O Prior do Hospital, a partir de meados do séc. XIV, no reinado de D. Afonso IV, aparece designado por Prior do Crato. Possuía jurisdição cível e crime e era detentor de um vasto património constituído pelas vilas e castelos de Belver, Crato, Gáfete, Tolosa, Amieira, Sertã, Pedrógão Pequeno, Álvaro, Oleiros, Proença, bem como várias comendas e padroados dispersos pelo país. Nomeava, nas terras da Ordem, os juízes, e o seu ouvidor equiparava-se aos corregedores do rei. Estava no topo da hierarquia, ao nível do Priorado, mas também ao nível do Reino, e actuava em harmonia com as normas da Ordem e com as determinações do Capítulo Provincial, o mais importante órgão colectivo dentro do Priorado, a que presidia.