Em 24 de setembro, começou a votação do projeto da Comissão de Sistematização, de modo confuso e em ritmo lento, dados o grande número de destaques para votação — 8.377 —, o pouco tempo para debater o “Substitutivo II” e o sistema de votação nominal. Para complicar, dúvidas procedimentais suscitavam sucessivas questões de ordem que obstruíram o andamento da votação, confundindo-se com a discussão da matéria constitucional. O painel eletrônico só foi utilizado a partir da 164ª votação, dia 17 de outubro, quando ainda se deliberava sobre o título II do substitutivo. Como os prazos regimentais estavam vencendo e restavam mais de cinco mil destaques para ser votados, os líderes partidários, entre outras medidas procedimentais, concordaram em limitar os destaques a 10% do total — 504. Esse número foi dividido proporcionalmente ao peso de cada partido, compensando-se as menores agremiações com o mínimo de sete destaques por constituinte. O prazo para a conclusão dos trabalhos foi prorrogado pela mesa da ANC do dia 29 de outubro para o dia 30 de novembro.
Enquanto avançavam as votações da Sistematização, externamente articulava-se um movimento para a alteração das normas regimentais. Latente desde o início da ANC, ganhava forma uma coalizão de centro e direita, unindo a parcela conservadora do PMDB — Centro Democrático — PFL, PDS, PTB, PL e PDC. Incentivaram a organização do bloco suprapartidário elites empresariais, insatisfeitas com a aprovação de direitos sociais e de dispositivos nacionalistas e estatizantes, e o governo federal, com o objetivo de derrubar algumas definições como o sistema parlamentar de governo e o mandato presidencial de quatro anos. Setores militares também articulavam, preocupados com o que consideravam ser uma tendência esquerdista da Sistematização. No dia 4 de novembro, o grupo que se intitulou Centrão conseguiu arregimentar o número mínimo de assinaturas necessárias — 280 — para apresentar projeto de resolução que alterava o Regimento Interno da ANC.
Ante a ampliação do apoio ao Centrão e sob a pressão dos prazos, a Sistematização acelerou o ritmo de trabalho. No dia 18 de novembro, após a apreciação de 2.612 destaques, aconteceu a última votação (535ª), sendo definido o texto final. O Projeto de Constituição A, com cerca de 1.800 dispositivos, possuía 335 artigos, dos quais 271 nas disposições permanentes, e 63 em disposições transitórias.
Pela Resolução nº 2, uma vez colocado na ordem do dia, o projeto da Sistematização seria discutido pelo plenário da ANC, havendo um prazo para a apresentação de emendas. Tais emendas, que poderiam ser supressivas, substitutivas, aditivas ou modificativas, seriam analisadas pelo relator, que emitiria um parecer ou elaboraria um projeto substitutivo. As emendas não acolhidas poderiam ser objeto de pedidos de destaque para votação, devendo obter a maioria absoluta dos votos — 280 — para serem incorporadas ao texto. O Regimento Interno, porém, vedava a apresentação de emendas que substituíssem integralmente o projeto, a partir do suposto de que um substitutivo de plenário, mesmo que apoiado pela maioria absoluta, não poderia se sobrepor ao trabalho já realizado.
Na prática, o sistema de comissões não funcionou como concebido. O relator e os membros da Sistematização tinham poder — e o exerceram — para alterar o trabalho feito nas etapas precedentes. Bernardo Cabral e o grupo que o auxiliava foram alvos de intensas pressões quando elaboravam os substitutivos. A Sistematização converteu-se, antes, em um reduzido comitê político de deliberação do que em órgão de adequação e redação. Para complicar, o perfil da Sistematização — deslocado para a esquerda — não correspondia à composição ideológica do plenário. Três fatores decidiram a alteração das normas regimentais.
Em primeiro lugar, uma questão procedimental. A Sistematização, de órgão para o qual o plenário delegava poder para elaboração de um projeto de Constituição, foi percebida como comitê que, adquirindo autonomia decisória, implicava a abdicação de poder da maioria dos constituintes. O segundo fator era ideológico. Algumas decisões da Sistematização, notadamente quanto aos direitos sociais e à ordem econômica, desagradaram o grupo conservador, majoritário entre os 559 constituintes. Em terceiro lugar, o fator político conjuntural foi decisivo. Disputando poder com a liderança peemedebista, a qual decidira o perfil da Sistematização, o governo Sarney optou pelo confronto, ao ver aprovado pelo comitê o sistema parlamentar de governo e o mandato presidencial de quatro anos.
A participação do governo federal foi decisiva para a reviravolta regimental, ao fortalecer as lideranças do emergente Centrão. Os recursos políticos disponíveis — cargos, verbas, concessões de rádio e TV —, ora como fator de aliciamento, ora como fonte de pressão, foram fundamentais para a conversão ao grupo de parte do plenário. Para a ação sobre a bancada do PMDB, alguns governadores do partido contribuíram decisivamente. Os líderes do Centrão também souberam, com habilidade, capitalizar a insatisfação de constituintes com as barreiras regimentais, minando a liderança peemedebista: era o plenário contra a Sistematização. Publicamente argumentava-se que a maioria tinha que prevalecer: o relator ou 47 constituintes — maioria absoluta da comissão — não poderiam se sobrepor a 279 parlamentares — maioria absoluta do plenário, menos um. Nos bastidores, contudo, disseminavam-se os acertos fisiológicos: votos ao governo; recursos, cargos e favores para quem o apoiasse.