Apesar de afetar todo o planejamento financeiro, este não é o único problema com que as instituições precisam lidar para equalizar seu balanço econômico. Vilarino explica que mesmo com os estudantes devidamente matriculados não há garantias de que as mensalidades serão pagas. Isso porque, conforme o edital do programa, o aluno precisa validar a própria frequência de aula em um sistema informatizado, o Sistec, para que as instituições possam receber do governo. E nem sempre isso ocorre, pois não há nenhum tipo de punição aos discentes que não derem baixa nas suas presenças. No caso da Faculdade Sumaré, o diretor comenta que é comum em uma turma de 40 pessoas pelo menos 12 atrasarem a confirmação no sistema. Isso representa o congelamento de 30% da receita de uma sala de aula.
“Acho justo o aluno confirmar a sua frequência. Mas às vezes as datas são limitadas, o sistema fica fora do ar e os estudantes não conseguem efetivá-las”, comenta o coordenador acadêmico do Pronatec da Universidade Cruzeiro do Sul (Unicsul), Fernando Dutra. Apesar disso, este é só um dos problemas que as instituições vêm enfrentando. Para Dutra, há duas questões fundamentais que precisam ser resolvidas com urgência: reduzir os altos índices de evasão e de reprovação. Juntos, os dois fatores representam 40% dos estudantes dos cursos técnicos da universidade. O gestor conta que diversos fatores contribuem para formar este número bastante expressivo. Segundo ele, uma fatia considerável de estudantes ingressa no curso técnico com grandes dificuldades em algumas disciplinas, como matemática e português, e não se sente apta a prosseguir nos estudos. Outros se evadem por desconhecimento prévio da proposta do curso. Um percentual abandona ao conseguir uma bolsa ou financiamento para o ensino superior. E ainda há os alunos que não têm condições nem de arcar com os custos de transporte para ir à instituição de ensino.