Como aquela parte da Saxônia era governada pelo Duque Jorge, que proibira seus escritos, Lutero declarou que a autoridade civil não podia promulgar leis para a alma. Fez isso em sua obra: "Über die weltliche Gewalt, wie weit man ihr Gehorsam schuldig sei" (Autoridade Temporal: em que medida deve ser obedecida).
"A Alemanha deve ficar livre de judeus, aos quais após serem expulsos, devem ser despojados de todo dinheiro e joias, prata e ouro, e que fossem incendiadas suas sinagogas e escolas, suas casas derrubadas e destruídas (…), postos sob um telheiro ou estábulo como os ciganos (…), na miséria e no cativeiro assim que estes vermes venenosos se lamentassem de nós e se queixassem incessantemente a Deus". – "Sobre os judeus e suas mentiras" de Martinho Lutero.[19][20][21][22]
O historiador Robert Michael escreve que Lutero estava preocupado com a questão judaica toda a sua vida, apesar de dedicar apenas uma pequena parte de seu trabalho para ela.[23][24][25] Seus principais trabalhos sobre os judeus são Von den Juden und Ihren lügen ("Sobre os judeus e suas mentiras"), e Vom Schem Hamphoras und vom Geschlecht Christi ("Do Inefável Nome e da Santa linhagem de Cristo") - reimpressas cinco vezes dentro de sua vida - ambas escritas em 1543, três anos antes de sua morte.[25] Nesses trabalhos Lutero afirmou que os judeus já não eram o povo eleito, mas o "povo do diabo".[25] A sinagoga era como "uma prostituta incorrigível e uma devassa maléfica" e os judeus estavam "cheios das fezes do demónio,... nas quais se rebolam como porcos"[24] Lutero aconselhou as pessoas a incendiarem as sinagogas, destruindo os livros judaicos, proibir os rabinos de pregar, e apreender os bens e dinheiro dos Judeus e também expulsá-los ou fazê-los trabalhar forçosamente.[22] Lutero também parecia aconselhar seus assassinatos,[26] escrevendo "É nossa a culpa em não matar eles."[27]
A campanha contra os judeus de Lutero foi bem sucedida na Saxónia, Brandemburgo, e Silésia. Josel de Rosheim (1480-1554), que tentou ajudar os judeus na Saxónia, escreveu em seu livro de memórias a situação de intolerância foi causada por "(…) esse sacerdote cujo nome é Martinho Lutero - (…) seu corpo e alma vinculada até no inferno!! - que escreveu e publicou muitos livros heréticos no qual disse que quem ajudasse judeus seriam condenados à perdição."[28] Josel teria pedido a cidade de Estrasburgo para proibir a venda das obras antijudaicas de Lutero; porém seu pedido foi-lhe negado quando um pastor luterano de Hochfelden argumentou em um sermão que os seus paroquianos deviam assassinar judeus. O antissemitismo de Lutero persistiu após a sua morte. Ao longo de todo o ano de 1580, motins expulsaram judeus de vários estados luteranos alemães.[25][29]
A opinião predominante[30] entre os historiadores é que a sua retórica antijudaica contribuiu significativamente para o desenvolvimento do antissemitismo na Alemanha,[31][32][33][34][35] e na década de 1930 e 1940 auxiliou na fundamentação do ideal do nazismo de ataques a judeus.[36] O próprio Adolf Hitler em sua autobiografia Mein Kampf considerou Lutero uma das três maiores figuras da Alemanha, juntamente com Frederico, o Grande, e Richard Wagner.[37] Em 5 de outubro de 1933, o Pastor Wilhelm Rehm de Reutlingen declarou publicamente que "Hitler não teria sido possível, sem Martinho Lutero".[38] Julius Streicher, o editor do jornal Nazista Der Stürmer, argumentou durante sua defesa no julgamento de Nuremberg "que nunca havia dito nada sobre os judeus que Martinho Lutero não tivesse dito 400 anos antes".[39] Em novembro de 1933, uma manifestação protestante que reuniu um recorde de 20.000 pessoas, aprovou três resoluções:[40]
Diversos historiadores (entre os quais se destacam William L. Shirer e Michael H. Hart[41]) sugerem que a influência de Lutero tenha auxiliado a aceitação do nazismo na Alemanha pelos protestantes no século XX. Shirer fez a seguinte observação em Ascensão e queda do Terceiro Reich:
"É difícil compreender a conduta da maioria dos protestantes nos primeiros anos do nazismo, salvo se estivermos prevenidos de dois fatos: sua história e a influência de Martinho Lutero (para evitar qualquer confusão, devo explicar aqui que o autor é protestante). O grande fundador do protestantismo não foi só antissemita apaixonado como feroz defensor da obediência absoluta à autoridade política. Desejava a Alemanha livre de judeus (…) – conselho que foi literalmente seguido quatro séculos mais tarde por Hitler, Göring e Himmler.[20]
