Durante os anos 1580, della Porta construiu uma série de igrejas em Roma, uma vez que este era um período de construção ativa de igrejas, quando as reformas instituídas pelo Concílio de Trento estavam sendo vigorosamente processadas. Ele trabalhou em pelo menos seis igrejas. As duas mais interessantes são São Atanásio e São Luís de Francesi, principalmente porque derivam do modelo, feito 60 anos antes, por Michelangelo para São Lourenço em Florença; têm fachadas retangulares em vez de ter o centro mais alto que os lados. Também foram planejadas torres, mas somente as de Santo Atanásio foram construídas.
Della Porta também era ativa como arquiteta doméstica. Seus edifícios civis mais interessantes são a grande loggia na parte traseira do Palácio Farnese (1589) e sua última obra, a Villa Aldobrandini em Frascati (1598-1604). A vila tem um enorme frontão quebrado que lhe dá uma linha de horizonte pitoresca à distância, mas é desajeitada quando vista de perto. Em 1602 della Porta estava voltando de Frascati em um ônibus com seu patrono, o Cardeal Aldobrandini, quando ele foi levado doente no portão de Roma e morreu no local.
O trabalho deella Porta carece do gênio pessoal e inventivo de Michelangelo e é menos correto e estudado que o de Vignola, mas constitui um aspecto da arquitetura romana do final do século 16 que permanece até hoje típico da cidade e da época.
Não há nenhum trabalho sobre della Porta em inglês. Para material de fundo veja Peter Murray, The Architecture of the Italian Renaissance (1963).

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