O irracionalismo epistemológico, conforme o filósofo Hilton Japiassu, é uma reação ao cientificismo e nivela como válidos todos os tipos de conhecimento. Os conhecimentos religioso, místico e esotérico vão sendo relidos como formas de conhecimento científico, ora pela via do sincretismo epistemológico, que mistura nomenclaturas e categorias científicas com categorias religiosas; ora pela “cientificação” do religioso.
Em nome de uma nova epistemologia que critica as fragmentações e instrumentalizações das ciências modernas, da constatação da relatividade dos paradigmas e da busca de práticas científicas mais integradoras, esses sincretismos e racionalizações colocam no mesmo patamar a experiência subjetiva e a formulação objetiva. E a ciência pode, então, abrigar epistemológica e politicamente essas experiências, abrindo mão de suas regras.
A Ciência da Religião é ciência como qualquer outra. Seu objeto e métodos estão, contudo, vinculados a experiências e tradições religiosas que exigem vigilância epistemológica permanente. Se ninguém chega neutro para fazer ciência, no caso dos estudos de religião, todos, crentes ou ateus, chegam com juízos prévios sobre os objetos de estudo e a formulação tida como verdadeira acerca da doutrina, dos ritos ou da moral de uma tradição religiosa. A consciência desses pressupostos é o primeiro passo para não deixar que eles interfiram nos estudos com respostas prontas, o que por si, já dispensaria a investigação científica.
A habilidade metodológica dispensa as respostas e procura no objeto a verdade que ele revela, mediante as regras da ciência: regras que delimitam o objeto, verificam a problemática e a hipótese formuladas, analisam as teorias adotadas, argumentam e comunicam resultados, e regras que estruturam o texto científico.
No ato de fazer Ciência da Religião, o objeto religioso não precede o cientista, ainda que apresente verdades ou simulações, como qualquer outro objeto. Ao contrário, é o cientista que terá algo a dizer após investigá-lo. A verdade da ciência não é toda a verdade, refere-se ao que investigou em um território, do ponto de vista lógico ou empírico. O que escapa desse limite não é ciência, ainda que integre a realidade vivenciada pelos seres humanos. O que concerne às convicções, como valor moral, religioso e estético, fica fora do cientificamente demonstrável, ainda que possa ser objeto de estudo. Ao passar para o campo da ciência, torna-se objeto e silencia suas verdades ditas, para se submeter aos juízos da razão que duvida, interroga e procura respostas.