Durante a revolução de 1848, estando Roma em poder dos revolucionários que visavam proclamar a república, o palácio papal do Quirinal foi cercado. Com a assistência do embaixador da Baviera, o Papa conseguiu fugir disfarçado para Gaeta, onde outros cardeais se juntaram a ele. Apelou então para França, Áustria, Espanha e Nápoles, e no dia 29 de junho as tropas francesas comandadas por Oudinot restauraram a ordem na Cidade Eterna.
No dia 12 de abril de 1850 o Soberano Pontífice pôde voltar a Roma. Daí em diante abandonou sua política liberal, tornando-se cada vez mais um firme contra-revolucionário.
Depois de ter ouvido os pareceres de uma comissão teológica e dos bispos favoráveis à Imaculada Conceição, no dia 8 de dezembro de 1854 Pio IX proclamou solenemente, diante de uma multidão de cardeais, bispos, religiosos e mais de cinquenta mil fiéis, que “a gloriosa Mãe de Deus fora concebida, desde o primeiro instante de sua concepção, isenta de qualquer mancha”.
“Todos os presentes afirmam que, no momento da proclamação do dogma, o rosto de Pio IX, banhado em lágrimas, foi iluminado por um feixe de luz que descia do alto”, como é declarado na Positio (livro que resume toda a documentação e testemunhos de que o Servo de Deus viveu em grau heroico as dez virtudes: as teologais, cardeais e, se religioso ou clérigo, as de pobreza, castidade e obediência).
O Sumo Pontífice declarou depois a uma religiosa que, naquele momento, “o próprio Deus comunicou ao meu espírito um conhecimento tão claro e tão vasto da incomparável pureza da Santíssima Virgem, que me perdi como num abismo na profundeza desse conhecimento que língua alguma pode descrever”.
Escreve De Mattei: “Nos difíceis anos que marcaram a sua ascensão ao trono de São Pedro, Pio IX decidiu confiar o seu pontificado e a própria causa da Igreja Católica, com uma solene definição dogmática, àquela que desde a infância sempre invocara como Virgem Dolorosa […]. Segundo o testemunho de uma religiosa do Sagrado Coração de Jesus, Pio IX teria tido a intuição de propor outras duas definições dogmáticas relativas a Nossa Senhora: a Assunção, e a Mediação Universal”. O dogma da Assunção foi proclamado depois por Pio XII, em 1950. Resta ainda o da mediação universal da Mãe de Deus, almejado ardentemente por todos os fiéis católicos.
No ano seguinte, 1855, tendo o Piemonte aprovado uma lei suprimindo as Ordens religiosas, Pio IX fulminou com uma excomunhão maior todos quantos tinham proposto, aprovado e sancionado tão infame lei.