Segundo outro trecho da decisão do juiz federal, a denúncia da Procuradoria da República diz que, "nas palavras de um integrante da organização criminosa, Paulo Bernardo era o 'patrono' do esquema criminoso, mesmo após sua saída do Ministério do Planejamento".
"Paulo Bernardo não apenas facilitou a edição do acordo de cooperação técnica e sua renovação, como também chancelou a escolha da empresa Consist", avalia a denúncia. "Ele continuou a receber valores para dar apoio político ao esquema e em razão de sua atuação passada. O oferecimento de vantagens indevidas a Paulo Bernardo era renovado mensalmente, mesmo após a morte de Duvanier e da sua saída do Ministério do Planejamento."
O juiz que abriu ação penal contra o ex-ministro, os ex-tesoureiros do PT e mais dez acusados apontou ainda outro trecho da denúncia. "Paulo Bernardo foi o responsável por indicar Duvanier e Nelson para os seus respectivos cargos. Paulo Bernardo se beneficiou do esquema por intermédio do escritório de advocacia de Guilherme Gonçalves, recebendo inicialmente 9,6% do faturamento da Consist, percentual que depois cai para 4,8% (em 2012) e depois 2,9% (em 2014). Referidos valores foram utilizados para pagar os honorários advocatícios de Guilherme Gonçalves, despesas pessoais, assim como pagar pessoas próximas de Paulo Bernardo, ex-assessores e inclusive motorista."
A Procuradoria sustenta que o advogado Guilherme Gonçalves "recebia os valores da Consist em nome de Bernardo e criou o Fundo Consist com o intuito de realizar pagamentos, sempre sob ordem e orientação do ex-ministro".
"Paulo Bernardo possuía comando da organização criminosa, embora não tivesse, como é natural, contato com todos os seus membros, em especial porque preferia atuar de maneira dissimulada. Abaixo de Paulo Bernardo na estrutura hierárquica do Ministério do Planejamento estavam Duvanier Paiva Ferreira e Nelson de Freitas ambos de confiança de Paulo Bernardo e os responsáveis por aparecer formalmente no processo de formalização do Acordo de Cooperação Técnica e de ter contatos com a Consist", acusa a Procuradoria.