Nos eventos de Yakuza 0, Kazuma Kiryu acaba se envolvendo e sendo culpado por um assassinato que aconteceu como resultado da briga pelo lote, e os comandantes da família Dojima forçam a Kiryu abandonar a família para não chamar a atenção da polícia. Cabe a Kazuma Kiryu provar a sua inocência e encontrar o verdadeiro culpado.
Por outro lado, depois de desafiar a família Shimano em uma tentativa de assassinato que falhou, conhecemos o ex yakuza Goro Majima, que como punição está a um ano sendo obrigado a trabalhar como anfitrião de um clube de cabaré em Sotenbori, que é baseado na atração turística Dotonbori que fica no distrito de Namba na cidade de Osaka.
Nos eventos de Yakuza 0, Goro Majima recebe a oportunidade de recuperar a sua liberdade caso possa assassinar uma certa pessoa que tem uma forte conexão com os eventos do lote. Conforme avançamos na história, vamos alternando entre Kazuma Kiryu em Tokyo e Goro Majima em Osaka, ao mesmo tempo que entendemos a conexão entre os eventos que ocorrem de maneira paralela
Um dos pontos mais fortes da série Yakuza, é conseguir contar uma história dramática e emocionante, misturando elementos reais com elementos fictício, dando um gostinho ao jogador de como é viver no Japão em si.
Por outro lado, existem vários momentos bizarros e engraçados, principalmente nas sidequests, onde temos que fazer coisas simples como comprar cachaça para o mendigo, lutar contra bandidos para conseguir uma cópia do cobiçado Arakure Quest 3 (referência ao lançamento do Dragon Quest III que também saiu em 1988), e até mesmo vencer o campeonato de Pocket Circuit (Autorama) da cidade.
Outro ponto interessante é que os distritos de Tokyo e Osaka representa bem os anos 80 e podemos passar horas observando os detalhes das construções e as pessoas que vivem na cidade. Inclusive o jogo te incentiva prestar atenção em tudo, porque pelo mapa existem vários colecionáveis que podem te dar boas recompensas além de colecionar cartinhas das modelos JAV (Japanese Adult Video), que são modelos reais do Japão que seria o equivalente as modelos da Playboy por exemplo.