Nascido na Espanha, na região da Catalunha, filho de camponeses, Casaldáliga teve seu primeiro contato com o martírio ainda criança, quando seu tio, também padre, foi assassinado na Guerra Civil Espanhola. Naquele momento ele decidiu o caminho que seguiria. Foi ordenado sacerdote e chegou ao Brasil em 1968, aos 40 anos, como missionário claretiano.
Ele veio fugindo do regime franquista, uma ditadura alinhada com o fascismo que vigorou na Espanha entre 1939 a 1976, liderada pelo general Francisco Franco. Dom Pedro encontrou na Amazônia sua nova casa e nunca mais voltou ao país de origem.
Em 1971, foi nomeado o primeiro bispo de São Félix do Araguaia e converteu a pequena casa onde vivia na sede da diocese. Rezava missa para agricultores e sem-terra no quintal, entre as galinhas, e tinha o hábito de deixar a porta sempre aberta durante a noite, caso alguém precisasse de um lugar para dormir.
Nesse mesmo ano, escreveu sua primeira carta pastoral, intitulada “Uma igreja da Amazônia em conflito com o latifúndio e a marginalização social”, já adiantando que linha seguiria em seu trabalho na região. Sempre retomava seu lema de vida: “Nada possuir, nada carregar, nada pedir, nada calar e, sobretudo, nada matar”.
Quase nunca usava batina e preferia trabalhar de calças jeans e chinelos. De hábitos simples, não tinha mais que duas mudas de roupa. Quando precisava participar de reuniões episcopais em Brasília, ia de ônibus, enfrentando uma viagem de três dias, já que esse era o meio de transporte utilizado pelas pessoas que defendia.
Foi nas missas rezadas em sua casa em São Félix do Araguaia — município mato-grossense de 11 mil habitantes que fica a dezesseis horas de Cuiabá, por estrada de terra — que Casaldáliga começou a defender e a organizar camponeses sem-terra e agricultores empobrecidos por latifundiários e políticos da região. Os pobres do Evangelho estavam reunidos com ele.
Seu jeito simples, a defesa de uma igreja com forte atuação social e o alinhamento com a Teologia da Libertação levaram Casaldáliga a enfrentar choques com a ala mais conservadora da igreja e com a ditadura militar, da qual se tornou um ferrenho opositor. Foi perseguido e ameaçado de morte diversas vezes ao longo da vida.
A última delas foi em 2012, quando se aliou a indígenas Xavante de Marãiwatsédé para retirar latifundiários que ocupavam suas terras. A situação se agravou e ele foi obrigado a passar dois meses longe da prelazia, na casa de um amigo, em Goiás.
Na década de 70, junto ao também bispo dom Tomás Balduíno, morto em 2014, fundou o Conselho Indígena Missionário (Cimi) e a Comissão Pastoral da Terra (CPT), instituições fortes na defesa de indígenas e camponeses. O trabalho incomodou tanto os poderosos da região que um amigo de dom Pedro, o padre João Bosco Burnier, foi assassinado na frente do bispo com um tiro na nuca disparado por um policial, enquanto ambos defendiam duas mulheres que estavam sendo torturadas em uma delegacia de Ribeirão Cascalheira (MT).