A medida mais importante para prevenir e controlar a febre amarela é a vacinação da população. Os seres humanos são mais resistentes ao vírus (foi o homem quem introduziu o vírus nas Américas), podem funcionar como reservatórios resistentes, aumentando a circulação do vírus entre regiões e ambientes silvestres, e podendo até levar o vírus ao ambiente urbano novamente.
Nos macacos, este o surto de febre amarela de fato é uma tragédia. Os macacos são vulneráveis ao vírus, e a quantidade de mortes e a velocidade com que isso tem acontecido é preocupante. Nesta situação, das duas uma, ou sobrarão os macacos mais resistentes ao vírus ou restarão os vírus menos virulentos na região (pois o vírus também depende do hospedeiro para a sua manutenção, e aquele vírus que mata deixa de se reproduzir no macaco morto). Entretanto, como as populações e grupos de primatas são pequenas e fragmentadas (ameaçadas de extinção), infelizmente, é esperado como consequência muitas extinções locais. Vacinar as pessoas na área de risco, principalmente aquelas que estão em contato com a floresta, é uma medida preventiva que protege a população humana, mas que também pode reduzir a circulação e a transmissão do vírus para os primatas.