Com o maior número de bolsas da região, o Programa Institucional de Iniciação Científica (Proin) da Católica de Santos foi criado em 2004 para proporcionar uma oportunidade de formação científica aos alunos da graduação. Também são objetivos do programa despertar talentos para as atividades de pesquisa e fortalecer os projetos de pesquisa realizados na Universidade, a partir da participação de alunos bolsistas nas diferentes áreas de conhecimento.
O Proin teve início em 2005, com a participação de 25 alunos bolsistas e outros com auxílios provenientes de agências de fomento. Em 2006, o Proin conquistou 10 bolsas de iniciação científica pelo CNPq. Houve, também, a ampliação do número de bolsas institucionais da Universidade.
As jornadas refletem as tendências da pesquisa na Católica de Santos nas diferentes áreas do conhecimento. A própria definição de tendências demonstrou o amadurecimento do Proin na pesquisa realizada no âmbito da Universidade e o espaço que a Católica ocupa na produção intelectual da Baixada Santista.
Reconhecendo a consolidação do Programa de Iniciação Científica da Universidade, o CNPq concedeu mais 6 bolsas à Universidade, entre o segundo semestre de 2009 e o primeiro semestre de 2010. Assim, a Católica de Santos passou a disponibilizar, no total, 46 bolsas de iniciação científica oferecidas anualmente.
A Universidade, assim, garante apoio e infraestrutura compatíveis com a importância que a Iniciação Científica representa para a qualidade do processo de formação dos alunos, com o envolvimento dos docentes dos cursos de Graduação e Pós-Graduação. Promove, também, a integração entre os todos os níveis da pesquisa.
Muitos dos alunos iniciados na pesquisa por meio do Proin cursaram ou estão cursando Pós-Graduação Stricto Sensu na Católica de Santos e em outras grandes universidades brasileiras. Confirmam-se, assim, os objetivos da Iniciação Científica em relação à produção de recursos humanos qualificados para o desenvolvimento da ciência e da tecnologia no País.
A iniciativa da Universidade tem sido reconhecida através do incremento das bolsas Pibic e, mais recentemente, a integração da Universidade ao Programa Ciência Sem Fronteiras, do Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação. A experiência acumulada durante os anos coloca à Católica de Santos outro desafio, o da formação das novas gerações de pesquisadores com ética e competência, capazes de colocar a ciência a serviço do desenvolvimento de uma sociedade mais justa e igualitária.