Em outubro de 1899 foi transferido para Lisboa, sendo nomeado Inspector-Geral de Saúde e, depois, professor de Higiene da Escola Médico-Cirúrgica de Lisboa. Participou em iniciativas como a organização da Assistência Nacional aos Tuberculosos, iniciada em 1899 pela rainha D. Amélia, e o Congresso Internacional de Medicina de 1906, no qual presidiu à Secção de Higiene e Epidemiologia. Em 1903, foi incumbido de organizar e dirigir o Instituto Central de Higiene, que passaria a ter o seu nome a partir de 1929 e hoje é o Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge.