Não muito tempo depois da Escola Xavier para Jovens Superdotados ser aberta, a guerra do Vietnã começou e rapidamente se intensificou, fazendo com que muitos dos alunos da escola partissem. Xavier, eventualmente, fechou a escola, e ele e Hank se isolaram dentro da mansão.
William Stryker enviou seu filho Jason a escola de Xavier, na esperança de se livrar de sua mutação, considerando-a como uma doença que ele acreditava que precisava ser curada. Xavier não tinha interesse ou crença em "curar" os mutantes, o que irritou Stryker. Mais tarde, Xavier ajudou a libertar as crianças mutantes mantidas prisioneiras por Stryker em Three Mile Island. Ele os levou embora em seu helicóptero com Scott Summers e Emma Silverfox. Summers iria passar a liderar os X-Men.
Após encontrar Jean Grey, Xavier começou a controlá-la com bloqueios telepáticas porque ele acreditava que os poderes de classe 5 dela eram demais para ela lidar. Seus poderes engarrafados se manifestaram como uma personalidade alternativa chamada de "Fênix" - uma criatura puramente instintiva, governada apenas por seus próprios desejos violentos.
No Canadá, Ciclope e Tempestade salvaram Wolverine e a jovem fugitiva Vampira do Dentes de Sabre da Irmandade e os trouxeram para a Mansão X. Xavier se ofereceu para ajudar Wolverine a aprender os segredos de seu passado esquecido.