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O Linhares Esporte Clube durou uma década apenas, mas fez um tremendo sucesso até a nível nacional. Além dos 4 títulos capixabas fez a melhor campanha da história do futebol capixaba na Copa do Brasil, chegando as semifinais da competição em 1994.
O Linhares foi fundado em 15 de março de 1991, como resultado de uma tentativa de fusão dos dois times da cidade de Linhares: Industrial Esporte Clube e o América Futebol Clube.
Em 1993, o a equipe conquistou um feito inédito em sua curta história, o de Campeão Capixaba, a campanha não foi brilhante, devido aos muitos empates, mas mostrou que o time era competitivo e que sabia jogar pelo regulamento. Aí surgiu a necessidade de unir os patrimônios dos dois clubes, o que não deu certo, pois os dirigentes do América não aceitaram. Assim então o Industrial foi extinto e passou a ser chamado de Linhares Esporte Clube.
Em 1994, priorizou a Copa do Brasil, deixando um pouco de lado o Campeonato Estadual, e no final, foi comprovado que a escolha foi acertada, pois o Linhares conseguiu um ótimo 3º lugar, ficando na frente de vários times de muito mais expressão do que o Linhares, até então desconhecido a nível nacional. O Linhares passou a se destacar depois de eliminar o Fluminense. No primeiro jogo, nas Laranjeiras, deu empate de 2x2 e o segundo, em Vitória, novo empate agora de 1x1, com um gol de falta de Arildo Borges aos 46 minutos do segundo tempo.
Em 1995, O Linhares conquistou o seu segundo título estadual, em apenas 5 anos de existência, depois de empatar em 1x1 as duas partidas da final com o Rio Branco de Venda Nova do Imigrante. Em 1997, O Linhares EC é mais uma vez campeão. O Linhares empatou em 1x1 com o São Mateus na segunda partida da final, depois de vencer fora de casa.
Em 1998, depois de vencer o primeiro turno e de, novamente, fazer uma fraca campanha no segundo, o Linhares mostrou mais regularidade que seus adversários no quadrangular final e levou o título pela 4ª vez em 8 anos de vida. Foi o título mais difícil, pois foi o time mais fraco que o Linhares já teve, e os adversários nunca estiveram tão bem preparados. Mas por isso foi o mais gostoso!
O Linhares quebrou a escrita, era o primeiro e único clube do interior do estado a ser bi-campeão.
Sua grande rivalidade em relação a disputa de títulos era com a Desportiva Ferroviária, com quem dividiu a hegemonia do capixabão entre 1992 e 2000, com 4 títulos para cada um.