Demorou um certo tempo para que Portugal começasse a explorar economicamente o Brasil, uma vez que os interesses lusitanos estavam voltados para o comércio de especiarias nas Índias, e além disso, não havia nenhuma riqueza na costa brasileira que chamasse tanta atenção quanto o ouro, encontrado nas colônias espanholas, minério este que tornara uma nação muito poderosa na época.
Devido ao desinteresse lusitano, piratas e corsários começaram a extrair o pau-brasil, madeira muito encontrada no Brasil-colônia, e especial devido a extração de um pigmento, usado para tingir tecidos na Europa. Esses invasores eram em sua maioria franceses, e logo que chegaram no Brasil fizeram amizades com os índios, possibilitando entre eles uma relação comercial conhecida como "escambo", na qual o trabalho indígena era trocado por algum produto de valor muito baixo ou até sem valor comercial.
Com o objetivo de povoá-la, a colônia portuguesa foi dividida em quinze capitanias, para doze donatários. Entre elas destacam-se a capitania de Itamaracá, que se estendia do rio Santa Cruz até a Baía da Traição. Inicialmente essa capitania foi doada a Pero Lopes de Sousa, que não pôde assumi-la, vindo em seu lugar o administrador Francisco Braga, que devido a uma rivalidade com Duarte Coelho, deixou a capitania em falência, dando lugar a João Gonçalves, que realizou algumas benfeitorias na capitania como a fundação da Vila da Conceição e a construção de engenhos.
Em 1574 aconteceu um incidente conhecido como "Tragédia de Tracunhaém", no qual índios mataram todos os moradores de um engenho chamado Tracunhaém em Pernambuco, próximo a Goiana. Esse episódio ocorreu devido ao rapto e posterior desaparecimento de um índia, filha do cacique potiguar, no Engenho Tracunhaém. Após receber a comitiva constituída pela índia e seus irmãos, vindos de viagem, após resgatar a índia raptada, para pernoite em sua casa, um senhor de engenho, Diogo Dias, provavelmente escondeu-a, de modo que quando amanheceu o dia a moça havia desaparecido e seus irmãos voltaram para sua tribo sem a índia. Seu pai ainda apelou para as autoridades, enviando emissários a Pernambuco sem o menor sucesso. Os franceses que se encontravam na Paraíba estimularam os potiguaras à luta. Pouco tempo depois, todos os chefes potiguaras se reuniram, movimentaram guerreiros da Paraíba e do Rio Grande do Norte e atacaram o engenho de Diogo Dias. Foram centenas de índios que, ardilosamente, se acercaram do engenho e realizaram um verdadeira chacina a morte de todos que encontraram pela frente: proprietários, colonos e escravos, seguindo-se o incêndio do engenho.
Na Paraíba grupos étnicos indígenas dividiam-se em dois no momento da chegada dos europeus: os Tupis e os Cariris (também chamados de Tapuias). Os Tupis se dividiam em Tabajaras e Potiguaras, que eram inimigos entre si.