Como integrante dos quadros tucanos, na eleição presidencial de 1989, Ciro apoiou a candidatura de Mário Covas no primeiro turno e Lula no segundo. Em 1990 foi eleito governador do Ceará, sendo o primeiro tucano a ser eleito governador pelo partido. Em 1994, ele deixou o posto para assumir o Ministério da Fazenda do então presidente Itamar Franco. Ciro permaneceu no PSDB até 1996, quando filiou-se ao PPS, antigo partido Comunista Brasileiro, que havia sido criado em 1992 por Roberto Freire. Na nova legenda, acabou ungido à condição de candidato à Presidência da República em 1998. Nesta disputa acabou em terceiro lugar, atrás de Fernando Henrique Cardoso e de Lula. Em 2002, voltou a disputar o cargo e terminou como o quarto postulante mais votado naquela ocasião. No segundo turno ele apoiou o candidato petista Luis Inácio Lula da Silva que sagrou-se vencedor da corrida presidencial.