Ceni esteve pelo caminho em grandes títulos do Inter. E com participação direta. O time gaúcho jamais havia sido campeão da Copa Libertadores até a edição 2006, quando a final apontou o duelo o com São Paulo. O Inter venceu no Morumbi, sem interferência do goleiro, que não teve culpa nos dois gols de Rafael Sóbis. Mas no jogo de volta, participou de um lance decisivo no empate que deu a taça aos gaúchos.
Aos 29 minutos do primeiro tempo, Ceni tentou segurar uma cobrança de falta de Jorge Wagner, deixou a bola quicar no gramado e perdeu o controle. A falha acabou no gol de Fernandão, que abriu o placar. O 2 a 2 no final levou o clube gaúcho ao título, que qualificou para o Mundial de Clubes, que também foi conquistado na final contra o Barcelona.
Mas não foi só dessa vez. Quatro anos mais tarde, o São Paulo de Rogério Ceni novamente cruzou o caminho do Inter na Libertadores. Desta vez na fase semifinal, o Tricolor foi rival do Colorado.