12 dias depois, no decorrer das buscas da Operação Catilinárias – nome inspirado nos quatro discursos do cônsul Romano Marco Túlio Cícero contra o senador Catilina -, Eduardo Cunho é finalmente investigado. Um segundo pedido de afastamento do cargo é submetido por Rodrigo Janot ao STF. Eduardo Cunha não é afastado, mas a 3 de março de 2016 torna-se formalmente arguido no processo Lava Jato. A apreciação do afastamento fica indicada para depois do carnaval.
Segundo a Esquerda que clamava o afastamento rápido de Cunha, o STF tornara-se braço político-partidário da oposição de Direita.