Portugal considerava a nova terra propriedade direta e exclusiva da coroa, pelas concessões papais, pelo tratado de limites concluído com a Espanha e pela prioridade do descobrimento. O rei tirava porcentagem dos gêneros levados para além-mar; os armadores queriam auferir lucros de seus esforços e capitais.
A presença dos intrusos prejudicava-os a todos os respeitos: nos mercados europeus, oferecendo os gêneros a preços mais vantajosos, pois não tinham quintos a deduzir, e levando-os diretamente aos mercados consumidores, pois não eram obrigados a parar em Lisboa; nas terras brasílicas, conciliando as simpatias dos naturais, que os agasalhariam com maior carinho, poupar-lhes-iam traições e aleives, dariam preferência nos carregamentos e se habituariam às mercadorias francesas. Ainda por cima havia a questão de princípio: Portugal não admitia que os filhos de outra nação pusessem o pé em terras suas no além-mar.
Desde a Paraíba ao Norte até S. Vicente ao Sul, o litoral estava ocupado por povos falando a mesma língua, procedentes da mesma origem, tendo os mesmos costumes, porém profundamente divididos por ódios inconciliáveis em dois grupos; a si próprio um chamava Tupiniquim, e outro Tupinambá. A migração dos Tupiniquins fora a mais antiga; em diversos pontos os Tupinambás já os tinham repelido para o sertão, como no Rio de Janeiro, na baía de Todos-os-Santos, ao Norte de Pernambuco; em parte de S. Paulo, em Porto Seguro e Ilhéus, nas proximidades de Olinda; na serra de Ibiapaba havia, entretanto, Tupiniquins habitadores do litoral.
Porque os Tupinambás se aliaram constantemente aos franceses e os portugueses tiveram a seu favor os Tupiniquins, não consta da história, mas o fato é incontestável e foi importante; durante anos ficou indeciso se o Brasil ficaria pertencendo aos Peró (portugueses) ou aos Maïr (franceses).