Em 1919, o então bispo de Curitiba, Dom João Francisco Braga, solicita em Roma novos sacerdotes para a diocese. Em 1920 chegam aqui os quatro primeiros freis capuchinhos, que se instalam em Cerro Azul e Jaguariaíva — primeiras paróquias capuchinhas do Paraná.
Em 1925 é inaugurado o convento das Mercês, que passa a ser a sede oficial dos freis capuchinhos. A Igreja é inaugurada em 1929, já com a atual imagem de Nossa Senhora das Mercês esculpida em madeira pelo artista italiano Giacomo Scopoli. Sua famosa torre chegou em 1949 e os sinos, que até hoje tocam, vieram da Itália três anos depois. Em 1958 foi inaugurado o salão paroquial, que recebe festividades, formações litúrgicas e parte dos retiros.
A Paróquia Nossa Senhora das Mercês é conhecida pela benção aos carros. A tradição começou em 1952 e, desde a década de 1970, faz parte do calendário da cidade, com a famosa benção da primeira sexta-feira do ano.
Os freis capuchinhos sempre atenderam várias comunidades da região de Curitiba, desde sua instalação nas Mercês. A dedicação das missões desses homens resultou na fundação de várias paróquias da região metropolitana. E desde os primeiros tempos, o envolvimento da comunidade e os movimentos pastorais têm sido uma tradição da paróquia. O 'Movimento das Capelinhas' e o 'Apostolado da Oração', por exemplo, seguem ativos desde a década de 1920!
Após o Concílio Vaticano II, a paróquia buscou adequar as novas diretrizes nas suas dezenove pastorais, à época — hoje são mais de 30. Essas pastorais atendem famílias, idosos, doentes, enlutados e encarcerados em suas necessidades específicas.
Outras tradições capuchinhas são a assistência e o olhar aos pobres, além do catecumenato de crianças e adultos. Junto com as 'Filhas da Caridade', a paróquia atende mais de trezentos catequizandos e promove, mensalmente, a formação de lideranças cristãs com os mais ricos conteúdos da nossa Igreja.