As origens do Município tem a ver com o Programa de integração Nacional- PIN, instituído no ano de 1970 e implantado a partir de 1971, pelo Governo Federal. O objetivo do PIN era o de desenvolver um grande programa de colonização dirigida na Amazônia, trazendo trabalhadores sem terra de diversos pontos do Brasil, em especial, do Nordeste. A rodovia Transamazônica constituía-se no eixo ordenador de todo o Programa e , no Pará, os trechos Marabá- Altamira e Altamira- Itaituba foram objeto de planejamento e investimento especiais. No trecho da rodovia Transanazônica, situado entre Altamira e Itaituba, deveriam ser construídas agrovilas - (conjunto de 48 ou 64 lotes urbanos, com igual número de casas, instaladas no espaço de 100 ha.). Tais casas estavam destinadas aos colonos assentados no local, os quais também receberam lotes rurais, onde desenvolveriam suas atividades econômicas. Cada agrovila deveria contar com os serviços de uma escola de 1º grau, uma igreja ecumênica, um posto médico e ,em alguns casos, um armazém para produtos agrícolas.
Também fazia parte do Programa a construção de agrópolis (reunião de agrovilas, cuja polarização se dava em torno de um núcleo de serviços urbanos). Além dos serviços da agrovila, a agrópolis teria um posto de serviços bancários, correios, telefones, escola de 2º grau , etc.
O objetivo da agrópolis era atender à demanda de todas as agrovilas situadas em determinado trecho da Transamazônica. Na verdade, foram implantadas várias agrovilas, porém, apenas uma agrópolis - a Brasil Novo, no km 46 do trecho Altamira- Itaituba. Finalmente, o Programa previa a construção de Rurópolis, um conjunto de agrópolis. Na prática, foi construída apenas uma Rurópolis- a Presidente Médici.
O núcleo urbano de Pacajá teve origem na iniciativa pessoal de um colono que instalou em seu lote, que se situava de frente para a estrada, um pequeno restaurante e bar que como ocorreu com outras localidades da Transamazônica, começou a servir de ponto de apoio para caminhões e ônibus que trafegavam por ela. Na mesma época, a Construtora Mendes Júnior havia instalado um acampamento que servia aos trabalhadores da estrada e ficava na localidade chamada Jacaré, ás proximidades do porto da balsa do rio Xingu, no trecho em que, por balsa, se alcança Altamira. A proporção que as obras da estrada prosseguiam e se distanciavam dos centros urbanos existentes, pontos estratégicos de apoio, como o referido bar e restaurante, passavam a ser paradas obrigatórias daqueles que trafegavam. As tarefas requeridas pelos trabalhadores daquela construtora estimularam a implantação de novos serviços expandindo o centro urbano. Logo, outros lotes rurais começaram a ser divididos e vendidos a interessados na prestação de serviços e no comércio. No final da década de 70 e início da de 80, a população já estava concentrada e começou a sentir, de certo modo o descaso da Prefeitura de Portel, devido á distância do Município para o lugar Pacajá, surgindo, então, os primeiros movimentos para a emancipação de Pacajá, que tiveram á frente Geraldo Franco (padre de Pacajá), Antônio Maria de Abreu, Antônio " Chapéu de Couro e outros.
Pacajá obteve sua autonomia no Governo Hélio Motta Gueiros, através da Lei nº 5.447 de 10 de maio de 1988. Tem sua sede na vila de Pacajá, que passou, consequentemente á categoria de cidade, com a mesma denominação. Sua instalação ocorreu a 1º de janeiro de 1989, com a posse da prefeita Maria Zuleide dos Santos Gonçalves, eleita no pleito de 15 de novembro de 1988. O Município é constituído somente do distrito- sede. Atualmente, está sendo feito um trabalho de levantamento topográfico e de planta cadastral da área urbana, dentro da área estabelecida pelo decreto que criou o Município, para que seja desvinculada do governo federal a área urbana do Município que integrará a Légua Patrimonial. O nome Pacajá que corta a rodovia Transamazônica.