A compensação tributária não é instituto aplicável automaticamente. Depende de autorização em lei do ente tributante (art. 170, CTN). É por isso que a compensação é possível no âmbito dos tributos federais, em que há lei autorizativa, mas não é permitida em muitos Estados e Municípios.
No âmbito federal, no momento em que o contribuinte apresenta a declaração de compensação (DComp) à Receita Federal, (i) o débito fiscal correspondente é considerado extinto, mas (ii) o Fisco possui o prazo de cinco anos para verificar a legitimidade do crédito. Ultrapassado esse prazo, a compensação é considerada tacitamente homologada.
A não-homologação da compensação sujeita o contribuinte à aplicação de multa isolada de 50% sobre o valor do débito (além da cobrança do próprio débito tributário não extinto). Referida multa é objeto de contestação nos tribunais (STF, repercussão geral, tema 736).
O que é comum ocorrer, no entanto, é a propositura de mandado de segurança com vistas a viabilizar a compensação administrativa, sem que o Fisco possa recusar o reconhecimento da natureza do crédito/indébito oriundo de inconstitucionalidade ou ilegalidade em sua cobrança.
O STJ decidiu que a comprovação cabal do crédito a compensar não precisa ser feita por ocasião da impetração do mandado de segurança. Pode ocorrer depois, no âmbito administrativo. De todo modo, a compensação só poderá ser feita depois da decisão final definitiva em favor do contribuinte (art. 170-A, CTN).