A Engenharia de Bioprocessos e de Biotecnologia objetiva a formação de um profissional com sólido conhecimento básico científico e tecnológico. Desta forma, cabe a ele projetar e especificar instalações industriais; conduzir bioprocessos para degradar, sintetizar e produzir materiais, a partir da matéria viva; estudar a viabilidade técnico-econômica para o lançamento de novos produtos; especificar, supervisionar e controlar a qualidade das operações de processamento; auditar e fiscalizar, bem como conduzir o desenvolvimento técnico de processos; identificar e propor metodologias para a resolução de problemas, além de atuar como empreendedor, entre várias outras atribuições.
O engenheiro de bioprocessos e biotecnologista tem um perfil altamente inovador, empreendedor e técnico, sendo indispensável para indústrias e laboratórios de pesquisa que utilizem a biotecnologia como ferramenta. Sua atuação profissional deve promover a sinergia entre a pesquisa científica e as demandas do mercado e da indústria. Esse curso a exemplo do que ocorre nos países desenvolvidos pretende atender a um mercado emergente e de extrema importância para o desenvolvimento tecnológico do país.
A partir dessas competências, os profissionais formados em Engenharia de Bioprocessos e de Biotecnologia contribuirão para o desenvolvimento de processos que auxiliam as atividades produtivas no aproveitamento dos recursos naturais, com vistas à geração de produtos e serviços para as indústrias de alimentos e bebidas, de fermentações, farmacêuticas, de cosméticos, meio ambiente, agricultura, agropecuária, florestal, entre outras.