O MBRN se constitui como uma ferramenta de conectividade e governança territorial que pode contribuir para o fortalecimento das ações integradas e participativas de proteção e conservação dos ecossistemas, de inúmeras espécies ameaçadas de extinção e da biodiversidade em seu conjunto. Porém, estas ações devem convergir com o capital social e cultural das comunidades tradicionais que habitam a região, que possuem outras territorialidades e conhecimentos aprofundados sobre o território.
O conceito e construção da identidade territorial em um mosaico de áreas protegidas, além de facilitar o processo de governança, oferece uma idéia de pertencimento a determinado lugar, e, pode ser o ponto de apoio para construção da proposta de desenvolvimento sustentável. Este processo envolve a mudança de uma cultura focada no território unitário/hierarquizado, para o território enquanto espaço de relações integradas e práticas democráticas.
Entretanto, durante o processo de construção do mosaico, seus limites devem ser considerados. De certa forma, um conselho consultivo legalmente não permite tomada de decisões mais concretas e o mesmo é, muitas vezes, disputado por setores com graus hierarquicamente distintos de poder e conhecimento, bloqueando ou forçando um consenso de forma a prejudicar certos setores. A falta de ordenamento territorial e as indefinições quanto à regularização fundiária dificulta o pensamento em mosaico. Persiste também o gestor centrado em sua própria unidade o que dificulta um projeto integrado. Por fim, os mosaicos ainda são projetos embrionários, não possuintes de uma política pública permanente, com sérias deficiências financeiras e de recursos.