O processo de limpeza dos grãos é uma operação que visa reduzir o teor de impurezas, matérias estranhas, restos culturais e de grãos trincados, quebrados ou ardidos do lote a um nível aceitável para a armazenagem e comercialização. A limpeza deve se realizar previamente ao armazenamento, com ou sem secagem, para que se garanta a qualidade dos grãos normais e sadios, reduzindo umidade e minimizando contaminações, uniformizando a massa de grãos, para os processos de aeração e/ou secagem.
O teor de impurezas de um lote de grãos é determinado no momento da classificação do produto utilizando-se peneiras recomendadas para cada produto.
A limpeza é feita através de máquinas de pré-limpeza e limpeza com o objetivo de reduzir ao máximo o nível de impurezas e matérias estranhas. Os métodos de limpeza dos grãos podem ser manuais ou mecanizados. Os métodos manuais são os mais simples, e podem utilizar o vento para separar as impurezas dos grãos, assim como peneiras com malhas apropriadas para os diferentes produtos.
A limpeza mecanizada pode ser realizada com o auxílio de máquinas com ventilação, com peneiras cilíndricas, e através do método mais comum, que utiliza máquinas de ar e peneira. As máquinas de limpeza com ventilador e peneira constituem um dos sistemas mais eficiente de limpeza de milho a granel esse sistema de limpeza atua por peneiramento, no qual são retiradas as impurezas maiores e menores, e por aspiração onde são retiradas as impurezas leves através do ventilador.
A umidade ou teor de umidade do grão é fator que afeta diretamente sua qualidade, visto que quanto maior a umidade maior a liberação de calor (temperatura), este comportamento dificulta o armazenamento dos grãos e prejudica a massa armazenada, pois se acelera muito o processo respiratório, resultando em perdas. Produto muito seco representa prejuízo ao vendedor e muito úmido risco de deteriorar devido a proliferação dos fungos, causando a produção de toxinas.
A secagem é o tratamento que se dá ao produto a fim de se reduzir o conteúdo de água dos grãos chegando a um teor de umidade passível de armazenagem, mantendo ao máximo sua qualidade. A umidade do produto após secagem deve ser de acordo com os valores recomendados para armazenagem, para não afetar o valor econômico, a qualidade, a armazenabilidade e as propriedades dos grãos para processamento.
Advindos da lavoura, colhidos por maquinas automotrizes ou colheitadeiras, os grãos não apresentam condições apropriadas para o imediato armazenamento, pois possuem em sua grande maioria, elevado teor de umidade e impurezas, grãos fora do padrão de comercialização. Para a secagem correta é necessário antes fazer a pré-limpeza do produto com intuito de retirar o excesso de impurezas e matérias estranhas do mesmo.
A secagem inadequada ou a falta de secagem é uma das principais causas de deterioração dos grãos durante o armazenamento, pois o produto fica suscetível a ação de fungos, bactérias, insetos e pelo processo de respiração dos grãos que provoca perda de massa e gera calor. A secagem envolve a retirada parcial da água do grão por transferência de calor do ar de secagem para o grão e, ao mesmo tempo, através do fluxo de vapor de água do grão para o ar ambiente, esse processo se efetuado de maneira correta garante condições adequadas de armazenagem, mantendo a qualidade do produto para sua comercialização.