Nos primeiros anos do século XVIII, mais precisamente no ano de 1704, foi fundado o Arraial de Nossa Senhora da Conceição do Guarapiranga, situado junto ao Rio Piranga, em Minas Gerais. No local, consta que já existia uma pequena capela dedicada à Imaculada Conceição, erigida quando das primeiras entradas pelo território aurífero daquela província.
Nos arredores do arraial, surgiu na mesma época uma outra pequena povoação, próxima ao Rio Bacalhau, um afluente do Piranga. Conta-se que ali, provavelmente em meados do século XVIII, foi encontrada uma bela imagem do Senhor Bom Jesus, de tamanho próximo ao natural, e que, mesmo após ter sido diversas vezes conduzida para uma das capelas, sempre amanhecia novamente na colina onde fora encontrada, aparentemente sem interferência humana, como a indicar que era ali que deveria ser venerada. Essa situação inusitada fez com que os moradores decidissem construir uma igreja no local para onde a imagem se deslocava (vale ressaltar que essa curiosa situação se repetiu também na história de outros santuários dedicados ao Bom Jesus de Matozinhos, como, por exemplo, no de Conceição do Mato Dentro).
Sobre o início da construção do santuário não há uma data precisa. Sabe-se que os jubileus tiveram início no século XVIII, o que fez surgir um pequeno conjunto de casas ao redor do terreno da igreja, e que eram destinadas a hospedar romeiros. Desde os primórdios do santuário, a maioria dessas pequenas somente se abre durante os movimentados dias de agosto, quando se celebra o jubileu, ocasião em que são amplamente utilizadas.
Consta que a autoria do risco da igreja seria de José Coelho da Silva, um carpinteiro da região. O retábulo principal, entalhado em fins do século XVIII ou início do XIX, foi feito por dois entalhadores portugueses, José de Meireles Pinto e António Meireles Pinto. A igreja possui ainda um púlpito e dois altares colaterais, que seguem o mesmo estilo do altar-mor. As imagens são mais sóbrias do que as de estilo barroco encontradas nas igrejas das redondezas, e lembram mais as esculturas góticas portuguesas.
Quando da construção da igreja, a imagem original do Bom Jesus foi colocada em uma capela atrás do altar, de forma a que ficasse mais acessível aos peregrinos, enquanto que o trono do altar-mor foi ornado com uma segunda imagem do Crucificado, provavelmente incluída quando do entalhamento do altar.
Uma curiosidade acerca da imagem original é que esta possui cada um de seus olhos voltado para uma direção diferente: o olho direito mira para baixo, para o fiel, e o olho esquerdo olha para o Céu, como se estivesse em oração. Essa característica peculiar parece não causar estranhamento nos devotos. Mas há pelo menos um relato no sentido de que, nas crianças, havia um receio de se aproximar do Crucificado por conta deste ‘ter um olho virado para cada lado‘(1).
Nessa igreja, as pinturas seguem uma lógica centrada na Paixão de Cristo, com destaque para as pinturas do forro da nave e da capela mor, bem como os quadros da Via Sacra e a pintura do camarim do Bom Jesus. A autoria de grande parte dessas pinturas é atribuída a Francisco Xavier Carneiro, que ali trabalhou de 1806 a 1840, ano em que foram enfim encerradas as intervenções artísticas para embelezamento do santuário.
No ano de 1792 foi oficialmente erigida a Irmandade do Bom Jesus, cujo acesso era facultado a todas as pessoas, sem distinção de condição social ou raça. Abaixo, um trecho do compromisso da irmandade:
Dizem o juiz e mais irmãos da Irmandade do senhor Bom Jesus de Matozinhos, ereta no Arraial do Bacalhau, freguesia de Guarapiranga, distrito da cidade de Piranga, para governo interno da dita Irmandade fizeram um compromisso junto constante de 16 capítulos, onde se regulam as entradas e modos de dirigir a atual irmandade, pelo que respeita a economia mais ainda pelo que pertence ao culto divino e bem espiritual tanto dos vivos como dos mortos porque por firmeza e validade deste compromisso necessitam de provisão confirmatória de V. Majestade. Nestes termos recorrem a V. Majestade se digne em serviço (…) concederdes a referida provisão. (…) Toda a pessoa que se quiser assentar por irmão nesta irmandade do Senhor Bom Jesus de Matosinhos, seja homem ou mulher, Branco, Pardo, ou Preto, Escravo ou Livre, se lhe fará assento em hum livro que haverá para esse efeito (3).
Desde os princípios de sua existência, esse santuário passou a receber, todos os anos no mês de agosto, inúmeros fiéis para a celebração do Jubileu do Bom Jesus. Como antigamente a caminhada até o local levava um tempo razoável, foram construídas pequenas casas ao redor da igreja, nas quais os romeiros tinham o direito de se abrigar gratuitamente por uma noite (2).