O Instituto de Referência Negra Peregum tem por instância máxima político-decisória a Assembleia Geral que é composta pelos membros do Conselho Fiscal, Conselho Consultivo e Presidência-Diretoria Executiva. Há também o corpo de Diretorias Programáticas que conduzem as ações político-programáticas (relativas aos eixos de atuação) e, ainda, instâncias meio que garantem a boa operação do Instituto: Superintendência de Programas, Gerência de Desenvolvimento Institucional, Coordenação Administrativo-Financeira e Coordenação de Comunicação Institucional.
A prática da Governança se materializa nas reuniões periódicas regimentais da Assembleia, comunicação regular com os Conselheiros, reuniões quinzenais da Diretoria e reuniões semanais das equipes.