Superada esta etapa, Allan Kardec pediu a demissão de presidente provisório mas, por pressão dos amigos, aceitou os resultados de uma votação secreta que o levou à presidência efectiva da Sociedade.
Além dos seus artigos na Revue Spirite, Allan Kardec publicou diversas obras que tiveram numerosas edições e se continuam a vender em todo o mundo. Não se limitou a redigir livros e artigos; viajou por toda a França, indo de cidade em cidade, para propagar as suas ideias e encorajar a organização de círculos espíritas.
Em 1861, Allan Kardec foi atingido por um acontecimento que o afectou profundamente. Havia nesse tempo, em Barcelona, uma livraria com o nome de Maurice Lachâtre que, tendo lido os seus escritos, desejava assegurar a sua difusão em Espanha. Ele pediu, pois, a Kardec que lhe enviasse um certo número de obras espíritas para as vender nesse país.
A título de experiência, Allan Kardec enviou a Lachâtre trezentos livros. Uma vez chegadas a Espanha as suas encomendas, foram abertas e controladas pela alfândega que recebeu os direitos previstos pelos regulamentos. Parecendo esses livros suspeitos do ponto de vista religioso, a alfândega enviou ao bispo de Barcelona dois exemplares, solicitando a sua opinião. A autoridade religiosa abespinhou-se com estas publicações. O bispo pediu ao Santo Ofício que apreendesse todas as obras e que lhas entregasse para que fossem destruídas.
Allan Kardec, avisado por Lachâtre reclamou a devolução das suas encomendas para França e a restituição dos direitos alfandegários. Esta reclamação foi indeferida. O bispo de Barcelona justificou a apreensão numa nota onde se dizia «A Igreja Católica é universal e, sendo estes livros contrários à fé católica, o governo não pode consentir que eles vão perverter a moral e a religião dos outros países.»
A Sociedade de Estudos espíritas pensou dirigir-se aos amigos que tinha nas esferas governamentais francesas a fim de instaurar, pela via diplomática, um processo de restituição. Allan Kardec assegurou que o espírito Verdade o dissuadia de o fazer: segundo ele, a intolerância do bispo acabaria por provocar uma reacção em Espanha, o que iria fazer nascer nesse país um imenso interesse pelo espiritismo.
O Santo Ofício, por requerimento do bispo de Barcelona, mandou confiscar as encomendas na alfândega e levou a cabo um processo inquisitorial de auto-de-fé. Fez-se uma fogueira e, no decurso de uma cerimónia à qual assistiam centenas de curiosos, depois do rufar dos tambores revestidos de crepe, o algoz da Catalunha queimou todos os livros.
As cinzas foram espalhadas simbólicamente por um padre que, em seguida, abençoou o local para o purificar. Da multidão saíram algazarras. Gritou-se: «Abaixo a Inquisição!» Numerosas pessoas acotovelaram-se para recolher as cinzas e fazerem com elas talismãs. Tal como Allan Kardec tinha previsto, senão o espírito Verdade, a Espanha não ia tardar a tornar-se um dos focos mais activos do espiritismo mundial.
Durante os anos que se seguiram a este acontecimento espectacular, o movimento espírita teve, em França e no mundo, um desenvolvimento que ninguém podia esperar. Esse sucesso trouxe-lhe, por tabela, inúmeras e fortes inimizades. Os espíritas tiveram de enfrentar não só a hostilidade dos mais diversos meios - a Igreja, a Ciência oficial, os partidos e os círculos materialistas, etc. - mas também um desenvolvimento do charlatanismo mágico: a multiplicação dos videntes, dos faquires, dos espíritas de feira, dos ilusionistas, causou o risco de lançar o descrédito num movimento que pretendia manter-se sério. Allan Kardec empenhou-se, ajudado por alguns discípulos, em lutar em todas as frentes. Fê-lo sem parar até morrer. Esgotado devido a um excesso de trabalho constante, além disso cardíaco, morreu subitamente, sem sofrimento, aos 65 anos, a 31 de Março de 1869, às doze e trinta...
Quais foram, pois, as ideias essenciais que fizeram o sucesso do kardecismo? Não se pode pretender resumir em meia dúzia de páginas a obra abundante, múltipla e multiforme, ora simples, ora hermética, de Allan Kardec. Limitar-nos-emos, pois, aqui a indicar aquilo que o profano dela pode reter, indo buscar ao próprio autor a argumentação que ele utiliza para apoiar a sua tese.