Sinopse: A história de SaiKano se passa em Sapporo, a cidade mais importante de Hokkaido. É ali que vivem Chise e Shuji, dois colegas de classe que acabaram de se tornar namorados. Chise é uma gracinha de garota... desastrada e meio lerda da cabeça, possui um jeitinho sincero e simples que desarma qualquer pessoa!
Shuji, por outro lado, é mais seco e fechadão... mas, por baixo desta fachada séria, esconde-se um adolescente emotivo e de grande coração, apenas com um pouco de dificuldade para expor seus sentimentos da maneira adequada.
Aos poucos, Chise e Shuji vão se conhecendo melhor e se tornando mais próximos... até que a desgraça se abate sobre Sapporo, na forma de um aniquilador ataque aéreo. Em meio à terrível destruição que se segue e ao desespero de tentar sobreviver a todo custo, Shuji se encontra com Chise, em meio aos escombros... e descobre que sua doce namorada é, na verdade, a arma mais letal já produzida em nosso planeta, com poder para aniquilar uma cidade num piscar de olhos....