Para que o fungo que provoca a doença pare de se multiplicar, use Anfotericina B, Griseofulvina, Itraconazol em forma de comprimido e realize também injeções intravenosas e locais. É popular o uso de preparações contendo iodo.
Paralelamente aos colírios, é realizado tratamento sistêmico. Se o paciente tiver candidíase, recomenda-se o uso de tais pomadas contra o fungo: Nistatina, Levorin. Eles são colocados na cavidade conjuntival, tendo previamente puxado a pálpebra inferior (veja a foto a seguir).
Se a micose é acompanhada pelo aparecimento de uma úlcera na córnea, um fungo dentro do olho, endoftalmite, a cirurgia é necessária. As formações ulcerosas são raspadas, cozidas com tintura de iodo. Se forem profundos, realizam cauterização usando diatermocoagulação ou congelamento com nitrogênio líquido.