A década de 1980 foi marcada por conflitos armados entre o governo sandinista e os Contras. O resultado foi uma maior radicalização do regime. Minas e florestas foram nacionalizadas e as relações com os EUA se deterioraram. Em 1981, os EUA interromperam a ajuda econômica e o governo sandinista foi acusado de receber apoio de Cuba e da União Soviética. Teve início uma nova guerra civil entre o governo sandinista e os Contras. A administração Reagan tentou conseguir apoio do Congresso para ajudar as forças exiladas dos Contras em Honduras e Miami, mas foi seriamente prejudicada pela divulgação, em 1986-1987, de desvio de dinheiro para os Contras exilados a partir da venda de armas norte-americanas para o Irã (Escândalo Irã-contras).
Em novembro de 1984 realizaram-se eleições presidenciais e para uma assembléia constituinte, com o boicote de boa parte da oposição. Eleito com mais de sessenta por cento dos votos, o líder da FSLN Daniel Ortega Saavedra assumiu a presidência em janeiro de 1985. A FSLN também obteve a maioria das cadeiras da Assembléia Constituinte. Os EUA decretaram embargo total à Nicarágua. Em janeiro de 1987, promulgou-se a nova Constituição. Segundo a constituição de 1987, a Nicarágua é uma república presidencialista unicameral, com uma assembléia nacional de 92 membros eleitos por voto direto para mandatos de seis anos. A Carta, que também consagra os princípios de pluralismo político e economia mista, também reconhece os direitos sócio-econômicos da população. Administrativamente, o país se divide em 16 departamentos. Prosseguiam, contudo, a luta dos "contras" e os atritos com os Estados Unidos, que os esforços do chamado Grupo de Contadora (México, Venezuela, Panamá e Colômbia) não conseguiram extinguir. Em 1987 e 1988 firmaram-se em Esquipulas, na Guatemala, acordos para o desenvolvimento de um plano destinado a desarmar e repatriar os "contras" baseados em Honduras. Em 1988, governo e "contras" iniciaram negociações para um cessar-fogo. Quando o presidente Bush assumiu o cargo, em 1989, o financiamento militar direto aos Contras foi suspenso, o que levou ao desarmamento dos rebeldes.