Como todos os calitriquídeos, C. aurita é um insetívoro-frugívoro-gomívoro, incluindo em sua dieta até mesmo uma espécie de fungo encontrado em bambu (Corrêa 1995). Muskin (1983) e Brandão & Develey (1998) insistem na alta insetivoria da espécie, destacando que a presença da mesma em fragmentos florestais de pequena área deve-se à grande disponibilidade de insetos em emaranhados de cipós e lianas. Muskin (1983) não havia observado, em seus estudos, consumo de frutos, flores ou exsudatos, somente de insetos; todavia, provavelmente a não observação de um comportamento alimentar mais similar às demais espécies do gênero se deve à vegetação pujante do seu hábitat e à dificuldade em observar os animais devido ao padrão críptico do pelame da espécie Coimbra-Filho 1991). Martins (1999) destaca o comportamento oportunista da espécie, ao descrever um grupo de C. aurita alimentando-se de presas afugentadas por formigas de correição. Martins & Setz (2000) detalham a dieta deste mesmo grupo (quatro indivíduos), evidenciando ampla gama de espécies arbóreas utilizadas pelos saguis, por produzirem exsudados (50,5% dos itens alimentares foram representados por gomas ingeridas), além de presas animais (38,5%), como invertebrados, rãs, lagartos e ninhegos.
As principais ameaças identificadas para o táxon foram: agricultura, pecuária, expansão urbana, especulação imobiliária, grandes obras e empreendimentos, atropelamentos, incêndios florestais, competição com espécies exóticas/invasoras, hibridação, desmatamento, desconexão e redução de hábitat.
No estado do Rio de Janeiro as ameaças de competição com espécies exóticas e hibridação são consideradas bastante intensas. Com base nos estudos realizados por Pereira (2006, 2010) e Pereira et al. (2008) pode-se afirmar que C. aurita está seguramente em um estágio crítico de risco de extinção neste estado, principalmente pelo processo de invasão e instalação de C. penicillata e C. jacchus e de híbridos de Callithrix especialmente em unidades de conservação onde C. aurita também ocorre.
Para o estado de São Paulo, a situação dos riscos de hibridação e competição com espécies exóticas/invasoras também é extremamente preocupante, porém ainda não existe um diagnóstico preciso da atual situação ao longo da distribuição geográfica da espécie. Na Serra da Cantareira, invasores e híbridos estão presentes tanto no interior quanto nas áreas particulares de entorno do PE Cantareira, situação esta que não ocorria há 10 anos no interior da referida UC (M. Port-Carvalho, dados não publicados).
Segundo Melo & Rylands (2008), Port-Carvalho & Kierulff (2009) e Pereira (2010), as principais recomendações para conservação da espécie são:
● Diagnósticos para criação de novas Unidades de Conservação, especialmente Reservas Particulares do Patrimônio Natural;
● Desenvolvimento de ações de educação ambiental, onde deve-se criar ou reforçar programas de educação ambiental, apresentando a espécie nativa para as comunidades do entorno das áreas protegidas onde a espécie ocorre, demonstrando seu valor como patrimônio natural e ressaltando sua endemicidade;