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O Global Environment Facility (GEF), em português Fundo Global para o Meio Ambiente, é um dos maiores financiadores de projetos ambientais no mundo. A iniciativa de cooperação internacional reúne hoje 183 países e trabalha com instituições internacionais, organizações da sociedade civil e o setor privado. O GEF foi estabelecido em 1991 como um programa piloto de USD 1 bilhão do Banco Mundial para apoiar a proteção do meio ambiente global e promover o desenvolvimento sustentável. Desde o seu início, já destinou mais de USD 13 bilhões para cerca de quatro mil projetos em mais de 150 países, incluindo o Brasil.
O fundo define diretrizes, políticas e temas prioritários, e confia às Agências Implementadoras do GEF, ou apenas Agências GEF, a aplicação das regras a preparação e o monitoramento dos projetos que serão desenvolvidos pelas chamadas instituições executoras. As Agências GEF conferem grande capilaridade à instituição e viabilizam o uso dos recursos em um grande número de projetos.
O Banco Mundial, o Programa das Nações Unidas para o Desenvolvimento (PNUD) e o Programa das Nações Unidas para o Meio Ambiente (PNUMA) foram as três primeiras agências implementadoras do GEF . Posteriormente, outras foram credenciadas. Em 2012, o GEF abriu um processo de acreditação de novas agências, e o FUNBIO se candidatou para se tornar uma Agência Implementadora.
Durante todo o processo, o FUNBIO trabalhou na adequação de suas políticas e na implementação das salvaguardas necessárias. Em fevereiro de 2015, foi assinado o Memorando de Entendimento (MOU) entre o GEF e o FUNBIO, que se tornou oficialmente a 15ª Agência GEF no mundo e a primeira agência nacional na América Latina. O FUNBIO entende que este foi um passo muito importante na sua história e um reconhecimento de mais de 20 anos de trabalho em prol da conservação da biodiversidade. O GEF está presente no DNA da instituição, que foi criada em 1995 a partir de uma doação do fundo ao governo brasileiro.
Depois disso, tornou-se independente e já fez a gestão financeira de centenas de projetos, além de ter também executado outros, entre eles alguns apoiados pelo GEF, como o Programa Áreas Protegidas da Amazônia (ARPA).