O percurso é iniciado na Praça Pedro Nunes, na cidade de Alcácer do Sal.
Subindo pela Rua do Município junto ao Museu Pedro Nunes, iremos entroncar na travessa do teatro Pedro Nunes. Passando o teatro, seguimos em direção à Rua do Miradouro da Encosta e, um pouco mais à frente, temos o miradouro de Stª Luzia que proporciona uma vista ímpar sobre o rio Sado (1).
Após 100 metros estaremos defronte daquele que é um dos templos cristãos mais antigos do país e tema da nossa Rota: o Santuário do Senhor dos Mártires (2).
Seguindo por troço de terra batida à esquerda e passando pelo lugar do Serrado das Marinhas, o percurso descreve um traçado paralelo ao IC1. Após o cruzamento do IC1, através do túnel de acesso, o traçado delineia-se por pequenas quintas e zona de moradias até à estrada municipal. Cruzando a estrada o percurso apresenta-se misto, entre areia e terra em pinhal disperso. Há depois a passagem pela Quinta das Mouras (zona de pinhal manso e bravo), circundando duas zonas de arrozal (3), antes de alcançarmos a ETAR. Seguimos depois para norte, circundando o montado de sobro até a zona de aluvião (4), paralelamente à linha de comboio e pelo meio da lavra de arroz.
Atravessando a ribeira de Vale de Reis, percorre-se o arrozal (5), seguindo-se depois ao longo do canal pelo Vale de Grã, em cerca de 1km. Após esta extensão e ao longo do canal, o percurso descreve o seu caminho de regresso e novamente a travessia pela Ribeira de Vale de Reis e passagem pelo Monte do Pinhal.
Encontram-se de novo os estradões característicos de pinhal e eucalipto, cruzando a IC1, desta vez por viaduto. Após a passagem pelo Bairro do Olival Queimado, o percurso segue sempre o traçado principal até ao Parque de Campismo Municipal e campo polidesportivo. Cruzando a estrada municipal, passamos pela Escola Básica 2, 3 Pedro Nunes e calcorreia-se entre o casario rústico de Alcácer do Sal, passando-se pela encosta do castelo. Estamos agora no Bairro dos Açougues, descendo em direção à zona ribeirinha. Passamos pelo miradouro do Alto de S. Miguel, referência para o Paço de St.ª Luzia (6), que nos proporciona uma bela vista sobre o rio e casario.
Descendo a calçada em direção à Fonte Nova, passamos pelo Largo da Tipografia (7), Rua do Forno das Escadinhas e Travessa do Cotovelo. Chegando ao Largo Joaquim dos Santos Coelho, temos a Igreja da Misericórdia e o Hospital Velho.
Na fase final do percurso, seguimos pela Rua Rui Salema em direção à Praça Pedro Nunes, local de início desta Pequena Rota.
A alguns quilómetros a jusante da cidade de Alcácer, o rio Sado alarga-se num dos maiores estuários da costa portuguesa. Englobado na Reserva Natural do Estuário do Sado, a concentração de fauna e flora é considerável e visível em vários pontos do percurso. Das cerca de 100 espécies de aves que ocorrem a esta área, destacam-se: a Cegonha (Ciconia ciconia), do qual Alcácer é um dos principais núcleos reprodutores em Portugal; o Flamingos invernante (Phoenicopterus spp); o perna-longa (Himanthopus himanthopus); várias espécies de garças, de patos e aves de rapina. Podem ainda ser vistos em grandes bandos os maçaricos, os borrelhos e os pilritos.
A nível de mamíferos destacamos a lontra-europeia (Lutra lutra), o saca-rabos, a raposa, o texugo e o golfinho (roaz-corvineiro), ex-libris da RNES. Especial relevância têm os moluscos, crustáceos e peixes. Existem cerca de 69 espécies de peixes no rio Sado, das quais se destacam o robalo, charroco, tainha, solha, linguado, salmonete e a corvina, estes últimos em vias de extinção.
Na Reserva a vegetação é diversificada e aqui encontramos zonas de pinhal manso, montado de sobro, sapais, matagais e vegetação ripícola. Esta distribui-se pelos terrenos arenosos e pelas zonas de sapal, nomeadamente pelas salinas e zonas de cultivo de arroz.