No plano original de Schlieffen, a Alemanha deveria atacar o inimigo supostamente mais fraco primeiro, ou seja, a França. O plano suponha que a Rússia iria demorar muito mais tempo a preparar-se para a guerra. Derrotar a França tinha sido fácil para a Prússia durante a Guerra Franco-Prussiana de 1870. Na fronteira de 1914 entre a França e a Alemanha, um ataque nesta parte mais a sul de França poderia ser travado pelo forte francês construído ao longo da fronteira. Contudo, Guilherme II conseguiu convencer von Moltke (o mais jovem) a não invadir também os Países Baixos.
O papel de Guilherme durante a guerra foi perdendo cada vez mais importância, limitando-se a pouco mais do que cerimónias de entrega de prémios e deveres honoríficos. O alto comando continuou com a sua estratégia mesmo quando se tornou claro que o plano Schlieffen tinha falhado. Em 1916, o império tinha-se tornado efectivamente uma ditadura militar liderada pelo marechal-de-campo Paul von Hindenburg e pelo general Erich Ludendorff.[48] Cada vez mais alienado da realidade e das decisões políticas, Guilherme vacilava entre o derrotismo e os sonhos de vitória, dependendo da sorte dos seus exércitos. Apesar de tudo, Guilherme continuava a deter a última palavra em assuntos de nomeações políticas e foi apenas depois de dar o seu consenso que se realizaram grandes mudanças no alto comando. Guilherme era a favor do afastamento de Helmuth von Moltke, o mais jovem, em setembro de 1914, e da sua substituição por Erich von Falkenhayn. Em 1917, Hindenburg e Ludendorff decidiram que Bethman-Hollweg já não era aceitável para eles como chanceler e pediram ao kaiser que nomeasse outra pessoa. Quando perguntou quem iriam eles aceitar, Ludendorff recomendou Georg Michaelis, um homem insignificante que ele mal conhecia. O kaiser não conhecia Michaelis, mas aceitou a sugestão. Em julho de 1917, depois de saber que o seu primo Jorge V tinha mudado o apelido da família real para Windsor,[49] Guilherme afirmou que tinha planos para ver a peça de Shakespeare As Alegres Comadres de Saxe-Coburgo-Gota[50].[51] O apoio ao kaiser caiu por completo entre outubro-novembro de 1918, no exército, governo civil e entre a opinião pública alemã quando o presidente Woodrow Wilson deixou bem claro que o kaiser não poderia participar nas negociações de paz.[52][53] Nesse ano, Guilherme também foi afectado pela pandemia de gripe espanhola, mas sobreviveu.[54]
Guilherme estava no quartel-general do Exército Imperial em Spa (Bélgica), quando foi surpreendido pelas revoltas em Berlim e noutros centros urbanos do império rebentaram em finais de 1918. Os motins entre as fileiras da sua adorada Kaiserliche Marine, a marinha imperial, deixaram-no profundamente chocado. Após o rebentar da Revolução Alemã, Guilherme não se conseguia decidir se o melhor seria abdicar ou não. Até certo ponto, aceitou que o mais provável era ter de prescindir da coroa imperial, mas ainda tinha esperanças de conseguir manter o trono da Prússia. Esta crença tornou-se irreal quando, na esperança de preservar a monarquia perante crescente agitação revolucionária, o chanceler, o príncipe Max de Baden, anunciou que Guilherme iria abdicar de ambos os títulos a 9 de novembro de 1918. Até o príncipe Max foi forçado a abdicar do seu título nesse mesmo dia quando se tornou claro que apenas Friedrich Ebert, líder do Partido Social-Democrata, conseguia exercer algum tipo de controlo efectivo.
Guilherme apenas aceitou abdicar depois do substituto de Ludendorff, o general Wilhelm Groener, o informou de que os oficiais e soldados do exército voltariam a marchar ordenadamente sob o comando de Paul von Hindenburg, mas nunca lutariam pelo trono de Guilherme na frente doméstica. O último e mais forte apoiante da monarquia tinha sido perdido e, finalmente, até o próprio Hindenburg, defensor da monarquia toda a vida, foi forçado, com algum embaraço, a aconselhar o imperador a desistir da sua coroa.[55]
O facto de que o alto comando poderia vir a abandonar o kaiser um dia tinha sido algo previsto em dezembro de 1897, quando Guilherme visitou Otto von Bismarck pela última vez. Bismarck voltou a avisar o kaiser da influência crescente dos militaristas, principalmente dos almirantes que estavam a pressioná-lo para a construção de uma frota de batalha. O último aviso de Bismarck foi:
“ Vossa Majestade, enquanto tiver o presente corpo de oficiais, pode fazer o que desejar. Mas quando tal deixar de ser o caso, será tudo muito diferente para si."[56] ”
“ Jena aconteceu vinte anos após a morte de Frederico, o Grande; a quebra vai acontecer vinte anos depois da minha partida se as coisas continuarem como estão - uma profecia que se cumpriu quase exactamente ao mês.[57] ”
A 10 de novembro, Guilherme (agora chamado Guilherme Hohenzollern, cidadão privado) entrou a bordo do comboio que o levou para o exílio nos Países Baixos, um país que se manteve neutral durante a guerra.[58] Quando o Tratado de Versalhes foi concluído em inícios de 1919, o artigo 227 ordenava expressamente a criminalização de Guilherme por ofensa suprema contra a moral internacional e santidade dos tratados, mas a rainha Guilhermina recusou-se a extraditá-lo, apesar dos pedidos dos Aliados. O rei Jorge V escreveu que via o seu primo como o maior criminoso da História, mas opôs-se à proposta do primeiro-ministro David Lloyd George para enforcar o kaiser. O presidente dos Estados Unidos da América, Woodrow Wilson, rejeitou a extradição, afirmando que castigar Guilherme por ter encetado a guerra iria desestabilizar a ordem internacional e colocar a paz em causa.[59]