Em 55 AC, ele serviu como cônsul com Crasso pela segunda vez. No mesmo ano, para reforçar o apoio de sua persona entre a população de Roma, ele construiu o primeiro teatro de pedra, o chamado Teatro Pompeu. Após a morte de Crasso na batalha de Dirrachia, em 53 AC, ocorreu o colapso do Triunvirato e o conflito com César. Em 52 AC, diante de uma onda de tumultos causados pelas lutas de Milon e Clódio, ele foi eleito cônsul sem um colega no cargo (sine collegae). Mais tarde, ele elegeu para os últimos cinco meses como cônsul de seu sogro Metellus Scipio.
Presumivelmente, em 10 de janeiro de 49 a. C., César, de 53 anos, atravessando a fronteira italiana no Rio Rubicon, iniciou um conflito com Pompeu, que se transformou em uma guerra aberta. O Senado reconheceu Pompeu como protetor de Roma e concedeu-lhe muitos poderes. Sem força suficiente para enfrentar as legiões de César na Itália, Pompeu fez o seu caminho para a Grécia, onde conseguiu reunir um exército considerável.
Após a vitória em Dirrachia, da qual ele não se aproveitou, um mês depois, em 9 de agosto de 48 AEC, ocorreu a batalha de Farsalos, na Tessália. As tropas de Pompeu sofreram uma derrota esmagadora, Apesar da dupla superioridade numérica, incluindo sete vezes na cavalaria. O próprio Pompeu fugiu para o Egito, contando com o apoio de seu amigo Ptolomeu XIII. Mas ele, sob a influência de seus conselheiros, que temiam César, especialmente Aquiles, ordenou a morte de Pompeu imediatamente após sua descida à praia, e Enviou sua cabeça a César. Aparentemente, César, que finalmente chegou ao Egito e visitou os restos skiereszowane do rival, ele chorou e deu-lhe as últimas honras, em seguida, ordenou-lhe para construir um monumento adequado. A fortuna de Pompeu após sua morte foi rumores de ser setecentos milhões de sesterianos.