É dificil dizer qual é a melhor época para visitar o Pantanal. O clima dominante na regiao é o tropical, alternadamente úmido e seco característico de todo o Brasil Central. As temperaturas médias variam entre 17°C no inverno e 25°C no verao, com amplitude térmica média de 8°C.
Os índices pluviométricos médios sao elevados, geralmente entre 1000 e 1400 mm anuais, sendo a distribuiçao dessas chuvas ao longo do ano extremamente desigual, com abundância de chuvas durante os meses do verao e secas prolongadas durante os meses do inverno, isso torna o Pantanal único na diversidade climática e paisagistica.
Irrigado pelas cheias periódicas do rio Paraguai, o Pantanal Sul-mato-grossense transfigura-se a cada seis meses. As chuvas caindo na cabeceira dos rios entre os meses de novembro a abril iniciam a temporada das cheias. As áreas inundadas formam uma densa rede de lagoas, baías e varjoes, interligados pelos perenes corixos ou pelos efemeros vazantes. Depois de meses de inundaçao, quando todo território do Pantanal fica submerso em um mar de água doce, as águas começam a baixar. Enquanto as vazantes secam, o solo reaparece fertilizado e revigorado em pastos férteis e a vida explode em cores vivas por toda parte. Várias lagoas e baías permanecem repletas de peixes. Na estaçao das cheias, de dezembro a março, com a intensidade das chuvas, a maior parte do Pantanal fica submersa. A vegetaçao se revigora e os animais se refugiam nas cordilheiras. Como todas as aves, o tuiuiú começa a construir seu ninho. Na estaçao intermediária, de abril a junho e de outubro a novembro, nao chove. Com o baixo nível das águas, começa a formaçao de lagoas e poças d'água onde milhares de peixes ficam presos, servindo de banquete a aves e jacarés.
A estaçao da seca, de julho a setembro, consiste no melhor período para observaçao da vida selvagem. A falta de chuvas encolhe as lagoas, revela a planície e facilita o transporte por terra. Os campos reverdecem vastas áreas para pastagem. Como todas as árvores, o piúva floresce.