Em maio de 2005, Jungmann assumiu como titular a comissão especial formada para analisar o Projeto de Emenda Constitucional (PEC) do Nepotismo. A proposta proibia a contratação de parentes em todas as esferas do governo, interditando a contratação para cargo em comissão ou função de confiança de parentes por parte de autoridades como: presidente e vice-presidente da República, governadores, senadores, deputados federais, juízes de tribunal, etc. No mês seguinte, assumiu a terceira vice-presidência da comissão.
Em 2005, foi um dos maiores defensores da proposta governamental que defendia a proibição definitiva da comercialização de armas no Brasil, que naquele ano foi submetida a referendo popular. Assumiu o cargo de secretário-geral da Frente Brasil Sem Armas.
Em outubro, a proposta de proibição de comercialização de armas terminou sendo rejeitada por ampla maioria da população, no referendo realizado em outubro daquele ano.
Ainda em 2005, foi vice-presidente da Comissão Parlamentar de Inquérito (CPI) dos Sanguessugas, que desbaratou uma quadrilha que atuava junto ao Ministério da Saúde, envolvendo parlamentares, empresários e funcionários públicos e que superfaturava a venda de ambulâncias. A CPI denunciou inúmeros integrantes do esquema, encaminhando a denúncia ao Ministério Público Federal.
No início de 2006, foi um dos autores da PEC que propunha o fim do pagamento de jetom aos deputados e senadores quando ocorriam convocações extraordinárias do Congresso Nacional.
Em abril de 2006, assumiu, como membro titular, a Comissão Permanente de Constituição e Justiça e de Cidadania. No mesmo mês assumiu também a vice-liderança do PPS.
Em outubro de 2006, Raul Jungmann reelegeu-se deputado federal por Pernambuco, na legenda do PPS, que naquele mesmo mês apoiou informalmente o candidato Geraldo Alckmin (PSDB-SP) à presidência da República. A disputa, no entanto, foi ganha pelo presidente Luís Inácio Lula da Silva, que obteve um segundo mandato.
Em janeiro de 2007, a Procuradoria da República no Distrito Federal entrou com uma ação por improbidade administrativa contra Jungmann, acusado de participar de um suposto esquema de desvio de recursos do INCRA. Segundo as denúncias, o esquema envolvia desvio de recursos para o pagamento de contratos de publicidade do INCRA, entre 1998 e 2002, causando um prejuízo de R$ 33 milhões, desviados do Ministério do Desenvolvimento Agrário, durante o período de sua gestão. Jungmman negou ter cometido as irregularidades e defendeu-se apresentando resultado de investigação feita pelo governo Lula na pasta, que não apontava irregularidades. Ameaçou, ainda, renunciar ao mandato, caso fossem comprovadas as denúncias. Em seguida, entrou com recurso para suspender a ação por improbidade administrativa.
Em fevereiro, o STF suspendeu a ação de improbidade administrativa movida contra Jungmann, após liminar em que ele afirmava que não poderia ser processado na primeira instância judicial, em razão do foro privilegiado, que assegurava aos deputados o direito de ser julgado pelo STF.
Em fevereiro de 2007, reassumiu, como titular, a Comissão de Constituição e Justiça e de Cidadania, permanecendo no cargo até maio daquele ano. Naquele mês passou a exercer, como titular, a Comissão Permanente de Relações Exteriores e de Defesa Nacional.
Em março, a Câmara dos Deputados arquivou as denúncias de desvio de recursos que pesavam contra Jungmann. O corregedor da Câmara, o deputado Inocêncio Oliveira, considerou que Jungmann não era deputado na época em que era acusado de participar de um esquema de desvio de recursos, não podendo ser julgado por quebra de decoro parlamentar.
Em maio, assumiu como titular a Comissão Especial formada para analisar a PEC relativa às Polícias Penitenciárias.
Em outubro de 2007, teve seus bens bloqueados pela Justiça, após pedido feito pelo Ministério Público Federal em Brasília, para garantir o ressarcimento dos cofres públicos no caso de condenação de Jungmann na ação que apurava irregularidades em contrato firmado pelo INCRA quando ele era ministro. No mesmo mês, porém, a Justiça revogou o bloqueio de bens.