Um dos trabalhos do sistema imune é de proteger o organismo de vírus, bactérias e outros microrganismos. Normalmente, o sistema imune não reage contra as células constituintes do próprio corpo. Entretanto, às vezes ele erroneamente agride as células que deveria proteger.
Esta agressão é chamada de autoimunidade, e pode ocorrer contra várias estruturas do organismo. Os cientistas especulam que certas bactérias, vírus, toxinas e drogas desencadeiam uma resposta autoimune em pessoas que são geneticamente predispostas.