A armada fez escala nas ilhas Canárias e alcançou a costa da América do Sul, chegando em 13 de dezembro ao Rio de Janeiro. Prosseguindo para o sul, atingiram Puerto San Julian à entrada do estreito, na extremidade da atual costa da Argentina, onde o capitão decidiu hibernar. Irrompeu então uma revolta que ele conseguiu dominar com habilidosa astúcia. Após cinco meses de espera, período no qual a nau "Santiago" foi perdida em uma viagem de reconhecimento, tendo os seus tripulantes conseguido ser resgatados, Magalhães encontrou o estreito que hoje leva seu nome, aprofundando-se nele. Em outra viagem de reconhecimento, outra nau foi perdida, mas desta vez por um motim na nau "San Antonio" onde a tripulação aprisionou o seu capitão Álvaro de Mesquita, primo de Magalhães, e iniciou uma viagem de volta com o piloto Estêvão Gomes (realmente estes completaram a viagem, espalhando ofensas contra Fernão de Magalhães na Espanha).