Filho de um industrial da pequena cidade de Günzburg, Josef Mengele herdou do pai a simpatia pelo nacionalismo extremado, mas não foi nazista de primeira hora. Filiou-se ao Partido Nacional-Socialista só em 1937. Como oficial médico das SS, acompanhou, de 1941 a 1943, a Divisão Viking, de engenharia, em sua campanha na Ucrânia e na Rússia. As atribuições principais dessa divisão eram liberar estradas e construir pontes para o avanço do Exército alemão, mas ela também participou de combates — e de massacres da população judaica. Não há registro de que Mengele tenha se envolvido nesses pogroms (palavra russa que dá nome aos massacres promovidos pelo Exército nazista), embora com certeza soubesse deles. De volta à Alemanha com duas condecorações no peito, Mengele conseguiu o posto no qual consolidou sua fama nefasta: médico em Auschwitz, a “capital do Holocausto”, conforme a expressão cunhada pelo historiador Peter Hayes.
Quando os soviéticos liberaram o campo, em 1945, Mengele já não estava mais lá. Integrou-se a uma unidade médica do Exército regular — e se desfez do uniforme da SS, que o denunciaria como criminoso de guerra. Foi preso em um campo de prisioneiros de guerra administrado pelos americanos. Liberado, assumiu um nome falso e trabalhou em uma fazenda na Bavária, até que, em 1949, conseguiu fugir para a Argentina, então um santuário de foragidos nazistas.