Em uma Coordenação Regional o Comitê é a instância regional de planejamento, articulação, gestão compartilhada e controle social. É, também, um espaço onde, indígenas, servidores da FUNAI e de outros órgãos do Governo Federal planejam, em conjunto, as ações da Coordenação Regional, acompanham sua execução e avaliam os resultados da política indigenista.
A Fundação Nacional do Índio iniciou a formação dos Comitês Regionais em atendimento a uma determinação constante no Decreto 7.056 de 28 de dezembro de 2009, o qual estabeleceu que, como parte de nova estruturação da Fundação, deveriam ser instituídos Comitês Regionais de composição paritária entre servidores e representantes indígenas locais, sendo posteriormente revogado pelo Decreto 7.778, de 27 de julho de 2012, que manteve a mesma estrutura.
Vale ressaltar que os Comitês Regionais são espaços de exercício da cidadania, em que servidores e indígenas planejam em conjunto as ações das respectivas Coordenações Regionais, acompanhando sua execução e avaliando os resultados.