No primeiro estágio, a “fase da poça”, o jogador comanda um ser microscópico que deve sobreviver a um ambiente aquático, em que os mais fortes se alimentam dos mais fracos. Ao comer certa quantidade de outras espécies, o jogador desbloqueia a ferramenta de criação, que lhe permite personalizar sua criatura, alterando sua forma, adicionando algumas partes úteis ao seu corpo e aumentando seu tamanho. À medida que esse ser microscópico avança, aparece a opção de mudar-se para o ambiente terrestre, o que dá início ao próximo ciclo da evolução.
Antes de inciar sua exploração pelos novos terrenos, o jogador customiza seu personagem, aumentando-o de tamanho e adicionando diversas partes a seu corpo. A “fase da criatura” é marcada pela interação com outros seres da mesma espécie e os primeiros contatos, pacíficos ou não, com criaturas de outras espécies, criadas por outros jogadores. Apesar de Spore não oferecer suporte online, as criações de outros usuários são baixadas para o modo singleplayer, de maneira que o jogador possa interagir com essas outras espécies, as quais passam a ser controladas pela inteligência artificial.
Aqui, tal como no sopão de proteínas da fase anterior, vale a lei do mais forte. O jogador deve guiar sua criatura, coletando alimento, reproduzindo-se e evitando que ela seja devorada pelos predadores. Essa evolução gera pontos de DNA, os quais podem ser gastos para melhorar os atributos das criaturas a cada nova geração nascida. Para prosseguir para a fase seguinte, é preciso ter maiores interações sociais, explorando cada vez mais o território, e melhorar suas habilidades cerebrais.