No âmbito do Programa Monitora, que busca fortalecer o diálogo em torno das questões ambientais, com base no compartilhamento de informações e na formulação de questões, envolvendo pesquisadores, gestores das áreas e das comunidades, o CMA executa e/ou colabora com o monitoramento de mamíferos aquáticos nas Unidades de Conservação federais inseridas nos ambientes marinhos e amazônico.
Mantem atividades direcionadas a auxiliar o manejo das Unidades de Conservação federais e estaduais, que possuem ocorrência de espécies ameaçadas de mamíferos aquáticos, por meio de subsídios técnicos e capacitações, bem como elaboração e apoio a estudos e monitoramento para conservação das espécies de mamíferos aquáticos, criação da Rede de Encalhe e Informação de Mamíferos Aquáticos do Brasil (REMAB) e do Sistema de Monitoramento de Mamíferos Marinhos (SIMMAM).