É possível gastar dezenas de horas fazendo missões dentro do jogo ou apenas buscando por equipamentos raros e armas ainda mais poderosas, tudo isso graças ao seu sistema de RPG que recebeu melhorias em relação ao seu titulo anterior. Existe uma enorme variedade de missões secundarias para serem concluídas e até mesmo algumas temporárias onde você deve concluir os seus objetivos dentro de um período de tempo em que estão disponíveis.
Algo que se tornou muito presente neste novo titulo da franquia Assassin’s Creed foi o seu sistema naval de uma forma mais aprimorada do que em AC: Black Flag, enquanto navega pelos mares é possível explorar lugares inimagináveis e ainda destruir e pilhar os navios inimigos para conseguir itens e materiais diversos. Tudo isso ao lado da sua própria tripulação que pode receber novos integrantes que o jogador pode recrutar ao longo da sua jornada.