O LAPOA é sediado no Campus Universitário da UFSC em Florianópolis no Departamento de Engenharia Sanitária e Ambiental onde possui um laboratório de manipulação equipado para realização de análises físico-químicas de água. Possui também um laboratório de apoio (LALP) na Estação de Tratamento de Água da Lagoa do Peri, operada pela Companhia Catarinense de Água e Esgoto (CASAN), onde se encontram diversos sistemas piloto instalados para realizações de pesquisas.