Em 1917, antes de Alexander Fleming descobrir a penicilina, o professor alemão Alfred Nissle isolou uma cepa não patogênica de Escherichia coli das fezes de um soldado da Primeira Guerra Mundial que não tinha desenvolvido enterocolite durante um surto grave de shigellose. Os transtornos do trato intestinal eram tratados frequentemente com bactérias não patogênicas viáveis para mudar ou substituir a microflora intestinal. A cepa Nissle 1917 de Escherichia coli é um dos poucos exemplos de um probiótico não BAL.
O termo “probiótico” foi introduzido pela primeira vez em 1965 por Lilly e Stillwell; foi definido, a diferença dos antibióticos, como aquele fator de origem microbiológico que estimula o crescimento de outros organismos.