A nova cerca tinha uma extensão de 3000 passos e 30 pés de altura. Era guarnecida de ameias e reforçada por numerosos cubelos e torres de planta quadrada, que excediam em onze pés a muralha, com excepção das torres que defendiam as Porta do Cimo da Vila e Porta do Olival, que subiam 30 pés acima desse nível. Um século e meio depois 1529 caíram 360 braças da muralha, entre a Porta do Olival e a Porta dos Carros, ou seja, ao longo da antiga Calçada da Natividade, hoje Rua dos Clérigos. A reedificação deste troço da muralha foi feita entre 1607 e 1624. Durante esses trabalhos, o mestre carpinteiro Bartolomeu Fernandes, morador em Miragaia, tomou de empreitada por 17$000 réis "o conserto das portas da Ribeira e dos Postigos da Lada, das Tábuas e dos Barbeiros".
O traçado da muralha começava no Postigo do Carvalho, que se chamou de Santo António do Penedo, em honra do Santo da Ermida que lhe ficava próximo, e mais tarde Postigo do Sol, quando foi reconstruído com maior imponência pelo corregedor João de Almada e Melo, em 1774. Seguia pelo local onde se encontra o Governo Civil e o Teatro São João, passando depois à Rua de Cimo de Vila, onde existia a Porta do Cimo da Vila. Continuava em direcção ao Sul pela Calçada de Santa Teresa e Viela da Madeira até à Porta dos Carros, junto à Igreja dos Congregados. Esta Porta veio substituir, em 1551, o Postigo aí existente, construído por Ordem Régia de D. João I, em 1409, a pedido da Câmara para conveniência do serviço das hortas que ficavam próximas e para a entrada dos carros de pedra para reconstrução das casas da Rua Chã que tinham ardido. Esta porta, demolida em 1827, tinha a ladeá-la duas torres.
A muralha continuava em linha recta ao longo do extinto Convento dos Lóios, actual edifício das Cardosas. Aqui estava a Porta de Santo Elói, demolida por acordo entre os padres Lóios e o Senado da Câmara para alargamento do Largo dos Lóios. Seguia pela calçada dos Clérigos e Rua da Assunção até à Cordoaria, então um extenso olival, onde existia a Porta do Olival. Descia em direcção à Rua do Calvário. Nos terrenos onde se encontra actualmente a Igreja de São José das Taipas ficava a Porta das Virtudes. Seguia pelo rio pelo Noroeste da Rua da Cordoaria Velha atravessando a Rua da Esperança onde havia uma porta com o mesmo nome, assim chamada por existir próximo a capela de Nossa Senhora da Esperança. A muralha continuava até ao rio, pelo sítio onde estão as Escadas do Caminho Novo até à Porta Nova na margem do Douro.