"A autonomia das universidades é condicionada pelos fatores institucionais, políticos e econômicos que lhe formam a moldura concreta. Significa o direito que têm elas de participar dos Conselhos de Estado que elaboram a política nacional de educação superior e que decidem da distribuição de recursos; de articular a sua vontade com a do Estado por convênio e não por imposição, dentro daquela estratégia que Michel Crozier denominou a 'técnica da negociação'; significa a prerrogativa de ter iniciativas culturais e científicas que porventura não se incluam nas prioridades do plano nacional, desde que se recomendem por sua excelência no plano cultural; e, finalmente, a liberdade de, concluído o convênio, encarregar-se de sua execução com inteira liberdade administrativa. Não pode haver autonomia financeira da universidade para promover com recursos públicos, nem iniciativas suntuárias, que ultrapassem as possibilidades do País, ou da região, nem qualquer iniciativa pedagógica ou cultural inconsistente." (DTM, Expansão do ensino superior, p.213)
"Por ser a razão que governa a universidade, a sua lei é a autonomia intelectual: na estrutura do poder e na estrutura didática. Por isso mesmo, se o autogoverno é o apanágio da democracia, nenhuma comunidade se aproxima tanto desse ideal quanto a universidade." (DTM, O planejamento educacional no Brasil, p.151-152)
"As prerrogativas concedidas à universidade - no fundo, à cultura - são isoladas desta e usufruídas como privilégios que as livram dos compromissos para os quais ela foi instituída. Haja visto o descaso da maioria de nossas universidades para com os seus padrões de qualidade, a ligeireza como se recrutam para o ensino os incompetentes, a futilidade, muitas vezes, com que se gasta a fortuna pública em obras e planos não só desnecessários mas até inconvenientes. E, apesar disso, ainda se insiste em fechar os olhos à clara deformação da prerrogativa de autonomia, entendida, em grande parte, como o direito de reivindicar os recursos públicos e de usá-los discricionariamente." (DTM, Subsídios para o plano de reforma da UFBa, p.80)
"Não defendem as universidades, muitas vezes, a autonomia que lhe é devida, mas aquela a que não têm direito. Na realidade, a que lhes cabe, e elas só escassamente utilizam, é a liberdade de organizar o seu ensino fora dos esquemas gerais; a ação criadora na formulação dos currículos, na adoção de métodos de ensino, na estrutura didática e administrativa, em suma, na elaboração de sua própria experiência. Liberdade é criação. O fato de não contarmos senão com débeis manifestações de criatividade nas universidades indica até que ponto elas não se dispõem a usar a autonomia, ou a usam para defender privilégios que não honram." (DTM, Subsídios para o plano de reforma da UFBa, p.80)
"Outra deformação da autonomia é que ela passou a ser a autonomia do Reitor, dentro da universidade - às vezes contra ela. O sujeito de autonomia é a universidade. A autonomia do Reitor se legitima, portanto, na medida de sua integração na vontade comunitária como um todo, o que constitui uma de suas originalidades. A universidade é uma verdadeira comunidade, inconciliável com uma estrutura dual que opõe patrões e subalternos. Tal é a dignidade imanente da cultura, que todos dentro da corporação universitária, enquanto vinculados a ela pela cultura, se tornam ipso facto sujeitos da autonomia. A universidade não tem chefes, tem representantes, intérpretes. Sua hierarquia exclui qualquer rigidez ou estratificação." (DTM, Subsídios para o plano de reforma da UFBa, p.81)