Permaneceu em Lisboa até 1537, data em que foi transferida definitivamente para Coimbra, por ordem de D. João III. Sete anos mais tarde todas as suas Faculdades se instalam no histórico Paço Real da Alcáçova. Data de 1597 a aquisição (a Dom Filipe I), pela Universidade de Coimbra, do Paço da Alcáçova, que a partir daí passou a designar-se Paço das Escolas (o centro histórico da Universidade).[3]
A universidade recebeu os seus primeiros estatutos em 1309, com o nome Charta magna privilegiorum. Os segundos estatutos foram outorgados no ano de 1431, durante o reinado de D. João I, com disposições sobre a frequência, exames, graus, propinas e ainda sobre o traje académico. Já no reinado de D. Manuel I, em 1503, a Universidade recebeu os seus terceiros estatutos, desta vez com considerações sobre o reitor, disciplinas, salários dos mestres, provas académicas e cerimónia do ato solene de doutoramento.