Apesar da mágoa, o plano de obras de 6 anos, iniciado em 1959 pelo General Buceta Martins (novos pisos no corpo de alunos, novas cozinhas, novas salas de aulas, remodelação quase total do aquartelamento da Amadora), deu um importante contributo para a melhoria da preparação moral, física e técnica dos futuros oficiais. Na prática, o que encontrei na Amadora em 1979, não era muito diferente do plano inicial do General Buceta Martins. Outras obras se seguiriam mais tarde na sede, orientadas no sentido da Academia Militar receber os cursos das engenharias (civis e militares).
O General Alberto Andrade e Silva, que comandou a Academia Militar durante cerca de dois anos e meio, entre 1966 (21 de Abril) e 1968 (20 de Outubro), deixaria o Paço da Rainha para as nobres funções de Vice-CEME, a que seguiriam as funções de CEME. Oficial oriundo de Engenharia, já tinha sido Professor Catedrático na Escola do Exército e Comandante do RAAAF, Director do SHM e do IAEM, tendo desempenhado as funções de Comandante-Chefe das FA em Angola, entre 1963 e 1965, imediatamente antes do Comando da AM.
O General Andrade e Silva assumia a Guerra de África como “farol” da formação na AM, mas por outro lado tinha consciência que o Exército deveria motivar de modo diferente os jovens para a carreira das armas (os problemas do recrutamento já se faziam sentir há cerca de dois anos). Um desses incentivos passava, na sua perspectiva, pela equivalência das cadeiras ministradas na AM, por uma equiparação aos graus universitários que permitissem a posterior integração dos futuros oficiais no conjunto dos cursos civis. O General Andrade e Silva tinha a consciência que a Guerra de África mais tarde ou mais cedo terminaria e que não seriam necessários tantos oficiais do QP. Outra preocupação manifestada ao longo do seu comando dizia respeito à elevada mobilidade do corpo docente da AM, facto irresolúvel que reduzia a qualidade do ensino e mesmo da instrução militar.
O General António Amaro Romão comandou a Academia Militar entre 1968 (18 de Novembro) e 1974 (19 de Março), já perto do final do ano lectivo (foi afastado com o 16 de Março, por ter “protegido” os seus oficiais). Oficial oriundo da arma de Infantaria, foi instrutor na EPI, comandante de Batalhão na GNR, Director do Serviço de Pessoal no Ministério do Exército e Comandante da 3ª Divisão (SHAPE/NATO), tendo sido Vogal do Conselho Superior do Exército antes do desempenho das funções de Comandante da AM.
O General António Amaro Romão, profissional de grande seriedade e profissionalismo (nas palavras dos seus oficiais e alunos), trabalhou sobretudo a regulamentação de pormenor relativamente a formaturas, cerimónias, inamovibilidade de professores, normalização de funções, actividades em que teve o apoio do Coronel de Artilharia Manuel Carmelo Rosa (como Comandante do Corpo de Alunos). Cuidou também de um maior sentido de justiça em termos académicos, como se prova das suas palavras: “A impossibilidade de se conseguir a estabilização do Corpo Docente, nomeadamente como resultado do problema ultramarino e a necessidade de aceleração na formação dos novos oficiais com alterações profundas nos Planos dos Cursos, foram, entre outras, razões que levaram à utilização de métodos de gestão mais directos em detrimento dos Conselhos de Curso.». O General Romão, que investiu fortemente na instrução da guerrilha desde o primeiro ano, chegaria a colocar a hipótese de recrutar docentes militares na situação de reserva, tais eram as dificuldades decorrentes do seu empenhamento na Guerra de África.
Outra das grandes preocupações do General Amaro Romão dizia respeito ao recrutamento, pois em 1969/1970 a AM atingiu o reduzido número de 422 alunos,4 incluindo os que frequentavam o tirocínio (mesmo de aeronáutica). As admissões em relação às vagas chegaram a atingir 7,6% (36/460), valores que marcavam, nas suas palavras, «uma crise real, correspondendo a uma vocação militar em declínio traduzida numa diminuição de quantidade e de qualidade…Mas o problema não é do Oficial nem das Forças Armadas, é da Nação e do Estado que a representa e é a sua forma política. Só a Nação sabe até que ponto precisa dos homens que sempre assumiram responsabilidades quando a missão é difícil e a situação indecisa …» (Anuário 69/70, p. 272).
O General Romão insistiu na equivalência dos cursos das armas a licenciatura, «condição de formação mais ampla, mais atractiva e capaz de garantir uma integração na sociedade aos que involuntariamente tenham que abandonar a carreira das armas…». Investiu ainda nas engenharias em plena crise académica, o que levaria à concentração dos cursos na Academia Militar (inclusivamente os alunos civis do Instituto Superior Técnico - IST durante dois anos).
O General Horácio Emílio de Ávila Perez Pais Brandão, que comandou a AM durante um curto período antes do 25 de Abril de 1974 (de 19 de Março a 26 de Abril), era oriundo de Artilharia e tinha sido chefe de gabinete do ministro da Defesa Nacional, tendo sido destituído de funções na sequência do 25 de Abril (foi substituído pelo General Manuel Maria Delgado e Silva, a 4 de Maio de 1974).
Durante este período, assiste-se na Academia Militar a um fervor legislativo fora do comum, acentuado pelas preocupações relativas à rápida formação de oficiais subalternos para os TO africanos.