Após o sequestrar Leeds e o Homem-Aranha, Warren explicou ao herói que ele amava Gwen e culpou o Homem-Aranha pela sua morte. E depois de conseguir clonar um sapo, ele usou uma amostra do sangue de Gwen para a clonar. Mais tarde, o Homem-Aranha foi deixado inconsciente em um estádio, onde ele lutou contra um clone de si mesmo para salvar Ned de uma bomba.
O Clone de Gwen fez o Chacal perceber que tudo estava errado, então ele libertou Ned e a bomba explodiu, aparentemente matando o Chacal e o clone do Aranha. O Homem-Aranha levou o cadáver de seu clone e o enterrou em uma chaminé industrial, enquanto o clone de Gwen Stacy deixou Nova York.[83] Não tendo certeza se ele era o verdadeiro Peter Parker ou o clone, ele fez com que Curt Connors realizasse testes nele. No entanto, ele nunca verificou os resultados, sendo convencido por suas emoções por Mary Jane que ele deveria ser o original.[84]
Peter teve de deixar a festa de noivado de Betty Brant para derrotar o Shocker, causando desacordo entre ele e Mary Jane.[85] Peter atuou como padrinho no casamento de Ned Leeds e Bretty Brant.[86] O Homem-Aranha mais tarde enfrentou o psicólogo de Harry, Bart Hamilton, o qual se tornou o terceiro Duende Verde, e o qual, após vários encontros, morreu nas mãos de Harry.[87] Peter pediu a Mary Jane em casamento,[88] mas ela não aceitou, fazendo com que o relacionamento deles enfraquecesse. MJ então se mudou para a Flórida com sua Tia Anna.[89]