Traçando sua história até 1867, desde o início Howard foi não sectário e aberto a pessoas de todos os sexos e raças. Oferece cursos de graduação, pós-graduação e profissionais em mais de 120 programas, mais do que qualquer outro HBCU no país.
Pouco depois do fim da Guerra Civil Americana , os membros da The First Congregational Society of Washington consideraram a criação de um seminário teológico para a educação de clérigos negros. Em poucas semanas, o projeto se expandiu para incluir uma disposição para o estabelecimento de uma universidade. Em dois anos, a Universidade consistia nas Faculdades de Artes Liberais e Medicina. A nova instituição foi nomeada em homenagem ao general Oliver Otis Howard , um herói da Guerra Civil, que ao mesmo tempo foi o fundador da Universidade e, na época, comissário do Freedmen's Bureau . Howard mais tarde serviu como presidente da Universidade de 1869 a 1874.