Auditório: No local, são realizados cursos, seminários e concertos de música, entre outras atividades. Capacidade para 200 pessoas.
Hall dos Arcazes: Nesse espaço que interliga os Pátios da Minerva, Gustavo Barroso e dos Canhões, encontra-se exposta a coleção de arte sacra cuzquenha doada ao Museu em 2001 pelo Bank Boston. São valiosas pinturas dos séculos XVII, XVIII e XIX, testemunhos da cultura peruana, que, ao lado de outras peças já existentes no Museu, contribuem significativamente para uma melhor compreensão da arte sacra na América Latina.