O serviço de Psicologia Médica busca atender não apenas o paciente em tratamento no IFF, mas os familiares ligados a ele, pois o paciente faz parte de um contexto, que também precisa de acolhimento. Em geral, os pacientes atendidos no setor são portadores de doenças crônicas ou de algum tipo de deficiência de alta complexidade.
Além da terapia familiar, a Psicologia Médica oferece atendimento ambulatorial de psicoterapia a gestantes, mulheres, crianças e adolescentes usuários do IFF. Já os pacientes internados no Instituto contam com a Psicologia Hospitalar.
O Departamento desenvolve curso de especialização lato sensu em psicoterapia infanto-juvenil, estágio curricular em psicologia hospitalar e residência multiprofissional em saúde da criança e do adolescente cronicamente doente.