A partir daí, já independente e com administração própria, a vila pode encetar o seu progresso. De fato, em pouco tempo tornou-se uma espécie de celeiro da capital, graças ao grande desenvolvimento da pecuária e da cultura de cereais, em especial de trigo.
Além de prosperar economicamente, o município também participou de maneira ativa dos episódios que marcaram nossa História. Em 1808, fez-se representar na chegada da Família Real ao Brasil. Após acompanhar atentamente a revolução portuguesa de 1820, que gerou a Constituição, a população atibaiana reconheceu “as bases Constitucionais decretadas pelas Cortes Gerais”, jurando “vigiar pela exata e pronta execução das leis existentes, promover o bem da Província e da Nação, obedecer ao Governo e a Deus Nosso Senhor”. Esta manifestação popular encontra-se documentada em ata lavrada na Câmara Municipal local, datada de 21 de julho de 1821.
Cada vez mais envolvidos com as questões que abalavam a Nação, os atibaienses também abraçaram entusiasticamente a causa da Independência. No dia 5 de outubro de 1822, o povo reuniu-se em praça pública e declarou sua disposição de manter a liberdade e aclamar o Príncipe Regente. Todos traziam, no braço esquerdo, o símbolo dos adeptos da causa: uma flor verde sobre fundo dourado, com a inscrição “Independência ou Morte”. Dois dias depois, a Câmara definiu o programa oficial de reconhecimento do Primeiro Imperador do Brasil. O apoteótico e solene ato público aconteceu em 12 de outubro de 1822, onde foram aclamados em muitas vozes: a Santa Religião; a Independência do Brasil; D. Pedro I; a Imperatriz do Brasil; a dinastia de Bragança; e o povo constitucional.
Depois, Atibaia debateu-se pela maioridade de D. Pedro II. Na Revolução Liberal de 1842, pôs-se ao lado do cel. Rafael Tobias de Aguiar, opção que foi claramente demonstrada em passeatas e outros tipos de protestos. Os partidários dos conservadores reagiram e houve muitos tumultos na cidade. Então, a Câmara localrecusou-se a obedecer as ordens imperiais e, devido a “seu repreensível comportamento e flagrantes desobediências”, foi cassada em 04 de maio de 1842. Após o fracasso da rebelião, veio a anistia, por ordem imperial, e a Câmara reassumiu suas funções no dia 24 de junho de 1844. Em seguida, veio a adesão ao “Batalhão de Voluntários da Pátria”, que lutou na Guerra do Paraguai. Segundo um cronista, “ao contrário dos cidadãos de outras partes da Província, que procuravam o mato para se furtar ao cumprimento do dever, os filhos de Atibaia acorreram pressurosos a servir o torrão que lhes fora berço”.