Quase completamente destruída pelo terramoto de 1755, a Igreja conheceu no século XVIII grandes transformações. Iniciadas em 1756, por iniciativa do guardião do templo, Frei Basílio de São Boaventura, as obras de recuperação foram feitas a um ritmo extraordinariamente rápido, havendo notícia de em 1758, pouco mais de dois anos após o seu início, se terem já concluído os trabalhos de reconstrução do altar, com a sua actual talha dourada. O mesmo frade, zeloso cumpridor dos seus deveres, alargou ainda o coro para o adro, em cerca de doze palmos dotando-o de três janelas rasgadas na fachada integralmente efectuada em pedraria, tal como hoje ainda encontramos, e encimada por uma imagem de Santo António colocada num pequeno nicho.
Em 1834, quando foram extintas as ordens religiosas, o convento foi vendido em hasta pública a Manuel Joaquim Jorge, que nos terrenos anexos edificou um prédio de rendimento que alugava durante a época estival aos utilizadores das águas termais do Estoril. Em 10 de Maio de 1916 a igreja foi entregue à Irmandade.