A Secretaria das Cidades atua como indutora dos programas habitacionais dos governos Estadual e Federal. Em parceria com a Caixa Econômica Federal, a secretaria estadual opera diretamente nos municípios com até 50 mil habitantes, na substituição de moradias inadequadas, tais como casas de taipa, por imóveis de alvenaria. Nas cidades com maior densidade populacional, a secretaria oferece suporte nas implantação e execução do programa federal junto às prefeituras.