Não incidem sobre a fundação estatal as disposições dos arts. 62 a 69 do CC, nem os arts. 1.199 a 1.204 do CPC, sobre a organização e fiscalização das fundações.
Seu regime jurídico de direito privado aplica-se, especialmente, à gestão administrativa da entidade pública de direito privado, inclusive quanto ao regime de seu pessoal, que é celetista; à remuneração do pessoal; ao pagamento e execução de seus créditos e débitos; e, ainda, aos direitos e obrigações civis, comerciais, trabalhistas e tributários.
A lei autorizadora ou o ato criador deve dispor sobre a denominação, seus fins, a formação e desenvolvimento do patrimônio, sua organização básica (que é o substrato personalizado), sede e foro, vinculação para efeito de supervisão administrativa. Seu estatuto é, geralmente, estabelecido por decreto, conforme orientações estabelecidas na sua lei autorizativa.
A fundação pública está submetida à supervisão da administração pública, sob os aspectos da legalidade e da eficiência.
A partir da promulgação da Constituição de 1988, a figura da fundação pública de Direito Privado entrou em crise, ao menos no âmbito do Executivo Federal, em razão de o texto constitucional tratar apenas da fundação pública de Direito Público e não fazer referência explicita à de Direito Privado.
A opinião dos principais doutrinadores do Direito Administrativos acerca dessas fundações dividiu-se, havendo quem entendesse que o modelo teria sido extinto, substituído pelas fundações autárquicas; e outros que entendiam que as disposições do DL200/67, ele mesmo recepcionado pela Constituição de 1988, davam segurança jurídica suficiente para a criação e manutenção da forma jurídica.
A alteração do inciso XIX do art. 37 da Constituição, introduzida pela EC/1998, teve o poder de pacificar entendimentos, pelo menos na esfera doutrinária, sobre a existência da fundação pública de Direito Privado, porquanto tratou da criação de fundação autorizada por Lei (como as figuras públicas de Direito Privado); e não criadas por Lei, diretamente, como as autarquias.
XIX – somente por Lei específica poderá ser criada autarquia e autorizada a instituição de empresa pública, de sociedade de economia mista e de fundação, cabendo à Lei complementar, neste último caso, definir as áreas de sua atuação; (Redação dada pela Emenda Constitucional n. 19, de 1998)