Em 1998, a empresa apresentou o anteprojeto de Revitalização da Marina da Glória com ampliação significativa da área edificada e alterações na área do terraço. O Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN) decidiu, por unanimidade, vetar a construção em áreas não previstas no tombamento de 1965. A empresa recorreu judicialmente, ganhou a causa, e ampliou a área ocupada. Em 2005, apresentando a justificativa de que abrigaria atividades relacionadas aos Jogos Pan Americanos, que seriam realizados na cidade em 2007, um novo projeto de ampliação foi apresentado. Após uma acirrada disputa judicial as obras foram embargadas. A marina sofreu ao longo do tempo diversas alterações que a descaracterizaram, desviando-a de seu objetivo inicial e condenando-a a obsolescência.
Em 2009 a EBTE foi comprada pela empresa EBX, do empresário Eike Batista, que assumiu a concessão da marina. Em 2010 foi realizado um concurso para a elaboração de um novo projeto. O vencedor foi o arquiteto Índio da Costa, que propôs um polo turístico e de entretenimento com uma área construída de 45 mil metros quadrados. Tal proposta causou uma enorme polêmica, o que fez com que o empresário desistisse da empreitada. Porém, um ano depois, uma nova versão simplificada do antigo projeto foi apresentada, estabelecendo a ocupação de uma área de 20 mil metros quadrados. Em 2013, o conglomerado de empresas do empresário Eike Batista entrou em colapso e o projeto de revitalização não saiu do papel.
Marina em construção no aterro recupera para lazer área de 75 mil metros quadrados. Jornal do Brasil, Rio de Janeiro, 29/08/1977.