Enquanto isso, a igreja adventista continuou a crescer tremendamente na região de Ruanda-Urundi. Em 1963, a população conjunta da igreja em Ruanda e Burundi era de 55.583 membros, de longe o maior de todos os sete Uniões da Divisão da África Austral (29%).
Em 1964, as relações do Burundi com o vizinho Ruanda (cujo governo agora era dominado pelos hutus) tornaram-se geladas e as duas nações romperam as relações diplomáticas. 16 Enquanto isso, a União Ruanda-Urundi foi renomeada União da África Central, em parte porque as duas nações haviam rompido as relações diplomáticas, necessitando de uma mudança de nome. Continuou a ser baseada em Bujumbura e isso obviamente tornou difícil para a Igreja Adventista operar em Ruanda e Burundi, agora que as duas nações não estavam olhando nos olhos.
O Campo do Burundi, que também incorporou duas províncias no Ruanda, foi reorganizado para romper os laços com o Ruanda. Um segundo campo foi organizado no Burundi, o East Burundi Field com sede em Gitega, enquanto o Burundi Field mais antigo foi renomeado como West Burundi Field e permaneceu em Ndora. O Campo do Burundi Ocidental ficou sob Labani Biyayire, enquanto o Campo do Burundi Leste foi liderado por Ezekiel Munyankiko, com Eliya Nyagatema como seu substituto. 17 A União ainda estava em mãos europeias, com WR Vail dando lugar a AH Brandt no mesmo ano. Frank Unger tornou-se secretário-tesoureiro.
Enquanto isso, Mwami Mwambutsa IV voltou a nomear Ngendandumwe como primeiro-ministro em janeiro de 1965. Logo após sua nomeação, ele foi baleado e morto por um tutsi ruandês, aumentando as tensões étnicas e agravando as já ruins tensões internacionais. Joseph Bamina, outro hutu, foi nomeado para substituí-lo. 18
Após uma eleição tensa realizada em maio de 1965, os hutus obtiveram maioria na Assembléia Nacional, mas Mwami Mwambutsa IV nomeou Leopold Biha, um tutsi, como primeiro ministro. Essa medida se mostrou bastante impopular, aumentando ainda mais as tensões étnicas. Em outubro de 1965, um grupo de policiais hutus tentou um golpe, acusando os Mwami de causar intrigas no poder. A polícia legalista liderada pelo capitão Michel Micombero, supostamente filho de pai tutsi e mãe hutu, frustrou os rebeldes. Mas então os Mwami fugiram do país para a Suíça, causando um vácuo de energia.
Em 8 de julho de 1966, seu filho, o príncipe herdeiro Charles Ndizeye, de apenas 19 anos, depôs o rei ausente e se declarou Mwami Ntare V, encerrando o reinado de cinquenta e um anos de seu pai. Apenas meses depois, em 28 de novembro, Michel Micombero, nomeado ministro da Defesa, liderou um golpe que depôs os Mwami e declarou o Burundi uma república. Ele colocou Mwami em prisão domiciliar e nomeou-se presidente aos 26 anos. Ele estabeleceu um Comitê Revolucionário Nacional para ajudar a estabilizar seu regime e desenvolver a economia. A dominação tutsi continuou, com a maioria deles ocupando posições poderosas do governo, incluindo o gabinete.
Em 1967, AH Brandt foi substituído por PG Werner como chefe da União da África Central. Enquanto a maioria das outras organizações da igreja na África agora eram dirigidas por africanos, os europeus eram considerados neutros em Ruanda-Burundi, ainda sob o domínio de tensões étnicas e transfronteiriças. No Burundi, pequenas tensões irromperam em 1969, ao longo de linhas étnicas e o governo frustrou o que foi possivelmente um golpe na tomada de posição pelos rebeldes hutus com a suspeita assistência do governo belga. 19