divórcio causou-lhe problemas consideráveis ​​com as autoridades. Uma visão presbiteriana ortodoxa da época era que as opiniões de Milton sobre o divórcio constituíam uma heresia de um homem só :
O fervorosamente presbiteriano Edwards incluíra os tratados do divórcio de Milton em sua lista em Gangraena de publicações heréticas que ameaçavam o tecido religioso e moral da nação; Milton respondeu zombando dele como "Edwards superficial" no soneto satírico "Sobre as Novas Forças da Consciência sob o Longo Parlamento", geralmente datado da segunda metade de 1646.
Mesmo aqui, porém, sua originalidade é limitada : Thomas Gataker já havia identificado o "consolo mútuo" como o objetivo principal do casamento. Milton abandonou sua campanha para legitimar o divórcio depois de 1645, mas expressou apoio à poligamia no De Doctrina Christiana , o tratado teológico que fornece a evidência mais clara de suas opiniões.
Milton escreveu durante um período em que os pensamentos sobre o divórcio eram tudo menos simplistas; em vez disso, havia um debate ativo entre pensadores e intelectuais da época. No entanto, a aprovação básica de Milton do divórcio dentro de parâmetros estritos definidos pelo testemunho bíblico era típica de muitos intelectuais cristãos influentes, particularmente os teólogos de Westminster. Milton dirigiu-se à Assembleia sobre a questão do divórcio em agosto de 1643, momento em que a Assembleia começava a se manifestar sobre o assunto. Na Doutrina e Disciplina do Divórcio, Milton argumentou que o divórcio era um assunto privado, não legal ou eclesiástico. Nem a Assembleia nem o Parlamento condenaram Milton ou suas idéias. Na verdade, quando a Assembleia de Westminster escreveu a Confissão de Fé de Westminster, eles permitiram o divórcio ('Do Casamento e Divórcio', Capítulo 24, Seção 5) em casos de infidelidade ou abandono. Assim, a comunidade cristã, pelo menos a maioria dentro do subconjunto 'puritano', aprovou os pontos de vista de Milton.
No entanto, a reação entre os puritanos às opiniões de Milton sobre o divórcio foi mista. Herbert Palmer , membro da Assembleia de Westminster , condenou Milton na linguagem mais forte possível:
Se alguém pleitear Consciência ... pelo divórcio por outras causas que não sejam mencionadas por Cristo e Seus Apóstolos; Do qual um booke perverso está à espreita e sem censura, embora merecesse ser queimado, cujo Autor, foi tão atrevido a ponto de atribuir seu Nome a ele, e dedicá-lo a si mesmo ... você concederá uma Tolerância por tudo isso?