Em um ambiente totalmente hostil, onde a dor e humilhação se tornam algo cotidiano, os garotos conhecem um companheiro de cela mais velho, cujo tempo de pena está prestes a acabar, chamado Rokurouta Sakuragi. Servindo como um mentor e irmão mais velho para eles, os sete jovens não demoram a se tornarem grandes amigos e, juntos, se agarram ao pequeno fio de esperança de um dia saírem e realizarem seus sonhos. Porém, isso não vai ser nada fácil, com os constantes abusos por parte de um guarda do reformatório.
"Rainbow" é o típico anime que já mostra a que veio em seus primeiros minutos, ou seja, um drama envolvendo jovens injustamente taxados de delinquentes como forma de crítica a um período histórico do país, onde valores morais e a vida de muitas pessoas estavam virados de cabeça para baixo.