A segunda seção de gameplay, e a mais substancial, requer que o jogador sobreviva com os itens resgatados. Um dia por vez, seu assistente eletrônico reportará os acontecimentos do dia anterior, e você deverá fazer uma escolha no computador central. Algumas outras ações podem ser tomadas, como decidir se alguém (e quem) comerá, por exemplo. Dentro da nave, também existe uma máquina que permite a criação de novos itens a partir de ingredientes rudimentares e outra que permite que os personagens saiam em exploração, uma vez que a nave esteja pousada em um planeta.
A dificuldade de 60 Parsecs! depende muito dos itens adquiridos na primeira fase. Depois que o jogador descobre que a dificuldade do jogo é proporcional à quantidade de personagens que o capitão leva consigo na nave, tudo fica muito mais fácil. O jogo é extremamente desequilibrado nesse aspecto. A partir desse momento, sobreviver até o fim do jogo é simples. Com poucos tripulantes, porém, algumas tarefas opcionais não estarão disponíveis.
A duração de cada partida é imensamente variável, podendo prolongar-se de alguns minutos a mais de uma hora, dependendo das decisões do capitão. O jogo incentiva o rejogar para descobrir novos segredos e decisões, mas as frases do assistente eletrônico e as questões oferecidas pelo computador são exageradamente repetitivas. A jogatina, mesmo que a segunda tentativa, já é monótona e tediosa. 60 Parsecs! funciona muito melhor como um jogo para ser jogado em curtas sessões, e só ocasionalmente.