O Mosteiro de Santa Cruz foi fundado em 1131 pela Ordem dos Cónegos Regrantes de Santo Agostinho, datando a primitiva igreja românica, da qual hoje apenas restam vestígios, do século XII. No início do século XVI, o rei D. Manuel promove uma extensa campanha de obras que conferiu à igreja o aspeto próximo do atual. Os trabalhos reflectiram-se numa igreja nova de nave abobadada, marcada por duas torres na fachada, destacando-se ainda os trabalhos da nova sala do capítulo e sacristia e a reconstrução do claustro do Silêncio.
Já no século XX, foram demolidas algumas estruturas para permitir a abertura da Avenida Sá da Bandeira, e procederam-se a obras de adaptação do mosteiro nos espaços onde funcionam atualmente os serviços da Câmara Municipal de Coimbra.
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