Essa utilização se dá, principalmente, ao trabalhar com interações no DOM (Document Object Model) — que, por sua vez, é utilizado pelo browser na exibição da página web e ajustes relacionados a efeitos e estilos CSS.
É interessante notar que o jQuery é a maior biblioteca Javascript de código aberto compatível com o CSS3 e, além disso, é comum se deparar com empresas que pedem conhecimentos em jQuery, tanto no Brasil quanto no exterior.