A Fiocruz Ceará tem como parceiros grupos do Núcleo de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos (NPDM), da UFC, que dedicam-se a estudos em oncologia experimental, hematologia, farmacologia, proteômica e metabolômica como ferramentas para compreensão de sistemas biológicos e identificação de marcadores moleculares associados às respostas de tais sistemas a condições experimentais e terapias. Com equipes multidisciplinares, os estudos visam contribuir para a evolução da pesquisa translacional, o aprimoramento de testes clínicos, de descobertas e avaliações de tratamentos e o aperfeiçoamento de métodos para diagnóstico. Uma pesquisadora do NPDM está cedida parcialmente à Fiocruz Ceará e um pesquisador da Fiocruz Ceará desenvolve as suas pesquisas nos laboratórios do NPDM.
Foram credenciados no Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia da Rede Nordesde de Biotecnologia – RENORBIO - os Pesquisadores da Fiocruz Ceará Carla Celedônio, João Hermínio e Roberto Nicolete.
Com a Universidade de Fortaleza (Unifor), foi estabelecido acordo de cooperação para utilização de suas instalações por pesquisadores da Fiocruz-CE e cooperação técnica para a expressão de proteínas de interesse terapêutico em leite de cabra, projeto em cooperação com o Laboratório de Biologia Molecular e do Desenvolvimento (LBMD). O laboratório domina a tecnologia para expressão de proteínas em leite e participou da criação da cabra Gluca, primeiro clone caprino transgênico da América Latina. Esta cooperação permite à Fiocruz-CE atuar numa plataforma de expressão que diferente das demais unidades da Fundação,o que amplia as possibilidades para se alcançar a viabilidade técnica e econômica de proposição de novos biofármacos. Além de desenvolvimento tecnológico, o apoio às pesquisas básicas em parceria com outros grupos da UNIFOR é profícuo, sendo a mais representativa com o Laboratório de Análise Proteômica e Desenvolvimento de Fármacos. O grupo possui um equipamento chamado espectrômetro de massas, que tem sido utilizado por um pesquisador da Fiocruz em estudos relacionados à identificação de marcadores moleculares em tumores onco-hematológicos e à prospecção de moléculas bioativas em venenos de serpente.
Ação conjunta entre as áreas de Saúde da Família e Saúde e Ambiente, a Fiocruz CE coordena a pesquisa Estudo de impacto do Complexo Industrial e Portuário do Pecém (CIPP) na saúde da população da área de influência direta dos empreendimentos. O projeto foi elaborado a partir da oficina Avaliação de impacto à saúde dos grandes empreendimentos: o caso do Complexo Industrial de Portuário do Pecém (CIPP) – Ceará, realizada entre 16 e 20 de novembro de 2015, com a participação de técnicos da Secretaria da Saúde do Estado do Ceará, das Secretaria Municipal de Saúde de São Gonçalo do Amarante, do Ministério da Saúde, além de pesquisadores nacionais e internacionais. Dessa oficina resultou a elaboração do escopo do projeto e parcerias com a Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca (Ensp/Fiocruz); com a Secretaria de Vigilância à Saúde (SVS/MS) e o Departamento de Vigilância em Saúde Ambiental e Saúde do Trabalhador (DSAST/MS); com a Secretaria da Saúde do Estado do Ceará e com a Secretaria Municipal de Saúde de São Gonçalo do Amarante. Nesse conmtexto, em 2017 foram estabelecidas novas parcerias, com a a Universidade Federal do Ceará (UFC) e a Secretaria Municipal de Saúde de Caucaia.
O primeiro curso organizado pela Fiocruz Ceará foi uma Especialização em Entomologia Médica, para servidores da SESA que trabalham nos Núcleos de Vetores, tanto em Fortaleza como no interior do Estado. O curso, realizado em Fortaleza sob a coordenação e corpo docente do Instituto Oswaldo Cruz, formou 17 especialistas.
A Fiocruz Ceará apoiou a Estratégia Saúde da Família do município de Tauá, há 300km de Fortaleza, a partir de 2013. Entendemos que as pesquisas e a pós-graduação deveria ter um campo onde se testassem algumas inovações. Destacamos alguns trabalhos importantes que se desenvolveram naquele município: