Um diferencial é que na hidroponia o produtor deve agir no momento certo, e muitas vezes até prever situações que podem ser prejudicais ao cultivo, como por exemplo, uma geada, em regiões de inverno mais intenso, ou histórico de surgimento de praga em determinada época do ano, para assim tomar as providências necessárias.
Esses exemplos de variáveis externas podem ser trabalhados afim de amenizar os efeitos na produção no interior da estufa. Algumas variedades poderão exigir cuidados específicos e o produtor deverá procurar o responsável técnico, em caso de dúvidas.
As variedades a serem escolhidas para a hidroponia devem ser aquelas que apresentem um ciclo médio-longo de produção (08 a 12 meses em estufa), e que ofereçam algum diferencial para atrair o consumidor, seja ele sabor, textura ou aparência que o mercado aprecie, e que, consequentemente, justifique um maior valor de venda quando comparado a tomates de variedades comuns.
Hoje estão em alta os tomates tipo cereja e tipo grape de sabor mais adocicado, muito atrativo para crianças, bem como os tomates tipo saladete, que apresentam frutos uniformes e com boa coloração.