Nas semanas seguintes, junto com Fidel, Raul e outros revolucionários, na Fortaleza La Cabaña, em Havana, executam mais de 700 pessoas (das quais 400 membros do governo anterior).
O cubano Armando Valladares, que foi preso pelo regime de Fidel Castro quando este chegou ao poder e que passou 22 anos nas cadeias cubanas, conta que Che Guevara não só supervisionou as execuções de cerca de 1500 prisioneiros políticos e opositores do novo regime comunista, como se envolveu pessoalmente no interrogatório, na tortura e na execução de alguns desses presos.
Che Guevara participou ativamente das execuções no "paredón" e foi responsável pela morte de pelo menos 200 condenados pelos "tribunais revolucionários", todos por fuzilamento. Ele chegou a ter o apelido de "carnicerito". Segundo muitos, foi um monstro sanguinário que matava com prazer. Uma máquina de matar.
Apesar de ter levado uma geração de latino-americanos, que acreditou em suas idéias, a matar e, em conseqüência, ser morta, em nome de sua revolução, mitificado, permanece até os dias de hoje, vivo no ideário de milhões de jovens.
Apesar de tudo isso, Frei Beto, no II Fórum Social Mundial, agora, no Século XXI, disse, em um discurso que
“A sociedade do futuro, mais livre, mais igualitária e mais solidária se define em uma só palavra: socialismo”. Pediu uma salva de palmas para Karl Marx e completou que “o homem novo deve ser filho do casamento de Ernesto Che Guevara e Santa Teresa de Jesus”.
﻿ “A estrela de teu boné brilha mais forte, a força de teus olhos guia gerações pelas lutas da justiça, teu semblante sereno e firme inspira confiança aos que combatem pela liberdade".
Com tudo isso, Che Guevara continua vivo, como um libertador, um sonhador que lutou pela liberdade dos oprimidos.
Há 39 anos, em represália a morte de Che Guevara, no dia 01/07/1968, era assassinado o major do exército alemão Edward Ernest Tito Otto M von Westernhagen. No mesmo ano, no dia 12/10/1968 era executado, pelo mesmo motivo, na frente dos três filhos e da mulher, o capitão do exército dos Estados Unidos Charles Rodney Chandler, por fanáticos terroristas, seguidores da doutrina de Fidel Castro e Che Guevara.