A Aegean Airlines oferece duas classes, com duas categorias de tarifas disponíveis em cada uma: Classe Econômica, com a tarifa GoLight, que oferece preços mais baratos a partir de Atenas na rede doméstica, e a Flex, que oferece maior flexibilidade nos planos de viagem. Já a Classe Executiva, disponibiliza a tarifa Bussiness para aqueles que desejam maior conforto e qualidade de serviço durante a viagem. Essa opção oferece vantagens tanto no solo, quanto durante o voo.
Na Aegean, o passageiro pode fazer o check-in de seu voo pelo computador, tablet ou smartphone, através do site (http://aegeanair.com) ou do app da companhia. O check-in online pode ser feito a partir de 48 horas até 30 minutos antes do voo. Além do check-in, é possível também escolher o assento e obter o cartão de embarque.