Definindo-se como empresário, com negócios no imobiliário, bares e comércio alimentar, foi na Amadora que desenvolveu atividade e cedo surgiu ligado ao mundo do crime, apesar de sempre rejeitar essas acusações. Ganhou influência e tornou.-se, de acordo com as autoridades, um traficante temido. Aos 30 anos tinha ficha na polícia. Entre roubos à mão armada, burlas e tráfico, ouviu em 1991 a primeira grande condenação, 15 anos de prisão, pena que terá cumprido parcialmente. Já então teria ligações a grupos internacionais do crime, desde Espanha à América do Sul. Em 1999 ficou de novo com as algemas nos braços. Detido pela PJ, e de forma ainda pouco clara, terá dito que iria colaborar na apreensão de duas toneladas de cocaína. Instalado num hotel no centro de Lisboa e com vigilância policial, não hesitou quando teve a oportunidade de fugir e saltou do primeiro andar do edifício. Estava fora de prisão preventiva porque se oferecera para colaborar com a polícia, numa operação de contornos nunca bem esclarecidos. A fuga ficou conhecida como "O Pulo do Lobo" e só foi tornada pública semanas depois.
Com acusações graves de tráfico de droga, em 2000, no tribunal de Sesimbra foi condenado, à revelia, a 25 anos de prisão. Franklim Lobo passou parte dos anos seguintes na sua luxuosa vivenda perto de Málaga. Foi ali que foi detido pela polícia espanhola, no cumprimento de um mandado de detenção emitido por Portugal na denominada operação "Toca do Lobo". Era considerado um homem perigoso e a sua extradição foi rodeada de cautelas. Mesmo condenado, acabou em 2004 libertado após um habeas corpus apresentado pelo seu advogado Vítor Carreto Ribeiro, o defensor que o acompanhou durante os vários anos e que agora recusou prestar declarações sobre esta nova detenção. Carreto chegou também a ser constituído arguido na Operação Áquiles, não sendo depois acusado.
Em 2007, detido, ouve, já no tribunal da Boa-Hora, Lisboa, a decisão dos 25 anos de cadeia ser revertida na repetição do julgamento. Acabou absolvido ao não terem sido validadas as escutas telefónicas que anteriormente o conduziram à pena máxima e por os testemunhos serem considerados frágeis. Em maio de 2008, Lobo foi novamente absolvido, também na Boa-Hora, num processo de branqueamento de capitais.
Mas quando ouviu a absolvição na Boa-Hora já Franklim Lobo tinha sido detido novamente, desta vez no Brasil, em janeiro de 2005, após vigilâncias feitas a familiares. A PJ não desistiu de o procurar, já que havia novo mandado de detenção e a persistência teve sucesso. No Brasil, e com frequentes viagens ao Rio de Janeiro, dirigia a partir de uma pequena localidade do Estado de Goiás, acreditavam as autoridades portuguesas, uma rede de tráfico de dimensão internacional que geraria tanto dinheiro que estava na origem de um império imobiliário. Em Mijas, próximo de Málaga, a sua filha (que foi detida em Espanha), um contabilista português e um advogado espanhol, de Marbella, eram os gestores de um aldeamento turístico de luxo com 132 apartamentos e avaliado em mais de 42 milhões de euros. Dinheiro fruto do narcotráfico, acreditavam as polícias espanhola e portuguesa, e que chegou a originar um arresto de todo o património.
Depois de absolvido no processo de Sesimbra, no Tribunal de Sintra Franklim Lobo foi condenado anos depois a uma pena de oito ano de prisão, que transitou em julgado em 2011. Neste período em que cumpriu pena de prisão, Lobo distinguiu-se também por apresentar duas petições na Assembleia da República. Como primeiro subscritor, secundado por mais 998 assinaturas, pediu ao Parlamento em 2011 para constituir uma Comissão de Inquérito para avaliar a aplicação da lei pelo juízo de execução de penas de Lisboa. A petição não chegou a ser admitida. Três anos depois, em 2014, a partir do estabelecimento prisional de Vale de Judeus pede uma amnistia a propósito dos 40 anos do 25 de Abril. Sem sucesso.
Franklim Lobo sabia que iria permanecer na mira das autoridades. Por isso, quando foi desencadeada a Operação Aquiles, em 2016, não foi possível a sua detenção pelas autoridades espanholas já que não se encontrava em Málaga. Suspeita-se que tivesse atravessado o Mediterrâneo até Marrocos. Havia um mandado para a sua detenção por crimes de tráfico de droga num processo com 29 arguidos já em julgamento e em que os juízes decidiram separar os processos de Franklim Pereira Lobo e da arguida Ana Luísa Caeiro, por estarem desaparecidos. Entre os 27 arguidos em tribunal estão os dois ex-inspetores da PJ, o ex-coordenador Carlos Dias Santos e Ricardo Macedo, acusados de colaborarem com redes de tráfico a troco de dinheiro. Franklim seria um desses traficantes e resta saber se irá ser julgado à parte ou ainda pode ser ouvido no julgamento que já decorre. Para já, ainda será discutida a sua extradição de Espanha para Portugal, o que pode demorar semanas.