Muita casas terapêuticas funcionam de forma correta, mas relatos de irregularidades nessas instituições sem fins lucrativos não são incomuns. Na maioria das vezes, trata-se de casas ligadas à Igrejas Católica ou igrejas evangélicas, onde os próprios dependentes de drogas, em estágio mais avançado de recuperação, conduzem os demais pelo caminho da abstinência do vício. O tratamento, muitas vezes, é baseado na leitura da bíblia e o consumo da droga é creditado à influência de espíritos malignos. Não há um número oficial de quantas dessas instituições existem no Brasil, mas um Censo de 2011 da Secretaria Nacional de Políticas sobre Drogas (Senad) aponta que são cerca de 1.800. Em 2011, 68 delas foram fiscalizadas pelo Conselho Federal de Psicologia, que apontou que a regra nas comunidades visitadas era o tratamento sem recursos terapêuticos, com uso de castigos, torturas e a imposição religiosa.