Bolsa 08/03862-5 - Genética molecular, Sequenciamento - BV FAPESP
Anotação de 1000 clones BAC do genoma da cana de açúcar: banco de dados, integraçã...
Caracterização genômica e funcional de transposons mutator em cana-de-açúcar
Processo: 08/03862-5
Beneficiário: Robson Francisco de Souza
Assunto(s): Genética molecular Sequenciamento Elementos de DNA transponíveis Genômica Banco de dados
Elementos de transposição são seqüências genéticas móveis responsáveis em parte por gerar variabilidade genética. Variabilidade esta gerada como conseqüência de capacidade intrínseca de mudar de lugar nos genomas em que se encontram associados. Este projeto pretende analisar o impacto destes elementos em genomas de plantas e em bactérias. A abordagem experimental será diversificada uma vez que elementos distintos e com conhecimento inerente heterogêneo são a base deste projeto. Em plantas, daremos continuidade aos trabalhos iniciados pelo grupo quando do isolamento e caracterização do retrotransposon Retrolyc1 e o estudo estará centrado no controle da expressão do elemento em nível transcricional. Ainda no contexto de Solanaceae, iniciaremos uma busca por retroelementos em plantas silvestres e cultivadas de Solanum dando ênfase ao estudo do polimorfismo de inserção associado à ploidia e domesticação das espécies selecionadas. A partir do projeto SUCEST foram identificadas 21 famílias de elementos de transposição presentes e expressos no genoma de cana de açúcar. Pretendemos aprofundar os estudos em quatro destas famílias sendo elas a família dos transposons do tipo Mu e hAT, assim como dos retroelementos Tnt1 e Hopscotch. De um lado, será avaliada a atividade de transposição destes elementos e também a contribuição dos progenitores em elementos de transposição na constituição do genoma híbrido de cana de açúcar. A função integrase é uma atividade protéica associada ao corte da cadeia fosfodiéster da molécula de DNA e é comum as transposases, recombinases e integrases, sendo que o que as diferencia é o modo em que o corte é efetivamente gerado na molécula. Neste contexto a ampliação dos estudos do grupo para incluir integrases presentes nos genomas bacterianos tem como objetivo a comparação do conteúdo em integrases e das regiões associadas de quatro linhagens de Xylella fastidiosa. A avaliação da contribuição genética de cada uma das regiões associadas às integrases será realizada in silico e armazenada em um banco de dados desenvolvido para este fim. Com o desenvolvimento deste projeto acreditamos que haverá contribuição efetiva no conhecimento da diversificação dos elementos e do impacto destes sobre a estabilidade e diferenciação dos genomas de organismos filogenéticamente próximos.