“Eu não posso ser hipócrita, quer dizer: para o meu caso vale tolerância e para o dela, não? Estamos em um momento em que é preciso mais do que nunca vigorar o estado democrático de direito”, disse.
Em dezembro de 2018, a primeira instância da Justiça de São Paulo condenou o ministro por improbidade administrativa. Salles é acusado pelo Ministério Público de fraudar processo do Plano de Manejo da Área de Proteção Ambiental da Várzea do Rio Tietê, em 2016, quando estava à frente da pasta do Meio Ambiente do governo de Geraldo Alckmin (PSDB).