Em 1990, a comunidade estudantil do Guarujá se movimentou em defesa deste patrimônio, e finalmente, em 2 de setembro de 1993, foi assinado um Protocolo de Intenções entre o IPHAN, a Prefeitura Municipal de Guarujá e a Universidade Católica de Santos UNISANTOS, visando a restauração do conjunto. A reinauguração teve lugar em 21 de abril de 1997, tendo como padrinho o professor Élcio Rogério Secomandi, assim homenageado pelo entusiasmo e dedicação do trabalho desenvolvido. Destaca-se no processo a doação para a capela do conjunto, do mural "Vento Vermelho", de vinte metros quadrados, pela família do artista plástico Manabu Mabe.
Homenageada pela ECT com a emissão de uma bonita peça filatélica e carimbo comemorativo 21 de abril de 1999, o acesso à fortaleza pode ser feito por Santa Cruz dos Navegantes ou, de barco, com saída pela ponte dos Práticos, em Santos.

G1 - Mulher passa mal e trem circula com porta aberta por cinco estações no Rio - notícias em Rio de Janeiro
Uma mulher passou mal na manhã desta terça-feira (9) dentro de um trem que seguia com destino à Central do Brasil, no Centro do Rio. Passageiros acionaram o dispositivo de emergência e a composição circulou por cinco estações com uma das portas abertas.
Por volta das 9h15, alguns passageiros abriram a porta e seguiram nos trilhos até a cabine do maquinista para avisar sobre o incidente. O trem estava parado entre as estações do Engenho Novo e Sampaio, no subúrbio.
Apesar do aviso e da preocupação dos passageiros, o trem continuou viagem com a porta aberta até a estação de São Cristovão, onde agentes de controle da SuperVia removeram a mulher e a colocaram em um banco para que fosse aguardada a chegada do Serviço de Atendimento Móvel de Urgência (SAMU).
A SuperVia informou que comunicou ao SAMU às 9h25. Sobre a circulação com a porta aberta, a concessionária disse que toda vez que uma porta é aberta o maquinista é avisado no painel.
Com isso, ele pede o fechamento da porta e, caso ela siga aberta, o procedimento é reduzir a velocidade do trem e parar numa próxima estação, onde agentes realizariam o reparo do equipamento danificado.
Ainda segundo a SuperVia, as estações contam com um grupo de apoio ao cliente com funcionários treinados para prestar os primeiros socorros. A mulher foi atendida pelo SAMU às 10h.
Pela manhã foram registrados atrasados em viagens dos ramais Saracuruna e Belford Roxo. Em São Cristovão, era constante os avisos sonoros sobre os atrasos.