Depois de passar pelas camadas jovens do FC Porto, Gomes chegou à equipa profissional em 1974, onde conseguiu três títulos, incluindo dois campeonatos e uma Taça de Portugal. Além disso, Fernando Gomes foi o melhor marcador da Primeira Divisão por três vezes consecutivas, desde 1977 até 1979, tendo marcado no campeonato 125 golos nas seis épocas em que esteve no clube, antes de viajar para Espanha.