O presidente da CNSaúde é escolhido em votação pelas Federações filiadas (Fenaess, Fehosul, Feherj, Fehospar, Fehoesc, Fehoesg, Febase e Fehoesp).
Atualmente o presidente da entidade é o Dr. Breno de Figueiredo Monteiro (presidente da Fenaess), com mandato para o período de 2019 a 2021.