a) no reconhecimento de palavras e na compreensão da leitura; se as crianças decodificam melhor, têm mais probabilidades de reter mais facilmente diferentes padrões ortográficos, que passam a processar de forma mais automática; do mesmo modo, se decodificam melhor, também aumenta a sua capacidade para compreenderem o que está escrito;
b) no ensino de crianças provenientes de meios desfavorecidos. Embora se tenha verificado que os métodos fónicos são eficientes para todas as crianças, no caso de as crianças trazerem poucos conhecimentos quando iniciam a aprendizagem, os métodos fónicos são os que melhor as ajudam a adquirir em tempo útil as ferramentas básicas que lhes permitem lidar com o princípio alfabético;
c) no ensino de crianças em risco de insucesso ou com dificuldades de aprendizagem. A investigação tem mostrado que as crianças com este tipo de características têm limitações em reter informação verbal e em fazer inferências a partir das experiências de leitura/escrita que possam ter, o que restringe muito a possibilidade de fazerem aprendizagens que não sejam sistematicamente dirigidas. Por isso, o ensino explícito do princípio alfabético é crucial para adquirirem os mecanismos de decodificação/codificação.
As evidências sobre as vantagens a longo prazo do método fónico são menos consistentes do que as que existem sobre os seus efeitos a curto prazo. No entanto, estudos que utilizaram metodologias sólidas mostraram que os benefícios são inequívocos para a escrita e, comparativamente com métodos não sistemáticos, mantêm uma forte vantagem até dois anos, e podem perdurar até cinco anos em crianças que iniciaram a aprendizagem em desvantagem, em testes de compreensão da leitura.