A origem da Universidade Estadual de Santa Cruz deu-se nas por intermédio das escolas isoladas no eixo de Ilhéus-Itabuna em 1960. Posteriormente em 1972, a iniciativa de lideranças regionais e da CEPLAC- Comissão Executiva do Plano de Lavoura Cacaueira, as escolas denominadas isoladas ( faculdade de Filosofia de Itabuna , Faculdade de Direito de Ilhéus e a Faculdade de Ci~encias Econômicas de Itabuna) juntaram-se e formaram a Federação das Escolas Superiores de Itabuna e Ilhéus, a FESPI.
Hoje destacam-se no cenário nacional e regional com as pesquisas científicas, com a modelagem e simulação de bacias hidrográficas e aqüíferos,biocombustíveis, na área de biologia e ecossistemas.
Em relação as notas de cortes do SISU. A Universidade apresentou a seguinte notas de corte para o ano de 2016, num ranking das três mais concorridas:
Em primeiro lugar Medicina 781.46 pontos . em segundo Engenharia Civil com 733.27 pontos, e em terceiro Engenharia Química com 728,81 pontos