Recebeu no baptismo o nome próprio do avô materno, Bernardino de Sousa Guimarães, capitalista estabelecido em terras brasileiras.
Passou a infância no Brasil até aos nove anos, quando a família se estabeleceu em Joane, concelho de Famalicão. Em 1866 inscreveu-se na Universidade de Coimbra, em Matemática, tendo optado depois por Filosofia. Foi um brilhante aluno, tendo-se doutorado em Coimbra, onde foi professor.
Casou no Porto em janeiro de 1882 com Elzira Dantas Gonçalves Pereira (Rio de Janeiro, 15 de dezembro de 1865 – 21 de abril de 1942), também nascida no Brasil, fundadora da Cruzada das Mulheres Portuguesas e Grã-Cruz da Ordem Militar de Cristo a 12 de Junho de 1919, filha do conselheiro Miguel Dantas Gonçalves Pereira e de sua mulher Bernardina Maria da Silva, de quem teve 18 filhos.