Santuário do Metal: Epica
No final de 2002, Mark Jansen saiu da banda After Forever, alegando divergências musicais com os demais integrantes, que desejavam um direcionamento mais pesado e menos sinfônico. Começou a procurar músicos para se integrarem ao seu novo projeto, inicialmente nomeado Sahara Dust. No começo, a banda contou com Helena Michaelsen (ex-integrante do Trail of Tears) como vocalista, mas logo depois ela abandonou o grupo e deu lugar a uma, até então, desconhecidamezzo-soprano, Simone Simons, na época namorada de Jansen. A banda estava completa com o guitarrista Ad Sluijter, o baterista Jeroen Simons, o baixista Yves Huts e o tecladista Coen Janssen.
The Phantom Agony (2003-2004)
Consing To Oblivion (2005-2006)
Chegado Abril de 2005, o grupo lança Consign to Oblivion, um álbum baseado na cultura e história Maia; Mark Jansen é apaixonado pelo tema - esteve no México pela primeira vez com o After Forever - e diz que acredita em certos princípios que os Maias tinham. O álbum aumentou consideravelmente a base de fãs. Já Consign to Oblivioncontém onze faixas, destacando-se "Solitary Ground", "Quietus", "Mother of Light", a faixa título "Consign to Oblivion" (com participação de André Matos no coral) e um dueto com Roy Khan, vocalista do Kamelot - "Trois Vierges". Em Setembro de 2005, foi lançado The Score - An Epic Journey. No entanto, o álbum não é um trabalho regular do sexteto, mas sim a trilha sonoraque a banda fez para o filme Joyride. Em dezembro de 2005 o Epica fez sua primeira turnê pela América do Sul, passando por diversas cidades do Brasil.
Após a falência da Trasmission Records a banda ficou quase um ano sem gravadora, até que em Abril de 2007 assinou com a Nuclear Blast Records, mesma gravadora de bandas como In Flames, Therion, Stratovarius, Children of Bodom, Dimmu Borgir e Nightwish. A banda ainda luta com a Trasmission Records para conseguir osdireitos autorais de alguns de seus álbuns e lançar o DVD inédito filmado em Paradiso.
The Divine Conspiracy (2007-2008)
O novo álbum é The Divine Conspiracy, lançado em 7 de Setembro na Alemanha e em 10 de Setembro no resto da Europa e produzido por Sascha Paeth. Além da participação do baterista Ariën van Weesenbeek, também teve como convidado o guitarrista Sander Gommans do After Forever, com seus vocais guturais em uma das faixas. O grupo garantiu que seria o álbum com o som mais pesado de toda a história da banda. É também o primeiro álbum totalmente conceitual deles: carrega a teoria que Deus criou as diferentes religiões e as lançou sobre a humanidade para ver se são capazes de encontrar sua verdadeira natureza, realizando com que todas as religiões atualmente são a mesma. E também deu conclusão para o conceito The Embrace That Smothers, que se iniciou no álbum Prison of Desire da banda After Forever e teve continuidade em The Phantom Agony com o Epica. O primeiro compacto do álbum é "Never Enough", que inclusive recebeu duas versões em vídeo, com o renomado diretor Ivan Colic. O álbum foi muito bem recebido tanto pelos críticos quanto pelos fãs tendo como destaque as canções "Death of a Dream", "The Obsessive Devotion", "Menace of Vanity", "Chasing The Dragon", "Safeguard To Paradise", "Sancta Terra" e a faixa título "The Divine Conspiracy". Em 3 de dezembro Ariën van Weesenbeek se torna o baterista interino da banda.
Em 14 de junho 2008 foi realizado The Classical Conspiracy, um concerto no Miskolc Ice Hall (Hungria) em que tocaram peças clássicas de Mozart, Dvořák, Verdi, Orff,Prokofiev, Grieg e Vivaldi junto a uma orquestra e a um coral, mas seguindo o estilo da própria banda. Também algumas de suas próprias canções foram reescritas especialmente para o evento.
No fim de 2008 Ad deixa a banda por não estar mais se sentindo bem pelas turnês e pelo pouco tempo que o restava para fazer outras coisas, segundo nota oficial no MySpacedo guitarrista. As buscas por um novo integrante continuaram até meados de janeiro de 2009. Reuniu-se ao grupo o guitarrista Issac Delahaye, do God Dethroned.
Design Your Universe (2009-2011)
No dia 16 de outubro de 2009 foi lançado o álbum Design Your Universe,[2] com a temática de que todos estamos ligados a nível subatômico e que podemos influenciar o mundo através dos nossos pensamentos, e continua nele o conceito A New Age Dawns. O trabalho foi bem recebido pelo público e pela crítica sendo considerado por muitos o melhor álbum da banda, podendo com destaque para "Unleashed", "Martyr Of The Free Word", "Kingdom Of Heaven", "Desconstruct" e "Design Your Universe". Neste álbum é dada continuidade ao conceito A New Age Dawns. No Metal Female Voices Fest VII, no dia 17 de janeiro de 2010, a banda gravou um DVD ao vivo, ainda sem data de lançamento ou maiores informações. No dia 1 de janeiro de 2010 a banda anúncia o lançamento de um novo single intitulado This Is The Time, toda a renda adquirida com a venda dele será revertido à ONG WWF. No dia 12 de fevereiro a banda sofre um acidente de trânsito em uma auto-estrada canadense, não há feridos mas por pouco o motorista do ônibus conseguiu evitar uma colisão frontal.
A recepção do álbum foi boa, tanto pela crítica quanto pelos fãs. O álbum estreou em #8 nas paradas Holandesas, sendo esta a posição mais alta que um álbum do Epica ja atingiu, e continuou nas paradas por 5 semanas, saindo e reentrando meses depois, devido a apresentação da banda no festival Pinkpop. Após o lançamento do álbum, a banda embarcou em uma turnê mundial. Após tocarem em grandes festivais Europeus como o Pinkpop, o Masters of Rock e o Wacken, a banda embarcou em uma longa turnê Européia, com vários shows esgotados, principalmente na Holanda, seguindo em uma turnê Norte Americana, uma turnê Sul Americana e novamente na Europa e em grandes destivais.