Os 2.400m de altitude, dificultam a chegada de ar úmido. Do lado leste do deserto, ainda existe uma forte barreira natural, a Cordilheira dos Andes, que impede a chegada do ar úmido advindo, principalmente, da Amazônia. Em função dessas características, forma-se uma região muito seca, que é a área do Atacama, onde raramente chove.
Não por acaso, ele é considerado pelos astrônomos como um dos melhores lugares da Terra para observar os corpos celestes, pois raramente se formam nuvens nessa localidade.