A região de Niterói foi originalmente povoada pelos índios Tamoios e, depois, pelos Temiminós e era evitada pelos colonizadores por causa da resistência da tribo. Na segunda metade do século 16, Villegaignon, navegador da corte francesa, visando ao controle do comércio com as Índias, dominou toda a Baía de Guanabara, instituindo a França Antártica (1555 a 1567).
Temendo novo ataque estrangeiro após a invasão francesa (1555), o Governador Geral, Mem de Sá ofereceu a Araribóia, Martim Afonso de Souza, em 1568, a concessão das terras (correspondentes à maior parte do atual território de Niterói).
Niterói foi elevada à categoria de Vila em 1817, tendo São Domingos como sede. D. João frequentava São Domingos, hospedando-se, quando em visita, em um palacete doado com esta finalidade. Mas, como o lugar não comportava a edificação de prédios públicos, a sede da Vila acabou sendo transferida para a Praia Grande, onde hoje fica a Praça do Rink.
Em 1819, a denominação da povoação é mudada para Vila Real da Praia Grande.
Em 1834, a Vila Real da Praia Grande assumiu o status de capital da Província com a cidade do Rio de Janeiro, formando o Município Neutro, sede do governo geral. Em 28 de março, foi assinada a Carta de Lei nº 6, estabelecendo que a antiga Vila Real da Praia Grande passaria a chamar-se Nictheroy (Elevada à categoria de cidade), nome sugerido por Joaquim Francisco Viana. Em 22 de agosto de 1841, Niterói recebe seu segundo título de nobreza, passando a ser “Imperial Cidade”.
1862 – Criada a Companhia Ferry, com embarcações mais modernas e confortáveis.
1835 – Surge o serviço de navegação a vapor entre Niterói e a cidade do Rio de Janeiro: Companhia de Navegação de Nictheroy.
1942 – A abertura da Avenida Ernani do Amaral Peixoto foi marco do processo de modernização da cidade. 1956 – Inauguração da estação das barcas, em Niterói.
Em 1970, o governo do presidente Costa e Silva concluiu a construção da Ponte Rio-Niterói e promoveu a fusão dos estados do Rio de Janeiro e da Guanabara.A cidade do Rio passou a ser a capital do novo estado do Rio de Janeiro, e Niterói perdeu de vez a condição de capital. O trauma causado pela perda da primazia foi grande e perdurou por quase 15 anos. Niterói passou a ser considerada, simplesmente, uma “cidade-dormitório”. Mas, no fi m dos anos 1980, a cidade redescobriu sua vocação cultural e começou a recuperar a autoestima.