Além de suas operações no Sudão do Sul, MSF vem respondendo à crise humanitária em Uganda desde julho de 2016, com atividades médicas, de água e saneamento. MSF trabalha, atualmente, em quatro acampamentos de refugiados no noroeste – Bidi Bidi, Imvepi, Palorinya e Rhino – oferecendo cuidados médicos ambulatoriais e de internação, assistência de saúde mental e a vítimas de violência sexual e de gênero, cuidados de maternidade, apoio nutricional e conduzindo atividades de saúde comunitária e de água e saneamento. MSF também respondeu ao fluxo de refugiados que chegou a Lamwo, na fronteira com o Sudão do Sul, após um ataque em Pajoc, na Equatoria Oriental, mas encaminhou essa atividade para outras organizações.
Além de responder ao fluxo de refugiados, MSF mantém programas regulares em Uganda, nos quais oferece serviços de saúde sexual e reprodutiva a adolescentes em Kasese, cuidados de HIV/Aids nas comunidades de pescadores dos lagos George e Edward e serviços de teste e monitoramento de carga viral de HIV no hospital regional de Arua.