Volte para Mahogany e recupere seus Pokémon. Então, entre naquela casa onde tem do lado uma árvore com uma antena no topo. Lance estará lá, o Dragonite dele irá atacar o homem de branco e em seguida Lance irá abordar o rapaz de óculos escuros. Ele empurrará o armário que está na parede, lá se revelará a entrada secreta para uma base subterrânea da Equipe Rocket. Lance entrará lá, vá atrás dele, desça a escada.
Você estará num corredor com várias estatuetas de Persian, cada vez que passar por uma delas, soará um alarme, fazendo aparecer Rockets para tentar te deter. Cada vez que disparar o alarme, você luta com dois Rockets consecutivamente, e usam sempre os mesmos Pokémon. Sempre que precisar volte ao Centro para recuperar seus Pokémon. Ainda neste andar, você irá encontrar um cientista que batalhará com você, após derrotá-lo, se você examinar o laptop que está atrás dele, poderá desativar o sistema de alarme das estatuetas, e assim os rockets irão parar de vir. Se quiser, não precisa mexer no laptop, assim os rockets continuarão aparecendo e você continuará ganhando exp. para os seus Pokémon após as batalhas. Vá explorado tudo nesta base. À esquerda da sala tem um atalho, porém é um campo minado, se pisar nos quadrados um Pokémon selvagem aparecerá.
Ao Sul, perto das escadas, tem um tele transportador amarelo. Não pise nele, vai te levar de volta à entrada. Desça a escada e verá Lance, que irá recuperar seus Pokémon. Aqui há um portão que está trancado. Continue explorando a área, derrote todos os membros da equipe Rocket em todos os andares. No seu próximo encontro com Lance, você ficará sabendo que há 2 senhas que fazem abrir um portão que está trancado. Derrote os rockets e fale com eles novamente para descobrir as senhas. Uma delas (Slowpoke Tail) é fornecida pela moça que está na frente do laptop. O rapaz que está na sala ao lado, perto das máquinas, lhe fornece a segunda (Raticate Tail).
Na sua explorada a base, vá descendo até encontrar outro portão. Seu rival aparecerá e comentará sobre Lance e os rockets. Sabendo as 2 senhas, mexa no portão e ele abrirá automaticamente. Um senhor de casaco e chapéu estará na sala, ao lado de um Murkrow. Espere… é… Giovanni? Não, é um Rocket Executive disfarçado. Ele dirá a senha que abre aquele primeiro portão, daquela sala onde Lance recuperou seus Pokémon: Hail Giovanni. Porém o portão só abrirá com a voz de Petrel. Enfrente Petrel, o mestre dos disfarces.