O antropólogo Luis Donisete Benzi Grupioni, secretário-executivo da ONG Instituto Iepé (que forma professores indígenas no Amapá e no norte do Pará) frisa que ainda é preciso melhorar muito a qualidade do ensino nas escolas indígenas. "Elas têm um duplo desafio: de um lado, têm de lidar com um conjunto de conhecimentos que são típicos da sociedade envolvente [o currículo escolar regular] e, de outro, têm de lidar com a língua, a cultura e os saberes tradicionais próprios daquele povo no qual a escola está inserida."
O especialista lembra também que, em 1999, foi realizado o primeiro e único censo específico sobre escolas indígenas, que apontou grandes deficiências no ensino da língua indígena e no uso de materiais didáticos elaborados pelos próprios professores indígenas. "Isso revelou que a educação diferenciada a que os índios têm direito ainda não é uma realidade nas escolas indígenas do país, e poucas delas estão implementando de fato esse ensino diferenciado."
Susana Grillo, da Secad/MEC, também reconhece a dificuldade de avaliar a qualidade do ensino o que, segundo ela, deve-se ao fato de se tratar de um processo muito complexo. "O uso das línguas indígenas no processo educacional, os processos próprios de aprendizagem e o currículo diferenciado (diferenciado para cada povo) dificultam a criação de um sistema de avaliação", explica Susana. "Mas, apesar de a avaliação ser de uma complexidade muito grande, ela é necessária", completa.
Desde a pesquisa de 1999, não houve mais nenhuma pesquisa qualitativa, mas Grupioni acredita que tudo indica que está havendo uma melhora, pois se nota um aumento nos números informados pelas Secretarias de Educação, surgiram cursos de nível superior para professores indígenas e está ocorrendo uma maior diversificação das séries nas escolas indígenas.