Por outro lado, especialmente Shirer recebeu críticas por essa sua observação, sendo acusado de não conhecer suficientemente a história alemã e por ter interpretado incorretamente certos acontecimentos ou mesclado suas opiniões pessoais em seu livro.[42] Também os cristãos luteranos afirmam que a Igreja Luterana tem esse nome em homenagem ao seu mais famoso líder, porém não acata todos os escritos teológicos de Lutero, principalmente os escritos que atacam os judeus. Desde os anos 1980, alguns órgãos da Igreja Luterana formalmente denunciaram e dissociaram-se dos escritos de Lutero sobre os judeus. Em novembro de 1998, no 60º aniversário de Kristallnacht, a Igreja Luterana da Baviera emitiu uma afirmação: "é imperativo para a Igreja Luterana, que sabe que é endividada ao trabalho e a tradição de Martinho Lutero, de levar a sério também as suas declarações antijudaicas, reconhece a sua função teológica, e reflete nas suas conseqüências. Temos que nos distanciar de cada [expressão de] antissemitismo na teologia Luterana."[43][44][45][46][47]
A Guerra dos Camponeses (1524-1525) foi, de muitas maneiras, uma resposta aos discursos de Lutero e de outros reformadores. Revoltas de camponeses já tinham existido em pequena escala em Flandres (1321-1323), na França (1358), na Inglaterra (1381-1388), durante as guerras hussitas do século XV, e muitas outras até o século XVIII. Mas muitos camponeses julgaram que os ataques verbais de Lutero à Igreja e sua hierarquia significavam que os reformadores iriam igualmente apoiar um ataque armado à hierarquia social. Por causa dos fortes laços entre a nobreza hereditária e os líderes da Igreja que Lutero condenava, isso não seria surpreendente.
Já em 1522, enquanto Lutero estava em Wartburg, seu seguidor Thomas Münzer, comandou massas camponesas contra a nobreza imperial, pois propunha uma sociedade sem diferenças entre ricos e pobres e sem propriedade privada,[48] Lutero por sua vez defendia que a existência de "senhores e servos" era vontade divina,[48] motivo pelo qual eles romperam.[49] Lutero, desde cedo, argumentou com a nobreza e os próprios camponeses sobre uma possível revolta e também sobre Müntzer, classificando-o como um dos "profetas do assassínio" e colocando-o como um dos mentores do movimento camponês. Lutero escreveu a "Terrível História e Juízo de Deus sobre Tomas Müntzer", inaugurando essa linha de pensamento.
Na iminência da revolta (1524), Lutero escreveu a "Carta aos Príncipes da Saxônia sobre o Espírito Revoltoso", mostrando a tirania dos nobres que oprimiam o povo e a loucura dos camponeses em reagir através da força e a confiar em Müntzer como pregador. Houve pouca repercussão sobre esse escrito.
O principal escrito dos camponeses eram os "Doze Artigos", onde suas reivindicações eram expostas. Neles havia artigos de fundo teológico (direito de ouvir o Evangelho através de pregadores chamados por eles próprios) e artigos que tratavam dos maus tratos (exploração nos impostos, etc.) impostos a eles pelos nobres. Os artigos eram fundamentados com passagens bíblicas e dizia-se que se alguém pudesse provar pelas Escrituras que aquelas reivindicações eram injustas, eles as abandonariam. Entre aqueles que se consideravam dignos de fazer tal coisa estava o nome de Martinho Lutero.
Também esse escrito não teve repercussão e, durante uma viagem pela região da Turíngia, Lutero pôde testemunhar as revoltas camponesas, o que o motivou a escrever o "Adendo: Contra as Hordas Salteadoras e Assassinas dos Camponeses", onde disse: "Contras as hordas de camponeses (…), quem puder que bata, mate ou fira, secreta ou abertamente, relembrando que não há nada mais peçonhento, prejudicial e demoníaco que um rebelde".[48] Tratava-se de um apêndice de "Exortação à Paz …", mas que, rapidamente, tornou-se um livro separado. O Adendo foi publicado quando a revolta camponesa já estava no final e os príncipes cometiam atrocidades contra os camponeses derrotados, de modo que o escrito causou grande revolta da opinião pública contra Lutero. Nele, Lutero encorajava os príncipes a castigarem os camponeses até mesmo com a morte.
No movimento reformista (também chamado de Reforma), Lutero não concordou com o "estilo" de reforma de João Calvino. Martinho Lutero queria reformar a Igreja Católica,[50] enquanto João Calvino, acreditava que a Igreja estava tão degenerada, que não havia como reformá-la. Calvino se propunha a organizar uma nova Igreja que, na sua doutrina (e também em alguns costumes), seria idêntica à Igreja Primitiva. Já Lutero decidiu reformá-la, mas afastou-se desse objetivo, fundando, então, o Protestantismo, que não seguia tradições, mas apenas a doutrina registrada na Bíblia, e cujos usos e costumes não ficariam presos a convenções ou épocas. A doutrina luterana está explicitada no "Livro de Concórdia", e não muda, embora os costumes e formas variem de acordo com a localidade e a época.