“Os brasileiros, afirmou ele, estão diante de uma alternativa. Ou resistem à situação criada com o golpe de 1º de abril ou se conformam com ela. O conformismo é a morte”. Aproveitou a ocasião para criticar os erros da direção do PCB: A grande falha foi “a crença na capacidade de direção da burguesia, a dependência da liderança proletária à política efetuada pelo governo de então”. E concluiu: “a ditadura surgiu da violência empregada pelos golpistas contra a nação, e não pode esperar menos que a violência por parte do povo para enfrentar os crimes cometidos pelo governo”.
No ano seguinte, Marighella publicou “A crise brasileira”. Nesse livro ele expõe a proposta de uma nova linha política. Tratava-se, agora, de “adotar uma estratégia revolucionária” que visasse “a preparação da insurgência armada popular”. Tendo em vista isso, “o trabalho mais importante, aquele que tinha o caráter prioritário era a ação no campo”. A aliança estratégica com os camponeses seria a única maneira de dar hegemonia ao proletariado na revolução nacional e democrática. A estratégia reformista, assentada numa aliança privilegiada com burguesia nacional, teria levado a subestimação do trabalho entre as massas camponesas. A conseqüência foi que o proletariado acabou ficando subordinado à burguesia.
Um grande debate se anunciava para o VI Congresso do PCB. Na Conferência de São Paulo, Marighella conseguiu 33 votos entre os 36 delegados presentes, contra a posição defendida por Prestes. A tese oficial também foi derrotada no Rio de Janeiro e Rio Grande do Sul. Temendo perder no Congresso, a direção nacional interveio e iniciou o afastamento dos militantes descontentes, acusados de divisionismo.
Para Marighella a etapa de nossa revolução continuava sendo nacional-democrática e entre as forças sociais interessadas na sua realização se encontrava os setores progressistas da burguesia. No entanto, a hegemonia desse processo deveria estar nas mãos do proletariado. A maneira de se conseguir isso seria através da utilização de métodos de lutas mais avançados e da construção de uma aliança estratégica com os camponeses.
“O governo pelo qual lutamos, escreveu, não poderá ser senão o resultante da frente única anti-ditadura (...). Esforçando-nos para que tal frente única se torne realidade, sustentamos a necessidade da aliança com a burguesia nacional, levando em conta não somente tudo o que dela nos aproxima, quando se trata de objetivos comuns em defesa dos interesses nacionais, mas também tudo o que dela nos separa (...). E o Partido deve ser o chefe da oposição popular, para não ficarmos a reboque da oposição burguesa”. A hegemonia do proletariado, explica ele, não implicaria numa mudança no “caráter antiimperialista a anti-feudal, nacional e democrático da revolução brasileira”.
Marighella participou da I Conferência da Organização Latino-Americana de Solidariedade (OLAS), realizada em Cuba em 1967. Nesse conclave buscou-se, contra a vontade dos soviéticos, articular uma espécie de Internacional revolucionária latino-americana. Na ilha firmou convicções sobre os caminhos da revolução brasileira. A guerrilha agora era reconhecida como “o caminho fundamental, e mesmo único, para expulsar o imperialismo e destruir as oligarquias”.