Não foi só a dissidência do Sul que lutou contra o regime; outros grupos se formaram no Norte e Cen­tro, contra Cartum, o que veio agravar ainda mais a situação.
A partir de 1997 começam a esboçar-se várias iniciativas para se atingir a paz, quer originárias do interior quer no exterior; nesta primeira fase conse­guiu-se o isolamento do SPLA, que continuou a sua luta violenta, numa segunda fase atingiu-se um acordo de paz.
Em Julho de 2002 é assinado o Protocolo de Machakos que constitui um acordo geral, fixando os princípios de governação, o processo de transição e as estruturas de governo, assim como o direito à autodeterminação do povo do Sul do Sudão, e a separação entre Estado e Religião.