As disciplinas optativas contemplam áreas específicas relacionadas ao tema de pesquisa, são divididas em duas grandes linhas de pesquisa, tendo interdisciplinaridade entre elas: Petrologia, Metalogênese e Evolução Crustal e Geologia Sedimentar e Meio Ambiente, além de disciplinas comuns as duas linhas de pesquisas (maiores detalhes, consultar a matriz curricular na aba ensino). O aluno de mestrado deverá integralizar um mínimo de 24 (vinte e quatro) unidades de créditos em disciplinas, sendo no mínimo 08 (oito) créditos em disciplinas obrigatórias.
Após a finalização dos 24 créditos, que deverá ocorrer, preferencialmente, no primeiro ano do curso, o discente se matricula na disciplina Atividade de Pesquisa para o desenvolvimento da dissertação. A UFAM instituiu o Estágio de Docência na Graduação como obrigatório para todos os docentes da Pós-Graduação com carga horária de 60 horas para os discentes de mestrado.
É exigido um exame de qualificação até 16 meses do ingresso, que tem por objetivo avaliar o aluno quanto ao desenvolvimento técnico e científico da Dissertação de Mestrado e contribuir para sua melhor qualidade.