Os colaboradores elaboram questões conforme parâmetros determinados pelo Inep. Após a elaboração, um revisor-técnico revisa o que foi proposto e analisa se há necessidade de modificações. Na sequência, especialistas das áreas do conhecimento autorizam ou reprovam o conteúdo.
As questões do Enem que são autorizadas a compor o Banco Nacional de Itens (BNI) - questões que podem ser usadas em provas do Inep - vão para o pré-teste. Só ficam disponíveis para compor o Banco as questões que atenderem todos os parâmetros esperados pelo instituto. O restante é descartado pela organização.
Estudantes do ensino médio respondem as perguntas dentro de um tempo determinado pelo Inep para que os itens sejam testados. A aplicação do pré-teste é sigilosa e, por isso, os alunos participam sem saber que estão sendo testados com um protótipo do Enem.
O objetivo do teste é avaliar, na prática, a dificuldade de cada questão, o preparo dos estudantes e a probabilidade de acerto em caso de chute. A avaliação do desempenho é considerado pelo Inep para futuras provas aplicadas pelo instituto.
Especialistas do Inep e professores dos ensinos básico e superior acessam o Banco Nacional de Itens (BNI) e selecionam as questões que serão utilizadas no Enem. A equipe leva em consideração a atualidade dos temas abordados, se as perguntas correspondem à matriz de habilidades do exame e se são contempladas as competências de cada área do conhecimento.
Geralmente, as questões consideradas fáceis correspondem 25% da prova; 50% são perguntas de nível médio e os demais 25% por itens difíceis.
Após a escolha das questões, elas são arquivadas junto com os dados de locais de provas e vão para a gráfica. O material do exame tem que ser impresso já com a informação de sala de cada participante do Enem. Todo o conteúdo a ser impresso é finalizado por volta do mês de junho ou julho. Isso significa que fatos que acontecem depois de maio não são cobrados no Enem.
Um servidor do Inep leva o HD com as questões da prova e o tema da redação até a gráfica autorizada, enquanto outro funcionário se dirige ao local com a senha que abrirá o HD. Por questões de segurança, os integrantes da equipe do instituto embarcam em aviões diferentes, apesar de ser o mesmo trajeto.
As questões escolhidas e o tema da redação (assim como o texto de apoio) são diagramados por colaboradores do próprio Inep. As provas já são impressas com o nome e número de cada participante, além do local em que realizará o exame.
A impressão da prova do Enem é uma etapa delicada e que requer muito sigilo para que não vaze nenhuma informação, como foi o caso da edição de 2009 que teve sua aplicação adiada por vazamento.
A gráfica se divide em duas alas e cada uma fica responsável por um dia do Enem, medida que tem como objetivo evitar que as provas se misturem.
Os funcionários da gráfica são monitorados por câmeras de segurança e precisam usar camisetas de cores diferentes, as quais são escolhidas de acordo com a função de cada equipe. Apenas os colaboradores de maior confiança têm acesso à chamada rotativa, ou seja, parte onde o material é impresso. Se outros funcionários entrarem na parte da impressão, um alarme é disparado.
Após impressas, as provas são lacradas em pacotes separados por sala e local de aplicação do Enem. A etapa seguinte é o armazenamento em malotes com lacres físicos e eletrônicos, os quais trazem as informações de horário em que foram fechados nas gráficas.
Como as provas do Enem ficam prontas e lacradas no início do segundo semestre, elas são armazenadas em um batalhão do Exército. Os malotes são enviados ao local já em conteiners desmontáveis, os quais são separados por cidade de aplicação do exame.
Em setembro, é dada a autorização para que as provas sejam levadas aos seus respectivos estados. Os malotes são transportados com a escolta das polícias militar ou rodoviária, seguindo para os batalhões do Exército de cada capital. Até a aplicação do Enem, as provas ficam guardadas em um local seguro e sob a vigilância do Exército.