A equipe melhorou significativamente em 1992-93, liderada pelo trio emergente, Petrović, Coleman e Anderson. Chuck Daly, que havia sido dispensado pelo Detroit Pistons após a temporada de 1991-92, foi contratado pelos Nets. No entanto, as lesões de Anderson e Petrović no final da temporada levaram a equipe a uma queda e eles terminaram a temporada com um recorde de 43-39, que novamente garantiu a sexta posição e um encontro com os Cavaliers no primeiro round. Com Anderson fora com uma mão quebrada e Petrović jogando com o joelho lesionado, os Nets perdeu uma série difícil de cinco jogos.
Os Nets sofreu uma tragédia na quando Petrović foi morto em um acidente de carro na Alemanha. Ainda assim, a equipe conseguiu vencer 45 jogos durante a temporada de 1993-94. Os Nets novamente se classificou para os playoffs com a sétima posição mas foi eliminado pelo New York Knicks na primeira rodada dos playoffs.
Após a temporada de 1993-94, Daly se demitiu e Butch Beard foi contratado para ser o treinador principal da equipe. Em meados da década de 1990, o principal problema de imagem da NBA era o do atleta egoísta e imaturo e os Nets exemplificava isso. Em 1995, Coleman apareceu na capa da Sports Illustrated como o garoto-propaganda do jogador egoísta da NBA, com Anderson, Benoit Benjamin, Dwayne Schintzius e Chris Morris entre os atletas mencionados. A reputação do time era tão ruim que, em um esforço para esquecer sua imagem negativa, o presidente da equipe Jon Spoelstra decidiu renomear o time como New Jersey Swamp Dragons em 1994. Depois que a equipe obteve a aprovação e gastou US$ 500 mil em marcas, o nome acabou sendo rejeitado quando o co-proprietário, David Gerstein, mudou de ideia.[23] Nas temporadas 1994-95 e 1995-96, os Nets terminou com um recorde de 30-52. Beard foi demitido após a segunda dessas duas temporadas.
Em um esforço para começar de novo, Coleman e Anderson foram negociados durante a temporada de 1995-96 e New Jersey contratou o treinador da Universidade de Massachusetts, John Calipari, para treinar a equipe. Kerry Kittles foi selecionado no draft de 1996 e no meio da temporada 1996-97, a equipe contratou Sam Cassell. Depois de uma temporada com um recorde de 26-56, os Nets fez uma importante troca de draft em junho de 1997, trocando Keith Van Horn, Lucious Harris e outros dois jogadores por Tim Thomas. O único jogador do início dos anos 90 que os Nets manteve foi Jayson Williams, que estava se tornando um especialista em rebotes.
A temporada 1997-98 viu várias mudanças nos Nets. O primeiro foi um redesign da equipe que viu o afastamento do logotipo anterior em favor de um logotipo 3-D, que foi projetado por Patrick McDarby,[24] representando uma tabela futurista que a equipe usou até a partida de New Jersey, juntamente com um novo conjunto de uniforme.[25] O segundo foi o estilo de jogo da equipe, que resultou na permanência dos Nets na disputa dos playoffs durante a maior parte da temporada. A equipe jogou bem sob o comando de Calipari, vencendo 43 jogos e se classificando para os playoffs no último dia da temporada. Os Nets se classificaram para os playoffs em oitavo lugar na Conferência Leste e perderam para o Chicago Bulls nos playoffs de 1998.
A temporada de 1998-99 foi adiada por três meses devido a uma grave. Cassell se machucou no primeiro jogo da temporada e a equipe começou mal. Com um recorde de 3-17, Calipari foi demitido e substituído pelo assistente técnico Don Casey. A equipe nunca se recuperou de seu começo ruim e terminou com um recorde de 16-34. Com os Nets já eliminados da disputa dos playoffs em abril, Marbury colidiu com Williams em um jogo contra o Atlanta Hawks; Williams quebrou sua tíbia, a segunda vez que sofreu uma lesão assim em dois anos, e nunca mais jogaria na NBA.
A equipe optou por manter Don Casey como treinador da temporada 1999-2000. Os Nets terminou a temporada perdendo os 11 jogos finais do ano, terminando com um recorde de 31-51.
Em 2 de junho de 2000, os Nets contratou Rod Thorn como novo presidente da equipe. Thorn, um executivo de longa data da NBA, mais conhecido por selecionar Michael Jordan enquanto era o gerente geral dos Bulls. Imediatamente, ele começou a montar os componentes da equipe mais talentosa da franquia desde os campeões da ABA em meados da década de 1970. Ele começou contratando o ex-astro da NBA, Byron Scott, como treinador. Com a primeira escolha do notoriamente fraco draft de 2000, os Nets selecionou Kenyon Martin, da Universidade de Cincinnati. Contusões constantes atrapalharam a química do time e o Nets não conseguiram chegar aos playoffs.
