O BNDES foi lançado ao centro da crise política por sua relação com a JBS, empresa cujo dono, o empresário Joesley Batista, admitiu em delação premiada ter pago propina a políticos em troca de financiamento do banco, entre outros favores.
No dia 16 de maio, o banco instaurou uma comissão interna para a purar as denúncias. Segundo o BNDES, a comissão vai "avaliar todos os fatos relacionados às operações realizadas pelo Sistema BNDES com a empresa JBS, tendo em vista o inquérito em andamento da Polícia Federal e o interesse da diretoria e dos empregados do banco na apuração dos fatos e atos relacionados a essas operações".