O comportamento do Conde Eduardo Prates foi marcante e progressista no que tange à assistência médica. Sua orientação demonstrou grande interesse com o cuidado da saúde de seus trabalhadores. Ele foi pioneiro neste sentido. Dentro do sistema patriarcal, procurava resolver os casos mais graves, providenciando inclusive internamento em hospitais da Capital:
Conforme já conversei aqui com V. Sa. Segue para São Paulo o colono (ilegível) Eugenio, levando consigo uma menina sega para deixar na Santa Casa de Misericórdia, peço pois a V. Sa. O favor de guial-o ahí.
Peço a V. Sa. O favor de providenciar afim de ser removida para o Hospício a colona d´esta Fazenda Thereza Termi mulher do colono Marquese Vincenzo, pois que se tem agravado muito a moléstia. A mulher do colono Luige declarou-me que não quer se sugeitar a operação na garganta, portanto fica sem effeito o pedido que aqui fiz a V.Sa..
Estas atitudes reforçavam a neutralização de eventuais atritos, uma vez que ao atender um caso isolado, o proprietário tornava explícita sua proteção a todos os empregados.
Em 1898 já havia médico atendendo os trabalhadores da fazenda sob pequena remuneração por parte dos empregados. Entretanto em 1903 foi estabelecida na Fazenda Santa Gertrudes uma Sociedade Médica cujos membros teriam direito a consultas realizadas pelo médico da Fazenda, mediante pagamento de uma mensalidade que era proporcional ao número de pés de café que o colono tratava. A partir de 1912 todos os empregados foram obrigados a fazer parte dessa sociedade além dos colonos. O médico visitava a Fazenda periodicamente. Fora do horário normal era cobrada uma alta taxa para a visita médica na Fazenda. Outras vezes o doente era transportado à cidade o preço da consulta chegava a atingir Rs 50$000, dependendo da maior ou menor gravidade do caso.
Os sócios não tinham direito a remédio. Este era adquirido em farmácias: da fazenda, da vila de Santa Gertrudes, de Cordeirópolis ou de Rio Claro, mediante vales fornecidos pela Fazenda e depois descontados na conta do empregado ou o próprio empregado pagava quando possuía dinheiro em mãos.