Nessa época, por conta dos resultados do Concílio de Pisa, havia três papas. O Imperador Venceslau apoiava o papa pisano, enquanto o arcebispo de Praga e os alemães da universidade apoiavam Gregório XII.
Mais tarde, o arcebispo se submeteu à vontade do rei, e reconheceu o papa pisano, mas solicitou a esse papa, Alexandre V, que proibisse a posse da obras de Wycliff. O papa concordou. A proibição foi além! Proibiu também as pregações fora das catedrais, dos mosteiros ou das igrejas paroquiais.
A capela de Belém, onde estava Huss, não se enquadrava em nenhum dos locais. Portanto, a pregação em seu púpito estava proibida! E ele tinha agora de fazer a difícil escolha entre desobedecer o papa ou deixar de pregar.
Com o passar do tempo sua consciência se impôs. Ele subiu ao púlpito e continuou pregando a tão ansiada reforma. Este foi seu primeiro ato de desobediência.
Outros atos de desobediência se seguiram, em nome de realizar o seu trabalho. Por fim, o Cardeal Colonna o excomungou em 1411, em nome do papa, por não ter aceito à convocação papal.