A Diocese de Afogados da Ingazeira, encravada no Sertão do Pajeú, foi criada pelo Decreto do Papa Pio XII, no dia 02 de julho de 1956, com a Bula Pontifícia "Qui volente Deo", tendo como padroeira diocesana Santa Maria Madalena, celebrada em 22 de julho. Com a criação da nova Circunscrição Eclesiástica, sufragânea da Província Eclesiástica de Olinda e Recife, desmembrada do território da Diocese de Pesqueira, foi nomeado no dia 04 de janeiro de 1957, o seu 1º Bispo Diocesano, Dom João José da Motta e Albuquerque, cuja ordenação deu-se em 28 de abril de 1957. Aos 19 de maio de 1957, em meio a solene concelebração presidida pelo então Núncio Apostólico, Dom Armando Lombardi, foi instalada a nova Diocese e tomou posse o seu primeiro Bispo Diocesano.
Dom João José da Motta teve a incumbência de estruturar a nova Diocese. Implantou a Ação Social Diocesana, fundou a Rádio Pajeú de Educação Popular, adquiriu o Cine São José. Após 04 anos de zelo apostólico foi transferido, em 28 de janeiro de 1961, para a Diocese de Sobral/CE.
Aos 25 de maio de 1961, Dom Francisco Austregésilo de Mesquita Filho foi nomeado como 2º Bispo de Afogados da Ingazeira. Sagrado aos 24 de agosto de 1961, na Catedral de Sobral/CE, tomou posse em Afogados da Ingazeira aos 17 de setembro de 1961. Considerado o "Profeta do Pajeú", pela sua incansável luta em favor dos pobres e das pessoas sofridas e fustigadas pela seca, colocou sempre em prática o seu lema episcopal: "Ut vitam habeant" (Para que tenham vida). Utilizou os meios de comunicação para sensibilizar as autoridades da Região e do País, para as conseqüências causadas pelas constantes secas do Nordeste. Intensificou as atividades da Ação Social Diocesana, através da qual, ajudou a muitos que dele se valiam. Dom Francisco exerceu o seu múnus à frente da Diocese durante 40 anos, quando teve sua renúncia aceita, no dia 13 de junho de 2001, pelo Papa João Paulo II, que o nomeou Administrador Apostólico até a chegada do novo bispo.
Aos 13 de junho de 2001, memória de Santo Antônio, foi nomeado o 3º Bispo de Afogados da Ingazeira, Dom Frei Luís Gonzaga Silva Pepeu, da Ordem dos Frades Menores Capuchinhos (OFMCap). Dando continuidade aos trabalhos desenvolvidos pelo seu antecessor, Dom Luís fortaleceu e investiu nas instituições já criadas, como: Fundação Cultural Senhor Bom Jesus dos Remédios (Rádio Pajeú); Instituto Diocesano Bíblico - Teológico para leigos e Ação Social Diocesana. Na área de novos empreendimentos constam: a construção da nova residência episcopal, a reforma do Centro Pastoral Diocesano "Stella Maris" em Triunfo e a reforma da Cúria Diocesana. No campo das vocações, sobretudo sacerdotais, iniciou o Seminário Propedêutico São Judas Tadeu em Afogados da Ingazeira e o Seminário Maior São Carlos Borromeu em Olinda, trazendo toda a formação dos futuros presbíteros para a Província Eclesiástica de Pernambuco.
Nomeado arcebispo de Vitória da Conquista/BA pelo Papa Bento XVI em 13 de junho, Dom Luís deixou a Diocese de Afogados da Ingazeira em setembro de 2008.
Durante a vacância assumiu a diocese como Administrador Diocesano o Mons. João Carlos Acioly Paz.
Eleito aos 07 de outubro de 2009 pelo Papa Bento XVI, o 4º bispo diocesano, Dom Egidio Bisol, nasceu em Bassano del Grappa (Vicenza/Itália) e veio para o Brasil, ainda jovem, em 1975 como padre missionário "Fidei Donum". Atuou em São José do Egito durante15 anos e em Serra Talhada por 17 anos. Enviado por sua Diocese de origem a uma nova experiência missionária na Diocese de Roraima, assumiu os trabalhos da Área Pastoral Santa Rosa de Lima, na periferia de Boa Vista – RR. Foi lá que recebeu a notícia de ter sido nomeado Bispo da Diocese de Afogados da Ingazeira. Dom Egidio foi ordenado bispo, e iniciou o seu serviço episcopal, no dia 09 de janeiro de 2010;
Gloriosa Padroeira Nossa Santa Maria Madalena!
Pela penitência, subistes à mais alta contemplação.
Pela graça singular da primeira aparição do Cristo Ressuscitado, vos tornastes a apóstola dos apóstolos.
Alcançai-nos, humildemente vos pedimos, do mesmo Cristo, Senhor nosso, que pela penitência dos nossos
pecados, cresçamos na caridade divina e sejamos, também, apóstolos de Jesus, para a salvação do nosso próximo. Amém.