Todavia, desde que Bolsonaro assumiu a presidência, o governo tem se mostrado desconfortável com as taxas de desmatamento (em franco crescimento) apontadas pelo instituto. Salles chegou a mencionar que estaria pensando em contratar empresas privadas para realizar o monitoramento da Amazônia. E não foi só ele. Diversos outros integrantes do governo tentaram, de qualquer forma, desqualificar o trabalho do órgão.