Em 1985 transferiu-se para a Eletronorte, a convite do engenheiro Miguel Rodrigues Nunes, presidente da empresa. Designado coordenador-geral da presidência da Eletronorte em 1986, permaneceu nesse cargo até janeiro de 1989, quando assumiu a diretoria de Planejamento e Engenharia. Participou da elaboração do primeiro estudo de viabilidade do aproveitamento hidrelétrico de Belo Monte, no rio Xingu, nas proximidades de Altamira (PA), com potência total de 11 mil megawatts. Considerado de vital importância para o abastecimento de longo prazo das regiões Nordeste e Sudeste, o projeto da usina despertou forte resistência das comunidades indígenas e populações ribeirinhas que seriam atingidas pelo imenso reservatório da hidrelétrica. Em março de 1989, representantes de 39 nações indígenas de todo o país promoveram uma manifestação em Altamira que repercutiu internacionalmente. Na ocasião, em meio a um debate com representantes da Eletronorte, uma índia da tribo Caiapó investiu na direção de Muniz Lopes empunhando um facão e tocando-lhe diversas vezes a face com o utensílio.
Deixou o cargo de diretor da Eletronorte em setembro de 1990, voltando a trabalhar na Chesf como adjunto do engenheiro Marcos José Lopes, presidente da companhia. Em 1992 foi designado diretor administrativo, e em dezembro do mesmo ano assumiu interinamente a presidência da empresa. Ainda em 1992, atuou como diretor em exercício do Departamento Nacional de Desenvolvimento Energético (DNDE) do Ministério das Minas e Energia (MME). Permaneceu à frente da Chesf até a nomeação do engenheiro Júlio Sérgio de Maya Pedrosa Moreira como presidente efetivo, em maio de 1993, assumindo então a diretoria financeira da companhia. Deixou esse cargo em julho de 1994. Ainda nesse ano, participou de comissões organizadas pelo MME para estudar o equacionamento do projeto da usina termelétrica de Candiota III, no Rio Grande do Sul, e a recuperação econômico-financeira das empresas Centrais Elétricas Matogrossenses S.A. (Cemat) e Companhia Energética do Piauí (Cepisa).
Em maio de 1996, no segundo ano do governo Fernando Henrique Cardoso, assumiu a presidência da Eletronorte, em substituição ao engenheiro Mário Fernando de Melo Santos. De acordo com as diretrizes estabelecidas pelo Conselho Nacional de Desestatização (CND), conduziu o processo de criação das empresas Manaus Energia S.A. e Boa Vista Energia S.A. como subsidiárias integrais da Eletronorte, em dezembro de 1997. O CND recomendou ainda a constituição de mais quatro subsidiárias da Eletronorte, sendo uma para geração pela usina hidrelétrica de Tucuruí, uma para geração nos sistemas elétricos dos estados do Acre e Rondônia, uma para geração no estado do Amapá e outra para transmissão de energia elétrica nos estados do Pará, Maranhão, Tocantins e Mato Grosso. Embora autorizada em maio de 1998 pela Lei nº 9.648, a constituição dessas empresas não foi efetivada.