Porém, em julho jogador sofreu uma grave lesão muscular na região da virilha, ficando quase três meses fora de combate, fato que influenciou diretamente no Campeonato Brasileiro da equipe, que caiu ladeira a baixo na tabela de classificação, correndo sérios riscos de rebaixamento. A contratação de Fred foi posta em check devido ao seu alto gasto e pouco resultado, onde o jogador já consumia mais partidas no departamento médico do que dentro das quatro linhas.
Entretanto, o retorno aos gramados em outubro veio junto com o início da maior arrancada da história do futebol brasileiro. O artilheiro comandou a equipe em uma série invicta de dez partidas pelo Campeonato Brasileiro e pela Copa Sul-Americana, mantendo a média de um gol por partida, o que motivou boa parte do elenco e calou os críticos que já pediam a negociação do jogador. Mesmo com o vice-campeonato na competição internacional, o Brasileirão ainda reservava surpresas.
Com direito a dois gols em uma virada espetacular contra o Cruzeiro, no Mineirão, Fred foi considerado a peça principal no rendimento da equipe, ajudando esta a escapar do rebaixamento, que poucas rodadas antes parecia improvável, visto que o time tinha 99% de chances de cair para a segunda divisão. A partir deste feito, o Fluminense foi apelidado pela torcida como o "Time de Guerreiros", tendo Fred como o principal líder da equipe, já conquistando a idolatria de muitos.
Após a heroica arrancada contra o rebaixamento em 2009, o Fluminense prosseguiu na sua fase de reformulação para evitar o mesmo sufoco no ano que estava por vir. Com um elenco mais jovem, Fred assumiu o posto de capitão e o centro da experiência da equipe, iniciano o ano marcando sete gols em nove jogos pelo Campeonato Carioca e mais seis gols em cinco jogos pela Copa do Brasil.
O início de ano porém teve o mesmo momento trágico que afetou a sua passagem na temporada anterior. Devido ao fato de ter sofrido novamente com seguidas lesões que lhe retiraram de vários jogos, Fred participou de apenas 14 das 38 partidas do Fluminense no Campeonato Brasileiro, dando espaço para o argentino Darío Conca brilhar e guiar o clube rumo ao topo da tabela de classificação.
Na reta final da competição, Fred retornou a equipe titular e novamente mostrou seu valor anotando gols em momentos decisivos da trajetória tricolor. Contra o Guarani, na última rodada do Campeonato Brasileiro, Fred atuou durante os 90 minutos e entrou para a história do clube após o apito final, quando fez parte do elenco que acabara de conquistar o tricampeonato brasileiro, fato que não ocorria desde o ano de 1984. Mesmo dividindo os holofotes com Conca, eleito o craque do Brasileirão e tido como principal responsável pelo conquista, Fred passou a ter seu nome lembrado entre os principais atacantes em atividade no futebol brasileiro.
No ano seguinte, o Fluminense tinha um objetivo único em mente: a Copa Libertadores da América. Devido ao título brasileiro, o clube garantiu classificação direta para a fase de grupo. Porém, ainda contava com o Campeonato Carioca, torneio usado como preparação para a disputada da competição internacional, vide a escalação do elenco reservas - em diversas oportunidades - durante as rodadas. Ao fim do torneio, Fred se tornou artilheiro com 10 gols marcados, porém, não foi o suficiente para que o Tricolor levasse a taça de campeão.
Já pela Libertadores, a perda do Maracanã - em obras para a Copa das Confederações - foi sentida pelo Fluminense que teve dificuldades para se adaptar ao Engenhão. Após uma primeira fase pífio, a classificação veio de maneira heróica, apenas na última rodada. Com apenas 8% de chances de classificação na última rodada, contra o Argentinos Juniors, Fred ajudou o Flu a vencer, marcando dois gols, em uma partida que terminou com a vitória de 4 a 2, e garantiu a classificação tricolor, que necessitava vencer exatamente pelos dois gols de diferença, além de torcer por combinações de resultados de outras equipes do grupo.