Malignance foi formado no ano de 2000 pela colaboração entre Arioch, violão e idealizador da banda, e Achernar, em tarefas de baixo, junto com o então recém-conhecido cantor Krieg. A insinuação inicial do Death / Thrash da banda logo foi reorientada para faixas de Black Metal ainda mais atmosférico, com o estilo antigo do Thrash metal adicionando sabor às faixas. Em 2001, a banda lança “Ascension to Obscurity”, o primeiro EP, que reúne inúmeras críticas positivas e chama a atenção do selo italiano de black metal BTOD.
Graças a essa colaboração, a banda pode publicar sua primeira versão “Regina Umbrae Mortis”, agora com o baterista Golgotha ​​atrás da bateria. Com a saída da cantora Krieg, Malignance contrata Vindkald e segue uma intensa atividade ao vivo, destacada pela participação de Malignance na 5ª edição do Black Celtic Summit. Com essa mesma formação, a banda grava um álbum dividido com o nome de “De Vermiis Mysteriis”, juntamente com bandas underground conceituadas como Blodulv, The True Endless e Sigma Draconis.
Este evento marca também um período de hiato para a banda, pois Arioch decide encontrar inspiração em diferentes empreendimentos musicais.