Na noite do draft de 2001, os Nets trocou os direitos de sua seleção no primeiro round (Eddie Griffin) ao Houston Rockets por Richard Jefferson, Jason Collins e Brandon Armstrong, e selecionou Brian Scalabrine no segundo round. A troca foi amplamente considerado uma jogada inteligente dos Nets, já que eles precisavam ficar mais jovens e limpar a maior parte do peso morto que estava no banco.
Jason Kidd foi adquirido pela equipe em 2001 e liderou o New Jersey em duas finais da NBA antes de partir em 2008. Ele voltaria para a equipe em 2013 como treinador.
Um dia após o recrutamento, em 28 de junho de 2001, Thorn trocou Stephon Marbury e Johnny Newman com o Phoenix Suns pelo astro Jason Kidd e Chris Dudley (que o Nets dispensou mais tarde). A mudança deu à equipe algo que lhe faltou durante praticamente toda a sua existência na NBA, um líder que melhorou seus companheiros de equipe. Os Nets se tornou um dos times mais empolgantes da liga na temporada 2001-2002. A equipe venceu seu primeiro título da Divisão do Atlântico, terminando com um recorde de 52-30 e sendo o primeiro na Conferência Leste.
Os Nets venceram o Indiana Pacers na primeira rodada e o Charlotte Hornets na semifinal de conferência, se classificando pela primeira vez para a Eastern Conference Championship.
Na final, eles enfrentaram o Boston Celtics. Esta série é lembrada por Kidd ter seu olho esquerdo machucado e ter recebeu 32 pontos. New Jersey venceu a série por 4-2 e garantiu ao Nets seu primeiro título da Conferência Leste. Nas finais da NBA de 2002, os Nets foram derrotados por Shaquille O'Neal, Kobe Bryant e Los Angeles Lakers.
Antes da temporada 2002-03, o Nets trocou Van Horn e MacCulloch para obter Dikembe Mutombo dos 76ers. O movimento para melhorar a equipe não funcionou, já que Mutombo ficou de fora da maior parte da temporada com uma lesão no pulso e recebeu pouco tempo nos playoffs devido a diferenças com o técnico Byron Scott.
Apesar da ausência de Mutombo, os Nets terminou com um recorde de 49-33. Nos playoffs de 2003, eles ganharam seu segundo título consecutivo da Conferência Leste. Eles derrotaram o Milwaukee Bucks na primeira rodada, depois varreram o Celtics e Detroit Pistons em séries consecutivas para avançar para as finais da NBA de 2003, desta vez enfrentando o campeão da Conferência Oeste, San Antonio Spurs. Os Spurs venceram a série por 4-2.
Após as finais de 2003, Kidd tornou-se um agente livre, no entanto, Kidd re-assinou com os Nets, afirmando que ele tinha "negócios inacabados" em New Jersey. Outro fator na decisão de Kidd foi a contratação do agente livre Alonzo Mourning. Mas a passagem de Mourning nos Nets seria desastrosa, já que ele perdeu a maior parte da temporada de 2003-04 devido a uma doença renal.
Durante a temporada 2003-04, New Jersey teve um desempenho ruim e, no final de dezembro, o técnico Byron Scott foi demitido. Lawrence Frank tornou-se o treinador interino em janeiro, depois de atuar como assistente técnico da equipe desde a temporada 2000-01.[26] Os Nets se recuperou e venceu o recorde de 13 jogos, e novamente venceu o título da Divisão do Atlântico. No entanto, a sequencia de títulos da conferência foi interrompida nas semifinais da Conferência Leste pelo eventual campeão da NBA, Detroit Pistons. Kidd, que jogava com um joelho machucado, precisou passar por uma cirurgia e ficou fora do jogo 7.
Após a temporada, os Nets se renovaram. Eles trocaram Kerry Kittles e Kenyon Martin pelos Clippers e Nuggets, respectivamente, e dispensaram Rodney Rogers e Lucious Harris, porque o novo proprietário Bruce Ratner não estava disposto a pagar o restante de seus contratos. Eles receberam apenas escolhas de draft em troca de dois jogadores importantes no sucesso recente da equipe.
A temporada de 2004-05 pareceu ruim no começo para os Nets. Kidd estava se recuperando de uma cirurgia de microfratura e a equipe chegou a um recorde de 2-11 e, mesmo com o retorno de Kidd, a perspectiva era sombria. No entanto, os Nets fizeram um grande negócio e obteve a estrela Vince Carter do Toronto Raptors em troca de Mourning, Eric Williams, Aaron Williams e escolhas de draft.[27]