A causa da apendicite não está totalmente esclarecida. Na maioria dos casos, uma obstrução dentro do apêndice pode desencadear um processo em que ele se inflama e infecta. Se a inflamação continuar sem tratamento, o apêndice pode perfurar-se. A perfuração espalha o conteúdo intestinal carregado de bactérias pelo abdómen, causando peritonite, que pode conduzir a uma infecção com risco de morte. A perfuração também pode provocar a formação dum abcesso. Na mulher, podem infectar-se os ovários e as trompas de Falópio e a obstrução consequente pode causar infertilidade. Um apêndice perfurado também pode fazer com que as bactérias infectem a corrente sanguínea (estado potencialmente mortal, conhecido como septicemia).