Além de suscitar debates acalorados entre ambientalistas e ruralistas nos últimos dois anos, a proposta de mudanças no Código Florestal acabou também no centro da pauta das organizações e movimentos da agricultura familiar, depois que o setor foi citado insistentemente pela bancada ruralista nos argumentos pela suposta necessidade de flexibilização das leis ambientais. Empurrada, assim, para o centro dos debates, a agricultura familiar internamente também adotou posicionamentos distintos, com parcela das organizações mais próxima ao discurso ambientalista, e outras mais aliadas às propostas de mudanças na legislação vigente.
Mais próxima ao processo produtivo do agronegócio, esta segunda parcela - uma "classe média" da agricultura familiar que atualmente está no centro das disputas da reforma sindical entre a Confederação Nacional da Agricultura e Pecuária (CNA) e da Confederação Nacional dos Trabalhadores na Agricultura (CONTAG) -, tem se colocado mais favorável ao texto aprovado na Câmara e atualmente em apreciação no Senado. Já os movimentos sociais do campo, em especial os ligados à Via Campesina, têm proposto adaptações e uma maior inter-relação entre as políticas ambientais e agrícolas, sem mudanças nas garantias de proteção ambiental.