O padre português Manuel da Nóbrega chegou ao Brasil em 1549 com o primeiro governador-geral, Tomé de Sousa. Hábil organizador, foi o líder da Companhia de Jesus no Brasil. Em suas missões, percorreu durante anos o litoral entre São Vicente e Salvador, e fundou o colégio de Piratininga, futura cidade de São Paulo. Numa terra sem leis claras e onde a presença do estado era mínima, não temeu defender a liberdade dos indígenas. O padre Manuel da Nóbrega sempre enfatizou a necessidade de evangelização dos nativos, pois acreditava que, assim como os europeus, os índios tinham alma, que poderia ser salva pelo catolicismo. Isso permitia igualar conquistadores e conquistados, o que não agradava aos portugueses nem aos espanhóis. O padre enfrentou as autoridades coloniais, que apoiavam a escravização dos indígenas, e batizou milhares deles. Apesar de os jesuítas não reconhecerem o direito dos nativos de não aceitar valores cristãos, o padre Manuel da Nóbrega introduziu no país a noção do índio como ser humano, essencial para a posterior inclusão deste como cidadão.