Na década de 1990, o Palmeiras teve mais um período de glórias, que ficou conhecido como a Era Parmalat. Durante o tempo de duração desta parceria, o Palmeiras conquistou títulos importantes. No primeiro ano efetivo da parceria, conquistou o Campeonato Paulista de 1993, o Torneio Rio-São Paulo e o Campeonato Brasileiro. No ano seguinte, o clube foi bicampeão paulista e bicampeão brasileiro. Conquistou mais uma vez o Campeonato Paulista, em 1986 e, em1998, a Taça Mercosul e a Copa do Brasil.
Desde então, o Palmeiras passou por altos e baixos no Campeonato Paulista e no Campeonato Brasileiro, tendo sido rebaixado na competição nacional em 2002, quando caiu para a Série B. No ano seguinte, a equipe sagrou-se campeã da Série B, voltando à elite do futebol nacional.
Em 2008, comandado pelo técnico Vanderlei Luxemburgo, o Palmeiras foi mais uma vez Campeão Paulista e completando a boa temporada, conquistou uma vaga na Taça Libertadores de 2009, com o quarto lugar no Campeonato Brasileiro.
No entanto, a temporada de 2009 foi frustrante para o clube que fez ótima campanha na primeira fase do Paulista, mas foi eliminado nas semifinais pelo Santos, ao passo que na Libertadores fez jogos memoráveis, mas acabou eliminado nas quartas de final. Já no Campeonato Brasileiro, chegou a ser considerado o campeão com rodadas de antecedência, mas caiu de produção na reta final e sequer conquistou nova vaga à disputa do torneio continental.
Os anos de 2010 e 2011 foram de poucas emoções. No Campeonato Brasileiro, duas campanhas medíocres, com a 10ª e 11ª posição; na Copa do Brasil dupla eliminação nas quartas de final para Atlético Goiniense e Coritiba e no estadual, uma eliminação na primeira fase em 2010 e outra para o arquirrival Corinthians nos pênaltis, nas semifinais.
Já o ano de 2012 foi de emoções distintas com muita alegria e muito choro. Primeiro, lamento pela eliminação nas quartas de final do Campeonato Paulista diante do Guarani, depois alegria e euforia pela conquista da segunda Copa do Brasil da história do clube, ao bater o Coritiba, algoz do ano passado e por fim, a tristeza com a tragédia do segundo rebaixamento para a Série B do Campeonato Brasileiro em toda a história.
Eliminado nas quartas de final do Paulistão e nas oitavas da Taça Libertadores da América em 2013, o Palmeiras terminou o ano levantando pela segunda vez a taça da Série B do Campeonato Brasileiro. Eliminado na semifinal do estadual em 2014, a equipe não fez grande campanha no Campeonato Brasileiro e lutou contra o rebaixamento. No começo de 2015, o clube trouxe uma série de reforços, mas acabou ficando com o vice-campeonato do paulista.