O cometa foi descoberto em 31 de Janeiro de 1996, por Yuji Hyakutake, uma amador astrônomo do sul do Japão. Ele vinha procurando cometas durante anos e tinha se mudado para Prefeitura de Kagoshima, em parte, para os céus escuros em áreas rurais próximas. Ele estava usando um poderoso conjunto de binóculos com 150 mm (6 in) lentes objetivas para varrer os céus na noite da descoberta.
Este cometa foi realmente o segundo cometa Hyakutake; Hyakutake tinha descoberto cometa C / 1995 Y1 várias semanas antes. Enquanto re-observação de seu primeiro cometa (que nunca se tornou visível para o olho nu) eo patch torno do céu, Hyakutake ficou surpreso ao encontrar outro cometa quase da mesma posição que o primeiro tinha sido. Mal acreditando uma segunda descoberta, logo após o primeiro, Hyakutake relatou sua observação para o Observatório Astronómico Nacional do Japão na manhã seguinte. Mais tarde naquele dia, a descoberta foi confirmada por observações independentes.