Para consolidar as atividades de ensino, pesquisa e extensão, os departamentos mantêm laboratórios em áreas como Geociências, Ciências Sociais e História, além de núcleos de pesquisa em Psicologia, Ciências Sociais, História, Ciência da Religião e Geociências. O departamento de Filosofia mantém o projeto Pensando Bem, desenvolvido pelo Núcleo de Pesquisa em Filosofia e Educação. Além desses, o ICH tem associado a sua estrutura o Centro de Psicologia Aplicada (CPA) – vinculado diretamente ao departamento e curso de Psicologia – e a Estação Meteorológica (em convênio UFJF/INMET e coordenado a partir do departamento de Geociências). Abriga ainda o Centro de Pesquisas Sociais (CPS), órgão suplementar da UFJF (ligado à Pró-Reitoria de Pesquisa), que realiza atividades de pesquisa em Ciências Humanas e Sociais Aplicadas.