A Universidade Católica de Santos teve sua primeira Comissão Própria de Avaliação (CPA) designada em 2004, em atendimento à Lei nº 10.861/2004, que instituiu o Sistema Nacional de Avaliação da Educação Superior (Sinaes). A partir da vigência dessa lei, os integrantes do Programa de Avaliação Institucional (Proai) passaram a compor a CPA com outros representantes da comunidade acadêmica. O Proai passou a atuar, então, como comissão técnica ou braço executivo da CPA.
A Comissão tem como atribuições a condução dos processos internos de avaliação da Universidade, a sistematização e a prestação das informações solicitadas pelo Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira (Inep), do Ministério da Educação (MEC).
Na Católica de Santos, a autoavaliação institucional existe, sem interrupções, desde 1994, aprovada pelo Conselho de Ensino e Pesquisa (Cepes) e pelo Conselho Universitário (Consu). Em sua origem, está a necessidade de diagnosticar os cursos de graduação, como início da discussão dos respectivos projetos pedagógicos. Ela também se pautou pelo Programa de Avaliação Institucional das Universidades Brasileiras (Paiub), proposto na época pelo MEC.
A Universidade Católica de Santos foi uma das primeiras instituições de educação superior do setor privado a aderir ao Paiub, fundamentando seu processo autoavaliativo pelos princípios deste programa: globalidade; respeito à identidade institucional; não-premiação ou punição; adesão voluntária; legitimidade; e continuidade.