Algumas dificuldades podem surgir no caminho, mas vamos listá-las aqui e apontar formas para resolvê-las. Assim, você já estará preparado e saberá como lidar com elas:
Você não vai conseguir migrar os dados de forma automática entre um plataforma e outra. Então, lembre-se do trabalho que você teve para colocar sua loja no ar da primeira vez, cadastrar todos os produtos e deixá-la visualmente com o layout que você queria. Isso precisará ser feito novamente na nova plataforma, mas quando o trabalho estiver terminado, você terá uma versão ainda melhor da sua loja.