Outras impurezas químicas, aquelas que contém nitrogênio de origem amoniacal (orgânico ou inorgânico), como suor, urina, aminoácidos, sais de amônio, entre outros, reagem com o cloro livre, consumindo-o, e dando formação ao cloro combinado, que, para efeitos práticos, não tem poder desinfetante em águas de piscinas. Porém, o cloro combinado, também chamado de cloramina, tem cheiro forte "de cloro", é irritante aos olhos e mucosas dos usuários e, em geral, é interpretado pelos banhistas como "excesso de cloro na água". É aqui que se forma a grande confusão: cloro livre não tem cheiro, mesmo em residuais de 20 ppm; cloro combinado exala cheiro forte e irritante a partir de 0,1 ou 0,2 ppm.
A oxidação – ou "queima" - é o processo utilizado em tratamento de águas de piscinas para destruir os contaminantes orgânicos e o cloro combinado. Ela precisa ser feita no início do tratamento e repetida com freqüência para que a desinfecção não seja comprometida e também para evitar a deterioração da qualidade da água. Essa oxidação é feita com dosagens relativamente altas de oxidante, por isso é chamada de oxidação de choque. A oxidação de choque pode ser feita com alta dosagem de cloro (supercloração) ou com outro oxidante.