Neurológicos: O sintoma cardinal da DF é a parestesia crônica (ardência com formigamento intermitente ou contínua que pode irradiar), que acomete mãos e pés. As acroparestesias compõem a principal causa de morbidade da doença durante as duas primeiras décadas da vida. Essa dor pode ser interrompida pelas chamadas crises de Fabry, que são episódios de dor aguda que duram desde minutos até dias, e que podem acompanhar-se de fadiga, febre de baixo grau e artralgias, sendo desencadeadas por estresse, fadiga, doença, aumento da temperatura externa e/ou exercício físico. Na idade adulta a ocorrência de acidente vascular cerebral (AVC) se deve fundamentalmente à oclusão da microvasculatura ou à embolia. Podem ocorrer também anomalias auditivas (hipoacusia), sensoriais e vestibulares (vertigem e zumbido).
Oftalmológicos: Apresentam-se alterações conjuntivais que consistem em dilatações e tortuosidades vasculares, particularmente evidentes na conjuntiva bulbar inferior. As alterações retinianas são similares às anteriores e podem ser exacerbadas pela presença de doença renal e hipertensão arterial, constituindo achado muito comum nos hemizigotos. As lesões do cristalino são menos frequentes e consistem em deposição de material granular e catarata subcapsular anterior. O achado ocular mais comum da DF é a córnea verticilata (opacidades amareladas caracterizadas por uma ou mais linhas irradiando de um ponto próximo ao centro da córnea), estando presente em quase todos os hemizigotos e em percentual que varia de 70 a 90% das heterozigotas. Essa alteração não afeta a visão. Como esse achado ocular é muito frequente, a oftalmoscopia de lâmpada de fenda é importante ferramenta no auxílio diagnóstico das mulheres com DF quando não se tem acesso aos estudos moleculares. Pode também ocorrer xeroftalmia de grau variável por diminuição da produção de lágrimas.