Nos últimos anos, a sua liderança foi abalada no cenário internacional pelo tratamento à minoria muçulmana rohingya. Cerca de um milhão de pessoas dessa minoria viviam em Myanmar, a maioria de forma precária no Estado de Rakhine, palco de episódios de violência, que na altura o então alto comissário das Nações Unidas para os direitos humanos classificou de “limpeza étnica”, episódios que culminaram com uma operação militar por parte do exército mianmarense, que incendiou vilarejos, matou civis e espalhou minas terrestres na fronteira com Bangladesh. Nesse ano, 2017, milhares de rohingyas fugiram para esse país vizinho.
Como explica a BBC, os até então apoiadores internacionais de Suu Kyi acusaram-na de não fazer nada para impedir o genocídio ao se recusar a condenar os militares ou a reconhecer os relatos de atrocidades. Perante o Tribunal Internacional de Justiça, instância da ONU, negou publicamente as acusações de limpeza étnica. Para alguns analistas, a sua ofensiva nacionalista em defesa do país ante as críticas internacionais ampliaram a sua popularidade para a eleição geral de 2020.
Dentro do país, no entanto, “a Lady”, como ela é conhecida, continua bastante popular entre a maioria budista que tem pouca simpatia pelos rohingyas.