Muitas versões falsificadas do Super Mario Run foram baixadas em lojas terceirizadas de apps. Segundo o analista de Ameaças em Dispositivos Móveis da Trend Micro, Jordan Pan: “Antes de qualquer lançamento oficial, os cibercriminosos já haviam lançado seus próprios aplicativos relacionados ao Mario. Desde 2012, encontramos mais de 9.000 aplicativos usando o nome Mario em várias fontes online. Cerca de dois terços desses aplicativos mostram algum tipo de comportamento malicioso, incluindo a exibição de anúncios e download sem o consentimento do usuário. Desde o início do ano, detectamos esses aplicativos maliciosos cerca de 90 mil vezes”.