Enquanto a regra geral é que aplicativos devem evitar colocar grandes arquivos na pasta /tmp, há inúmeros programas que violam esta regra e colocam arquivos grandes no diretório /tmp. O problema é que mesmo sendo possível colocá-los em outra pasta(talvez por especificar uma variável de ambiente), muitos usuários não tem conhecimento de como fazer esta configuração e o acesso é irrestrito ao /tmp.
A pasta /usr pode ser vista como uma segunda hierarquia. Ela é usada para arquivos que não são necessários durante a inicialização do sistema. O /usr não precisa estar na mesma partição do diretório raiz, e pode ser compartilhado através da rede entre os hosts usando a mesma arquitetura.
Os pacotes de software não devem criar subdiretórios diretamente dentro do /usr , mas links simbólicos são tolerados para fins de compatibilidade.