A melhor alternativa para a ligação entre a Estação Jockey Club Brasileiro e a Estação Jardim Botânico é pelo eixo da Rua Jardim Botânico. Esta alternativa facilita a profundidade do túnel a ser escavada. Tal profundidade é necessária para minimizar eventuais efeitos sobre a drenagem do terreno (os lençóis freáticos, as raízes das árvores) e possibilitar as estações mais próximas da demanda.
A Estação Jardim Botânico não estava prevista na licitação da Linha 4 de 1998 mas ela é necessária para o transporte de turistas que visitam os parques do bairro e moradores.
A entrada da estação está prevista para ser no estacionamento do Hospital da Lagoa. No entanto, há um litígio entre a construtora João Fortes, gabarito da prefeitura e moradores do bairro. O terreno em frente ao hospital poderia ser usado pelo metrô: seja para canteiro de obras, seja para acesso à estação.