O relato do Evangelho de São Mateus porém, mencionando que Jesus fora nascido em Belém de Judá (Mat 2, 1), sem menção explícita a qualquer condição especial, como viagem, a que reporta o Evangelho segundo Lucas, admite o entendimento (todavia não descartando, de todo, a circunstância de permanência temporária por ocasião do nascimento) de que a família já vivia em Belém quando Jesus nasceu, e posteriormente se mudou para Nazaré (Mat 2, 1-23).[18] Mateus ainda relata que Herodes, o Grande, ao receber a notícia de que um "Rei dos Judeus" acabara de nascer em Belém, ordenou que todas as crianças com dois anos ou menos na cidade e nas redondezas fossem mortas. O pai terreno de Jesus, José, é alertado sobre isto num sonho, e foge com sua família ao Egito, retornando apenas depois da morte de Herodes. Ao receber outro aviso, em outro sonho, no entanto, José foge novamente com sua família, desta vez para a Galileia, para viver em Nazaré.
Os primeiros cristãos interpretaram um dos versos do Livro de Miqueias (Miq 5, 2) como uma profecia do nascimento do Messias em Belém.[19] Muitos estudiosos modernos questionam se Jesus teria nascido realmente em Belém, sugerindo que os diferentes relatos dos Evangelhos teriam sido inventados para apresentar o seu nascimento como a realização desta profecia, implicando assim uma ligação com a linhagem do rei Davi.[20][21][22][23] O Evangelho de São Marcos e o Evangelho de São João não incluem relatos sobre o nascimento de Jesus, ou qualquer indício de que ele tenha nascido em Belém, referindo-se a ele apenas como sendo de Nazaré.[24] Num artigo escrito em 2005 para a revista Archaeology, o arqueólogo israelense Aviram Oshri indicou a ausência de evidências de habitações na área durante o período em que Jesus teria nascido.[25]
A antiguidade da tradição do nascimento de Jesus em Belém é atestada pelo apologista cristão Justino, o Mártir, que declarou em seu Diálogo com Trifão (c. 155-161) que a Sagrada Família teria se refugiado numa caverna nos arredores da cidade.[26] Orígenes de Alexandria, escrevendo por volta do ano 247, referiu-se a uma caverna na cidade de Belém, que os habitantes locais acreditavam ser o local de nascimento de Jesus.[27] Esta caverna poderia ser uma que foi anteriormente local destinado ao culto de Tammuz.[28]
Entre 132 e 135 a cidade foi ocupada pelos romanos, após ser capturada durante a Revolta de Barcoquebas; seus habitantes judeus foram expulsos por ordens do imperador Adriano.[29] Ainda durante o domínio romano da cidade, foi construído um templo ao deus grego Adônis, no local onde teria ocorrido a Natividade. Uma igreja foi construída no local em 326, quando Helena, mãe do primeiro imperador bizantino, Constantino, visitou Belém.[5]
Durante a revolta samaritana de 529, Belém foi saqueada, e suas muralhas, assim como a Basílica da Natividade, foram destruídas, sendo reconstruídas por ordem do imperador Justiniano. Em 614, o Império Sassânida invadiu a Palestina e capturou a cidade. Uma história ocorrida na época, descrita por fontes posteriores, afirma que os invasores se abstiveram de destruir a igreja ao ver os Reis Magos pintados com vestimentas persas num dos mosaicos.[5]
A Mesquita de Omar, única mesquita da cidade, foi construída em 1860, para celebrar a visita do califa Omar a Belém, após sua captura pelos muçulmanos
Em 637, pouco tempo depois da captura de Jerusalém pelos exércitos islâmicos, Omar, o segundo califa, visitou Belém e prometeu que a Basílica da Natividade seria preservada para o uso dos cristãos.[5] Uma mesquita dedicada a Omar foi construída sobre o local da cidade onde ele orou, nas proximidades da igreja.[10] Belém passou então para o controle dos califados islâmicos dos Omíadas, no século VIII, e dos Abássidas, no século IX. Um geógrafo persa registrou, no meio deste século, que uma igreja muito bem preservada e extremamente venerada existia na cidade. Em 985, o geógrafo árabe Mocadaci visitou a cidade, e referiu-se à sua igreja como "Basílica de Constantino, à qual não existe igual em qualquer outro lugar do país."[30] Em 1009, durante o reinado do sexto califa fatímida, Aláqueme Biamir Alá, a Basílica da Natividade foi demolida, sob suas ordens; sua reconstrução foi autorizada por seu sucessor, Ali Azair, como forma de consertar as relações entre os fatímidas e o Império Bizantino[31]
Em 1099 Belém foi capturada pelos cruzados, que a fortificaram e construíram um novo mosteiro e um claustro no lado norte da Basílica da Natividade. O clero ortodoxo grego foi removido de suas sedes, e substituído por clérigos latinos; até aquele ponto a presença oficial cristã na região era ortodoxa grega. No dia de Natal de 1100, Balduíno I, primeiro rei do reino franco de Jerusalém, foi coroado em Belém, e naquele ano um bispado latino também foi estabelecido na cidade.[5]