De volta em Antioquia em 378 ou 379, foi ordenado pelo bispo Paulino de Antioquia, aparentemente contra sua vontade e sob a condição de poder continuar sua vida asceta.
Ele passou por volta de uns dois anos por lá e partiu novamente para Roma, onde passou os três anos seguintes (382-385) na corte do papa Dâmaso I e a liderança cristã da cidade. A penitência de São Jerônimo
O motivo da viagem foi um convite para que participasse do concílio de 382 realizado para acabar com o cisma na Igreja de Antioquia, que na época tinha mais de um patriarca alegando ser o verdadeiro. Acompanhando um deles, Paulino, pretendia apoiá-lo nos trabalhos, acabou se destacando junto ao papa e passou a exercer um importante papel durante seus concílios.