Oficialmente, o motivo de sua viagem era o de defender a canonização dos "Quarenta Mártires Jesuítas" (1570), mas também procurou ser reabilitado e combater a Inquisição Portuguesa.[8]
Encontrou o Papa à beira da morte, mas deslumbrou a Cúria com seus discursos e sermões. Com apoios poderosos, renovou a luta contra a Inquisição, cuja actuação considerava nefasta para o equilíbrio da sociedade portuguesa. Obteve um breve pontifício que o tornava apenas dependente do Tribunal romano. A mesma extraordinária capacidade oratória que seduzira, primeiro, o governo geral do Brasil, a corte de Dom João IV, e que depois, iria convencer o Papa e garantir assim a anulação das suas penas e condenações.
Entre 1675 e 1681, a actividade da Inquisição esteve suspensa por determinação papal em Portugal e no império, uma determinação que encontrou o seu maior fundamento nos relatórios que o jesuíta deixou em Roma, nas mãos do Sumo Pontífice, sobre os múltiplos abusos de poder. Desta forma conseguia dois feitos raros e históricos, por um lado conseguia parar pela primeira vez durante sete anos a actividade do Santo Oficio em Portugal e, feito não menor, lograva escapulir da perigosa malha que inquisidores derramavam sobre si.
Em 1681, retornou à Bahia, alegando questões de saúde. Em 1688, exerceu a função de visitador-geral das missões do Brasil e dedicou o resto de seus anos à edição dos Sermões, cartas e de Clavis Prophetarum, uma obra de interpretação profética das Escrituras que iniciara em Roma.[8]
A coleção completa dos seus Sermões, iniciada em 1679, exigiu 16 volumes. Cerca de 500 de suas Cartas foram publicadas em 3 volumes. As suas obras começaram a ser publicadas na Europa, onde foram elogiadas até pela Inquisição.
Já velho e doente, teve que espalhar circulares sobre a sua saúde para poder manter em dia a sua vasta correspondência. Em 1694, já não conseguia escrever pelo seu próprio punho. Em 10 de junho começou a agonia, perdeu a voz, silenciaram-se seus discursos. Morre na Bahia a 18 de julho de 1697, com 89 anos.[12]