Semifinalista no US Open e no Masters 1000 de Paris, Berdych também foi finalista da única edição do Masters 1000 de Madri disputado sobre o saibro azul. Posteriormente disputou a decisão da Copa Davis contra os espanhóis, conquistando seu primeiro título na competição, também o primeiro do seu país após a independência da Tchecoslováquia — o único título anterior havia sido conquistado em 1980.
A força da equipe tcheca de Stepanek e Berdych, liderados por Jaroslav Navratil se manteve em 2013. Fez novamente quartas de final no Australian Open, manteve uma temporada extremamente regular e qualificou-se para o ATP Finals pela quarta vez. Lado a lado, coordenou sua equipe novamente à decisão da Copa Davis, derrotando a Sérvia de Novak Djokovic e conquistando seu segundo título na competição.
A conquista deu gás ao tcheco, que abriu a temporada com uma semifinal no Australian Open, sendo superado pelo suíço Stan Wawrinka, campeão naquele ano. Com o título em Roterdã e fazendo semifinal em Miami, atingiu a quinta posição do ranking. Voltou a erguer um troféu apenas no fim do ano, no ATP 250 de Estocolmo.
No ano posterior, de 2015, já aos 31 anos de idade, disputou sua segunda semifinal no Australian Open, passando por Rafael Nadal nas quartas de final e sendo derrotado pelo eventual vice-campeão Andy Murray na semifinal. Poucos meses depois voltou a ser derrotado por Murray na semifinal do Masters 1000 de Miami.
Após duas semifinais, conseguiu atingir a decisão em Monte Carlo, onde foi superado pelo sérvio Novak Djokovic. No torneio de Madri, foi derrotado por Rafael Nadal na semifinal e atingiu o melhor ranking de sua carreira, o quarto posto. Com os títulos em Shenzhen e Estocolmo, Berdych classificou-se para o ATP Finals pelo sexto ano consecutivo, embora tenha sido derrotado em todas as partidas da fase de grupos.