A fortaleza de Taga foi construída por Ōno no Omi Azumahito em 724, próximo à atual Sendai, e se tornou a maior fortaleza administrativa em Michinoku. Nomeado como Chinju shōgun, ele construiu várias fortalezas pela planície de Sendai e nas montanhas da atual Yamagata. Os Emishi da região mantiveram pressão sobre essas fortalezas, mas os aliados dos japoneses ifu e fushu foram recrutados para lutar contra eles.
Em 758, após um longo período de empate, o exército japonês sob o comando de Fujiwara no Asakari penetrou na região que atualmente é a prefeitura de Miyagi e construiu o castelo Momonofu no rio Kitakami. A fortaleza foi construída apesar dos ataques constantes dos Emishi de Isawa (atual sul de Iwate).
O ano de 774 AD marcou o início da Guerra dos Trinta e Oito Anos "( 三十八年戦争), com a deserção de Korehari no kimi Azamaro, um oficial Emishi de alta patente no exército imperial japonês, baseado no castelo de Taga. Os Emishi contra-atacaram em uma ampla frente, começando pelo Castelo Momonofu, onde a guarnição ali estabelecida foi aniquilada. Em seguida, destruíram diversas fortalezas ao longo de uma linha defensiva, estabelecida cuidadosamente na geração passada pelos japoneses. Nem mesmo o Castelo de Taga foi poupado.[8] Grandes forças japonesas foram recrutadas, contando milhares, as maiores com dez a vinte mil soldados que lutaram contra as forças Emishi, que contavam por volta de três mil guerreiros. Em 776, um grande exército de vinte mil homens foi enviado para atacar os Emishi de Shiwa, mas falhou em destruir o inimigo, que contra-atacou com sucesso nas montanhas Ōu. Em 780, os Emishi atacaram a planície de Sendai, incinerando vilarejos japoneses. Os japoneses quase entraram em pânico enquanto tentavam recrutar soldados de Kanto.[3]
Em 789, na Batalha do Rio Koromo (também conhecida como Batalha de Sufuse), o exercito japonês sob o comando de Ki no Kosami, nomeado Seito shōgun foi derrotado pelos Emishi de Isawa, comandados pelo general Aterui. Um exército de quatro mil homens foi atacado enquanto tentava cruzar o rio Kitakami por mil Emishi. O exército imperial sofreu sua derrota mais impressionante, perdendo mil homens, muitos afogados.
Em 794, muitos importantes Emishi de Shiwa, incluindo Isawa no Kimi Anushiko, se aliaram aos japoneses. Foi um movimento atordoante para os Emishi que ainda lutavam contra os japoneses. Os Emishi de Shiwa eram uma tribo muito poderosa que atacavam grupos Emishi menores com sucesso enquanto aumentavam de patente. Isto acabou por isolar a Confederação de Isawa, um grupo poderoso de Emishi independentes. Sakanoue no Tamuramaro atacou os Emishi de Isawa, utilizando intensamente de soldados treinados em arquearia a cavalo. O resultado foi uma campanha que levou à rendição de Aterui em 802. A guerra estava praticamente acabada e muitos grupos de Emishi se entregaram ao império. Porém, pequenas batalhas ainda ocorriam e não foram derrotados até 811, ano em que a Guerra dos Trinta Anos havia acabado.[2] Os Emishi ao norte do rio Kitakami ainda eram independentes, mas deixaram de representar uma grande ameaça após a derrota dos Emishi de Isawa.
Após a conquista, alguns líderes dos Emishi se tornaram parte da estrutura regional do governo em Tohoku, culminando com o regime dos Fujiwara do Norte. Este regime e outros, como Abe e Kiyohara, foram criados por gōzoku locais e se tornaram estados regionais semi-independentes baseados nos povos Emishi e nos japoneses. Porém, mesmo antes de tais regimes surgirem, o povo Emishi gradualmente vinha perdendo sua cultura distinta enquanto se tornavam minorias.
Especula-se que os Fujiwara do Norte tenham sido Emishi, mas há dúvidas quanto à sua linhagem. Tanto o clã Abe quanto o clã Kiyohara quase com certeza descendiam de japoneses, ambos representantes de gōzoku, famílias poderosas que haviam se mudado para as províncias de Mutsu e Dewa e desenvolveram laços com os Emishi fushu.
Pouco após a Segunda Guerra Mundial, cadáveres mumificados dos Fujiwara do Norte em Hiraizumi (capital dos Fujiwara do Norte), que se pensava serem relacionadas aos ainus, foram estudadas. Pesquisadores concluíram que os governantes de Hiraizumi eram como outros japoneses da mesma época e certamente não eram relacionados com os Ainu.[8] Isso foi visto como evidência de que os Emishi eram povos japônicos que viviam no nordeste fora do controle de Yamato.