O fundo será estruturado na forma de fundação com personalidade de direito privado e terá em sua estrutura um conselho deliberativo, um conselho fiscal e uma diretoria-executiva. Os membros serão nomeados pelo Presidente da República. A União fará um aporte financeiro no valor de até R$ 50 milhões a título de adiantamento de contribuições futuras para garantir a estrutura inicial necessária ao fundo.