Fragmento de um microorganismo, ou de uma proteína estranha ao organismo, que é capaz de desencadear uma resposta imune. Todos os tecidos próprios têm autoantígenos que são apresentados e são ignorados pelos linfócitos quando a auto-tolerância está ativa. Quando ocorre quebra da auto-tolerância, auto-antígenos são reconhecidos como estranhos e desencadeia-se uma reação auto-imune.