A "História Secreta", contudo, apresenta uma história diferente. Por exemplo, ao invés de impedir a prostituição forçada (como Procópio afirmara em "Obras de Justiniano" 1.9.3), agora Teodora aparece "prendendo à força" 500 prostitutas e confinando-as ao convento. Este fato, diz Procópio, provocou suicídios quando as prostitutas tentaram evitar "serem transformadas de maneira grotesca contra a sua vontade" (Hist. Secr. 17).
Teodora fez o que pode contra o apoio do marido aos calcedônios na controvérsia religiosa que dividia o império.[11] Apesar de Justiniano ser calcedônio, Teodora havia fundado um mosteiro miafisita em Gálata e dava abrigo no palácio aos líderes da facção que enfrentavam a hostilidade da maior parte dos calcedônios, como era o caso de Severo de Antioquia e do patriarca Ântimo I de Constantinopla. Este havia sido nomeado patriarca por influência de Teodora e, depois de ter sido excomungado, permaneceu escondido na seção de Teodora do palácio por doze anos, quando morreu. Quando o patriarca calcedônio Efraim de Antioquia provocou uma violenta revolta em Antioquia, oito bispos miafisitas foram convidados a irem a Constantinopla e Teodora os recebeu e os abrigou no Palácio de Hormisda, adjunto do Grande Palácio, que havia sido a residência do casal imperial antes de se tornarem imperadores.
No Egito, quando Timóteo III morreu, Teodora pediu ajuda a Dióscoro, o prefeito, e Aristômaco, o duque do Egito, para que facilitassem a elevação de um discípulo de Severo, Teodósio, ludibriando assim o marido, que há muito vinha planejando colocar um sucessor calcedônio como patriarca de Alexandria. Mas Teodósio I, mesmo com a ajuda das tropas imperiais, não conseguiu se manter em Alexandria contra os julianistas. Quando ele foi exilado por Justiniano, juntamente com 300 miafisitas, para a fortaleza de Delco na Trácia, Teodora o resgatou e o colocou também no Palácio de Hormisda. Lá ele viveu sob a proteção dela até 548 e, depois que ela morreu, a de Justiniano.