O importante é sempre distribuir as áreas de refúgio de maneira uniforme, sendo em faixas, bordaduras ou blocos, permitindo que as pragas das duas áreas se encontrem e cruzem entre si.
É importante saber que o percentual da área de refúgio muda entre as espécies. O indicado é manter em 10% para o milho e 20% para a soja, algodão e cana.
Quanto ao manejo da área de refúgio, deve ser realizado de forma semelhante ao restante da lavoura (exceto pelo uso das sementes Bt), evitando o uso excessivo de aplicações de inseticidas, a fim de garantir o cruzamento dos insetos resistentes com os vulneráveis.