Segundo o docente do IB, a organização e estruturação das pesquisas em biodiversidade são bem mais recentes, a partir da criação do CNPq e das Fundações de Apoio à Pesquisa. “Nos primórdios das agências de fomento, havia apenas auxílios e bolsas, até que as características da pesquisa nesta área exigiu, em 1978, a criação de um projeto especial coordenado pelo professor José Galizia Tundisi, para estudar a tipologia das represas do Estado de São Paulo. O projeto representou um marco tanto do ponto de vista da fauna e da flora, como também da qualidade da água e da dinâmica desses ecossistemas.”
Carlos Joly lembrou que a Fapesp oficializou a linha de projetos temáticos no início dos 80, ampliando o espectro temporal para quatro anos de pesquisa e contemplando equipes com vários pesquisadores principais. “Outra iniciativa importante, que tem muito a ver com o surgimento do Biota, é de 1995, quando o professor Hermógenes Leitão Filho, nosso colega na Unicamp, reuniu os botânicos do Estado para escrever a “Flora Fanerogâmica do Estado de São Paulo” – projeto em andamento que já possui oito dos 15 volumes previstos. Até hoje, existe apenas a “Flora brasiliensis”, de Carl von Martius, publicada entre 1840 e 1906. São Paulo possui algo em torno de 7.500 espécies de plantas, enquanto a Europa, como um todo, registra apenas 1.800.”
Tendo acompanhado o nascimento do Projeto Flora e estando na coordenação da área de Ciências Biológicas da Fapesp, Carlos Joly, juntamente com o professor Naercio Menezes (do Museu de Zoologia da USP), propôs à agência paulista a criação de uma iniciativa especial em relação à pesquisa em biodiversidade. “As informações das pesquisas financiadas pela Fapesp ficavam fragmentadas e achamos interessante a ideia de integrá-las. O Biota começou a ser planejado em 95 e, em 98, submetemos um conjunto de projetos que foram aprovados a partir de 99. E o programa teria uma série de desdobramentos.