Dado o desencontro de opiniões, a provisão emitida a 25 de Fevereiro de 1797 foi então embargada, sendo desembargada a 22 de Setembro de 1802 e publicada com celebração de missa na igreja de Nossa Senhora da Anunciada da Aldeia de Paio Pires em 26 de Setembro de 1802, considerando-se então instituída a nova paróquia. Em Outubro do mesmo ano, são lavrados os primeiros assentos de baptismo, encontrando-se actualmente os respectivos livros de registo paroquial de Aldeia de Paio Pires depositados no Arquivo Distrital de Setúbal. A demarcação dos limites da nova paróquia terá sido efectuada em Março de 1803, coincidindo hoje com o território paroquial.
Do ponto de vista administrativo, as atribuições da freguesia surgem alguns anos mais tarde. Pela lei de 25 de Abril de 1835, regulamentada a 18 de Julho do mesmo ano, fica consagrada a divisão administrativa que se mantém na actualidade e que pressupõe a organização administrativa em distritos, concelhos e freguesias. Desta forma, o liberalismo integrou a estrutura eclesiástica paroquial no sistema político, aproveitando as paróquias enquanto células básicas de organização social e de reconhecida estabilidade territorial para a realização de inquéritos e para a difusão de directivas, entre outros fins, sendo a sua actividade complementar à dos concelhos em que se integravam. Esta legislação irá aplicar-se ao Seixal a partir do momento em que se autonomiza do concelho de Almada, o que acontece a 6 de Novembro de 1836. Assim se compreende que as primeiras actas que atestam o labor da então Junta de Paróquia da Aldeia de Paio Pires, depositadas actualmente no Arquivo Histórico Municipal do Seixal, datem de Janeiro de 1837. Entre 1840 e 1878, correspondendo a um período de reforço do poder central, as freguesias foram excluídas da divisão administrativa do território.