Tropeiros e garimpeiros vindos da Chapada Diamantina em busca de gado e pedras preciosas em Goiás e Mato Grosso atravessando o Rio São Francisco em pequenas balsas feitas de madeira, passando por essas trilhas acampavam no pequeno vale em baixo de árvores frondosas para pousar e procurar caça e pesca para sua alimentação.
Depois de vários anos de trajeto eles descobriram que aquelas árvores serviam também para muquiar (defumar) a caça e a pesca que existia em abundância na região. Este percurso era constante por garimpeiros e tropeiros que já tinham um lugar escolhido para acampar devido à utilidade desta árvore de defumar os alimentos. E por esta razão deram este nome ao local.
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Piragiba, pelo Decreto-lei Estadual n.º 141, de 31-12-1943, confirmado pelo Decreto Estadual n.º 12.978, de 01-06-1944, subordinado ao município de Barra.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito de Piragiba figura no município de Barra.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.
Elevado à categoria de município com a denominação de Muquém do São Francisco, pela Lei Estadual n.º 5.009, de 13-06-1989, desmembrado de Barra. Sede no atual distrito de Muquém do São Francisco (ex-Piragiba). Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1990.
Em divisão territorial datada de 1993, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2021.
Fonte
MUQUÉM DO SÃO FRANCISCO (BA). Prefeitura. Disponível em: https://www.muquemdosaofrancisco.ba.gov.br/site/dadosmunicipais#historia. Acesso em: 1 dez. 2021.