As bolas utilizadas nos sorteios são igualmente auditadas, com todas as suas características (constituição, peso e diâmetro), verificadas periodicamente pelo INMETRO.
Em cada sorteio, todas as apostas realizadas passam por dois sistemas que fazem apurações simultâneas e são posteriormente confrontados. A primeira apuração é realizada pela própria Caixa, e a segunda, pela empresa auditora responsável. Ambos procedimentos garantem total segurança quanto a integridade das informações, já que a comparação impossibilita qualquer adulteração de dados das apostas concluídas e impede a inserção de novos jogos após o encerramento das vendas.
Os registros de todos os prêmios já pagos pela Mega-Sena são, de fato, armazenados e mantidos pela Caixa. Dados como o nome, CPF e número de identidade são registrados em um sistema corporativo da Caixa e posteriormente repassados para a Receita Federal, ficando à disposição de órgãos públicos. No entanto, de acordo com a legislação vigente, estes dados são mantidos em sigilo e fornecidos somente mediante requerimentos de órgãos constitucionalmente competentes.
Cada vencedor tem direito garantido pela constituicão federal (Artigo 5º, incisos X e XII) à inviolabilidade de sua vida privada, ficando sobre seu controle a decisão de divulgar seus ganhos, sejam eles provenientes de apostas físicas ou através de plataformas de apostas online.
Nos sorteios da Mega da Virada, 44,02% da venda total de apostas torna-se premiação. Destes, 19% destina-se para a premiação da quadra, 19% para a quina e 62% para o prêmio máximo, a sena. Todos estes valores não estão descontados de imposto de renda, o qual é incidente em prêmios de valor superior a R$ 1.903,98.
Assim, dos R$ 620 milhões originalmente arrecados em 2015, R$ 273 milhões transformaram-se em prêmios. R$ 169,3 milhões foram destinados aos vencedores da sena, que com o descontos do IR (R$ 50,79 milhões) e somados aos R$ 128,03 acumulados para a Mega da Virada ao longo do ano, garantiram um prêmio final de R$ 246,54 milhões.