O amadurecimento da equipe e a experiência pedagógica e institucional permitiram a transformação daquela espontaneidade inicial em uma sólida fundamentação teórico-metodológica, para a constituição de um projeto pedagógico que visa à formação de pessoas cientes e empolgadas com seu próprio processo educativo, capazes de efetuar uma leitura crítica do mundo e dispostas a participar ativamente da construção da história na perspectiva da igualdade entre os seres humanos e do respeito à natureza.
Desde que tudo começou, a Escola da Fazenda cresceu bastante, mas continua operando com turmas pouco densas, o que favorece a qualidade das atividades pedagógicas, o acompanhamento mais individualizado do desenvolvimento de cada estudante, a salutar interação com suas famílias e o defensável envolvimento com a vida comunitária.
Apesar do seu crescimento quantitativo, a Escola da Fazenda conseguiu aprimorar sua qualidade e se tornar um lugar de estudo, na contramão das práticas escolares tradicionais que, visando preparar competidores, preocupam-se mais com resultados estatísticos do que com a constituição de cidadãos.
Para tanto, faz uso de metodologias participativas, oficinas educacionais, saídas de estudos, atividades de pesquisa e diferentes estratégias pedagógicas, com ênfase na Educação Ambiental, o que valeu à escola a outorga do Prêmio Câmara Municipal de Educação Ambiental, em 2009 e novamente em 2016.
Estando subordinada à legislação vigente, a Escola da Fazenda acata e torna seus os objetivos da Lei de Diretrizes e Bases da Educação Nacional e do Sistema Estadual de Ensino de Santa Catarina. Ao mesmo tempo, como uma unidade escolar autônoma e dotada de princípios próprios, conforme lhe garante a própria LDB, assume seu compromisso e investe todos os seus esforços para a materialização de seu lema: "Escola da Fazenda: educando para transformar o mundo."