É descendente dos cavalos Alter-Real (uma estirpe do Cavalo Lusitano), que chegaram ao Brasil no início do século XIX por meio da Corte portuguesa, e que depois foram cruzados com cavalos crioulos marchadores formados pelos fazendeiros da região sul de Minas Gerais.
Em meados século XVIII era intenso o comércio de tropas equinas no Brasil colonial ,com vista nesse comércio João Francisco Junqueira aprimorou o negócio contando com tropas de cavalos crioulos marchadores selecionados para ser uma fonte lucrativa de recursos. Segundo a tradição, em 1812, Gabriel Francisco Junqueira (o barão de Alfenas) filho de João Francisco Junqueira ganhou de D. João VI, um garanhão da raça Alter-Real e iniciou sua criação de cavalos cruzando este garanhão com as éguas marchadoras selecionadas na Fazenda Campo Alegre que era herança de seu pai, situada no Sul de Minas entre os municípios de Cruzília e Luminárias. Como resultado desse cruzamento, surgiu um novo tipo de cavalo que acreditamos foi denominado Sublime ou Junqueira pelo seu andar macio que foi selecionado pelo seu sobrinho João Frausino Junqueira na Fazenda Favacho perto da Fazenda Campo Alegre, exímio caçador de veados selecionava cavalos refinados mas que mantinham o andar macio, comodidade e resistência para as longas distâncias nas caçadas que eram em desfiladeiros e serras que geralmente nenhum cavaleiro conseguiria ir se o seu cavalo fosse de trote. Esses cavalos cômodos chamaram muito a atenção, e logo o proprietário da Fazenda Mangalarga trouxe alguns exemplares para seu uso em Paty do Alferes, próximo à Corte no Rio de Janeiro. Rapidamente tiveram suas qualidades notadas na sede do Brasil Império - principalmente o porte e o andamento - e foram apelidados de cavalos Mangalarga numa alusão ao nome da fazenda onde foram criados.
A ABCCMM (Associação Brasileira de Criadores de Cavalo Mangalarga Marchador) é hoje a maior associação de equinos da América Latina, com mais de 300 mil animais registrados e mais de 20.000 sócios registrados, com cerca de dez mil ativos. Durante o período de meados de 70 ao final da década de 1990 o Marchador teve uma ascensão astronômica no segmento da equinocultura, batendo recordes de animais expostos, registrados, e de preços em leilões oficiais.