Em 30 de janeiro de 1943, houve uma mudança na posição do comandante em chefe da frota alemã. A partir de então, Kriegsmarine estava sob o comando de Dönitz, que substituiu Erich Raeder neste lugar. Além disso, Dönitz foi promovido por duas fileiras, recebendo o posto de Grande Almirante (Grossadmiral alemão). Dessa maneira, Hitler deixou claro que o conceito de guerra total seria forçado, especialmente com o uso de forças subaquáticas (isso ocorreu devido às derrotas espetaculares de navios pesados ​​da Alemanha, que não podiam competir com as unidades da Marinha Real, geralmente mais bem equipadas e, acima de tudo, mais numerosas). Apesar de concentrar forças e recursos na guerra travada pelos submarinos, a batalha pelo Atlânticoestava ficando fora de controle para os alemães. Isso ocorreu devido ao uso de sonar e radar modernos pelos Aliados, bem como ao uso estratégico da aviação, que eliminou amplamente a ameaça dos submarinos. Além disso, com o passar do tempo, tornou-se cada vez mais difícil produzir unidades modernas que pudessem mudar a maré da guerra no Oceano Atlântico. Além disso, a Luftwaffe foi incapaz de fornecer apoio adequado à Kriegsmarine, que colocou Dönitz em uma posição ainda pior. Por fim, a guerra naval e as operações terrestres foram perdidas pelos alemães. Nos últimos dias da Segunda Guerra Mundial, no entanto, Dönitz obteve uma posição que até superou o comando da Kriegsmarine. Pela vontade de Adolf Hitlerem 30 de abril de 1945, Karl Dönitz foi nomeado o novo líder do Terceiro Reich e, portanto, também seu presidente.
O governo de Dönitz se estabeleceu em Flensburg. Comandos militares e instituições civis reconheceram Dönitz como chefe de estado e eles também se submeteram a ele.
O grão-almirante rapidamente desenvolveu um plano de ação, decidindo basear o Exército Vermelho o maior tempo possível e render-se às tropas anglo-americanas.