Após isso, Ermac jurou ajudar também os aliados de Liu Kang (Sonya, Kitana, Johnny, Kung Lao e Jax). Eles haviam sido ressuscitados por Onaga e foram obrigados a servirem a ele. Durante um confronto, Ermac conseguiu romper a influência de Onaga sobre os guerreiros da terra.
Com as conquistas dos Reinos por Onaga, teve o inicio do armagedom previsto por Delia anteriormente. Como Daegon fora despertado séculos antes ele tomou conhecimento de seu objetivo e ficou obcecado pelo poder que teria. Então fundou o clã Red Dragon (Dragão Vermelho) e escravizou Caro para criar portais pelos mundos. O objetivo do clã era encontrar Blaze e assassinar Taven, que quando foi acordado na hora certa já era atacado pelos guerreiros de Daegon. Ele fez seu caminho até o templo de seu pai onde estaria a espada que era reservada para ele, mas ela foi roubada por Daegon. Então, teve que ir ao templo de sua mãe para roubar a armadura de Daegon.
Enquanto isso, Quan Chi reuniu um exercito junto a Shang Tsung, Shao Kahn, Shinnok e Onaga. Quan Chi tinha conhecimento de que quem derrotasse Blaze conseguiria o poder, não somente Taven ou Daegon, assim ele matou Orin, o dragão de Taven. Porém, Johnny Cage acabou por descobrir o plano maligno, após presenciar uma conversa de Shinnok com Quan Chi. Cage reuniu seus aliados e outros guerreiros (Sub-Zero, Ermac, Cyrax, Nightwolf e outros) para lutarem contra as forças do mal. Então como nas visões de Delia, a batalha foi para as ruínas edenianas.
Taven foi direto para as ruínas onde Blaze explicou qual a essência da missão e que como ele tinha a armadura, se ele vencesse por ter a armadura ele retiraria os poderes dos guerreiros e caso Daegon vencesse, por ter a espada, mataria todos os guerreiros. Então Taven encontra Daegon para a batalha que decidiria o destino dos guerreiros. Daegon revela que foi ele quem roubou a espada de Taven e que foi ele quem matou os seus pais com a espada que foi criada por eles mesmos para deter o Armagedom. Mesmo assim, Taven venceu Daegon. Com isso o processo já estava no fim. Eis que a batalha cessa com o levantar da gigante pirâmide, que fora deixada ali por Argus a milênios. No topo da pirâmide estava Blaze, desta vez gigante e incrivelmente poderoso.
Então se desmancharam todas as alianças e todos os guerreiros começaram a subir a pirâmide lutando entre si para reclamar o prêmio sem terem consciência de seus atos ou com as consequências (mesmo os do bem). Taven pegou a espada de volta de Daegon e foi para a pirâmide, cumprir seu destino e enfrentar Blaze. Taven finalmente concluiu a busca por Blaze, derrotando-o com a espada deixada por Argus. Assim a energia divina de Blaze passa por Taven o tornando um deus completo. A energia passa para a armadura de sua mãe e vai passando por cada guerreiro. Isso deveria ter tirado os poderes dos guerreiros, mas ao invés disso, por Blaze estar corrompido pelos sacerdotes de Onaga, aumentaram mais ainda seus poderes. Com isso a missão de Argus falha e os reinos continuam em perigo. Taven como o novo protetor de Edenia tenta achar uma solução alternativa para o problema.
Depois do Armagedon, todos os guerreiros ficaram muito poderosos devido ao que ocorrera. Mesmo com a queda de Blaze que fez a verdade voltar as mentes dos lutadores, os lados foram restaurados e seguiu-se uma batalha final que resultou em Raiden e Shao Kahn lutando no alto da Pirâmide de Argus. Mas Shao Kahn está muito poderoso e derrota Raiden. Pouco antes de sofrer o golpe final e ser morto, Raiden envia uma mensagem mental para o seu eu do passado. A mensagem dizia "He must win!" (Ele deve vencer!), assim o tempo retrocede para o inicio do 11° Mortal Kombat (Mortal Kombat). O Raiden do passado recebe a mensagem e não sabe o que está havendo, mas sabe que algo ruim está para acontecer.