O sistema nervoso do corpo, o qual é parte de um ultra-sofisticado mecanismo de controle, é dividido em três partes: o Sistema Nervoso Central, o Sistema Nervoso Periférico e o Sistema Nervoso Autônomo. Esses sistemas controlam como nós agimos e como nós percebemos o nosso universo através dos sentidos e o sistema autônomo também rege o funcionamento automático do nosso corpo, controlando as indispensáveis tarefas não conscientes, tais como o batimento cardíaco.
Um dos benéficos sub-produtos de uma meditação tranqüila e sem pensamentos é que o sistema nervoso autônomo reduz qualquer hiperatividade física no nosso corpo. Uma vez que esse sistema é também a parte que controla o mecanismo de “luta ou fuga” dentro de todos nós, o qual, no mundo moderno, pode estar prejudicialmente hiper-estimulado devido ao estresse, a meditação pode ser de grande benefício para nossa saúde. Tem sido sugerido que isso é realizado por meio do aumento do fluxo de energia que ocorre na área límbica, isto é, o Sahasrara Chakra, no topo da cabeça, o qual está ligado ao sistema nervoso simpático.
Além disso, descobriu-se que os praticantes da Sahaja Yoga apresentam níveis mais elevados de endorfina do que o usual, a qual é conhecida por ativar o sistema imunológico do corpo. Isso, por sua vez, aumenta os níveis de anticorpos os quais ajudam a combater as doenças.
Há benefícios imediatos no alívio do estresse e um sentimento de paz e contentamento. Fisicamente, a Sahaja Yoga ajuda na prevenção e cura de doenças que, de outra forma, são difíceis de curar mentalmente e emocionalmente. Ela nos ajuda a alcançar o equilíbrio e, espiritualmente, nós podemos alcançar o nível mais alto de iluminação. Os praticantes da Sahaja Yoga facilmente têm parado de fumar, de beber e de usar drogas, e levam uma vida digna, equilibrada e normal.