O motivo do assassinato foi a disputa por uma área de terra, que pertencera a Gentil Gomes, pai de Manoel de Jesus Martins Gomes e Antônio Martins Gomes. A área estava prestes a ser desapropriada pelo Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária (Incra), em favor da Comunidade do Charco, reconhecida como remanescente de quilombo. A Associação dos Pequenos Produtores Rurais do Povoado Charco, presidida pela vítima, pleiteou, desde 2006, a regularização do assentamento das 71 famílias quilombolas que moram, há mais de 60 anos, naquela área, o que incomodou os irmãos Manoel e Antônio Gomes.
De acordo com as provas apuradas, a vítima Flaviano Pinto Neto não registrava antecedentes criminais, não possuía inimigos declarados nem teve nenhum pertence roubado após ser assassinado.
Durante as investigações da Polícia Civil, os denunciados negaram qualquer envolvimento com o assassinato do líder quilombola. No entanto, provas levantadas especialmente em interceptações telefônicas e depoimentos contraditórios levaram à conclusão da participação dos suspeitos.