Foi dirigente do Sindicato dos Arquitetos Portugueses e da Sociedade Nacional de Belas-Artes. Em 1947 liderou o grupo que refundou a Revista Arquitectura e traduziu, com Maria de Lurdes de Castro Rodrigues, a Carta de Atenas (Le Corbusier, 1941), documento fundamental para a entrada da arquitetura moderna em Portugal.
Ligado ao Partido Comunista Português e ao MUD Juvenil, foi perseguido e preso pela PIDE. Afastado por motivos políticos de um concurso para arquiteto na Câmara Municipal de Lisboa, decidiu sair do país, partindo em 1954 para Angola, Lobito. Aí desenvolveu a sua atividade profissional, deixando um importante legado ao nível da organização da cidade e um conjunto de notável de edifícios, nomeadamente o bairro municipal do Alto do Liro, a Catedral, o Liceu e os Paços de Concelho do Sumbe, o Mercado e a Aerogare do Lobito, o Cine-Esplanada Flamingo no Lobito ou o Bloco de habitação Prédio do Sol, ficando por isso conhecido como “o Arquiteto do Lobito”. Muitas das suas obras incluem intervenções de artistas plásticos, como é o caso da Casa Sol, que tem intervenção azulejar de Manuel Ribeiro de Pavia.
Permaneceu em Angola depois da independência, onde contribui para a organização do curso de arquitetura de Angola, só regressando a Portugal em 1989.
Faleceu em Lisboa a 2 de maio de 2015.
O espólio de Francisco Castro Rodrigues foi entregue ao Museu do neo-Realismo em três fases - em 2003, 2004 e 2008, tendo a formalização da doação ocorrido em 2012. É composto por mais de duzentos documentos/obras, na sua maioria relativos às atividades do artista e biblioteca pessoal. Da produção do autor existem textos, preleções e produção visuo-plástica. Há ainda correspondência e fotografia. Relativamente a obras de arte, existe pintura, desenho e escultura e, noutro campo de produção, diversas publicações periódicas.