O CAE é um órgão colegiado de caráter fiscalizador, permanente, deliberativo e de assessoramento, com o objetivo de realizar o controle social do PNAE, bem como aumenta o tempo de mandato dos conselheiros de dois para quatro anos, podendo ser reconduzidos de acordo com a indicação dos seus respectivos segmentos. O exercício do mandato de conselheiro do CAE é considerado serviço público relevante e não oferece remuneração.
O CAE é composto por sete membros: um representante do poder Executivo, um representante do poder Legislativo, dois representantes dos professores, dois representantes de pais de alunos e um representante de outro segmento da sociedade civil.
Esse Conselho têm o papel de fiscalizar e controlar os recursos destinados à merenda escolar, elaborar o regimento interno; zelar pela qualidade dos produtos, em todos os níveis, desde a aquisição até a distribuição, observando sempre as boas práticas higiênicas e sanitárias; e receber, analisar e remeter ao Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE), com parecer conclusivo, as prestações de contas do PNAE encaminhadas pelas Entidades Executoras.
Compete também ao CAE comunicar ao FNDE, aos Tribunais de Contas, à Controladoria-Geral da União, ao Ministério Público e aos demais órgãos de controle responsáveis qualquer irregularidade identificada na execução do PNAE, fornecer informações e apresentar relatórios a respeito do acompanhamento da execução do PNAE sempre que solicitado