Masaru, um estudante do segundo ano do liceu e lutador de rua invicto, está prestes a aprender o significado da palavra "trabalho de equipa." Depois de Agumon escapar da DATS, uma organização que lida com a Digimon, acaba numa luta com Masaru. Logo Yoshino e Lalamon vêm para capturar Agumon, e os dois lutadores escapam. Depois que um Digimon malvado aparece, ele's até Masaru e Agumon para derrotá-lo com seu DNA Charge.
Em breve, Masaru deve juntar-se ao DATS para pôr um fim à chegada do Digimon à Terra. Com a ajuda de Yoshino, Ikuto e Touma, o grupo deve parar qualquer Digimon malvado que apareça, e devolvê-los ao Mundo Digital.