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Em 2002, a Fundação de Apoio Institucional ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico (FAI·UFSCar) criou o Setor de Projetos, responsável pelas atividades relativas ao gerenciamento das patentes da Universidade. No ano seguinte foi aprovado pelo Conselho Universitário a Portaria GR n. 627/03, de 24 de outubro de 2003, que instituiu o programa de proteção à propriedade intelectual e transferência de tecnologia no âmbito da UFSCar, regulamentando os direitos e obrigações relativos à propriedade industrial e dá outras providências. O documento também instituiu a Comissão Especial de Propriedade Industrial e Difusão Tecnológica (COEPI), porém foi a Portaria GR n. 637/03, publicada em 12 de novembro de 2003, que dispôs sobre essa Comissão.
No ano 2006, a Universidade submeteu seu plano de trabalho "Criação e implementação do Núcleo de Gestão Tecnológica da UFSCar" à chamada pública (Ação Transversal – TIB 02/2006) do Ministério da Ciência e Tecnologia, por intermédio da Financiadora de Estudos e Projetos (Finep), sendo aprovado com a participação de docentes de diversos departamentos e funcionários da FAI·UFSCar. Em 2007 foi criada na Fundação a Divisão de Propriedade Intelectual, assumindo todas aquelas atividades.
Atendendo às exigências previstas na Lei de Inovação (Lei n. 10.973, de 02 de dezembro de 2004) e seu decreto regulamentador (n.5.563, de 11 de outubro de 2005), foi criada a Portaria GR n. 823/08 que dispõs sobre a política de inovação tecnológica e instituiu a Agência de Inovação como Núcleo de Inovação Tecnológica da UFSCar, aprovada pelo Conselho Universitário da Instituição em 14 de dezembro de 2007 e publicada em 02 de janeiro de 2008.
A Agência de Inovação da UFSCar, órgão vinculado à reitoria, é responsável, desde então, pelo tratamento de todas as questões da Propriedade Intelectual no âmbito da Universidade Federal de São Carlos.
A partir daí, outras resoluções foram sendo instituídas pelo Conselho de Inovação Tecnológica da universidade, a exemplo da regulamentação dos trâmites e procedimentos relativos às marcas, que é feita com base em duas resoluções: a Resolução 01/2014, para as marcas de natureza institucional, que devem estar relacionadas a qualquer forma de associação de pessoas ou de interesses que tenha relação com a universidade, como departamentos e laboratórios, competindo ao Conselho de Inovação deliberar sobre a conveniência de sua proteção; e a Resolução 02/2014, que se refere às marcas vinculadas a outros ativos de propriedade intelectual, como patentes e programas de computador, e que, devido ao potencial econômico em prol da UFSCar, deve ser submetido à Comissão Especial de Propriedade Intelectual (COEPI) para deliberação sobre os pedidos de proteção.
Em 24 de março de 2016, foram aprovadas a Resolução 003/2016, que regulamenta os procedimentos e critérios para a avaliação da conveniência das ações destinadas à proteção e manutenção de patentes da UFSCar, com o objetivo de avaliar a permanência destes ativos após 5 anos da data do seu depósito, de acordo com a legislação brasileira e tratados internacionais a que o Brasil venha se tornar signatário; e a Resolução 004/2016, que prevê que o inventor independente formalize a solicitação acompanhada de comprovação da titularidade do ativo, regularidade dos pagamentos e demais obrigações, devendo firmar compromisso de apoiar as atividades da Agência de Inovação em eventual gerenciamento de licença do ativo, comprometendo-se a observar as normas internas da UFSCar sobre o tema, considerando a importância da pessoa física não ocupante de cargo efetivo, militar ou público que seja inventor, ou quem a ele se assemelhe como autor de criação, melhorista, desenvolvedor ou equiparado que comprove pedido de proteção de propriedade intelectual na forma da legislação brasileira.
Em 31 de agosto de 2017, o Conselho de Inovação Tecnológica instituiu duas novas resoluções: a Resolução 05/2017 que define valores para bolsas de inovação, regulamentando sua concessão no âmbito da universidade com o objetivo de oferecer bolsas de inovação idênticas às de extensão sem competição de valores; e a Resolução 06/2017 que estabelece critérios para definição do percentual devido a título de ressarcimento no âmbito de projetos de inovação na UFSCar, sendo o Desafio UFSCar de Inovação e Empreendedorismo o primeiro grande projeto de fomento à inovação, realizado pela Agência de Inovação da UFSCar. Em dezembro do mesmo ano, foi aprovada a Resolução 07/2017 que estabelece periodicidade e critérios para o processamento das receitas de royalties.
Com o objetivo de desenvolver e fortalecer o ecossistema de inovação – ambiente que promove a aproximação entre a Universidade e as empresas através de pesquisas em parceria, avanço tecnológico e inovação –, mais recentemente, o Conselho aprovou mais duas novas resoluções referentes à sua política institucional: no dia 3 de maio de 2019, foi aprovada a Resolução 08/2019 para regulamentação do programa de aproveitamento de estruturas visando oferecer de maneira pública espaços ociosos da universidade às empresas para o desenvolvimento de atividades que promovem a inovação; e no dia 27 de junho foi aprovada a proposta da Resolução 09/2019 visando regulamentar os procedimentos para a realização a cessão de direitos sobre Propriedade Intelectual e sobre participação nos resultados da exploração de criações no âmbito da UFSCar.
Todas as propostas de resoluções justificam um tratamento mais eficiente à Propriedade Intelectual, Transferência de Tecnologia, no incentivo à inovação e empreendedorismo da UFSCar, sempre em consonância com a missão de sua Agência de Inovação que é "capacitar e mobilizar pessoas para inovar, empreender e transformar a sociedade".