Há padrões de qualidade e de quantidade para os agrotóxicos. A produção, comércio e uso dos agrotóxicos dependem de registro prévio junto ao governo federal. Este registro está condicionado ao grau de perigo que o produto representa para o ambiente. Este registro pode ser negado e, se concedido, pode ser posteriormente cancelado. Não se pode registrar agrotóxicos, por exemplo, para o qual não se disponha de antídoto e método de desativação no Brasil; que possa causar doenças como o câncer e que causem danos ambientais.
Pode-se impugnar e pedir cancelamento de registros de agrotóxicos, questionando prejuízos ao ambiente, aos recursos naturais e à saúde dos trabalhadores. Além disso, eles têm de ser vendidos com rótulos que informem a todos sobre seus perigos, possíveis efeitos prejudiciais, precauções, instruções para caso de acidente.
A cor dos rótulos é dada por lei e varia de acordo com a toxicologia do produto:
Classe toxicológica I (Rótulo Vermelho): produto no qual se encontram substâncias ou compostos químicos considerados "altamente tóxicos" para o ser humano. Exemplo: agrotóxicos fosforados.
Classe toxicológica II (Rótulo Amarelo): produto considerado medianamente tóxico para o ser humano. Exemplo: agrotóxicos que contenham carbamatos.
Classe toxicológica III (Rótulo Azul): produto considerado
pouco tóxico ao ser humano.
Classe toxicológica IV (Rótulo Verde): produto considerado praticamente
"não-tóxico" para o ser humano.
Para reforçar a segurança no uso destes produtos, o Governo Federal, publicou o Decreto n0 3.964, de 21 de dezembro de 2000, que obriga as indústrias a registrar componentes de matérias-primas, ingredientes inertes e aditivos usados na fabricação dos agrotóxicos. Tais informações deverão constar no rótulo e nas bulas para informar o consumidor sobre todos os componentes contidos na formulação de um agrotóxico
Além disso, desde 1985, já estão proibidas a venda e utilização dos agrotóxicos mais nocivos, que ficaram mundialmente conhecidos como os "doze sujos" ("dirty dozen") ou a "dúzia suja". São eles: