Um dos personagens é um arquiteto e ele se muda para uma cidade maior devido a uma proposta de trabalho. E assim começam os problemas do relacionamento a distância. Cada puzzle é como uma metáfora dos pensamentos, preocupações, raiva, angústia e medo que cada parte envolvida sente.
A Fold Apart é um jogo de puzzle, mas os quebra-cabeças não são separados por fases ou estágios, tudo acontece em meio a história, você se move de um puzzle a outro durante seu envolvimento na vida dos dois personagens. Você até pode escolher respostas e reações entre os dois conversando.
Com uma estética belíssima de artes em papel, cada puzzle é desenhado para ser resolvido dobrando-se os papéis. Quando um puzzle inicia, você dele levar o personagem ao fim do “estágio”, geralmente representado por uma estrela, e para isso deve dobrar os lados da cena no papel para conseguir criar o caminho até o ponto final.