Zetsu Negro foi criado pela Kaguya Ōtsutsuki pouco antes dela ser selada por seus filhos Hagoromo e Hamura. [18] Mais tarde, Zetsu Negro manipulou o filho mais velho de Hagoromo, Indra e ao longo dos séculos os seus descendentes, tanto os membros do clã Uchiha e do clã Senju, tentando despertar o Rinnegan em um algum membro destes. Para este fim, ele modificou a tábua de Hagoromo alegando que o Tsukuyomi Infinito seria a salvação do clã Uchiha, mudando detalhes sobre ele, bem como sobre o Shinju. Ele gravou muitos eventos na história de Kaguya, incluindo Madara e última luta de Hashirama no Vale do Fim.[19]
Quando Madara estava à beira da morte, ele infundiu uma parte de sua vontade em Zetsu Branco, que criou a segunda personalidade, o Zetsu Negro. Este por sua vez, fez o Zetsu parcialmente um clone de Madara, porém bem mais fraco. Ambas as metades depois, acompanharam Obito até Amegakure para localizar Nagato, cujo sem saber, teve seu o Rinnegan dado por Madara quando ainda era uma criança. Zetsu assistiu como Obito se apresentou ao jovem Nagato como "Uchiha Madara".
Artigo principal: Missão de Recuperação de Sasuke Depois da luta de Sasuke e Naruto no Vale do Fim, Kakashi e Pakkun aparecem para levar Naruto de volta para casa. Como os três começam a viagem de volta para Konoha, Zetsu aparece a partir do solo, tendo testemunhado a batalha inteira.[20] Mais tarde, sua silhueta apareceu com o resto dos membros da Akatsuki, onde eles discutiram sobre Orochimaru ter levado Sasuke Uchiha, a captura da Kyūbi e o aprofundamento de seus planos.[21]
Durante a extração do Ichibi no Shukaku, Zetsu é alertado pelo líder da Akatsuki para ele usar seu real corpo para espionagem, que então detecta os inimigos, o Time Guy, o Time Kakashi e Chiyo. [22] Mais tarde, ele é enviado para dispor os cadáveres de Mukade e Yūra, os achando uma refeição deliciosa.[23]
Depois de Sasori e Deidara serem derrotados, Zetsu e Tobi foram enviados para recuperar os seus anéis, e dispor de seus corpos. No entanto, ele era incapaz de comer Sasori devido a ele ser um boneco, mas foi surpreendido por finalmente ver o que o verdadeiro Sasori era. Tobi encontrou o anel de Sasori, querendo tomar o seu lugar. O Zetsu Negro pensou que esta era uma má ideia, mas o Zetsu Branco pensava o contrário, observando que Tobi era um bom garoto.[24] Mais tarde, eles encontraram o braço direito cortado de Deidara e acreditam que ele estivesse morto até que ele chegou e provou-os que estavam errados. Zetsu Negro então perguntou por que Deidara não tinha capturado Naruto Uzumaki, à qual Deidara respondeu que ele já tinha cumprido a sua cota de qualquer maneira.[25]