No entanto, a Revolução Francesa forçou muitas pessoas em ordens religiosas a fugir por suas vidas. As duas irmãs retornaram à casa dos pais em 1792. No ano seguinte, foram presas e encarceradas. Após meses de miséria, elas foram condenadas a serem executadas em julho de 1794. Na véspera do dia fatídico, o tirano Robespierre, foi assassinado e os prisioneiros foram libertados. Novamente, a Irmã São João voltou para sua família, onde ela e algumas companheiras continuaram suas boas obras entre os pobres pelos 13 anos seguintes.
Em 1799, Napoleão Bonaparte assumiu o poder e começou a reviver a Igreja Católica na França. Aqui e ali, grupos dispersos de mulheres religiosas se reuniam para restaurar comunidades religiosas ou iniciar novas. Um desses grupos, Les Filles Noire, havia se estabelecido em dois locais em St. Etienne, na diocese de Lyon. O Cardeal Fesch providenciou para que Madre São João empreendesse a formação delas à maneira e ao espírito das Irmãs de São José. Em 1807, ela começou o trabalho de refundar a congregação.