Um fato interessante, é que o arquivo/pasta/icone 'persistence' não aprece na versão mais recente do Kali para depois desaparecer, portanto crie um arquivo na área de trabalho e confira se após reiniciar/desligar ele continua lá.
Vale notar que é necessário que seu pendrive possua no mínimo 8GB, afinal a imagem do Kali pesa cerca de 3GB, e saiba que a velocidade de escrita e leitura do pendrive influencia no desempenho do sistema. Para se ter uma ideia, em nossos testes, um pendrive de 8GB da Sandisk permitiu que o Kali rodasse sem engasgos (lag) enquanto que o pendrive da Multilaser com 16GB deixou o Kali super lento, motivo é simples, um possui velocidade de escrita/leitura superior ao outro mesmo com a diferença grotesca em espaço de armazenamento.